Olink NextSeq 550 Eksplore Sekans
Nòt dokiman
Olink® Explore Manyèl Itilizatè a, doc nr 1153, demode, epi yo te ranplase pa dokiman sa yo:
- Olink® Explore Overview Manyèl itilizatè, doc nr 1187
- Manyèl Itilizatè Olink® Explore 384, doc nr 1188
- Manyèl Itilizatè Olink® Explore 4 x 384, doc nr 1189
- Olink® Explore 1536 & Expansion Manyèl Itilizatè, doc nr 1190
- Manyèl Itilizatè Olink® Explore 3072, doc nr 1191
- Olink® Explore Sequencing lè l sèvi avèk NextSeq 550 Manyèl Itilizatè, doc nr 1192
- Olink® Explore Sequencing lè l sèvi avèk NextSeq 2000 Manyèl Itilizatè, doc nr 1193
- Olink® Explore Sequencing lè l sèvi avèk NovaSeq 6000 Manyèl Itilizatè, doc nr 1194
Entwodiksyon
Itilizasyon entansyonèl
Olink® Explore se yon platfòm imunoessai multiplex pou dekouvèt biomakè pwoteyin imen. Pwodwi a fèt pou itilize rechèch sèlman, epi li pa pou itilize nan pwosedi dyagnostik. Travay laboratwa a dwe fèt sèlman pa anplwaye laboratwa ki resevwa fòmasyon. Pwosesis done yo dwe fèt sèlman pa anplwaye ki resevwa fòmasyon. Rezilta yo vle di ke yo dwe itilize pa chèchè ansanm ak lòt rezilta klinik oswa laboratwa.
Konsènan manyèl sa a
Manyèl Itilizatè sa a bay enstriksyon ki nesesè pou sekans Bibliyotèk Olink® Explore sou Illumina® NextSeq™ 550. Enstriksyon yo dwe swiv entèdi ak klèman. Nenpòt devyasyon atravè etap laboratwa yo ka lakòz done ki gen pwoblèm. Anvan w kòmanse workflow laboratwa a, konsilte Olink® Explore Overview Manyèl itilizatè pou yon entwodiksyon nan platfòm la, ki gen ladan enfòmasyon sou reyaktif, ekipman ak dokiman ki nesesè, yon souview nan workflow la, osi byen ke direktiv laboratwa. Pou jwenn enstriksyon sou kòman pou yo kouri Olink® Explore Reagent Kits, al gade nan Manyèl Itilizatè Olink® Explore ki aplikab. Pou tretman done ak analiz rezilta sekans Olink® Explore, al gade nan Manyèl Itilizatè Olink® NPX Explore. Tout mak komèsyal ak copyright ki nan materyèl sa a se pwopriyete Olink® Proteomics AB, sof si yo di otreman.
Sipò teknik
Pou sipò teknik, kontakte Olink Proteomics nan support@olink.com.
Enstriksyon laboratwa
Chapit sa a bay enstriksyon sou fason pou sekans Bibliyotèk Olink sou NextSeq™ 550 lè l sèvi avèk Twous High Output NextSeq™ 500/550 v2.5 (75 Cycles). Pwotokòl yo itilize pou sekans lan se yon adaptasyon flux travay NGS estanda Illumina® pou Illumina® NextSeq™ 550. Anvan w kontinye nan sekans, asire w ke yo verifye kalite bibliyotèk ki pirifye a. Ale nan Manyèl Itilizatè Olink Explore ki aplikab pou jwenn enstriksyon sou kontwòl kalite.
Planifye kouri nan sekans
Yon bibliyotèk Olink ka sekans pou chak selil koule NextSeq™ 550 High Output ak pou chak kouri. Kantite selil koule ak pwodiksyon segondè ki nesesè pou sekans diferan Twous reyaktif Olink Explore yo dekri nan Tablo 1. Si yo bezwen plis pase yon kous, repete enstriksyon ki dekri nan manyèl sa a.
