Olink Explore Sequencing a’ cleachdadh NextSeq 550
Ro-ràdh
Cleachdadh an dùil
Tha Olink® Explore na àrd-ùrlar immunoassay ioma-fhillte airson lorg biomarker pròtain daonna. Tha an toradh an dùil airson Rannsachadh a-mhàin, agus chan ann airson a chleachdadh ann am modhan sgrùdaidh. Cha tèid obair an obair-lann a ruith ach le luchd-obrach obair-lann le trèanadh. Cha tèid giullachd dàta a dhèanamh ach le luchd-obrach le trèanadh. Tha dùil gum bi na toraidhean air an cleachdadh le luchd-rannsachaidh ann an co-bhonn ri toraidhean clionaigeach no obair-lann eile.
Mu dheidhinn an leabhar-làimhe seo
Tha an Leabhar-làimhe Cleachdaiche seo a' toirt seachad an stiùireadh a dh'fheumar airson Olink® Explore Libraries a chur an òrdugh air Illumina® NextSeq™ 550. Feumar an stiùireadh a leantainn gu teann agus gu soilleir. Faodaidh gluasad sam bith tro cheumannan an obair-lann leantainn gu dàta lag. Mus tòisich thu air sruth-obrach an obair-lann, bruidhinn ris an Olink® Explore Overview Leabhar-làimhe Cleachdaiche airson ro-ràdh don àrd-ùrlar, a’ toirt a-steach fiosrachadh mu ath-bheachdan, uidheamachd agus sgrìobhainnean a dh’ fheumar, rud eileview den t-sruth-obrach, a bharrachd air stiùireadh obair-lann. Airson stiùireadh air mar a ruitheas tu na goireasan Olink® Explore Reagent, thoir sùil air an Leabhar-làimhe Cleachdaiche Olink® Explore iomchaidh. Airson giullachd dàta agus mion-sgrùdadh air toraidhean sreath Olink® Explore, thoir sùil air an Olink® MyData Cloud User Guide. Is ann le Olink® Proteomics AB a tha a h-uile comharra-malairt agus dlighe-sgrìobhaidh a tha san stuth seo, mura h-eilear ag ràdh a chaochladh.
Taic theicnigeach
Airson taic theicnigeach, cuir fios gu Olink Proteomics aig taic@olink.com.
Stiùireadh obair-lann
Tha a’ chaibideil seo a’ toirt seachad stiùireadh air mar as urrainn dhut Leabharlannan Olink a chuir an òrdugh air NextSeq ™ 550 a’ cleachdadh an NextSeq ™ 500/550 High Output Kit v2.5 (75 Cycles). Is e am pròtacal a thathar a’ cleachdadh airson seicheamhan atharrachadh air sruth-obrach àbhaisteach Illumina® NGS airson Illumina® NextSeq™ 550. Mus tèid thu air adhart gu seicheamhan, dèan cinnteach gu bheil càileachd an Leabharlainn ghlan air a dhearbhadh. Thoir sùil air an Leabhar-làimhe Cleachdaiche Olink Explore iomchaidh airson stiùireadh mu smachd càileachd.
Dealbhaich an t-sreath ruith
Faodar aon Leabharlann Olink a chuir ann an òrdugh a rèir cealla sruthadh NextSeq ™ 550 High Output agus gach ruith. Tha an àireamh de cheallan sruthadh toraidh àrd agus ruith a dh ’fheumar gus na diofar innealan Olink Explore Reagent a leantainn air a mhìneachadh ann an Clàr 1. Ma tha feum air barrachd air aon ruith, cuir a-rithist an stiùireadh a tha air a mhìneachadh san leabhar-làimhe seo.
