Olink Explore Sequencing mampiasa NextSeq 550
Sava lalana
Fampiasana natao
Olink® Explore dia sehatra immunoassay multiplex ho an'ny fikarohana biomarker proteinina olombelona. Ny vokatra dia natao ho an'ny fampiasana fikarohana ihany, fa tsy ampiasaina amin'ny fomba fitsaboana. Ny asa laboratoara dia tsy maintsy ataon'ny mpiasan'ny laboratoara voaofana ihany. Ny fanodinana angon-drakitra dia tsy maintsy ataon'ny mpiasa voaofana ihany. Ny valiny dia natao hampiasain'ny mpikaroka miaraka amin'ny fikarohana klinika na laboratoara hafa.
Momba ity boky ity
Ity Boky Torolàlana ho an'ny mpampiasa ity dia manome ny toromarika ilaina amin'ny filaharan'ny Olink® Explore Libraries amin'ny Illumina® NextSeq™ 550. Ny torolàlana dia tsy maintsy arahina amin'ny fomba hentitra sy mazava. Ny fiviliana rehetra manerana ny dingan'ny laboratoara dia mety hiteraka korontana. Alohan'ny hanombohana ny fizotran'ny laboratoara, jereo ny Olink® Explore Overview Torolàlana ho an'ny mpampiasa amin'ny fampidirana ny sehatra, ao anatin'izany ny fampahalalana momba ny reagents, ny fitaovana ary ny antontan-taratasy ilainaview ny fizotran'ny asa, ary koa ny torolàlana momba ny laboratoara. Raha mila torolalana momba ny fomba fampandehanana ny Olink® Explore Reagent Kits dia jereo ny torolàlana momba ny mpampiasa Olink® Explore. Ho an'ny fanodinana angona sy famakafakana ny valin'ny filaharan'ny Olink® Explore, jereo ny Olink® MyData Cloud User Guide. Ny marika rehetra sy ny zon'ny mpamorona voarakitra ato amin'ity fitaovana ity dia fananan'ny Olink® Proteomics AB, raha tsy misy filazana hafa.
Tohana ara-teknika
Raha mila fanohanana ara-teknika, mifandraisa amin'ny Olink Proteomics amin'ny support@olink.com.
Torolàlana momba ny laboratoara
Ity toko ity dia manome torolalana momba ny fomba fandrindrana ny Olink Libraries amin'ny NextSeq™ 550 amin'ny fampiasana ny NextSeq™ 500/550 High Output Kit v2.5 (75 Cycles). Ny protocole ampiasaina amin'ny filaharana dia fampifanarahana ny fizotran'ny NGS mahazatra Illumina® ho an'ny Illumina® NextSeq ™ 550. Alohan'ny hirosoana amin'ny filaharana dia ataovy azo antoka fa voamarina ny kalitaon'ny Tranomboky voadio. Jereo ny Olink Explore User Manual ho an'ny torolàlana momba ny fanaraha-maso ny kalitao.
Manaova drafitra ny hazakazaka manaraka
Ny Tranomboky Olink iray dia azo alaina isaky ny sela NextSeq™ 550 High Output sy isaky ny hazakazaka. Ny isan'ny sela sy ny hazakazaka High Output ilaina amin'ny filaharan'ireo Olink Explore Reagent Kits dia voalaza ao amin'ny tabilao 1. Raha mihoatra ny iray no ilaina dia avereno ny toromarika voalaza ato amin'ity boky ity.
Tabilao 1. Fandrindrana ny fandehanana manaraka:
| Olink® Explore Reagent Kit | Isan'ny Tranomboky Olink | Isan'ny sela mikoriana sy mihazakazaka |
| Olink® Explore 384 Reagent Kit | 1 | 1 |
| Olink® Explore 4 x 384 Reagent Kit | 4 | 4 |
| Olink® Explore 1536 Reagent Kit | 4 | 4 |
| Olink® Explore Expansion Reagent Kit | 4 | 4 |
| Olink® Explore 3072 Reagent Kit | 8 | 8 |
Mametraka fomba fanao mahazatra Olink®
Mandritra io dingana io, ny fomba fanamboarana Olink® dia apetraka ao amin'ny NextSeq™ 550. Ity dingana ity dia tsy maintsy atao indray mandeha ihany, alohan'ny hanaovana ny filaharana Olink voalohany.
