Olink NextSeq 550 Pag-usisa sa Pagsunod-sunod nga Manwal sa Gumagamit

Ang Olink® Explore usa ka multiplex immunoassay nga plataporma alang sa pagdiskobre sa biomarker sa protina sa tawo. Ang produkto gituyo alang lamang sa Paggamit sa Pagpanukiduki, ug dili alang sa paggamit sa mga pamaagi sa pagdayagnos. Ang buluhaton sa laboratoryo pagadumalaon lamang sa mga nabansay nga kawani sa laboratoryo. Ang pagproseso sa datos himoon lamang sa nabansay nga mga kawani. Ang mga resulta gituyo nga gamiton sa mga tigdukiduki inubanan sa uban pang mga klinikal o laboratoryo nga mga nahibal-an.

Mahitungod niini nga manwal

Kini nga Manwal sa Gumagamit naghatag sa mga instruksyon nga gikinahanglan aron masunod-sunod ang Olink® Explore Libraries sa Illumina® NextSeq™ 550. Ang mga instruksyon kinahanglang estrikto ug klarong sundon. Ang bisan unsang mga pagtipas sa tibuuk nga mga lakang sa laboratoryo mahimong moresulta sa pagkadaot sa datos. Sa dili pa magsugod ang laboratory workflow, konsultaha ang Olink® Explore Overview Manwal sa Gumagamit alang sa usa ka pasiuna sa plataporma, lakip ang kasayuran bahin sa mga reagents, kagamitan ug dokumentasyon nga gikinahanglan, usa ka katapusanview sa dagan sa trabaho, ingon man mga panudlo sa laboratoryo. Para sa mga instruksyon kon unsaon pagpadagan ang Olink® Explore Reagent Kits, tan-awa ang magamit nga Olink® Explore User Manual. Para sa pagproseso sa datos ug pagtuki sa mga resulta sa han-ay sa Olink® Explore, tan-awa ang Olink® NPX Explore User Manual. Ang tanan nga mga marka sa pamatigayon ug mga copyright nga naa sa kini nga materyal mao ang kabtangan sa Olink® Proteomics AB, gawas kung gipahayag.

Teknikal nga suporta

Alang sa teknikal nga suporta, kontaka ang Olink Proteomics sa support@olink.com.

Mga panudlo sa laboratoryo

Kini nga kapitulo naghatag ug instruksyon kon unsaon pag-sunod-sunod ang Olink Libraries sa NextSeq™ 550 gamit ang NextSeq™ 500/550 High Output Kit v2.5 (75 Cycles). Ang protocol nga gigamit alang sa sequencing usa ka adaptation sa Illumina® standard NGS workflow para sa Illumina® NextSeq™ 550. Sa dili pa mopadayon sa sequencing, siguroha nga ang kalidad sa giputli nga Library napamatud-an na. Tan-awa ang magamit nga Olink Explore User Manual alang sa mga panudlo bahin sa pagkontrol sa kalidad.

Planoha ang sequencing run

Ang usa ka Olink Library mahimong masunod-sunod kada NextSeq™ 550 High Output flow cell ug kada run. Ang gidaghanon sa High Output flow cells ug run nga gikinahanglan aron masunod-sunod ang lain-laing Olink Explore Reagent Kits gihulagway sa Table 1. Kung labaw pa sa usa ka run ang gikinahanglan, balika ang mga instruksyon nga gihulagway niini nga manwal.

Talaan 1. Sequencing run nga pagplano

Olink® Explore Reagent Kit	Gidaghanon sa Olink Libraries	Gidaghanon sa flow cell(s) ug run(s)
Olink® Pag-usisa sa 384 Reagent Kit	1	1
Olink® Explore 4 x 384 Reagent Kit	4	4
Olink® Pag-usisa sa 1536 Reagent Kit	4	4
Olink® Explore Expansion Reagent Kit	4	4
Olink® Pag-usisa sa 3072 Reagent Kit	8	8

I-install ang custom nga resipe sa Olink®

Atol niini nga lakang, ang Olink® custom nga resipe gi-install sa NextSeq™ 550. Kini nga lakang kinahanglan lang nga himuon kausa, sa dili pa ang usa ka Olink sequencing run himuon sa unang higayon.