Clàr 1.Sequencing run plan:
| Olink® Explore Reagent Kit | Àireamh de Leabharlannan Olink | An àireamh de chealla(an) srutha agus ruith(ean) |
| Olink® Dèan sgrùdadh air 384 reactant Kit | 1 | 1 |
| Olink® Dèan sgrùdadh air Kit Reagent 4 x 384 | 4 | 4 |
| Olink® Dèan sgrùdadh air 1536 reactant Kit | 4 | 4 |
| Olink® Dèan sgrùdadh air Kit Reagent Leudachadh | 4 | 4 |
| Olink® Dèan sgrùdadh air 3072 reactant Kit | 8 | 8 |
Stàlaich reasabaidh àbhaisteach Olink®
Rè a 'cheum seo, tha an reasabaidh àbhaisteach Olink® air a chuir a-steach air an NextSeq™ 550. Chan fheum an ceum seo a dhèanamh ach aon turas, mus tèid ruith seicheamhan Olink a dhèanamh airson a' chiad uair.
NOTA: Chan obraich an reasabaidh àbhaisteach Olink ach leis an NextSeq ™ 500/550 High Output Kits agus an NextSeq ™ Control Software 4.0
- Dèan unzip agus cuir an reasabaidh àbhaisteach Olink Olink_NSQ550_HighOutput_V1 anns a’ phasgan a leanas den ionnstramaid NextSeq™ 550: C: \ Program Files\Illumina\NextSeq Control Software\Recipe\Custom\High\.
- Fo Gnàthachadh an t-siostaim> Stiùirich Ionnsramaid, cuir an comas Reasabaidhean Custom. Mura tèid a thaghadh, cha nochd an roghainn reasabaidh àbhaisteach rè an t-suidheachaidh ruith.
NOTA: Ann an dreach bathar-bog NCS 4.0, cha tachair an roghainn reasabaidh àbhaisteach a thaghadh ach às deidh a’ chairt ath-ghnìomhach a luchdachadh, chan ann air an duilleag rèiteachaidh nas tràithe.
NOTA: Feumaidh an ruith a bhith air a shuidheachadh ann am modh làimhe gus reasabaidhean àbhaisteach a cheadachadh.
Ullaich ath-bheachdan sreathach
Rè a ’cheum seo, tha a’ chairt ath-ghnìomhach anns a bheil cruinneachadh agus ath-bheachdan sreathach air a leaghadh agus tha an cealla sruthadh air ullachadh.
Ullaich cartridge reagent
RABHADH: Tha ceimigean a dh'fhaodadh a bhith cunnartach a' toirt a-steach a' chairt-imrich. Cleachd uidheamachd dìon iomchaidh agus cuir air falbh ath-bheachdan cleachdte a rèir inbhean iomchaidh. Airson tuilleadh fiosrachaidh, thoir sùil air an Illumina NextSeq 550 System Guide (sgrìobhainn #15069765).
Ullaich beinn
- 1x NextSeq ™ 500/550 Cartridge Reagent Toraidh Àrd v2 (75 cearcallan).
Stiùiridhean
- Cuir a’ chairt ath-ghnìomhach reòta leth-uisge ann an uisge le teòthachd an t-seòmair agus leig leis leaghadh airson 1 uair. Dèan cinnteach gu bheil a h-uile loch tasgaidh ath-ghnìomhach de na cartan air a leaghadh gu tur.
NOTA: Airson goireasachd, leig leis a’ chairt an latha roimhe agus stòraich e tron oidhche aig 4 ° C. Aig an teòthachd seo, tha ath-bheachdan seasmhach suas ri seachdain. - Tiormaich bonn a’ chairt gu mionaideach le searbhadair pàipeir agus sguab na ròin foil tioram le clò gun lint ma bhios feum air.
- Cuir a-steach a’ chairt deich tursan gus na h-ath-bheachdan a chaidh a leaghadh a-staigh a mheasgachadh gu mionaideach.
- Tap air a’ chairt gu socair air a’ bheing gus builgeanan èadhair a thoirt air falbh. Glèidh a’ chairt aig teòthachd an t-seòmair ma thèid a chleachdadh taobh a-staigh 4 uairean.
Ullaich cealla sruth
Ullaich beinn
- 1x NextSeq ™ 500/550 Cell Sruth Toradh Àrd v2.5.
Stiùiridhean
- Thoir an cealla sruthadh fuarachaidh gu teòthachd an t-seòmair airson 30 mionaid.
