NextSeq 550 ഉപയോഗിച്ച് Olink സീക്വൻസിങ് പര്യവേക്ഷണം ചെയ്യുക
ആമുഖം
ഉദ്ദേശിച്ച ഉപയോഗം
ഹ്യൂമൻ പ്രോട്ടീൻ ബയോമാർക്കർ കണ്ടെത്തലിനുള്ള മൾട്ടിപ്ലക്‌സ് ഇമ്മ്യൂണോഅസേ പ്ലാറ്റ്‌ഫോമാണ് ഒലിങ്ക്® എക്സ്പ്ലോർ. ഉൽപ്പന്നം ഗവേഷണ ഉപയോഗത്തിന് മാത്രമുള്ളതാണ്, ഡയഗ്നോസ്റ്റിക് നടപടിക്രമങ്ങളിൽ ഉപയോഗിക്കുന്നതിന് വേണ്ടിയല്ല. പരിശീലനം ലഭിച്ച ലബോറട്ടറി ജീവനക്കാർ മാത്രമേ ലബോറട്ടറി പ്രവർത്തനങ്ങൾ നടത്തുകയുള്ളൂ. പരിശീലനം ലഭിച്ച ജീവനക്കാർ മാത്രമേ ഡാറ്റ പ്രോസസ്സിംഗ് നടത്തുകയുള്ളൂ. ഫലങ്ങൾ മറ്റ് ക്ലിനിക്കൽ അല്ലെങ്കിൽ ലബോറട്ടറി കണ്ടെത്തലുകളുമായി സംയോജിച്ച് ഗവേഷകർ ഉപയോഗിക്കാൻ ഉദ്ദേശിച്ചുള്ളതാണ്.
ഈ മാനുവലിനെക്കുറിച്ച്
Illumina® NextSeq™ 550-ലെ Olink® Explore Libraries ക്രമപ്പെടുത്തുന്നതിന് ആവശ്യമായ നിർദ്ദേശങ്ങൾ ഈ ഉപയോക്തൃ മാനുവൽ നൽകുന്നു. നിർദ്ദേശങ്ങൾ കർശനമായും വ്യക്തമായും പാലിക്കേണ്ടതാണ്. ലബോറട്ടറി ഘട്ടങ്ങളിലുടനീളമുള്ള ഏതെങ്കിലും വ്യതിയാനങ്ങൾ ഡാറ്റ തകരാറിലായേക്കാം. ലബോറട്ടറി വർക്ക്ഫ്ലോ ആരംഭിക്കുന്നതിന് മുമ്പ്, Olink® Explore Over പരിശോധിക്കുകview പ്ലാറ്റ്‌ഫോമിലേക്കുള്ള ഒരു ആമുഖത്തിനുള്ള ഉപയോക്തൃ മാനുവൽ, റിയാക്ടറുകൾ, ഉപകരണങ്ങൾ, ആവശ്യമായ ഡോക്യുമെന്റേഷൻ എന്നിവയെക്കുറിച്ചുള്ള വിവരങ്ങൾ ഉൾപ്പെടെ, ഒരു ഓവർview വർക്ക്ഫ്ലോ, അതുപോലെ ലബോറട്ടറി മാർഗ്ഗനിർദ്ദേശങ്ങൾ. Olink® Explore Reagent കിറ്റുകൾ എങ്ങനെ പ്രവർത്തിപ്പിക്കാം എന്നതിനെക്കുറിച്ചുള്ള നിർദ്ദേശങ്ങൾക്ക്, ബാധകമായ Olink® Explore User Manual കാണുക. Olink® എക്സ്പ്ലോർ സീക്വൻസ് ഫലങ്ങളുടെ ഡാറ്റ പ്രോസസ്സിംഗിനും വിശകലനത്തിനും, Olink® MyData ക്ലൗഡ് ഉപയോക്തൃ ഗൈഡ് കാണുക. ഈ മെറ്റീരിയലിൽ അടങ്ങിയിരിക്കുന്ന എല്ലാ വ്യാപാരമുദ്രകളും പകർപ്പവകാശങ്ങളും Olink® Proteomics AB-യുടെ സ്വത്താണ്, മറ്റുവിധത്തിൽ പ്രസ്താവിച്ചിട്ടില്ലെങ്കിൽ.
സാങ്കേതിക സഹായം
സാങ്കേതിക പിന്തുണയ്‌ക്കായി, Olink Proteomics എന്ന വിലാസത്തിൽ ബന്ധപ്പെടുക support@olink.com.
ലബോറട്ടറി നിർദ്ദേശങ്ങൾ
NextSeq™ 550/500 High Output Kit v550 (2.5 സൈക്കിളുകൾ) ഉപയോഗിച്ച് NextSeq™ 75-ലെ Olink ലൈബ്രറികൾ എങ്ങനെ ക്രമപ്പെടുത്താം എന്നതിനെക്കുറിച്ചുള്ള നിർദ്ദേശങ്ങൾ ഈ അധ്യായം നൽകുന്നു. Illumina® NextSeq™ 550-നുള്ള Illumina® സ്റ്റാൻഡേർഡ് NGS വർക്ക്ഫ്ലോയുടെ അഡാപ്റ്റേഷനാണ് സീക്വൻസിംഗിനായി ഉപയോഗിച്ചിരിക്കുന്ന പ്രോട്ടോക്കോൾ. സീക്വൻസിംഗിലേക്ക് പോകുന്നതിന് മുമ്പ്, ശുദ്ധീകരിച്ച ലൈബ്രറിയുടെ ഗുണനിലവാരം പരിശോധിച്ചുവെന്ന് ഉറപ്പാക്കുക. ഗുണനിലവാര നിയന്ത്രണത്തെക്കുറിച്ചുള്ള നിർദ്ദേശങ്ങൾക്കായി ബാധകമായ Olink Explore ഉപയോക്തൃ മാനുവൽ കാണുക.
