Olink NextSeq 550 istifadə edərək ardıcıllığı araşdırın
Giriş
Nəzərdə tutulan istifadə
Olink® Explore insan zülalının biomarkerinin kəşfi üçün multipleks immunoassay platformasıdır. Məhsul diaqnostik prosedurlarda istifadə üçün deyil, Yalnız Tədqiqat İstifadəsi üçün nəzərdə tutulub. Laboratoriya işləri yalnız təlim keçmiş laboratoriya işçiləri tərəfindən aparılmalıdır. Məlumatların işlənməsi yalnız təlim keçmiş işçilər tərəfindən həyata keçirilməlidir. Nəticələrin tədqiqatçılar tərəfindən digər klinik və ya laboratoriya tapıntıları ilə birlikdə istifadə edilməsi nəzərdə tutulur.
Bu təlimat haqqında
Bu İstifadəçi Təlimatı Illumina® NextSeq™ 550-də Olink® Explore Libraries-in ardıcıllığı üçün lazım olan təlimatları təqdim edir. Təlimatlara ciddi və açıq şəkildə əməl edilməlidir. Laboratoriya addımları boyunca hər hansı sapma məlumatların pozulmasına səbəb ola bilər. Laboratoriya iş prosesinə başlamazdan əvvəl Olink® Explore Over ilə məsləhətləşinview Reagentlər, avadanlıq və tələb olunan sənədlər haqqında məlumat daxil olmaqla platformaya giriş üçün İstifadəçi Təlimatı,view iş prosesi, eləcə də laboratoriya təlimatları. Olink® Explore Reagent Dəstlərini necə işə salmaq barədə təlimatlar üçün müvafiq Olink® Explore İstifadəçi Təlimatına baxın. Məlumatların işlənməsi və Olink® Explore ardıcıllığının nəticələrinin təhlili üçün Olink® MyData Cloud İstifadəçi Təlimatına baxın. Bu materialda olan bütün ticarət nişanları və müəllif hüquqları, başqa cür göstərilmədiyi təqdirdə, Olink® Proteomics AB-nin mülkiyyətidir.
Texniki dəstək
Texniki dəstək üçün Olink Proteomics ilə əlaqə saxlayın support@link.com.
Laboratoriya təlimatları
Bu fəsil NextSeq™ 550/500 Yüksək Çıxış Dəsti v550 (2.5 Dövr) istifadə edərək NextSeq™ 75-də Olink Kitabxanalarının ardıcıllığına dair təlimatları təqdim edir. Ardıcıllıq üçün istifadə olunan protokol Illumina® NextSeq™ 550 üçün Illumina® standart NGS iş axınının uyğunlaşdırılmasıdır. Ardıcıllığa keçməzdən əvvəl təmizlənmiş Kitabxananın keyfiyyətinin yoxlanıldığından əmin olun. Keyfiyyətə nəzarət haqqında təlimatlar üçün müvafiq Olink Explore İstifadəçi Təlimatına baxın.
Ardıcıllığı planlaşdırın
Bir Olink Kitabxanası NextSeq™ 550 Yüksək Çıxış axını hüceyrəsi və hər qaçış üçün ardıcıllıqla sıralana bilər. Müxtəlif Olink Explore Reagent Dəstlərinin ardıcıllığı üçün tələb olunan Yüksək Çıxış axını hüceyrələrinin və qaçışların sayı Cədvəl 1-də təsvir edilmişdir. Əgər birdən çox qaçış tələb olunursa, bu təlimatda təsvir olunan təlimatları təkrarlayın.
Cədvəl 1. Ardıcıllıq üzrə işin planlaşdırılması:
| Olink® Explore Reagent Kit | Olink Kitabxanalarının sayı | Axın xana(lar)ı və hərəkət(lər)in sayı |
| Olink® Explore 384 Reagent Dəsti | 1 | 1 |
| Olink® Explore 4 x 384 reagent dəsti | 4 | 4 |
| Olink® Explore 1536 Reagent Dəsti | 4 | 4 |
| Olink® Explore Genişləndirici Reagent Dəsti | 4 | 4 |
| Olink® Explore 3072 Reagent Dəsti | 8 | 8 |
Olink® xüsusi reseptini quraşdırın
Bu addım zamanı Olink® xüsusi resepti NextSeq™ 550-də quraşdırılır. Bu addım Olink ardıcıllığı ilk dəfə yerinə yetirilməzdən əvvəl yalnız bir dəfə yerinə yetirilməlidir.