FANAMARIHANA: Ny fomba fanao mahazatra Olink dia tsy hiasa afa-tsy amin'ny NextSeq™ 500/550 High Output Kits sy ny NextSeq™ Control Software 4.0
- Sokafy ary apetraho ny fomba fanamboarana Olink Olink_NSQ550_HighOutput_V1 ao amin'ny lahatahiry manaraka an'ny fitaovana NextSeq™ 550: C:\Program Files\Illumina\NextSeq Control Software\Recipe\Custom\High\.
- Eo ambanin'ny System Customization> Manage Instrument, avelao ny Custom Recipes. Raha tsy voafantina, dia tsy hiseho ny safidy fomba fanao mahazatra mandritra ny fanamboarana.
FANAMARIHANA: Ao amin'ny dikan-tsarimihetsika NCS 4.0, ny safidy hisafidianana fomba fanao mahazatra dia tsy hitranga raha tsy aorian'ny famenoana ny cartridge reagent, fa tsy ao amin'ny pejy fananganana teo aloha.
FANAMARIHANA: Ny hazakazaka dia tsy maintsy apetraka amin'ny fomba manual mba ahafahana manamboatra fomba fanao mahazatra.
Manomàna reagents sequencing
Mandritra io dingana io, ny cartridge reagent misy clustering sy sequencing reagents dia levona ary voaomana ny sela mikoriana.
Manomàna cartridge reagent
FAMPITANDREMANA: Ny cartridge reagent dia misy akora simika mety hampidi-doza. Manaova fitaovam-piarovana sahaza ary ario ny reagents efa nampiasaina araka ny fenitra azo ampiharina. Raha mila fanazavana fanampiny dia jereo ny Illumina NextSeq 550 System Guide (document #15069765).
Omano dabilio
- 1x NextSeq™ 500/550 High Output Reagent Cartridge v2 (75 tsingerina).
torolalana
- Apetraho ao anaty rano mafana ny vata fampangatsiahana mangatsiaka ary avela hilona mandritra ny 1 ora. Ataovy azo antoka fa levona tanteraka ny fitahirizana reagent amin'ny cartridges.
FANAMARIHANA: Mba hahamora kokoa, levona ny cartridge ny andro mialoha ary tehirizo mandritra ny alina amin'ny 4 ° C. Amin'ity mari-pana ity, ny reagents dia maharitra hatramin'ny herinandro. - Hamainina tsara amin'ny lamba famaohana taratasy ny fototry ny kasety ary esory ny tombo-kase foil ho maina amin'ny tavy tsy misy lint raha ilaina.
- Avereno im-polo ny cartridge mba hampifangaroana tsara ireo reagents efa levona ao anatiny.
- Peho moramora eo amin'ny dabilio ny kasety mba hanesorana ny bubbles. Tehirizo ao amin'ny mari-pana amin'ny efitra ilay cartridge raha ampiasaina ao anatin'ny 4 ora.
Omano ny sela mikoriana
Omano dabilio
- 1x NextSeq™ 500/550 Selula mikoriana avo lenta v2.5.
torolalana
- Ento amin'ny mari-pana mandritra ny 30 minitra ny sela mikoriana mangatsiaka.
- Manaova fonon-tanana tsy misy vovoka vaovao (mba tsy handoto ny vera amin'ny sela mikoriana).
- Rehefa vonona ny hampiditra ny sela mikoriana ao anaty fitaovana, esory ny sela mikoriana ao anaty fonosana sy ny clamshell plastika.
- Jereo ny sela mikoriana. Raha misy potika na vovoka hita eny amin'ny vera rehetra, diovy amin'ny famafana alkaola isopropyl tsy misy lint ny faritra misy azy, ary tazony amin'ny tavy laboratoara ambany-lint.