സീക്വൻസിങ് റൺ ആസൂത്രണം ചെയ്യുക
ഓരോ NextSeq™ 550 ഹൈ ഔട്ട്പുട്ട് ഫ്ലോ സെല്ലിനും ഓരോ റണ്ണിനും ഒരു Olink ലൈബ്രറി ക്രമപ്പെടുത്താവുന്നതാണ്. വ്യത്യസ്ത Olink Explore Reagent Kits ക്രമപ്പെടുത്തുന്നതിന് ആവശ്യമായ ഉയർന്ന ഔട്ട്പുട്ട് ഫ്ലോ സെല്ലുകളുടെയും റണ്ണുകളുടെയും എണ്ണം പട്ടിക 1-ൽ വിവരിച്ചിരിക്കുന്നു. ഒന്നിൽ കൂടുതൽ റൺ ആവശ്യമാണെങ്കിൽ, ഈ മാനുവലിൽ വിവരിച്ചിരിക്കുന്ന നിർദ്ദേശങ്ങൾ ആവർത്തിക്കുക.
പട്ടിക 1. സീക്വൻസിങ് റൺ ആസൂത്രണം:
| Olink® റീജന്റ് കിറ്റ് പര്യവേക്ഷണം ചെയ്യുക | ഒലിങ്ക് ലൈബ്രറികളുടെ എണ്ണം | ഫ്ലോ സെല്ലുകളുടെയും റൺ(കളുടെയും) എണ്ണം |
| Olink® Explore 384 Reagent Kit | 1 | 1 |
| Olink® Explore 4 x 384 Reagent Kit | 4 | 4 |
| Olink® Explore 1536 Reagent Kit | 4 | 4 |
| Olink® എക്സ്പാൻഷൻ റീജന്റ് കിറ്റ് പര്യവേക്ഷണം ചെയ്യുക | 4 | 4 |
| Olink® Explore 3072 Reagent Kit | 8 | 8 |
Olink® ഇഷ്ടാനുസൃത പാചകക്കുറിപ്പ് ഇൻസ്റ്റാൾ ചെയ്യുക
ഈ ഘട്ടത്തിൽ, Olink® ഇഷ്ടാനുസൃത പാചകക്കുറിപ്പ് NextSeq™ 550-ൽ ഇൻസ്റ്റാൾ ചെയ്യപ്പെടുന്നു. ആദ്യമായി Olink സീക്വൻസിങ് റൺ നടത്തുന്നതിന് മുമ്പ് ഈ ഘട്ടം ഒരിക്കൽ മാത്രം നടപ്പിലാക്കിയാൽ മതിയാകും.
കുറിപ്പ്: Olink ഇഷ്ടാനുസൃത പാചകക്കുറിപ്പ് NextSeq™ 500/550 ഉയർന്ന ഔട്ട്പുട്ട് കിറ്റുകളിലും NextSeq™ കൺട്രോൾ സോഫ്റ്റ്വെയർ 4.0-ലും മാത്രമേ പ്രവർത്തിക്കൂ.
- NextSeq™ 550 ഉപകരണത്തിന്റെ ഇനിപ്പറയുന്ന ഫോൾഡറിൽ Olink ഇഷ്ടാനുസൃത പാചകക്കുറിപ്പ് Olink_NSQ1_HighOutput_V550 അൺസിപ്പ് ചെയ്ത് സ്ഥാപിക്കുക: C:\Program Files\Illumina\NextSeq കൺട്രോൾ സോഫ്റ്റ്വെയർ\റെസിപ്പി\കസ്റ്റം\ഹൈ\.
- സിസ്റ്റം ഇഷ്‌ടാനുസൃതമാക്കൽ > ഇൻസ്ട്രുമെന്റ് മാനേജ് ചെയ്യുക എന്നതിന് കീഴിൽ, ഇഷ്ടാനുസൃത പാചകക്കുറിപ്പുകൾ പ്രവർത്തനക്ഷമമാക്കുക. തിരഞ്ഞെടുത്തിട്ടില്ലെങ്കിൽ, റൺ സജ്ജീകരണ സമയത്ത് ഇഷ്ടാനുസൃത പാചക ഓപ്ഷൻ ദൃശ്യമാകില്ല.
കുറിപ്പ്: NCS 4.0 സോഫ്റ്റ്വെയർ പതിപ്പിൽ, ഒരു ഇഷ്ടാനുസൃത പാചകക്കുറിപ്പ് തിരഞ്ഞെടുക്കാനുള്ള ഓപ്ഷൻ റീജന്റ് കാട്രിഡ്ജ് ലോഡുചെയ്‌തതിനുശേഷം മാത്രമേ സംഭവിക്കൂ, മുമ്പത്തെ സജ്ജീകരണ പേജിലല്ല.
കുറിപ്പ്: ഇഷ്ടാനുസൃത പാചകക്കുറിപ്പുകൾ അനുവദിക്കുന്നതിന് റൺ മാനുവൽ മോഡിൽ സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കണം.
സീക്വൻസിങ് റിയാഗന്റുകൾ തയ്യാറാക്കുക
ഈ ഘട്ടത്തിൽ, ക്ലസ്റ്ററിംഗും സീക്വൻസിംഗ് റിയാക്ടറുകളും അടങ്ങുന്ന റീജന്റ് കാട്രിഡ്ജ് ഉരുകുകയും ഫ്ലോ സെൽ തയ്യാറാക്കുകയും ചെയ്യുന്നു.