QEYD: Olink xüsusi resepti yalnız NextSeq™ 500/550 Yüksək Çıxış Dəstləri və NextSeq™ Nəzarət Proqramı 4.0 ilə işləyəcək.
- Olink xüsusi reseptini açın və NextSeq™ 550 alətinin aşağıdakı qovluğuna Olink_NSQ1_HighOutput_V550 yerləşdirin: C:\Program Files\Illumina\NextSeq Control Software\Recipe\Custom\High\.
- Sistem Fərdiləşdirmə > Aləti İdarəetmə altında Fərdi Tərifləri aktivləşdirin. Seçilməsə, fərdi resept seçimi icra quraşdırma zamanı görünməyəcək.
QEYD: NCS 4.0 proqram versiyasında fərdi resept seçmək seçimi əvvəlki quraşdırma səhifəsində deyil, yalnız reagent kartuşu yükləndikdən sonra baş verəcək.
QEYD: Fərdi reseptlərə icazə vermək üçün qaçış əl rejimində qurulmalıdır.
Sıralama reagentlərini hazırlayın
Bu addım zamanı qruplaşma və ardıcıllıq reagentləri olan reagent patronu əridilir və axın hüceyrəsi hazırlanır.
Reagent kartuşunu hazırlayın
XƏBƏRDARLIQ: Reagent kartuşunda potensial təhlükəli kimyəvi maddələr var. Müvafiq qoruyucu vasitələrdən istifadə edin və istifadə olunan reagentləri müvafiq standartlara uyğun olaraq atın. Əlavə məlumat üçün Illumina NextSeq 550 Sistem Təlimatına baxın (sənəd #15069765).
Dəzgah hazırlayın
- 1x NextSeq™ 500/550 Yüksək Çıxış Reagent Kartuşu v2 (75 dövr).
Təlimatlar
- Dondurulmuş reagent kartricini otaq istilənmiş suya yarı batmış vəziyyətdə qoyun və 1 saat əriməsinə icazə verin. Kartriclərin bütün reagent rezervuarlarının tamamilə əridildiyinə əmin olun.
QEYD: Rahatlıq üçün kartuşu bir gün əvvəl əridin və gecə 4 °C temperaturda saxlayın. Bu temperaturda reagentlər bir həftəyə qədər dayanıqlıdır. - Kartricin əsasını kağız dəsmal ilə yaxşıca qurutun və lazım olduqda folqa möhürlərini tüysüz salfetlə qurutun.
- İçindəki ərimiş reagentləri yaxşıca qarışdırmaq üçün kartuşu on dəfə çevirin.
- Hava qabarcıqlarını çıxarmaq üçün kartuşu skamyaya yumşaq bir şəkildə vurun. 4 saat ərzində istifadə ediləcəksə, kartuşu otaq temperaturunda saxlayın.
Axın hüceyrəsini hazırlayın
Dəzgah hazırlayın
- 1x NextSeq™ 500/550 Yüksək Çıxışlı Axın Hüceyrəsi v2.5.
Təlimatlar
- Soyudulmuş axın hüceyrəsini 30 dəqiqə otaq temperaturuna gətirin.
- Yeni tozsuz əlcəklər geyin (axın hüceyrəsinin şüşə səthini çirkləndirməmək üçün).
- Axın hüceyrəsini alətə yükləməyə hazır olduqda, axın hüceyrəsini paketdən və plastik qapaqdan çıxarın.
- Akış hüceyrəsini yoxlayın. Şüşə səthlərdən hər hansı birində hissəcik və ya toz görünürsə, tətbiq olunan səthi tüysüz izopropil spirti salfetlə təmizləyin və az tüylü laboratoriya salfeti ilə qurudun.
Olink® Kitabxanasını ardıcıllıq üçün hazırlayın
Bu addım zamanı NaOH və Tris-HCl seyreltmələri hazırlanır və təmizlənmiş və keyfiyyətə nəzarət edilən Olink Kitabxanası ardıcıl addımlarla seyreltilir və denatürasiya edilir.
NaOH seyreltmə hazırlayın
NaOH seyreltməsi Kitabxanaları denatürasiya etmək üçün istifadə olunur.
Dəzgah hazırlayın
- 1 N NaOH ehtiyatı
- MilliQ su
- 1x Mikrosentrifuqa borusu (1.5 mL)
- Manual pipet (10-100 μL)
- Pipet uclarını süzün
Başlamazdan əvvəl
Mikrosentrifuqa borusunu “NaOH” qeyd edin.
Təlimatlar
- Cədvəl 0.2-ə uyğun olaraq NaOH borusunda 2 N NaOH seyreltməsi hazırlayın.