- Cuir air miotagan ùra gun phùdar (gus nach truailleadh thu uachdar glainne na cealla sruthadh).
- Nuair a bhios tu deiseil airson an cealla sruthadh a luchdachadh a-steach don ionnstramaid, thoir air falbh an cealla sruthadh bhon phacaid agus an slige clams plastaig.
- Dèan sgrùdadh air a 'chill sruthadh. Ma tha gràin no duslach ri fhaicinn air uachdar glainne sam bith, glan an uachdar iomchaidh le alcol isopropyl gun lint, sguab às agus tiormaich e le clò lab lint ìosal.
Ullaich Leabharlann Olink® airson sreath
Rè a ’cheum seo, thathas ag ullachadh lagachadh NaOH agus Tris-HCl, agus tha Leabharlann Olink fìor-ghlan agus fo smachd càileachd air a lagachadh agus air a dhì-nàdarachadh ann an ceumannan sreath.
Ullaich caolachadh NaOH
Tha an lagachadh NaOH air a chleachdadh gus na Leabharlannan a dhì-nàdarachadh.
Ullaich beinn
- 1 N stoc NaOH
- MilliQ uisge
- 1 x tiùb microcentrifuge (1.5 mL)
- Pìob làimhe (10-100 μL)
- Criathraich molaidhean pìobaireachd
Mus tòisich thu
Comharraich an tiùb microcentrifuge “NaOH”.
Stiùiridhean
- Ullaich caolachadh 0.2 N NaOH anns an Tube NaOH a rèir Clàr 2.
- Vortex an Tube NaOH gu mionaideach agus snìomh sìos. Cleachd taobh a-staigh 12 uairean.
Clàr 2. 0.2 N caolachadh NaOH
| Ath-ghnìomhaiche | Meud (μL) |
| MilliQ uisge | 80 |
| 1 N stoc NaOH | 20 |
2.4.2 Ullaich lagachadh Tris-HCl
Tha an lagachadh Tris-HCl air a chleachdadh gus an Leabharlann neo-nàdurrach a neodachadh.
Ullaich beinn
- Stoc 1 M Tris-HCl pH 7.0 (fuasgladh Trizma® hydrochloride)
- MilliQ uisge
- 1 x tiùb microcentrifuge (1.5 mL)
- Pìob làimhe (10-100 μL)
- Criathraich molaidhean pìobaireachd
Mus tòisich thu
- Comharraich an tiùb microcentrifuge “Tris-HCl”
Stiùiridhean
- Ullaich lagachadh Tris-HCl 200 mM anns an Tube Tris-HCl a rèir Clàr 3.
- Vortex an Tube Tris-HCl gu mionaideach agus snìomh sìos e.
Clàr 3. 200 mM Tris-HCl caolachadh:
| Ath-ghnìomhaiche | Meud (μL) |
| MilliQ uisge | 80 |
| Stoc 1M Tris-HCl pH 7.0 (fuasgladh Trizma® hydrochloride) | 20 |
Dilute Olink® Leabharlannan
Tron cheum seo, tha Leabharlann Olink fìor-ghlan agus fo smachd càileachd air a lagachadh 1:33.
Ullaich beinn
- Lib Tube, air ullachadh a rèir Leabhar-làimhe Cleachdaiche Olink Explore iomchaidh
- MilliQ uisge
- 1 x tiùb microcentrifuge (1.5 mL)
- Pìoban làimhe (0.5-10 agus 100-1000 μL)
- Criathraich molaidhean pìobaireachd
Mus tòisich thu
- Leag an Lib Tube ma bhios e reòta.
- Comharraich an tiùb microcentrifuge ùr: “Dil”.
Stiùiridhean
- Cuir 96 μL de uisge MilliQ ris an Dil Tube.
- Vortex an Lib Tube agus snìomh sìos e goirid.
- Cuir thairis 3 μL bhon Lib Tube chun an Dil Tube.