റീജന്റ് കാട്രിഡ്ജ് തയ്യാറാക്കുക
മുന്നറിയിപ്പ്: റിയാജന്റ് കാട്രിഡ്ജിൽ അപകടകരമായ രാസവസ്തുക്കൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു. മതിയായ സംരക്ഷണ ഉപകരണങ്ങൾ ധരിക്കുകയും ബാധകമായ മാനദണ്ഡങ്ങൾക്കനുസൃതമായി ഉപയോഗിച്ച റിയാഗന്റുകൾ ഉപേക്ഷിക്കുകയും ചെയ്യുക. കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾക്ക്, Illumina NextSeq 550 സിസ്റ്റം ഗൈഡ് (പ്രമാണം #15069765) കാണുക.
ബെഞ്ച് തയ്യാറാക്കുക
- 1x NextSeq™ 500/550 ഹൈ ഔട്ട്പുട്ട് റീജന്റ് കാട്രിഡ്ജ് v2 (75 സൈക്കിളുകൾ).
നിർദ്ദേശങ്ങൾ
- ശീതീകരിച്ച റീജന്റ് കാട്രിഡ്ജ് റൂം ടെമ്പർ ചെയ്ത വെള്ളത്തിൽ പകുതി മുക്കി 1 മണിക്കൂർ ഉരുകാൻ അനുവദിക്കുക. കാട്രിഡ്ജുകളുടെ എല്ലാ റീജന്റ് റിസർവോയറുകളും പൂർണ്ണമായും ഉരുകിയതാണെന്ന് ഉറപ്പാക്കുക.
കുറിപ്പ്: സൗകര്യാർത്ഥം, കാട്രിഡ്ജ് തലേദിവസം ഉരുകുകയും രാത്രിയിൽ 4 °C താപനിലയിൽ സൂക്ഷിക്കുകയും ചെയ്യുക. ഈ താപനിലയിൽ, റിയാക്ടറുകൾ ഒരാഴ്ച വരെ സ്ഥിരതയുള്ളതാണ്. - ഒരു പേപ്പർ ടവൽ ഉപയോഗിച്ച് കാട്രിഡ്ജ് ബേസ് നന്നായി ഉണക്കുക, ആവശ്യമെങ്കിൽ ലിന്റ്-ഫ്രീ ടിഷ്യു ഉപയോഗിച്ച് ഫോയിൽ സീലുകൾ ഉണക്കുക.
- ഉള്ളിലെ ഉരുകിയ റിയാക്ടറുകൾ നന്നായി കലർത്താൻ കാട്രിഡ്ജ് പത്ത് തവണ മറിച്ചിടുക.
- വായു കുമിളകൾ നീക്കം ചെയ്യുന്നതിനായി കാട്രിഡ്ജ് ബെഞ്ചിൽ മൃദുവായി ടാപ്പുചെയ്യുക. കാട്രിഡ്ജ് 4 മണിക്കൂറിനുള്ളിൽ ഉപയോഗിക്കുകയാണെങ്കിൽ ഊഷ്മാവിൽ സൂക്ഷിക്കുക.
ഫ്ലോ സെൽ തയ്യാറാക്കുക
ബെഞ്ച് തയ്യാറാക്കുക
- 1x NextSeq™ 500/550 ഹൈ ഔട്ട്പുട്ട് ഫ്ലോ സെൽ v2.5.
നിർദ്ദേശങ്ങൾ
- ശീതീകരിച്ച ഫ്ലോ സെൽ 30 മിനിറ്റ് ഊഷ്മാവിൽ കൊണ്ടുവരിക.
- പുതിയ പൊടിയില്ലാത്ത കയ്യുറകൾ ധരിക്കുക (ഫ്ലോ സെല്ലിന്റെ ഗ്ലാസ് ഉപരിതലം മലിനമാക്കാതിരിക്കാൻ).
- ഉപകരണത്തിലേക്ക് ഫ്ലോ സെൽ ലോഡ് ചെയ്യാൻ തയ്യാറാകുമ്പോൾ, പാക്കേജിൽ നിന്നും പ്ലാസ്റ്റിക് ക്ലാംഷെല്ലിൽ നിന്നും ഫ്ലോ സെൽ നീക്കം ചെയ്യുക.
- ഫ്ലോ സെൽ പരിശോധിക്കുക. ഏതെങ്കിലും ഗ്ലാസ് പ്രതലത്തിൽ കണികകളോ പൊടിയോ ദൃശ്യമാണെങ്കിൽ, ലിന്റ് രഹിത ഐസോപ്രോപൈൽ ആൽക്കഹോൾ വൈപ്പ് ഉപയോഗിച്ച് ബാധകമായ ഉപരിതലം വൃത്തിയാക്കുകയും ലോ-ലിന്റ് ലാബ് ടിഷ്യു ഉപയോഗിച്ച് ഉണക്കുകയും ചെയ്യുക.
സീക്വൻസിംഗിനായി Olink® ലൈബ്രറി തയ്യാറാക്കുക
ഈ ഘട്ടത്തിൽ, NaOH, Tris-HCl ഡൈല്യൂഷനുകൾ തയ്യാറാക്കപ്പെടുന്നു, കൂടാതെ ശുദ്ധീകരിച്ചതും ഗുണനിലവാരമുള്ളതുമായ ഒലിങ്ക് ലൈബ്രറി തുടർച്ചയായ ഘട്ടങ്ങളിൽ നേർപ്പിക്കുകയും ഇല്ലാതാക്കുകയും ചെയ്യുന്നു.
NaOH നേർപ്പിക്കൽ തയ്യാറാക്കുക
ലൈബ്രറികളെ ഇല്ലാതാക്കാൻ NaOH ഡൈല്യൂഷൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു.