Tablo 1. Planifikasyon kouri sekans
| Olink® Explore Reagent Twous | Kantite bibliyotèk Olink | Kantite selil koule (yo) ak kouri (yo) |
| Olink® Explore 384 Twous reyaktif | 1 | 1 |
| Olink® Explore 4 x 384 Twous reyaktif | 4 | 4 |
| Olink® Explore 1536 Twous reyaktif | 4 | 4 |
| Olink® Eksplore Twous Reyaktif Ekspansyon | 4 | 4 |
| Olink® Explore 3072 Twous reyaktif | 8 | 8 |
Enstale resèt koutim Olink®
Pandan etap sa a, resèt koutim Olink® enstale sou NextSeq™ 550 la. Etap sa a sèlman bezwen fèt yon fwa, anvan yon kouri sekans Olink fèt pou premye fwa.
REMAK: Resèt koutim Olink la ap travay sèlman avèk Twous Pwodiksyon segondè NextSeq™ 500/550 ak lojisyèl kontwòl NextSeq™ 4.0.
- Dekonprime epi mete resèt koutim Olink Olink_NSQ550_HighOutput_V1 nan katab sa a nan enstriman NextSeq™ 550 la: C:\Program. Files\Illumina\NextSeq Control Software\Recipe\Custom\High\.
- Anba System Customization > Jere Enstriman, pèmèt Custom Recipes. Si ou pa chwazi, opsyon resèt koutim lan p ap parèt pandan konfigirasyon kouri a.
REMAK
- Nan vèsyon lojisyèl NCS 4.0 la, opsyon pou chwazi yon resèt koutim ap fèt sèlman apre yo fin chaje katouch reyaktif la, pa nan paj konfigirasyon anvan an.
- Kouri a dwe mete nan mòd manyèl pou pèmèt resèt koutim.
Prepare reyaktif sekans yo
Pandan etap sa a, katouch reyaktif ki gen reyaktif gwoupman ak sekans yo dekonjle epi selil koule a prepare.
Prepare katouch reyaktif
AVÈTISMAN: Katouch reyaktif la gen pwodui chimik ki kapab danjere. Mete bon jan ekipman pwoteksyon epi jete reyaktif itilize yo an akò ak estanda ki aplikab yo. Pou plis enfòmasyon, al gade Gid Sistèm Illumina NextSeq 550 (dokiman #15069765).
Prepare ban
- 1x NextSeq™ 500/550 katouch reyaktif segondè pwodiksyon v2 (75 sik).
Enstriksyon yo
- Mete katouch reyaktif jele a mwatye plonje nan dlo tanperaman chanm lan epi kite l dekonjle pou 1 èdtan. Asire w ke tout rezèvwa reyaktif nan katouch yo konplètman dekonjle.
- REMAK: Pou konvenyans, dekonjle katouch la jou anvan epi estoke li lannwit lan nan 4 °C. Nan tanperati sa a, reyaktif yo estab jiska yon semèn.
- Siye baz katouch la byen ak yon sèvyèt papye epi efase foil yo sèk ak yon tisi ki pa gen pèl si sa nesesè.
- Envèse katouch la dis fwa pou byen melanje reyaktif ki dekonjle yo anndan an.
- Tape katouch la dousman sou ban an pou retire bul lè. Sere katouch la nan tanperati chanm si li pral itilize nan lespas 4 èdtan.
Prepare selil koule
Prepare ban
- 1x NextSeq™ 500/550 Selil koule segondè v2.5.
Enstriksyon yo
- Pote selil koule nan frijidè nan tanperati chanm pou 30 minit.
- Mete nouvo gan san poud (pou evite kontamine sifas vè selil koule a).
- Lè w pare pou chaje selil koule a nan enstriman an, retire selil koule a nan pake a ak clamshell plastik la.
- Enspekte selil koule a. Si patikil oswa pousyè vizib sou nenpòt nan sifas vè yo, netwaye sifas ki aplikab la ak yon ti sèvyèt alkòl izopropilik ki pa gen pèl epi seche li ak yon tisi laboratwa ki ba.
Prepare Bibliyotèk Olink® pou sekans
Pandan etap sa a, dilusyon NaOH ak Tris-HCl yo prepare, epi yo pirifye ak bon jan kalite kontwole Olink Bibliyotèk la dilye ak denatire nan etap sekans.
Prepare NaOH dilution
- Yo itilize dilusyon NaOH pou denatire Bibliyotèk yo.
Prepare ban
- 1 N NaOH stock
- MilliQ dlo
- 1x tib mikrosantrifij (1.5 mL)
- Pipèt manyèl (10-100 μL)
- Filtre konsèy pipèt
Anvan ou kòmanse
- Make tib mikrosantrifij la "0.2 N NaOH".