NOTA: Ang custom nga resipe sa Olink magamit lamang sa NextSeq™ 500/550 High Output Kits ug ang NextSeq™ Control Software 4.0.

Unzip ug ibutang ang Olink custom recipe Olink_NSQ550_HighOutput_V1 sa mosunod nga folder sa NextSeq™ 550 instrument: C:\Program Files\Illumina\NextSeq Control Software\Recipe\Custom\High\.
Ubos sa System Customization > Manage Instrument, i-enable ang Custom Recipes. Kung dili mapili, ang kapilian sa naandan nga resipe dili makita sa panahon sa pag-setup sa run.

NOTA

Sa bersyon sa software sa NCS 4.0, ang kapilian sa pagpili sa usa ka naandan nga resipe mahitabo lamang human makarga ang reagent cartridge, dili sa naunang panid sa pag-setup.

Ang dagan kinahanglang itakda sa manual mode aron tugotan ang custom nga mga resipe.

Pag-andam sa sequencing reagents

Atol niini nga lakang, ang reagent cartridge nga adunay clustering ug sequencing reagents natunaw ug ang flow cell giandam.

Pag-andam sa reagent cartridge

WARNING: Ang reagent cartridge adunay mga makadaot nga kemikal. Pagsul-ob og igo nga kagamitan sa pagpanalipod ug isalikway ang gigamit nga mga reagents subay sa magamit nga mga sumbanan. Para sa dugang nga impormasyon, tan-awa ang Illumina NextSeq 550 System Guide (dokumento #15069765).

Pag-andam sa bangko

1x NextSeq™ 500/550 High Output Reagent Cartridge v2 (75 nga mga siklo).

Mga instruksyon

Ibutang ang frozen nga reagent cartridge nga katunga nga nalubog sa tempered nga tubig sa kwarto ug pasagdi kini nga matunaw sulod sa 1 ka oras. Siguroha nga ang tanang reagent reservoir sa mga cartridge hingpit nga natunaw.
- NOTA: Alang sa kasayon, tunawon ang cartridge sa miaging adlaw ug tipigi kini sa tibuok gabii sa 4 °C. Niini nga temperatura, ang mga reagents lig-on hangtod sa usa ka semana.
Pauga pag-ayo ang base sa karton gamit ang tualya sa papel ug patya ang mga foil seal nga uga gamit ang lint-free tissue kung gikinahanglan.
Balita ang cartridge sa napulo ka beses aron hingpit nga isagol ang natunaw nga mga reagents sa sulod.
I-tap ang cartridge nga hinay sa bangko aron makuha ang mga bula sa hangin. Itago ang cartridge sa temperatura sa kwarto kung kini gamiton sa sulod sa 4 ka oras.

Pag-andam sa flow cell

Pag-andam sa bangko

1x NextSeq™ 500/550 High Output Flow Cell v2.5.

Mga instruksyon

Dad-a ang refrigerated flow cell sa temperatura sa kwarto sulod sa 30 minutos.
Pagsul-ob og bag-ong powder free gloves (aron dili mahugawan ang bildo nga nawong sa flow cell).
Kung andam na nga ikarga ang flow cell sa instrumento, kuhaa ang flow cell gikan sa pakete ug ang plastic clamshell.
Susiha ang flow cell. Kung ang particulate o abog makita sa bisan asa sa bildo ibabaw, limpyohi ang magamit nga nawong gamit ang lint-free isopropyl alcohol nga pagpahid ug tuyoa kini gamit ang low-lint lab tissue.