ബെഞ്ച് തയ്യാറാക്കുക
- 1 N NaOH സ്റ്റോക്ക്
- MilliQ വെള്ളം
- 1x മൈക്രോസെൻട്രിഫ്യൂജ് ട്യൂബ് (1.5 മില്ലി)
- മാനുവൽ പൈപ്പറ്റ് (10-100 μL)
- പൈപ്പറ്റ് നുറുങ്ങുകൾ ഫിൽട്ടർ ചെയ്യുക
നിങ്ങൾ ആരംഭിക്കുന്നതിന് മുമ്പ്
മൈക്രോസെൻട്രിഫ്യൂജ് ട്യൂബ് "NaOH" എന്ന് അടയാളപ്പെടുത്തുക.
നിർദ്ദേശങ്ങൾ
- പട്ടിക 0.2 അനുസരിച്ച് NaOH ട്യൂബിൽ 2 N NaOH നേർപ്പിക്കൽ തയ്യാറാക്കുക.
- NaOH ട്യൂബ് നന്നായി ചുഴറ്റി താഴേക്ക് കറക്കുക. 12 മണിക്കൂറിനുള്ളിൽ ഉപയോഗിക്കുക.
പട്ടിക 2. 0.2 N NaOH നേർപ്പിക്കൽ
| റീജൻ്റ് | വോളിയം (μL) |
| MilliQ വെള്ളം | 80 |
| 1 N NaOH സ്റ്റോക്ക് | 20 |
2.4.2 Tris-HCl നേർപ്പിക്കൽ തയ്യാറാക്കുക
ഡീനാച്ചുറേറ്റഡ് ലൈബ്രറിയെ നിർവീര്യമാക്കാൻ Tris-HCl ഡൈല്യൂഷൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു.
ബെഞ്ച് തയ്യാറാക്കുക
- 1 M Tris-HCl pH 7.0 സ്റ്റോക്ക് (Trizma® ഹൈഡ്രോക്ലോറൈഡ് പരിഹാരം)
- MilliQ വെള്ളം
- 1x മൈക്രോസെൻട്രിഫ്യൂജ് ട്യൂബ് (1.5 മില്ലി)
- മാനുവൽ പൈപ്പറ്റ് (10-100 μL)
- പൈപ്പറ്റ് നുറുങ്ങുകൾ ഫിൽട്ടർ ചെയ്യുക
നിങ്ങൾ ആരംഭിക്കുന്നതിന് മുമ്പ്
- മൈക്രോസെൻട്രിഫ്യൂജ് ട്യൂബ് "Tris-HCl" അടയാളപ്പെടുത്തുക
നിർദ്ദേശങ്ങൾ
- പട്ടിക 200 അനുസരിച്ച് Tris-HCl ട്യൂബിൽ 3 mM Tris-HCl നേർപ്പിക്കൽ തയ്യാറാക്കുക.
- Tris-HCl ട്യൂബ് നന്നായി വോർട്ടെക്സ് ചെയ്ത് താഴേക്ക് കറക്കുക.
പട്ടിക 3. 200 mM Tris-HCl നേർപ്പിക്കൽ:
| റീജൻ്റ് | വോളിയം (μL) |
| MilliQ വെള്ളം | 80 |
| 1M Tris-HCl pH 7.0 സ്റ്റോക്ക് (Trizma® ഹൈഡ്രോക്ലോറൈഡ് പരിഹാരം) | 20 |
Olink® ലൈബ്രറികൾ നേർപ്പിക്കുക
ഈ ഘട്ടത്തിൽ, ശുദ്ധീകരിച്ചതും ഗുണനിലവാരമുള്ളതുമായ ഒലിങ്ക് ലൈബ്രറി 1:33 നേർപ്പിച്ചതാണ്.
ബെഞ്ച് തയ്യാറാക്കുക
- ബാധകമായ Olink Explore User Manual അനുസരിച്ച് തയ്യാറാക്കിയ Lib Tube
- MilliQ വെള്ളം
- 1x മൈക്രോസെൻട്രിഫ്യൂജ് ട്യൂബ് (1.5 മില്ലി)
- മാനുവൽ പൈപ്പറ്റുകൾ (0.5-10, 100-1000 μL)
- പൈപ്പറ്റ് നുറുങ്ങുകൾ ഫിൽട്ടർ ചെയ്യുക
നിങ്ങൾ ആരംഭിക്കുന്നതിന് മുമ്പ്
- ലിബ് ട്യൂബ് ഫ്രീസ് ചെയ്താൽ ഉരുക്കുക.
- പുതിയ മൈക്രോസെൻട്രിഫ്യൂജ് ട്യൂബ് അടയാളപ്പെടുത്തുക: "ദിൽ".
നിർദ്ദേശങ്ങൾ
- ദിൽ ട്യൂബിലേക്ക് 96 μL MilliQ വെള്ളം ചേർക്കുക.
- ലിബ് ട്യൂബ് വോർടെക്‌സ് ചെയ്ത് ചുരുക്കി താഴേക്ക് കറക്കുക.
- ലിബ് ട്യൂബിൽ നിന്ന് 3 μL ദിൽ ട്യൂബിലേക്ക് മാറ്റുക.
- ദിൽ ട്യൂബ് ചുഴറ്റുക, ചുരുക്കി താഴേക്ക് തിരിക്കുക
ഒലിങ്ക് ലൈബ്രറിയെ അവസാന ലോഡിംഗ് കോൺസൺട്രേഷനിലേക്ക് മാറ്റുകയും നേർപ്പിക്കുകയും ചെയ്യുക
ഈ ഘട്ടത്തിൽ, നേർപ്പിച്ച ഒലിങ്ക് ലൈബ്രറി ഡിനേച്ചർ ചെയ്യുകയും അന്തിമ ലോഡിംഗ് കോൺസൺട്രേഷനിലേക്ക് കൂടുതൽ നേർപ്പിക്കുകയും ചെയ്യുന്നു.