- Vortex an Dil Tube agus snìomh sìos e goirid
Denature agus lagaich Leabharlann Olink® chun an dùmhlachd luchdachadh mu dheireadh
Rè a ’cheum seo, tha Leabharlann Olink lag air a dhì-nàdarachadh agus air a lagachadh nas fhaide chun dùmhlachd luchdachadh mu dheireadh.
Ullaich beinn
- Dil Tube, air ullachadh sa cheum roimhe
- 0.2 N NaOH caolachadh, air ullachadh as ùr sa cheum roimhe
- Lùghdachadh 200 mM Tris-HCl (pH 7.0), air ullachadh sa cheum roimhe
- Bufair tar-chuiridh 1 (HT1) air a ghabhail a-steach ann am Bogsa Taic NextSeq ™ v2
- Tiùban microcentrifuge 2x (1.5 mL agus 2 mL)
- Pìoban làimhe (0.5-10 agus 100-1000 μL)
- Criathraich molaidhean pìobaireachd
Mus tòisich thu
- Leudaich am bufair HT1 reòta aig teòthachd an t-seòmair. Bùth aig +4 ° C gus an tèid a chleachdadh.
- Comharraich an tiùb microcentrifuge 1.5 mL ùr: “Den” (airson an Leabharlann neo-nàdurrach).
- Comharraich an tiùb microcentrifuge 2 mL ùr: “Seq” (airson an Leabharlann deiseil airson luchdachadh).
Stiùiridhean
- Cuir thairis 5 μL bhon Dil Tube chun an Den Tube.
- Cuir 5 μL de 0.2 N NaOH ris an Den Tube.
- Vortex an Den Tube agus snìomh sìos e goirid.
- Thoir a-steach an Den Tube airson 5 mionaidean aig teòthachd an t-seòmair gus an Leabharlann a dhì-dhealbhadh.
- Cuir 5 μL de 200 mM Tris-HCl (pH 7.0) ris an Den Tube gus am freagairt a neodachadh.
- Vortex an Den Tube agus snìomh sìos e goirid.
- Cuir 985 μL de HT1 ro-fhuarach ris an Den Tube.
- Vortex an Den Tube agus snìomh sìos e goirid. Faodar an tiùb a stòradh aig + 4 ° C gus an tèid a chleachdadh (an aon latha).
- Cuir thairis 205 μL bhon Tube Den chun an Seq Tube.
- Cuir 1095 μL de HT1 ro-fhuarach ris an Seq Tube.
- Cuir a-steach an Seq Tube gus na h-ath-bheachdan a mheasgachadh agus a shnìomh sìos goirid. Is e an tomhas luachaidh mu dheireadh 1.3 mL.
- Lean air adhart sa bhad gu 2.5 Dèan ruith sreath Olink®.
Dèan ruith sreath Olink®
Rè a ’cheum seo, tha a’ chairt bufair, a ’chill sruthadh agus a’ chairt ath-ghnìomhach ullaichte anns a bheil Leabharlann Olink air an luchdachadh a-steach don NextSeq 550, agus thathas a ’tòiseachadh air an t-sreath sreath a’ cleachdadh reasabaidh àbhaisteach Olink.
Ullaich beinn
- Seq Tube (le Leabharlann deiseil ri luchdachadh), air ullachadh sa cheum roimhe
- 1x NextSeq ™ 500/550 High Output Reagent Cartridge v2, air ullachadh sa cheum roimhe
- 1x NextSeq ™ 500/550 Cealla Sruth Toraidh Àrd v2.5, air ullachadh sa cheum roimhe
- 1x NextSeq ™ 500/550 Buffer Cartridge v2 (75 cearcallan), aig teòthachd an t-seòmair
Stèidhich paramadairean ruith sreathachaidh
Tron cheum seo, thèid paramadairean ruith sreathachaidh a thaghadh air an NextSeq ™ 550.
- Air scrion Dachaigh NextSeq ™ 550, tagh Experiment.
- Air an sgrìn Tagh Assay, tagh Sequence.
- Anns an Run Setup duilleag, tagh Modh ruith làimhe agus an uairsin Air adhart.