Omano ny Olink® Library amin'ny filaharana
Mandritra io dingana io, dia voaomana ny dilution NaOH sy Tris-HCl, ary ny Olink Library voadio sy voafehy tsara dia voadio sy denatured amin'ny dingana manaraka.
Omano ny dilution NaOH
Ny dilution NaOH dia ampiasaina hanesorana ny tranomboky.
Omano dabilio
- 1 N NaOH stock
- MilliQ rano
- 1x Tube Microcentrifuge (1.5 mL)
- Pipetta manual (10-100 μL)
- Sivana pipette toro-hevitra
Alohan'ny hanombohanao
Mariho ny fantsona microcentrifuge "NaOH".
torolalana
- Manomàna dilution NaOH 0.2 N ao amin'ny Tube NaOH araka ny tabilao 2.
- Vortex tsara ny Tube NaOH ary mihodina midina. Ampiasao ao anatin'ny 12 ora.
Tabilao 2. 0.2 N NaOH dilution
| Reagent | Vola (μL) |
| MilliQ rano | 80 |
| 1 N NaOH stock | 20 |
2.4.2 Omano ny dilution Tris-HCl
Ny dilution Tris-HCl dia ampiasaina amin'ny neutralize ny tranomboky denaturated.
Omano dabilio
- 1 M Tris-HCl pH 7.0 tahiry (Trizma® hydrochloride solution)
- MilliQ rano
- 1x Tube Microcentrifuge (1.5 mL)
- Pipetta manual (10-100 μL)
- Sivana pipette toro-hevitra
Alohan'ny hanombohanao
- Mariho ny fantsona microcentrifuge "Tris-HCl"
torolalana
- Manomàna dilution Tris-HCl 200 mM ao amin'ny Tube Tris-HCl araka ny tabilao 3.
- Vortex tsara ny Tube Tris-HCl ary atodiho midina.
Tabilao 3. 200 mM Tris-HCl dilution:
| Reagent | Vola (μL) |
| MilliQ rano | 80 |
| 1M Tris-HCl pH 7.0 tahiry (Trizma® hydrochloride solution) | 20 |
Dilute ny Olink® Libraries
Amin'ity dingana ity, ny Olink Library voadio sy voafehy tsara dia voadio amin'ny 1:33.
Omano dabilio
- Lib Tube, voaomana araka ny Olink Explore User Manual
- MilliQ rano
- 1x Tube Microcentrifuge (1.5 mL)
- Pipetta manual (0.5-10 sy 100-1000 μL)
- Sivana pipette toro-hevitra
Alohan'ny hanombohanao
- Atsofohy ny Lib Tube raha mangatsiaka.
- Mariho ny fantsona microcentrifuge vaovao: "Dil".
torolalana
- Ampio rano MilliQ 96 μL amin'ny Dil Tube.
- Vortex ny Lib Tube ary ahodino vetivety.
- Afindrao 3 μL avy amin'ny Lib Tube mankany amin'ny Dil Tube.
- Vortex ny Dil Tube ary atsangano kely
Manadio sy manalefaka ny Olink® Library amin'ny fifantohana farany
Amin'ity dingana ity, ny Tranomboky Olink voapoizina dia denatured ary mihalevona hatrany amin'ny fifantohana farany amin'ny entana.
Omano dabilio
- Dil Tube, voaomana tamin'ny dingana teo aloha
- 0.2 N NaOH dilution, vao voaomana tamin'ny dingana teo aloha
- 200 mM Tris-HCl (pH 7.0) dilution, voaomana tamin'ny dingana teo aloha
- Hybridization buffer 1 (HT1) tafiditra ao amin'ny NextSeq™ Accessory Box v2
- 2x Microcentrifuge fantsona (1.5 mL sy 2 mL)
- Pipetta manual (0.5-10 sy 100-1000 μL)
- Sivana pipette toro-hevitra
Alohan'ny hanombohanao
- Atsofohy amin'ny mari-pana amin'ny efitrano ny buffer HT1 mangatsiaka. Tehirizo amin'ny +4 ° C mandra-pahatongan'ny fampiasana.