ബെഞ്ച് തയ്യാറാക്കുക
- മുമ്പത്തെ ഘട്ടത്തിൽ തയ്യാറാക്കിയ ദിൽ ട്യൂബ്
- 0.2 N NaOH നേർപ്പിക്കൽ, മുൻ ഘട്ടത്തിൽ പുതുതായി തയ്യാറാക്കിയത്
- 200 mM Tris-HCl (pH 7.0) നേർപ്പിക്കൽ, മുൻ ഘട്ടത്തിൽ തയ്യാറാക്കിയത്
- ഹൈബ്രിഡൈസേഷൻ ബഫർ 1 (HT1) നെക്സ്റ്റ്സെക്™ ആക്സസറി ബോക്സ് v2 ൽ ഉൾപ്പെടുത്തിയിട്ടുണ്ട്
- 2x മൈക്രോസെൻട്രിഫ്യൂജ് ട്യൂബുകൾ (1.5 മില്ലിയും 2 മില്ലിയും)
- മാനുവൽ പൈപ്പറ്റുകൾ (0.5-10, 100-1000 μL)
- പൈപ്പറ്റ് നുറുങ്ങുകൾ ഫിൽട്ടർ ചെയ്യുക
നിങ്ങൾ ആരംഭിക്കുന്നതിന് മുമ്പ്
- ഫ്രോസൺ HT1 ബഫർ ഊഷ്മാവിൽ ഉരുക്കുക. ഉപയോഗം വരെ +4 ഡിഗ്രി സെൽഷ്യസിൽ സൂക്ഷിക്കുക.
- പുതിയ 1.5 മില്ലി മൈക്രോസെൻട്രിഫ്യൂജ് ട്യൂബ് അടയാളപ്പെടുത്തുക: "ഡെൻ" (ഡീനാച്ചുറേറ്റഡ് ലൈബ്രറിക്ക്).
- പുതിയ 2 മില്ലി മൈക്രോസെൻട്രിഫ്യൂജ് ട്യൂബ് അടയാളപ്പെടുത്തുക: "സെക്" (ലൈബ്രറി ലോഡുചെയ്യാൻ തയ്യാറായതിന്).
നിർദ്ദേശങ്ങൾ
- ദിൽ ട്യൂബിൽ നിന്ന് 5 μL ഡെൻ ട്യൂബിലേക്ക് മാറ്റുക.
- ഡെൻ ട്യൂബിലേക്ക് 5 μL 0.2 N NaOH ചേർക്കുക.
- ഡെൻ ട്യൂബ് വോർടെക്‌സ് ചെയ്ത് ചുരുക്കി താഴേക്ക് കറക്കുക.
- ലൈബ്രറിയെ നശിപ്പിക്കാൻ റൂം ടെമ്പറേച്ചറിൽ 5 മിനിറ്റ് ഡെൻ ട്യൂബ് ഇൻകുബേറ്റ് ചെയ്യുക.
- പ്രതികരണത്തെ നിർവീര്യമാക്കാൻ 5 μL 200 mM Tris-HCl (pH 7.0) ഡെൻ ട്യൂബിലേക്ക് ചേർക്കുക.
- ഡെൻ ട്യൂബ് വോർടെക്‌സ് ചെയ്ത് ചുരുക്കി താഴേക്ക് കറക്കുക.
- ഡെൻ ട്യൂബിലേക്ക് 985 μL പ്രീചിൽഡ് HT1 ചേർക്കുക.
- ഡെൻ ട്യൂബ് വോർടെക്‌സ് ചെയ്ത് ചുരുക്കി താഴേക്ക് കറക്കുക. ട്യൂബ് ഉപയോഗിക്കുന്നത് വരെ (അതേ ദിവസം) +4 °C താപനിലയിൽ സൂക്ഷിക്കാം.
- 205 μL ഡെൻ ട്യൂബിൽ നിന്ന് സെക് ട്യൂബിലേക്ക് മാറ്റുക.
- Seq ട്യൂബിലേക്ക് 1095 μL പ്രീചിൽഡ് HT1 ചേർക്കുക.
- റിയാക്ടറുകൾ മിക്‌സ് ചെയ്യാൻ സെക് ട്യൂബ് മറിച്ചിടുക. അവസാന ലോഡിംഗ് വോളിയം 1.3 മില്ലി ആണ്.
- ഉടൻ തന്നെ 2.5 Olink® സീക്വൻസിങ് റണ്ണിലേക്ക് തുടരുക.
Olink® സീക്വൻസിങ് റൺ നടത്തുക
ഈ ഘട്ടത്തിൽ, ബഫർ കാട്രിഡ്ജ്, ഫ്ലോ സെൽ, ഒലിങ്ക് ലൈബ്രറി അടങ്ങുന്ന തയ്യാറാക്കിയ റീജന്റ് കാട്രിഡ്ജ് എന്നിവ NextSeq 550-ലേക്ക് ലോഡുചെയ്യുന്നു, കൂടാതെ Olink ഇഷ്ടാനുസൃത പാചകക്കുറിപ്പ് ഉപയോഗിച്ച് സീക്വൻസിംഗ് റൺ ആരംഭിക്കുന്നു.