Enstriksyon yo
- Prepare yon dilution NaOH 0.2 N nan Tib NaOH 0.2 N dapre Tablo 2.
- Toubiyon 0.2 N NaOH Tib la byen epi vire desann. Sèvi ak nan lespas 12 èdtan.
Tablo 2. 0.2 N NaOH dilution
| Reyaktif | Volim (μL) |
| MilliQ dlo | 80 |
| 1 N NaOH stock | 20 |
Prepare Tris-HCl dilution
- Yo itilize dilution Tris-HCl pou netralize Bibliyotèk denatirel la.
Prepare ban
- 1 M Tris-HCl pH 7.0 stock (solisyon idroklorid Trizma®)
- MilliQ dlo
- 1x tib mikrosantrifij (1.5 mL)
- Pipèt manyèl (10-100 μL)
- Filtre konsèy pipèt
Anvan ou kòmanse
- Make tib mikrosantrifij la "Tris-HCl"
Enstriksyon yo
- Prepare yon dilution 200 mM Tris-HCl nan Tib Tris-HCl dapre Tablo 3.
- Toubiyon Tris-HCl Tib la byen epi vire l desann.
Tablo 3. 200 mM Tris-HCl dilution
| Reyaktif | Volim (μL) |
| MilliQ dlo | 80 |
| 1M Tris-HCl pH 7.0 stock (solisyon idroklorid Trizma®) | 20 |
Dilye Bibliyotèk Olink®
- Pandan etap sa a, Bibliyotèk Olink ki pirifye ak bon jan kalite kontwole dilye 1:33.
Prepare ban
- Lib Tube, prepare dapre Olink Explore Manyèl Itilizatè ki aplikab la
- MilliQ dlo
- 1x tib mikrosantrifij (1.5 mL)
- Pipèt manyèl (0.5-10 ak 100-1000 μL)
- Filtre konsèy pipèt
Anvan ou kòmanse
- Deglase tib Lib la si li nan frizè.
- Make nouvo tib mikrosantrifij la: "Dil".
Enstriksyon yo
- Ajoute 96 μL dlo MilliQ nan Tib Dil la.
- Toubiyon tib Lib la epi vire l desann yon ti tan.
- Transfere 3 μL soti nan Tib Lib la nan Tib Dil la.
- Vortex Tib Dil la epi vire l desann yon ti tan.
REMAK: Sere tib Lib (yo) nan -20 °C nan ka ta gen posiblite rerun (yo).
Denatire epi delye Bibliyotèk Olink® nan konsantrasyon final la
Pandan etap sa a, dilye Bibliyotèk Olink la denatire epi li dilye plis nan konsantrasyon final la.
Prepare ban
- Dil Tib, prepare nan etap anvan
- 0.2 N NaOH dilution, frèch prepare nan etap anvan yo
- 200 mM Tris-HCl (pH 7.0) dilution, prepare nan etap anvan yo
- Tanpon ibridizasyon 1 (HT1) ki enkli nan NextSeq™ Accessory Box v2
- 2x Tib Microcentrifuge (1.5 mL ak 2 mL)
- Pipèt manyèl (0.5-10 ak 100-1000 μL)
- Filtre konsèy pipèt
Anvan ou kòmanse
- Deglase tanpon HT1 nan frizè a nan tanperati chanm. Sere nan +4 °C jiskaske itilize.
- Make nouvo tib mikrosantrifij 1.5 mL la: "Den" (pou Bibliyotèk denatire).
- Make nouvo tib mikrosantrifij 2 mL la: "Seq" (pou Bibliyotèk la pare pou chaje).
Enstriksyon yo
- Transfere 5 μL soti nan Tib Dil la nan Tib Den.
- Ajoute 5 μL NaOH 0.2 N nan Tib Den.
- Vortex Den Tib la epi vire l desann yon ti tan.
- Enkube Tib Den pou 5 minit nan tanperati chanm pou denatire Bibliyotèk la.
- Ajoute 5 μL 200 mM Tris-HCl (pH 7.0) nan Tib Den pou netralize reyaksyon an.
- Vortex Den Tib la epi vire l desann yon ti tan.
- Ajoute 985 μL HT1 prechille nan Den Tib la.
- Vortex Den Tib la epi vire l desann yon ti tan. Tib la ka estoke nan +4 °C jiskaske yo itilize (menm jou a).