Pag-andam sa Olink® Library alang sa pagkasunodsunod

Atol niini nga lakang, NaOH ug Tris-HCl dilutions giandam, ug ang giputli ug kalidad nga kontrolado Olink Library lasaw ug denatured sa sunod-sunod nga mga lakang.

Pag-andam sa NaOH dilution

Ang NaOH dilution gigamit sa denature sa mga Librarya.

Pag-andam sa bangko

1 N NaOH stock
MilliQ nga tubig
1x Microcentrifuge nga tubo (1.5 mL)

Manwal nga pipette (10–100 μL)
Mga tip sa pagsala sa pipette

Sa dili ka pa magsugod

Markahi ang microcentrifuge tube nga "0.2 N NaOH".

Mga instruksyon

Pag-andam og 0.2 N NaOH dilution sa 0.2 N NaOH Tube sumala sa Table 2.
I-vortex ang 0.2 N NaOH Tube nga hingpit ug ituyok. Gamita sulod sa 12 ka oras.

Talaan 2. 0.2 N NaOH dilution

Reagent	Volume (μL)
MilliQ nga tubig	80
1 N NaOH stock	20

Pag-andam sa Tris-HCl dilution

Ang Tris-HCl dilution gigamit sa pag-neutralize sa denaturated Library.

Pag-andam sa bangko

1 M Tris-HCl pH 7.0 stock (Trizma® hydrochloride solution)
MilliQ nga tubig

1x Microcentrifuge nga tubo (1.5 mL)
Manwal nga pipette (10–100 μL)
Mga tip sa pagsala sa pipette

Sa dili ka pa magsugod

Markahi ang microcentrifuge tube nga "Tris-HCl"

Mga instruksyon

Pag-andam ug 200 mM Tris-HCl dilution sa Tris-HCl Tube sumala sa Table 3.
I-vortex pag-ayo ang Tris-HCl Tube ug ituyok kini.

Talaan 3. 200 mM Tris-HCl dilution

Reagent	Volume (μL)
MilliQ nga tubig	80
1M Tris-HCl pH 7.0 stock (Trizma® hydrochloride solution)	20

Dilute ang Olink® Libraries

Atol niini nga lakang, ang giputli ug kalidad nga kontrolado Olink Library lasaw 1:33.

Pag-andam sa bangko

Lib Tube, giandam sumala sa magamit nga Olink Explore User Manual

MilliQ nga tubig
1x Microcentrifuge nga tubo (1.5 mL)
Manwal nga mga pipette (0.5–10 ug 100–1000 μL)

Mga tip sa pagsala sa pipette

Sa dili ka pa magsugod

Lutoa ang Lib Tube kung nagyelo.

Markahi ang bag-ong microcentrifuge tube: "Dil".

Mga instruksyon

Idugang ang 96 μL nga MilliQ nga tubig sa Dil Tube.

I-Vortex ang Lib Tube ug ituyok kini kadiyot.
Ibalhin ang 3 μL gikan sa Lib Tube ngadto sa Dil Tube.
I-Vortex ang Dil Tube ug ituyok kini sa makadiyot.

NOTA: Itago ang (mga) Lib Tube sa -20 °C kung adunay (mga) potensyal nga pagpadagan.

Denature ug dilute ang Olink® Library ngadto sa katapusang loading concentration

Atol niini nga lakang, ang lasaw nga Olink Library gi-denatured ug dugang nga lasaw ngadto sa katapusang loading concentration.

Pag-andam sa bangko

Dil Tube, giandam sa miaging lakang
0.2 N NaOH dilution, bag-o nga giandam sa miaging lakang
200 mM Tris-HCl (pH 7.0) dilution, giandam sa miaging lakang

Hybridization buffer 1 (HT1) nga gilakip sa NextSeq™ Accessory Box v2
2x Microcentrifuge tubes (1.5 mL ug 2 mL)
Manwal nga mga pipette (0.5–10 ug 100–1000 μL)

Mga tip sa pagsala sa pipette

Sa dili ka pa magsugod

Lutoa ang frozen HT1 buffer sa temperatura sa lawak. Tipigi ang +4 °C hangtod magamit.