- Stèidhich na paramadairean ruith mar a leanas:
- Anns an raon Run Name, cuir a-steach ID deuchainn sònraichte.
- Ann an raon ID an Leabharlainn, cuir a-steach ID an Leabharlainn a tha thu a’ ruith (roghainneil).
- Anns an raon Leugh Seòrsa, tagh an roghainn Singilte Leugh.
- Cuir a-steach an àireamh de chuairtean mar a leanas:
- Leugh 1:24
- Clàr-innse 1: 0
- Clàr-innse 2: 0
- Leugh 2:0
- Cùm am bogsa-dearbhaidh airson primers àbhaisteach gun a bhith air a thaghadh.
- Suidhich àite am pasgan toraidh airson an dàta amh ruith gnàthach. Tagh Dèan brobhsadh gus àite a’ phasgan toraidh atharrachadh.
- Na cuir air dòigh Sample Duilleag.
- Tagh Purge consumables airson an ruith seo.
- Tagh Air adhart.
Luchdaich cealla sruthadh a-steach do NextSeq ™ 550
- Thoir air falbh an cealla sruthadh a chaidh a chleachdadh bhon ruith roimhe.
- Cuir an cealla sruth ullaichte ùr air an stage.
- Tagh Load. Tha an doras dùinte gu fèin-ghluasadach.
- Nuair a nochdas an ID cealla sruthadh air an sgrion agus na mothachairean air an sgrùdadh ann an uaine, tagh An ath-
Falamhaich an reagent container
RABHADH: Anns an t-seata ath-bheachdan seo tha ceimigean a dh’ fhaodadh a bhith cunnartach. Cleachd uidheamachd dìon iomchaidh agus cuir air falbh ath-bheachdan cleachdte a rèir inbhean iomchaidh. Airson tuilleadh fiosrachaidh, thoir sùil air an Illumina NextSeq 550 System Guide.
- Fosgail doras an roinn bufair, thoir air falbh an soitheach ath-bheachdan caithte bhon roinn as ìsle, agus cuir às don t-susbaint a rèir inbhean iomchaidh.
- Slaod an soitheach ath-ghnìomhach falamh air ais a-steach don roinn bufair as ìsle. Tha cliog a chluinnear a’ nochdadh gu bheil an soitheach air a shuidheachadh ceart.
Luchdaich a-nuas bufair cartridge
- Thoir air falbh a’ chairt bufair cleachdte bhon roinn bufair àrd agus cuir às don t-susbaint a rèir inbhean iomchaidh.
- Sleamhnachadh cairt bufair ùr a-steach don roinn bufair àrd. Tha cliog a chluinnear a’ nochdadh gu bheil a’ chairt air a shuidheachadh ceart. Dèan cinnteach gu bheil ID a’ chairt bufair a’ nochdadh air an sgrion agus gu bheil na mothachairean air an sgrùdadh ann an uaine.
- Dùin doras an roinn bufair agus tagh Next.
Luchdaich a-nuas reagent cartridge
- Fosgail doras roinn an ath-ghnìomhaiche, thoir air falbh a’ chairt ath-ghnìomhach a chaidh a chleachdadh, agus cuir às don t-susbaint nach deach a chleachdadh a rèir inbhean iomchaidh. Faodar an loch tasgaidh aig suidheachadh 6 a thoirt air falbh gus faighinn cuidhteas sàbhailte.
- Cuir ròn an loch tasgaidh #10 air a bheil an t-ainm "Luchd-leabharlann an seo" le tip pìoba glan 1 ml.
- Luchdaich 1.3 mL Leabharlann Olink bhon Seq Tube a-steach don loch tasgaidh # 10 leis an ainm “Luchdaich Leabharlann an seo”.
- Sleamhnachadh a’ chairt ath-ghnìomhach ùr a-steach don roinn ath-ghnìomhach agus dùin doras roinn an ath-ghnìomhach.
- Tagh Luchdaich agus fuirich airson ~ 30 diog gus an nochd ID cartridge an ath-ghnìomhach air an sgrion agus na mothachairean air an sgrùdadh ann an uaine.