ബെഞ്ച് തയ്യാറാക്കുക
- സെക് ട്യൂബ് (ലൈബ്രറി ലോഡുചെയ്യാൻ തയ്യാറാണ്), മുൻ ഘട്ടത്തിൽ തയ്യാറാക്കിയത്
- 1x NextSeq™ 500/550 ഹൈ ഔട്ട്പുട്ട് റീജന്റ് കാട്രിഡ്ജ് v2, മുൻ ഘട്ടത്തിൽ തയ്യാറാക്കിയത്
- 1x NextSeq™ 500/550 ഹൈ ഔട്ട്പുട്ട് ഫ്ലോ സെൽ v2.5, മുൻ ഘട്ടത്തിൽ തയ്യാറാക്കിയത്
- 1x NextSeq™ 500/550 ബഫർ കാട്രിഡ്ജ് v2 (75 സൈക്കിളുകൾ), ഊഷ്മാവിൽ
സീക്വൻസിങ് റൺ പാരാമീറ്ററുകൾ സജ്ജീകരിക്കുക
ഈ ഘട്ടത്തിൽ, സീക്വൻസിംഗ് റൺ പാരാമീറ്ററുകൾ NextSeq™ 550-ൽ തിരഞ്ഞെടുക്കുന്നു.
- NextSeq™ 550 ഹോം സ്ക്രീനിൽ, പരീക്ഷണം തിരഞ്ഞെടുക്കുക.
- Select Assay സ്ക്രീനിൽ, Sequence തിരഞ്ഞെടുക്കുക.
- റൺ സെറ്റപ്പ് പേജിൽ, മാനുവൽ റൺ മോഡ് തിരഞ്ഞെടുക്കുക, തുടർന്ന് അടുത്തത്.
- റൺ പാരാമീറ്ററുകൾ ഇനിപ്പറയുന്ന രീതിയിൽ സജ്ജമാക്കുക:
- റൺ നെയിം ഫീൽഡിൽ, ഒരു അദ്വിതീയ പരീക്ഷണ ഐഡി നൽകുക.
- ലൈബ്രറി ഐഡി ഫീൽഡിൽ, നിങ്ങൾ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്ന ലൈബ്രറിയുടെ ഐഡി നൽകുക (ഓപ്ഷണൽ).
- റീഡ് ടൈപ്പ് ഫീൽഡിൽ, സിംഗിൾ റീഡ് ഓപ്ഷൻ തിരഞ്ഞെടുക്കുക.
- സൈക്കിളുകളുടെ എണ്ണം ഇനിപ്പറയുന്ന രീതിയിൽ നൽകുക:
- 1:24 വായിക്കുക
- സൂചിക 1: 0
- സൂചിക 2: 0
- 2:0 വായിക്കുക
- ഇഷ്ടാനുസൃത പ്രൈമറുകൾക്കുള്ള ചെക്ക്ബോക്‌സ് തിരഞ്ഞെടുക്കാതെ സൂക്ഷിക്കുക.
- നിലവിലെ റൺ റോ ഡാറ്റയ്ക്കായി ഔട്ട്പുട്ട് ഫോൾഡർ ലൊക്കേഷൻ സജ്ജമാക്കുക. ഔട്ട്പുട്ട് ഫോൾഡർ ലൊക്കേഷൻ മാറ്റാൻ ബ്രൗസ് തിരഞ്ഞെടുക്കുക.
- എസ് സ്ഥാപിക്കരുത്ampലെ ഷീറ്റ്.
- ഈ റണ്ണിനായി ശുദ്ധീകരണ ഉപഭോഗവസ്തുക്കൾ തിരഞ്ഞെടുക്കുക.
- അടുത്തത് തിരഞ്ഞെടുക്കുക.
NextSeq™ 550-ലേക്ക് ഫ്ലോ സെൽ ലോഡ് ചെയ്യുക
- മുമ്പത്തെ റണ്ണിൽ നിന്ന് ഉപയോഗിച്ച ഫ്ലോ സെൽ നീക്കം ചെയ്യുക.
- s-ൽ പുതിയ തയ്യാറാക്കിയ ഫ്ലോ സെൽ സ്ഥാപിക്കുകtage.
- ലോഡ് തിരഞ്ഞെടുക്കുക. വാതിൽ യാന്ത്രികമായി അടച്ചിരിക്കുന്നു.
- ഫ്ലോ സെൽ ഐഡി സ്ക്രീനിൽ ദൃശ്യമാകുകയും സെൻസറുകൾ പച്ച നിറത്തിൽ പരിശോധിക്കുകയും ചെയ്യുമ്പോൾ, അടുത്തത് തിരഞ്ഞെടുക്കുക
റീജന്റ് കണ്ടെയ്നർ ശൂന്യമാക്കുക
മുന്നറിയിപ്പ്: ഈ റിയാക്ടറുകളുടെ കൂട്ടത്തിൽ അപകടകരമായ രാസവസ്തുക്കൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു. മതിയായ സംരക്ഷണ ഉപകരണങ്ങൾ ധരിക്കുകയും ബാധകമായ മാനദണ്ഡങ്ങൾക്കനുസൃതമായി ഉപയോഗിച്ച റിയാഗന്റുകൾ ഉപേക്ഷിക്കുകയും ചെയ്യുക. കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾക്ക്, Illumina NextSeq 550 സിസ്റ്റം ഗൈഡ് കാണുക.
- ബഫർ കമ്പാർട്ട്മെന്റിന്റെ വാതിൽ തുറക്കുക, താഴത്തെ കമ്പാർട്ട്മെന്റിൽ നിന്ന് ചെലവഴിച്ച റിയാജന്റ് കണ്ടെയ്നർ നീക്കം ചെയ്യുക, ബാധകമായ മാനദണ്ഡങ്ങൾക്കനുസൃതമായി ഉള്ളടക്കം വിനിയോഗിക്കുക.