Markahi ang bag-ong 1.5 mL nga microcentrifuge nga tubo: “Den” (para sa denaturated Library).
Markahi ang bag-ong 2 mL microcentrifuge tube: "Seq" (para sa andam na sa pagkarga sa Library).

Mga instruksyon

Ibalhin ang 5 μL gikan sa Dil Tube ngadto sa Den Tube.
Idugang ang 5 μL sa 0.2 N NaOH sa Den Tube.
I-Vortex ang Den Tube ug ituyok kini kadiyot.

I-incubate ang Den Tube sulod sa 5 minutos sa temperatura sa lawak aron ma-denatur ang Library.
Idugang ang 5 μL sa 200 mM Tris-HCl (pH 7.0) sa Den Tube aron ma-neutralize ang reaksyon.
I-Vortex ang Den Tube ug ituyok kini kadiyot.

Idugang ang 985 μL nga prechilled HT1 sa Den Tube.
I-Vortex ang Den Tube ug ituyok kini kadiyot. Ang tubo mahimong tipigan sa +4 °C hangtod magamit (sa samang adlaw).
Ibalhin ang 205 μL gikan sa Den Tube ngadto sa Seq Tube.

Idugang ang 1095 μL nga prechilled HT1 sa Seq Tube.
Balita ang Seq Tube aron sagolon ang mga reagents ug ituyok kini sa makadiyot. Ang katapusan nga loading volume mao ang 1.3 mL.
Diha-diha dayon ipadayon ang 2.5 Ipahigayon ang Olink® sequencing run.

Buhata ang Olink® sequencing run

Atol niini nga lakang, ang buffer cartridge, ang flow cell ug ang giandam nga reagent cartridge nga adunay sulod nga Olink Library gikarga sa NextSeq 550, ug ang sequencing run gisugdan gamit ang Olink custom recipe.

Pag-andam sa bangko

Seq Tube (nga adunay andam nga i-load ang Library), giandam sa miaging lakang

1x NextSeq™ 500/550 High Output Reagent Cartridge v2, giandam sa miaging lakang
1x NextSeq™ 500/550 High Output Flow Cell v2.5, giandam sa miaging lakang
1x NextSeq™ 500/550 Buffer Cartridge v2 (75 cycles), sa temperatura sa kwarto

I-set up ang sequencing run parameters

Atol niini nga lakang, ang sequencing run parameters gipili sa NextSeq™ 550.

Sa NextSeq™ 550 Home screen, pilia ang Eksperimento.

Sa Select Assay screen, pilia ang Sequence.
Diha sa Run Setup page, pilia ang Manual run mode ug unya Sunod.
I-set up ang run parameters sama sa mosunod:
- Sa Run Name field, pagsulod ug talagsaon nga experiment ID.
- Sa natad sa Library ID, isulod ang ID sa Library nga imong gipadagan (opsyonal).
- Diha sa Read Type field, pilia ang Single Read option.
- Pagsulod sa gidaghanon sa mga siklo sama sa mosunod:
  - Basaha ang 1: 24
  - Index 1: 0
  - Index 2: 0
  - Basaha ang 2: 0
  - IMPORTANTE: Importante nga ang Read 1 mabutang sa 24, kung dili ang tibuok run mapakyas.
- Hupti nga wala mapili ang checkbox para sa custom nga mga primer.
- Itakda ang lokasyon sa folder sa output alang sa kasamtangan nga run raw data. Pilia ang Browse aron usbon ang lokasyon sa folder sa output.
Ayaw pagbutang ug Sample Sheet.

Pilia ang Purge consumables para niini nga run.
Pilia ang Sunod.