- Bhon liosta tuiteam-sìos Recipe, tagh an roghainn reasabaidh [Custom] “Olink_NSQ550_HighOutput_V1”.
- Tagh Air adhart.
Tòisich ruith sreathach
- Dearbhaich na paramadairean ruith a tha air an taisbeanadh air an Review sgrion. Gus paramadairean sam bith a dheasachadh, brùth air ais gus tilleadh chun sgrion Run Setup.
- Tagh Air adhart. Bidh an ruith a’ tòiseachadh às deidh sgrùdadh ro-ruith fèin-ghluasadach. Tha an ùine ruith sreathachaidh timcheall air 7h30 min.
- Glan an raon obrach.
NOTA: Nuair a bhios an ruith sreathach deiseil, bidh am bathar-bog a’ tòiseachadh nighe fèin-ghluasadach às deidh ruith a’ cleachdadh na fuasglaidhean nighe a tha air an toirt seachad anns a’ chairt bufair agus an NaOCl a tha air a sholarachadh anns a’ chairt ath-ghnìomhach. Bheir an nighe seo timcheall air 90 mionaid. Bidh am putan Dachaigh gnìomhach aon uair ‘s gu bheil an nighe deiseil. Faodar cartridan cleachdte agus cealla sruthadh fhàgail nan àite gus an ath ruith.
Sùil a chumail air adhartas ruith
Bidh Olink a’ cleachdadh NGS mar leughadh a-mach gus tomhas de shreath aithnichte gus tuairmse a dhèanamh air dùmhlachd pròtain ainmichte ann an s.amples (an coimeas ri feadhainn eile samples). Tha càileachd dàta bho gach ruith seicheamh Explore air a dhearbhadh sa mhòr-chuid le paramadairean QC a tha sònraichte do theicneòlas Olink. Mar sin, chan eil na tomhasan smachd càileachd àbhaisteach a thathas a’ cleachdadh ann an NGS àbhaisteach, leithid sgòr Q, cho deatamach.
Eachdraidh ath-sgrùdaidhean
| Tionndadh | Ceann-latha | Tuairisgeul |
| 1.1 | 2021-12-13 | Atharrachaidhean deasachaidh |
| 1.0 | 2021-12-01 | Ùr |
www.olink.com
Airson Rannsachadh a-mhàin. Chan ann airson a chleachdadh ann am modhan dearbhaidh.
Tha an toradh seo a’ toirt a-steach cead airson cleachdadh neo-mhalairteach de thoraidhean Olink. Is dòcha gu feum luchd-cleachdaidh malairteach ceadan a bharrachd. Feuch an cuir thu fios gu Olink
Fiosrachadh mun chompanaidh Proteomics AB, earrannan iomlaid Proteomics AB (publ) an-diugh. Chan eil barantas sam bith ann, air a chuir an cèill no air a thuigsinn, a tha a’ leudachadh nas fhaide na an tuairisgeul seo. Chan eil Olink Proteomics AB cunntachail airson milleadh seilbh, dochann pearsanta, no call eaconamach a dh’ adhbhraich an toradh seo.
Is ann le Olink Proteomics AB a tha an comharra-malairt a leanas: Olink®.
Tha an toradh seo air a chòmhdach le grunn phaitinnean agus tagraidhean peutant a tha rim faighinn aig https://www.olink.com/patents/.
© Dlighe-sgrìobhaidh 2021 Olink Proteomics AB. Is ann leis an luchd-seilbh aca a tha a h-uile comharra-malairt treas-phàrtaidh. Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B, SE-752 37 Uppsala, An t-Suain
1192, v1.1, 2021-12-13
Sgrìobhainnean/Goireasan
 |
Olink Explore Sequencing a’ cleachdadh NextSeq 550 [pdfLeabhar-làimhe an neach-cleachdaidh Rannsaich Sequencing a’ cleachdadh NextSeq 550, Rannsaich Seicheamhachadh, a’ cleachdadh NextSeq 550, NextSeq 550 |