- ശൂന്യമായ റീജന്റ് കണ്ടെയ്നർ താഴത്തെ ബഫർ കമ്പാർട്ട്മെന്റിലേക്ക് തിരികെ സ്ലൈഡ് ചെയ്യുക. കണ്ടെയ്നർ ശരിയായി സ്ഥാപിച്ചിട്ടുണ്ടെന്ന് കേൾക്കാവുന്ന ക്ലിക്ക് സൂചിപ്പിക്കുന്നു.
ലോഡ് ബഫർ കാട്രിഡ്ജ്
- മുകളിലെ ബഫർ കമ്പാർട്ട്മെന്റിൽ നിന്ന് ഉപയോഗിച്ച ബഫർ കാട്രിഡ്ജ് നീക്കം ചെയ്യുകയും ബാധകമായ മാനദണ്ഡങ്ങൾക്കനുസൃതമായി ഉള്ളടക്കം വിനിയോഗിക്കുകയും ചെയ്യുക.
- മുകളിലെ ബഫർ കമ്പാർട്ട്മെന്റിലേക്ക് ഒരു പുതിയ ബഫർ കാട്രിഡ്ജ് സ്ലൈഡ് ചെയ്യുക. കാട്രിഡ്ജ് ശരിയായി സ്ഥാപിച്ചിട്ടുണ്ടെന്ന് കേൾക്കാവുന്ന ക്ലിക്ക് സൂചിപ്പിക്കുന്നു. സ്ക്രീനിൽ ബഫർ കാട്രിഡ്ജ് ഐഡി ദൃശ്യമാണെന്നും സെൻസറുകൾ പച്ച നിറത്തിൽ പരിശോധിച്ചിട്ടുണ്ടെന്നും ഉറപ്പാക്കുക.
- ബഫർ കമ്പാർട്ട്മെന്റിന്റെ വാതിൽ അടച്ച് അടുത്തത് തിരഞ്ഞെടുക്കുക.
റീജന്റ് കാട്രിഡ്ജ് ലോഡ് ചെയ്യുക
- റിയാജന്റ് കമ്പാർട്ട്മെന്റിന്റെ വാതിൽ തുറക്കുക, ഉപയോഗിച്ച റിയാജന്റ് കാട്രിഡ്ജ് നീക്കം ചെയ്യുക, ബാധകമായ മാനദണ്ഡങ്ങൾക്കനുസൃതമായി ഉപയോഗിക്കാത്ത ഉള്ളടക്കം നീക്കം ചെയ്യുക. ആറാം സ്ഥാനത്തുള്ള റിസർവോയർ സുരക്ഷിതമായ സംസ്കരണം സുഗമമാക്കുന്നതിന് നീക്കം ചെയ്യാവുന്നതാണ്.
- "ലൈബ്രറി ഹിയർ ലോഡുചെയ്യുക" എന്ന് ലേബൽ ചെയ്‌തിരിക്കുന്ന റിസർവോയർ #10-ന്റെ സീൽ വൃത്തിയുള്ള 1 മില്ലി പൈപ്പറ്റ് ടിപ്പ് ഉപയോഗിച്ച് തുളയ്ക്കുക.
- "ലൈബ്രറി ഇവിടെ ലോഡുചെയ്യുക" എന്ന് ലേബൽ ചെയ്തിട്ടുള്ള റിസർവോയർ #1.3-ലേക്ക് Seq ട്യൂബിൽ നിന്ന് 10 mL Olink ലൈബ്രറി ലോഡ് ചെയ്യുക.
- പുതിയ റീജന്റ് കാട്രിഡ്ജ് റീജന്റ് കമ്പാർട്ട്മെന്റിലേക്ക് സ്ലൈഡുചെയ്‌ത് റീജന്റ് കമ്പാർട്ട്‌മെന്റ് വാതിൽ അടയ്ക്കുക.
- ലോഡ് തിരഞ്ഞെടുത്ത് റിയാജന്റ് കാട്രിഡ്ജ് ഐഡി സ്ക്രീനിൽ ദൃശ്യമാകുന്നതുവരെ ~30 സെക്കൻഡ് കാത്തിരിക്കുക, സെൻസറുകൾ പച്ച നിറത്തിൽ പരിശോധിക്കും.
- പാചകക്കുറിപ്പ് ഡ്രോപ്പ്-ഡൗൺ ലിസ്റ്റിൽ നിന്ന്, [ഇഷ്‌ടാനുസൃതം] "Olink_NSQ550_HighOutput_V1" റെസിപ്പി ഓപ്ഷൻ തിരഞ്ഞെടുക്കുക.
- അടുത്തത് തിരഞ്ഞെടുക്കുക.
സീക്വൻസിങ് റൺ ആരംഭിക്കുക
- Re-യിൽ പ്രദർശിപ്പിച്ചിരിക്കുന്ന റൺ പാരാമീറ്ററുകൾ സ്ഥിരീകരിക്കുകview സ്ക്രീൻ. ഏതെങ്കിലും പാരാമീറ്ററുകൾ എഡിറ്റുചെയ്യാൻ, റൺ സെറ്റപ്പ് സ്ക്രീനിലേക്ക് മടങ്ങാൻ ബാക്ക് അമർത്തുക.
- അടുത്തത് തിരഞ്ഞെടുക്കുക. ഒരു ഓട്ടോമാറ്റിക് പ്രീ-റൺ പരിശോധനയ്ക്ക് ശേഷം ഓട്ടം ആരംഭിക്കുന്നു. സീക്വൻസിങ് റൺ ടൈം ഏകദേശം 7h30 മിനിറ്റാണ്.
- ജോലിസ്ഥലം വൃത്തിയാക്കുക.