- Transfere 205 μL soti nan Tib Den nan Tib Seq la.
- Ajoute 1095 μL HT1 prechille nan Tib Seq la.
- Envèse Tib Seq la pou melanje reyaktif yo epi vire l yon ti tan. Volim chaj final la se 1.3 mL.
- Imedyatman kontinye 2.5 Fè kouri sekans Olink®.
Fè kouri sekans Olink®
Pandan etap sa a, katouch tanpon an, selil koule a ak katouch reyaktif prepare ki gen Bibliyotèk Olink yo chaje nan NextSeq 550 la, epi kouri sekans lan kòmanse lè l sèvi avèk resèt koutim Olink la.
Prepare ban
- Seq Tib (ak pare pou chaje Bibliyotèk), prepare nan etap anvan yo
- 1x NextSeq™ 500/550 katouch reyaktif segondè pwodiksyon v2, prepare nan etap anvan yo
- 1x NextSeq™ 500/550 High Output Flow Cell v2.5, prepare nan etap anvan yo
- 1x NextSeq™ 500/550 Buffer Cartridge v2 (75 sik), nan tanperati chanm
Mete paramèt kouri sekans yo
Pandan etap sa a, paramèt kouri sekans yo chwazi sou NextSeq™ 550 la.
- Sou ekran Kay NextSeq™ 550, chwazi Eksperyans.
- Sou ekran Chwazi tès la, chwazi Sekans.
- Nan paj Kouri Enstalasyon an, chwazi mòd kouri manyèl ak Lè sa a, Next.
- Mete paramèt kouri yo jan sa a:
- Nan jaden Non Run, antre yon ID eksperyans inik.
- Nan jaden ID Bibliyotèk la, antre ID Bibliyotèk w ap dirije a (si ou vle).
- Nan jaden Kalite Lekti, chwazi opsyon Single Read la.
- Antre kantite sik yo jan sa a:
- Li 1: 24
- Endèks 1: 0
- Endèks 2: 0
- Li 2: 0
- ENPÒTAN: Li enpòtan pou Li 1 mete sou 24, otreman tout kouri a ap echwe.
- Kenbe kaz la pou primè koutim yo pa seleksyone.
- Mete kote dosye pwodiksyon an pou done aktyèl la anvan tout koreksyon. Chwazi Parcourir pou chanje kote Katab pèsistans yap ogmante jiska.
- Pa mete yon Sample Sheet.
- Chwazi Purge consommables pou kouri sa a.
- Chwazi Next.
Chaje selil koule nan NextSeq™ 550
- Retire selil koule itilize nan kouri anvan an.
- Mete nouvo selil koule prepare sou s latage.
- Chwazi chaj. Se pòt la otomatikman fèmen.
- Lè ID selil koule a parèt sou ekran an epi detèktè yo tcheke an vèt, chwazi Next.
Vide veso reyaktif la
AVÈTISMAN: Ansanm reyaktif sa yo gen pwodui chimik ki kapab danjere. Mete bon jan ekipman pwoteksyon epi jete reyaktif itilize yo an akò ak estanda ki aplikab yo. Pou plis enfòmasyon, al gade nan Gid Sistèm Illumina NextSeq 550.
- Louvri pòt la nan lòj tanpon an, retire veso a reyaktif depanse nan lòj ki pi ba a, epi jete kontni an an akò ak estanda ki aplikab yo.
- Glise resipyan reyaktif vid la tounen nan lòj tanpon ki pi ba a. Yon klik ki tande endike ke veso a byen plase.
Chaje katouch tanpon
- Retire katouch tanpon itilize a nan lòj tanpon anwo a epi jete kontni an an akò ak estanda ki aplikab yo.
- Glise yon nouvo katouch tanpon nan lòj tanpon anwo a. Yon klik ki tande endike ke katouch la byen plase. Asire w ke ID katouch tanpon an parèt sou ekran an epi detèktè yo tcheke an vèt.
- Fèmen pòt la nan lòj tanpon an epi chwazi Next.
Chaje katouch reyaktif
- Louvri pòt la nan lòj reyaktif la, retire katouch reyaktif yo itilize a, epi jete kontni ki pa itilize a an akò ak estanda ki aplikab yo. Rezèvwa a nan pozisyon 6 se detachable pou fasilite jete san danje.