- NaOH borusunu yaxşıca burulğan edin və aşağı çevirin. 12 saat ərzində istifadə edin.
Cədvəl 2. 0.2 N NaOH qatılaşdırılması
| Reagent | Həcm (μL) |
| MilliQ su | 80 |
| 1 N NaOH ehtiyatı | 20 |
2.4.2 Tris-HCl seyreltmə hazırlayın
Tris-HCl seyreltməsi denatürasiya edilmiş Kitabxananı zərərsizləşdirmək üçün istifadə olunur.
Dəzgah hazırlayın
- 1 M Tris-HCl pH 7.0 ehtiyatı (Trizma® hidroxlorid məhlulu)
- MilliQ su
- 1x Mikrosentrifuqa borusu (1.5 mL)
- Manual pipet (10-100 μL)
- Pipet uclarını süzün
Başlamazdan əvvəl
- "Tris-HCl" mikrosentrifuqa borusunu qeyd edin
Təlimatlar
- Cədvəl 200-ə uyğun olaraq Tris-HCl borusunda 3 mM Tris-HCl seyreltmə hazırlayın.
- Tris-HCl borusunu yaxşıca burulğan edin və aşağı çevirin.
Cədvəl 3. 200 mM Tris-HCl seyreltməsi:
| Reagent | Həcm (μL) |
| MilliQ su | 80 |
| 1M Tris-HCl pH 7.0 ehtiyatı (Trizma® hidroxlorid məhlulu) | 20 |
Olink® Kitabxanalarını seyreltin
Bu addım zamanı təmizlənmiş və keyfiyyətə nəzarət edilən Olink Kitabxanası 1:33 nisbətində seyreltilir.
Dəzgah hazırlayın
- Tətbiq olunan Olink Explore İstifadəçi Təlimatına uyğun olaraq hazırlanmış Lib Tube
- MilliQ su
- 1x Mikrosentrifuqa borusu (1.5 mL)
- Manual pipetlər (0.5-10 və 100-1000 μL)
- Pipet uclarını süzün
Başlamazdan əvvəl
- Dondurulmuşsa Lib Borunu əridin.
- Yeni mikrosentrifuqa borusunu qeyd edin: “Dil”.
Təlimatlar
- Dil borusuna 96 μL MilliQ suyu əlavə edin.
- Lib borusunu burulğan edin və qısa müddətə aşağı çevirin.
- Lib borusundan Dil borusuna 3 μL köçürün.
- Dil borusunu burulğan edin və qısa müddətə aşağı çevirin
Denatürasiya edin və Olink® Kitabxanasını son yükləmə konsentrasiyasına qədər seyreltin
Bu addım zamanı seyreltilmiş Olink Kitabxanası denatürasiya edilir və son yükləmə konsentrasiyasına qədər seyreltilir.
Dəzgah hazırlayın
- Əvvəlki addımda hazırlanmış Dil Borusu
- Əvvəlki mərhələdə təzə hazırlanmış 0.2 N NaOH seyreltməsi
- 200 mM Tris-HCl (pH 7.0) seyreltmə, əvvəlki addımda hazırlanmışdır
- Hibridləşdirmə buferi 1 (HT1) NextSeq™ Aksesuar Qutusu v2-ə daxildir
- 2x Mikrosentrifuqa boruları (1.5 mL və 2 mL)
- Manual pipetlər (0.5-10 və 100-1000 μL)
- Pipet uclarını süzün
Başlamazdan əvvəl
- Dondurulmuş HT1 tamponunu otaq temperaturunda əridin. İstifadə olunana qədər +4 °C temperaturda saxlayın.
- Yeni 1.5 ml mikrosentrifuqa borusunu qeyd edin: “Den” (denaturasiya edilmiş Kitabxana üçün).
- Yeni 2 ml mikrosentrifuqa borusunu qeyd edin: “Seq” (Kitabxananı yükləməyə hazırdır).
Təlimatlar
- 5 μL-ni Dil Borudan Den Boruya köçürün.
- Den Boruya 5 μL 0.2 N NaOH əlavə edin.
- Delik borusunu burulğan edin və qısa müddətə aşağı çevirin.
- Kitabxananı denatürasiya etmək üçün Den Borusu otaq temperaturunda 5 dəqiqə inkubasiya edin.
- Reaksiyanı neytrallaşdırmaq üçün Den Boruya 5 μL 200 mM Tris-HCl (pH 7.0) əlavə edin.
- Delik borusunu burulğan edin və qısa müddətə aşağı çevirin.
- Den Boruya 985 μL əvvəlcədən soyudulmuş HT1 əlavə edin.