കുറിപ്പ്: സീക്വൻസിംഗ് റൺ പൂർത്തിയാകുമ്പോൾ, ബഫർ കാട്രിഡ്ജിൽ നൽകിയിരിക്കുന്ന വാഷ് സൊല്യൂഷനുകളും റീജന്റ് കാട്രിഡ്ജിൽ നൽകിയിരിക്കുന്ന NaOCl ഉം ഉപയോഗിച്ച് സോഫ്റ്റ്വെയർ ഒരു ഓട്ടോമാറ്റിക് പോസ്റ്റ്-റൺ വാഷ് ആരംഭിക്കുന്നു. ഈ കഴുകൽ ഏകദേശം 90 മിനിറ്റ് എടുക്കും. കഴുകൽ പൂർത്തിയാകുമ്പോൾ ഹോം ബട്ടൺ സജീവമാകും. ഉപയോഗിച്ച കാട്രിഡ്ജുകളും ഫ്ലോ സെല്ലും അടുത്ത ഓട്ടം വരെ സ്ഥലത്ത് വയ്ക്കാം.
റൺ പുരോഗതി നിരീക്ഷിക്കുക
s-ൽ നൽകിയിരിക്കുന്ന പ്രോട്ടീന്റെ സാന്ദ്രത കണക്കാക്കുന്നതിനായി അറിയപ്പെടുന്ന ഒരു ശ്രേണിയുടെ അളവ് കണക്കാക്കാൻ ഒലിങ്ക് NGS റീഡ്ഔട്ടായി ഉപയോഗിക്കുന്നുampലെസ് (മറ്റുള്ളവയുമായി ബന്ധപ്പെട്ട്ampലെസ്). ഓരോ എക്സ്പ്ലോർ സീക്വൻസിംഗ് റണ്ണിൽ നിന്നുമുള്ള ഡാറ്റ നിലവാരം പ്രധാനമായും നിർണ്ണയിക്കുന്നത് ഒലിങ്ക് സാങ്കേതികവിദ്യയുടെ തനതായ QC പാരാമീറ്ററുകളാണ്. അതിനാൽ, ക്യു-സ്‌കോർ പോലെയുള്ള പരമ്പരാഗത NGS-ൽ ഉപയോഗിക്കുന്ന സ്റ്റാൻഡേർഡ് ക്വാളിറ്റി കൺട്രോൾ മെട്രിക്‌സ് അത്ര നിർണായകമല്ല.
റിവിഷൻ ചരിത്രം
| പതിപ്പ് | തീയതി | വിവരണം |
| 1.1 | 2021-12-13 | എഡിറ്റോറിയൽ മാറ്റങ്ങൾ |
| 1.0 | 2021-12-01 | പുതിയത് |
www.olink.com
ഗവേഷണ ഉപയോഗത്തിന് മാത്രം. ഡയഗ്നോസ്റ്റിക് നടപടിക്രമങ്ങളിൽ ഉപയോഗിക്കാനുള്ളതല്ല.
ഈ ഉൽപ്പന്നത്തിൽ Olink ഉൽപ്പന്നങ്ങളുടെ വാണിജ്യേതര ഉപയോഗത്തിനുള്ള ലൈസൻസ് ഉൾപ്പെടുന്നു. വാണിജ്യ ഉപയോക്താക്കൾക്ക് അധിക ലൈസൻസുകൾ ആവശ്യമായി വന്നേക്കാം. ദയവായി ഒലിങ്കിനെ ബന്ധപ്പെടുക
വിശദാംശങ്ങൾക്ക് പ്രോട്ടോമിക്സ് എബി. ഈ വിവരണത്തിനപ്പുറം വ്യാപിക്കുന്ന വാറന്റികളൊന്നും പ്രകടിപ്പിക്കുകയോ സൂചിപ്പിക്കുകയോ ഇല്ല. Olink Proteomics AB ഈ ഉൽപ്പന്നം മൂലമുണ്ടാകുന്ന വസ്തുവകകൾ, വ്യക്തിഗത പരിക്കുകൾ അല്ലെങ്കിൽ സാമ്പത്തിക നഷ്ടം എന്നിവയ്ക്ക് ഉത്തരവാദിയല്ല.
ഇനിപ്പറയുന്ന വ്യാപാരമുദ്ര ഒലിങ്ക് പ്രോട്ടിയോമിക്സ് എബിയുടെ ഉടമസ്ഥതയിലുള്ളതാണ്: ഒലിങ്ക്®.
ഈ ഉൽപ്പന്നത്തിൽ ലഭ്യമായ നിരവധി പേറ്റന്റുകളും പേറ്റന്റ് ആപ്ലിക്കേഷനുകളും ഉൾപ്പെടുന്നു https://www.olink.com/patents/.
© പകർപ്പവകാശം 2021 Olink Proteomics AB. എല്ലാ മൂന്നാം കക്ഷി വ്യാപാരമുദ്രകളും അവയുടെ ഉടമസ്ഥരുടെ സ്വത്താണ്. Olink Proteomics, Dag Hamarskjölds väg 52B , SE-752 37 Uppsala, Sweden
1192, v1.1, 2021-12-13
പ്രമാണങ്ങൾ / വിഭവങ്ങൾ
 |
NextSeq 550 ഉപയോഗിച്ച് Olink സീക്വൻസിങ് പര്യവേക്ഷണം ചെയ്യുക [pdf] ഉപയോക്തൃ മാനുവൽ NextSeq 550, NextSeq 550 എന്നിവ ഉപയോഗിച്ച് സീക്വൻസിങ് പര്യവേക്ഷണം ചെയ്യുക, സീക്വൻസിംഗ് പര്യവേക്ഷണം ചെയ്യുക |