- Pèse sele rezèvwa #10 ki make "Chaje Bibliyotèk Isit la" ak yon pwent pipèt pwòp 1 mL.
- Chaje 1.3 mL Bibliyotèk Olink ki soti nan Tib Seq la nan rezèvwa #10 ki make "Chaje Bibliyotèk Isit la".
- Glise nouvo katouch reyaktif la nan lòj reyaktif la epi fèmen pòt lòj reyaktif la.
- Chwazi Chaje epi tann pou ~30 segonn jiskaske ID katouch reyaktif la parèt sou ekran an epi detèktè yo tcheke an vèt.
- Soti nan lis deroulant Recipe, chwazi opsyon resèt [Custom] "Olink_NSQ550_HighOutput_V1".
- ENPÒTAN: Asire w ke resèt la koutim te deja enstale nan enstriman an. Gade 2.2 Enstale resèt koutim Olink®.
- Chwazi Next.
- Konfime paramèt kouri yo parèt sou Re aview ekran. Pou modifye nenpòt paramèt, peze Retounen pou retounen nan ekran Enstalasyon Kouri a.
- Chwazi Next. Kouri a kòmanse apre yon chèk otomatik pre-kouri. Tan an kouri sekans se apeprè 7h30 min.
- ENPÒTAN: Asire w ke kouri a kòmanse lè chèk otomatik pre-kouri a te konplete (~5 minit).
- REMAKPou nenpòt echèk chèk pre-kouri, al gade nan enstriksyon manifakti a.
- REMAK: Fè atansyon pou pa frape NextSeq™ 550 la oswa deranje NextSeq™ XNUMX pandan sekans lan. Enstriman an sansib a vibrasyon.
- Netwaye zòn travay la.
- REMAK: Lè kouri sekans lan fini, lojisyèl an kòmanse yon lave otomatik apre kouri lè l sèvi avèk solisyon lave yo bay nan katouch tanpon an ak NaOCl yo bay nan katouch reyaktif la. Lave sa a pran apeprè 90 minit. Bouton Kay la vin aktif yon fwa lave a fini. Katouch itilize ak selil koule yo ka rete an plas jiskaske pwochen kouri.
Siveye pwogrè kouri
Olink itilize NGS kòm lekti pou quantifier kantite yon sekans li te ye pou ka estime konsantrasyon yon pwoteyin bay an s.amples (parapò ak lòt samples). Kalite done ki soti nan chak kouri sekans Explore se sitou detèmine pa paramèt QC inik nan teknoloji Olink. Pakonsekan, mezi kontwòl kalite estanda yo itilize nan NGS konvansyonèl yo, tankou Q-score, yo mwens kritik.
Istwa revizyon
| Version | Dat | Deskripsyon |
| 1.2 | 2022-11-01 | 1.2 Ranplase Olink® Mydata ak Olink® NPX Explore.
2.4 Te ajoute 0.2 N nan Anvan ou kòmanse. |
| 1.1 | 2021-12-13 | Chanjman editoryal |
| 1.0 | 2021-12-01 | Nouvo |
Pou itilize rechèch sèlman. Pa pou itilize nan pwosedi dyagnostik.
Pwodwi sa a gen ladann yon lisans pou itilizasyon ki pa komèsyal nan pwodwi Olink. Itilizatè komèsyal yo ka bezwen lisans adisyonèl. Tanpri kontakte Olink Proteomics AB pou plis detay. Pa gen okenn garanti, eksprime oswa enplisit, ki pwolonje pi lwen pase deskripsyon sa a. Olink Proteomics AB pa responsab pou domaj pwopriyete, blesi pèsonèl, oswa pèt ekonomik ki te koze pa pwodui sa a. Olink Proteomics AB posede mak sa a: Olink®. Pwodui sa a kouvri pa plizyè patant ak aplikasyon patant ki disponib nan https://www.olink.com/patents/.
© Copyright 2021 Olink Proteomics AB. Tout mak twazyèm pati yo se pwopriyete pwopriyetè respektif yo.
Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Upsala, Sweden
1192, v1.2, 2022-11-01
Dokiman / Resous
 |
Olink NextSeq 550 Eksplore Sekans [pdfManyèl Itilizatè NextSeq 550 Eksplore Sekans, NextSeq 550, Eksplore Sekans, Sekans |