- Delik borusunu burulğan edin və qısa müddətə aşağı çevirin. Boru istifadə olunana qədər (eyni gün) +4 °C-də saxlanıla bilər.
- Den Borudan Seq Boruya 205 μL köçürün.
- Seq Tube-a 1095 μL əvvəlcədən soyudulmuş HT1 əlavə edin.
- Reagentləri qarışdırmaq və qısa müddətə aşağı çevirmək üçün Seq Tube-u çevirin. Son yükləmə həcmi 1.3 ml-dir.
- Dərhal 2.5 Olink® ardıcıllığını yerinə yetirməyə davam edin.
Olink® ardıcıllığı icra edin
Bu addım zamanı bufer patronu, axın hüceyrəsi və Olink Kitabxanasını ehtiva edən hazırlanmış reagent patronu NextSeq 550-yə yüklənir və Olink xüsusi reseptindən istifadə edərək ardıcıllıqla işləməyə başlanır.
Dəzgah hazırlayın
- Əvvəlki addımda hazırlanmış Seq Tube (Kitabxananı yükləməyə hazırdır).
- 1x NextSeq™ 500/550 Yüksək Çıxış Reagent Kartuşu v2, əvvəlki addımda hazırlanmışdır
- 1x NextSeq™ 500/550 Yüksək Çıxışlı Axın Hüceyrəsi v2.5, əvvəlki addımda hazırlanmışdır
- 1x NextSeq™ 500/550 Bufer Kartuşu v2 (75 dövr), otaq temperaturunda
Ardıcıllıqla işləmə parametrlərini qurun
Bu addım zamanı NextSeq™ 550-də ardıcıllıqla işləmə parametrləri seçilir.
- NextSeq™ 550 Əsas ekranında Təcrübə seçin.
- Select Assay ekranında Sequence seçin.
- Run Setup səhifəsində Manual run mode və sonra Next seçin.
- Çalıştırma parametrlərini aşağıdakı kimi qurun:
- Run Name sahəsində unikal sınaq ID-sini daxil edin.
- Kitabxana ID sahəsinə işlətdiyiniz Kitabxananın ID-sini daxil edin (istəyə görə).
- Oxuma növü sahəsində Tək oxu seçimini seçin.
- Dövrlərin sayını aşağıdakı kimi daxil edin:
- 1:24-ü oxuyun
- İndeks 1: 0
- İndeks 2: 0
- 2:0-ü oxuyun
- Fərdi primerlər üçün qeyd qutusunu seçilməmiş saxlayın.
- Cari işləyən xam data üçün çıxış qovluğunun yerini təyin edin. Çıxış qovluğunun yerini dəyişmək üçün Browse seçin.
- S qurmayınample Vərəq.
- Bu iş üçün istehlak materiallarını təmizlə seçin.
- Next seçin.
Axın hüceyrəsini NextSeq™ 550-yə yükləyin
- İstifadə olunmuş axın hüceyrəsini əvvəlki işdən çıxarın.
- Yeni hazırlanmış axın hüceyrəsini s üzərinə qoyuntage.
- Yüklə seçin. Qapı avtomatik bağlanır.
- Ekranda axın hüceyrəsinin identifikatoru göründükdə və sensorlar yaşıl rənglə yoxlandıqda, Next seçin
Reagent qabını boşaltın
XƏBƏRDARLIQ: Bu reagentlər dəsti potensial təhlükəli kimyəvi maddələrdən ibarətdir. Müvafiq qoruyucu vasitələrdən istifadə edin və istifadə olunan reagentləri müvafiq standartlara uyğun olaraq atın. Əlavə məlumat üçün Illumina NextSeq 550 Sistem Təlimatına baxın.
- Bufer bölməsinin qapısını açın, sərf olunmuş reagentlər qabını aşağı bölmədən çıxarın və məzmunu müvafiq standartlara uyğun olaraq atın.
- Boş reagent qabını yenidən aşağı bufer bölməsinə sürüşdürün. Səsli klik konteynerin düzgün yerləşdirildiyini göstərir.
Bufer kartuşunu yükləyin
- İstifadə olunmuş bufer kartuşunu yuxarı bufer bölməsindən çıxarın və məzmunu müvafiq standartlara uyğun olaraq atın.
- Yeni bufer kartuşunu yuxarı bufer bölməsinə sürüşdürün. Səsli klik patronun düzgün yerləşdirildiyini göstərir. Bufer kartuşunun identifikatorunun ekranda göründüyünə və sensorların yaşıl rəngdə yoxlanıldığına əmin olun.