I-load ang flow cell sa NextSeq™ 550

Kuhaa ang gigamit nga flow cell gikan sa miaging run.
Ibutang ang bag-ong giandam nga flow cell sa stage.
Pilia ang Load. Awtomatikong sirado ang pultahan.

Kung ang flow cell ID makita sa screen ug ang mga sensor gisusi sa berde, pilia ang Next.

Haw-i ang sudlanan sa reagent

WARNING: Kini nga hugpong sa mga reagents adunay mga peligroso nga kemikal. Pagsul-ob og igo nga kagamitan sa pagpanalipod ug isalikway ang gigamit nga mga reagents subay sa magamit nga mga sumbanan. Para sa dugang nga impormasyon, tan-awa ang Illumina NextSeq 550 System Guide.

Ablihi ang pultahan sa buffer compartment, kuhaa ang nagasto nga reagents nga sudlanan gikan sa ubos nga compartment, ug ilabay ang sulod sumala sa angay nga mga sumbanan.

I-slide ang walay sulod nga reagent nga sudlanan balik ngadto sa ubos nga buffer compartment. Ang usa ka madungog nga pag-klik nagpakita nga ang sudlanan husto nga gibutang.

I-load ang buffer cartridge

Kuhaa ang gigamit nga buffer cartridge gikan sa ibabaw nga buffer compartment ug ilabay ang sulod sumala sa magamit nga mga sumbanan.

I-slide ang bag-ong buffer cartridge ngadto sa ibabaw nga buffer compartment. Ang usa ka madungog nga pag-klik nagpakita nga ang cartridge husto nga gibutang. Siguruha nga ang buffer cartridge ID makita sa screen ug ang mga sensor gisusi nga berde.
Isira ang pultahan sa buffer compartment ug pilia ang Next.

I-load ang reagent cartridge

Ablihi ang pultahan sa kompartamento sa reagent, kuhaa ang gigamit nga cartridge sa reagent, ug ilabay ang wala magamit nga sulud sumala sa magamit nga mga sumbanan. Ang reservoir sa posisyon 6 matangtang aron mapadali ang luwas nga paglabay.
Tusok ang selyo sa reservoir #10 nga gimarkahan nga "Load Library Here" nga adunay limpyo nga 1 mL pipette tip.
I-load ang 1.3 mL nga Olink Library gikan sa Seq Tube ngadto sa reservoir #10 nga gimarkahan nga "Load Library Dinhi".
I-slide ang bag-ong reagent cartridge ngadto sa reagent compartment ug isira ang pultahan sa reagent compartment.
Pilia ang Pag-load ug paghulat sa ~ 30 segundos hangtod ang reagent cartridge ID makita sa screen ug ang mga sensor masusi sa berde.
Gikan sa Recipe drop-down list, pilia ang [Custom] “Olink_NSQ550_HighOutput_V1” nga opsyon sa resipe.
- IMPORTANTE: Siguruha nga ang naandan nga resipe na-install kaniadto sa instrumento. Tan-awa ang 2.2 I-install ang Olink® custom nga resipe.
Pilia ang Sunod.

Pagsugod sa sequencing run

Kumpirma ang run nga mga parameter nga gipakita sa Review screen. Aron ma-edit ang bisan unsang mga parameter, pindota ang Balik aron makabalik sa screen sa Run Setup.
Pilia ang Sunod. Ang dagan magsugod human sa usa ka awtomatik nga pre-run check. Ang sequencing run nga oras mga 7h30 min.
IMPORTANTE: Siguruha nga ang pagdagan magsugod kung ang awtomatik nga pre-run nga pagsusi nahuman na (~5 minuto).
1. NOTAPara sa bisan unsa nga pre-run check failures, tan-awa ang mga instruksyon sa tiggama.
2. NOTA: Pag-amping nga dili mabangga o kung dili makadisturbo sa NextSeq™ 550 sa panahon sa sequencing run. Ang instrumento sensitibo sa mga vibrations.
Limpyohi ang lugar sa trabahoan.
1. NOTA: Kung nahuman na ang sequencing run, ang software magsugod sa usa ka awtomatik nga post-run wash gamit ang wash solutions nga gihatag sa buffer cartridge ug ang NaOCl nga gihatag sa reagent cartridge. Kini nga paghugas mokabat ug mga 90 ka minuto. Ang buton sa Home mahimong aktibo kung mahuman ang paghugas. Ang gigamit nga mga cartridge ug flow cell mahimong ibilin sa lugar hangtod sa sunod nga pagdagan.