- Bufer bölməsinin qapısını bağlayın və Next seçin.
Reagent kartuşunu yükləyin
- Reagent bölməsinin qapısını açın, istifadə edilmiş reagent kartricini çıxarın və istifadə olunmamış tərkibi müvafiq standartlara uyğun olaraq atın. 6-cı mövqedəki rezervuar təhlükəsiz utilizasiyanı asanlaşdırmaq üçün çıxarıla bilər.
- Təmiz 10 mL pipet ucu ilə “Kitabxananı bura yükləyin” kimi etiketlənmiş 1 nömrəli anbarın möhürünü deşin.
- 1.3 mL Olink Kitabxanasını Seq Borudan “Kitabxananı Bura Yüklə” etiketli 10 nömrəli rezervuara yükləyin.
- Yeni reagent kartuşunu reagent bölməsinə sürüşdürün və reagent bölməsinin qapısını bağlayın.
- Load seçin və reagent kartrici identifikatoru ekranda görünənə və sensorlar yaşıl rəngdə yoxlanana qədər ~30 saniyə gözləyin.
- Resept açılan siyahısından [Xüsusi] “Olink_NSQ550_HighOutput_V1” resept seçimini seçin.
- Next seçin.
Sıralamağa başlayın
- Re-də göstərilən run parametrlərini təsdiqləyinview ekran. İstənilən parametrləri redaktə etmək üçün Run Setup ekranına qayıtmaq üçün Geri düyməsini basın.
- Next seçin. Qaçış avtomatik əvvəlcədən yoxlamadan sonra başlayır. Ardıcıllığın icra müddəti təxminən 7 saat 30 dəqiqədir.
- İş sahəsini təmizləyin.
QEYD: Ardıcıllıqla işləmə tamamlandıqda, proqram tampon kartricdə təqdim olunan yuma məhlullarından və reagent kartricində təqdim olunan NaOCl-dən istifadə edərək avtomatik işdən sonra yuyulmağa başlayır. Bu yuma təxminən 90 dəqiqə çəkir. Yuma tamamlandıqdan sonra Əsas səhifə düyməsi aktiv olur. İstifadə olunmuş kartriclər və axın hüceyrəsi növbəti işə qədər yerində qala bilər.
İşin gedişatını izləyin
Olink, müəyyən bir zülalın s-də konsentrasiyasını qiymətləndirmək üçün məlum ardıcıllığın miqdarını ölçmək üçün NGS-dən istifadə edir.amples (digər s ilə müqayisədəamples). Hər Explore sekvensləmə əməliyyatından verilənlərin keyfiyyəti əsasən Olink texnologiyasına xas olan QC parametrləri ilə müəyyən edilir. Beləliklə, Q-balı kimi adi NGS-də istifadə olunan standart keyfiyyətə nəzarət ölçüləri daha az kritikdir.
Təftiş tarixi
| Versiya | Tarix | Təsvir |
| 1.1 | 2021-12-13 | Redaksiya dəyişiklikləri |
| 1.0 | 2021-12-01 | Yeni |
www.link.com
Yalnız Tədqiqat İstifadəsi Üçün. Diaqnostik Prosedurlarda İstifadə olunmur.
Bu məhsula Olink məhsullarının qeyri-kommersiya istifadəsi üçün lisenziya daxildir. Kommersiya istifadəçiləri əlavə lisenziyalar tələb edə bilər. Olink ilə əlaqə saxlayın
Ətraflı məlumat üçün Proteomics AB. Bu təsvirdən kənara çıxan açıq və ya nəzərdə tutulan heç bir zəmanət yoxdur. Olink Proteomics AB bu məhsulun səbəb olduğu əmlak ziyanı, şəxsi zədə və ya iqtisadi itkiyə görə məsuliyyət daşımır.
Aşağıdakı ticarət nişanı Olink Proteomics AB şirkətinə məxsusdur: Olink®.
Bu məhsul bir neçə patent və patent müraciəti ilə əhatə olunur https://www.olink.com/patents/.
© Copyright 2021 Olink Proteomics AB. Bütün üçüncü tərəf ticarət nişanları müvafiq sahiblərinin mülkiyyətidir. Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds və 52B, SE-752 37 Uppsala, İsveç
1192, v1.1, 2021-12-13
Sənədlər / Resurslar
 |
Olink NextSeq 550 istifadə edərək ardıcıllığı araşdırın [pdf] İstifadəçi Təlimatı NextSeq 550 istifadə edərək ardıcıllığı araşdırın, NextSeq 550, NextSeq 550 istifadə edərək ardıcıllığı araşdırın |