Pag-monitor sa pag-uswag sa dagan

Ang Olink naggamit sa NGS isip readout aron ma-ihap ang gidaghanon sa usa ka nahibal-an nga han-ay aron mabanabana ang konsentrasyon sa usa ka gihatag nga protina sa samples (relasyon sa ubang mga samples). Ang kalidad sa datos gikan sa matag Explore sequencing run kasagarang gitino sa mga parameter sa QC nga talagsaon sa teknolohiya sa Olink. Busa, ang standard quality control metrics nga gigamit sa conventional NGS, sama sa Q-score, dili kaayo kritikal.

Kasaysayan sa rebisyon

Bersyon	Petsa	Deskripsyon
1.2	2022-11-01	1.2 Gipulihan ang Olink® Mydata sa Olink® NPX Explore. 2.4 Gidugang 0.2 N sa Sa wala ka pa magsugod.
1.1	2021-12-13	Mga pagbag-o sa editoryal
1.0	2021-12-01	Bag-o

www.olink.com

Alang lamang sa Paggamit sa Panukiduki. Dili para sa Paggamit sa Diagnostic Procedures.

Kini nga produkto naglakip sa lisensya alang sa dili-komersyal nga paggamit sa mga produkto sa Olink. Ang mga komersyal nga tiggamit mahimong magkinahanglan dugang nga mga lisensya. Palihog kontaka ang Olink Proteomics AB para sa mga detalye. Wala’y mga garantiya, gipahayag o gipasabut, nga labaw pa sa kini nga paghulagway. Ang Olink Proteomics AB dili manubag sa kadaot sa kabtangan, personal nga kadaot, o pagkawala sa ekonomiya tungod niini nga produkto. Ang mosunod nga marka sa pamatigayon gipanag-iya sa Olink Proteomics AB: Olink®. Kini nga produkto nasakup sa daghang mga patente ug mga aplikasyon sa patent nga magamit sa https://www.olink.com/patents/.

© Copyright 2021 Olink Proteomics AB. Ang tanan nga mga trademark sa ikatulo nga partido mao ang kabtangan sa ilang tagsa-tagsa nga mga tag-iya.
Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Uppsala, Sweden
1192, v1.2, 2022-11-01

Mga Dokumento / Mga Kapanguhaan

Olink NextSeq 550 Pag-usisa sa Pagsunodsunod [pdf] Manwal sa Gumagamit
NextSeq 550 Pag-usisa sa Pagsunod-sunod, Sunod ngaSeq 550, Pag-usisa sa Pagsunodsunod, Pagsunod-sunod

Mga pakisayran

Manwal sa Gumagamit

Olink NextSeq 550 Pag-usisa sa Pagsunodsunod

Pahinumdom sa dokumento

Pasiuna

Mga panudlo sa laboratoryo

Pag-andam sa reagent cartridge

Pag-andam sa flow cell

Sa dili ka pa magsugod

Dilute ang Olink® Libraries

Denature ug dilute ang Olink® Library ngadto sa katapusang loading concentration

Buhata ang Olink® sequencing run

Haw-i ang sudlanan sa reagent

Kasaysayan sa rebisyon

Mga Dokumento / Mga Kapanguhaan

Mga pakisayran

Pagbilin ug komento

Cancel reply