- Asio marika ny fantsona microcentrifuge 1.5 mL vaovao: "Den" (ho an'ny Tranomboky efa voahidy).
- Mariho ny fantsona microcentrifuge 2 mL vaovao: "Seq" (ho an'ny tranomboky vonona hampiditra).
torolalana
- Afindrao 5 μL avy amin'ny Dil Tube mankany amin'ny Den Tube.
- Ampio 5 μL ny NaOH 0.2 N ao amin'ny Den Tube.
- Vortex ny Den Tube ary ahodino vetivety.
- Atsofohy ny Den Tube mandritra ny 5 minitra amin'ny mari-pana amin'ny efitrano mba handroahana ny Tranomboky.
- Ampio 5 μL amin'ny 200 mM Tris-HCl (pH 7.0) ao amin'ny Den Tube mba hanalefahana ny fihetsika.
- Vortex ny Den Tube ary ahodino vetivety.
- Ampio 985 μL amin'ny HT1 efa mangatsiaka ny Den Tube.
- Vortex ny Den Tube ary ahodino vetivety. Ny fantsona dia azo tehirizina amin'ny +4 ° C mandra-pahatongan'ny fampiasana (andro iray ihany).
- Alefaso 205 μL avy amin'ny Den Tube mankany amin'ny Seq Tube.
- Ampio 1095 μL amin'ny HT1 efa mangatsiaka ny Seq Tube.
- Atsipazo ny Seq Tube mba hampifangaroana ireo reagents ary atodiho vetivety. Ny habetsahan'ny entana farany dia 1.3 ml.
- Tohizo avy hatrany amin'ny 2.5 Manaova filaharana Olink®.
Manaova fihazakazahana Olink®
Amin'ity dingana ity dia ampidirina ao amin'ny NextSeq 550 ny kasety buffer, ny sela mikoriana ary ny cartridge reagent efa voaomana misy ny Olink Library, ary natomboka tamin'ny fampiasana ny fomba fanao mahazatra Olink ny hazakazaka.
Omano dabilio
- Seq Tube (miaraka amin'ny tranomboky efa vonona), voaomana tamin'ny dingana teo aloha
- 1x NextSeq™ 500/550 High Output Reagent Cartridge v2, voaomana tamin'ny dingana teo aloha
- 1x NextSeq™ 500/550 High Output Flow Cell v2.5, voaomana tamin'ny dingana teo aloha
- 1x NextSeq™ 500/550 Buffer Cartridge v2 (75 cycles), amin'ny mari-pana
Mametraha masontsivana fampandehanan-dàlana
Mandritra io dingana io, ny masontsivana fampandehanana filaharana dia voafantina ao amin'ny NextSeq™ 550.
- Ao amin'ny efijery an-trano NextSeq™ 550, safidio ny Experiment.
- Ao amin'ny efijery Select Assay, mifidiana Sequence.
- Ao amin'ny pejin'ny Run Setup, mifidiana Manual run mode ary avy eo manaraka.
- Amboary ny paramètre run toy izao:
- Ao amin'ny saha Run Name, ampidiro ID fanandramana tokana.
- Ao amin'ny sehatry ny Library ID, ampidiro ny ID an'ny Tranomboky izay ataonao (tsy voatery).
- Ao amin'ny sehatry ny Read Type, safidio ny safidy Single Read.
- Ampidiro ny isan'ny tsingerina toy izao:
- Vakio ny 1:24
- Fanondro 1: 0
- Fanondro 2: 0
- Vakio ny 2:0
- Tazony tsy voafantina ny boaty fisavana ho an'ny primer manokana.
- Mametraha ny toerana fampirimana vokatra ho an'ny angona manta mandeha ankehitriny. Select Browse hanova ny toerana fampirimana vokatra.
- Aza mametraka Sample Sheet.
- Safidio ny Purge consumables ho an'ity hazakazaka ity.
- Select Next.
Ampidiro ao amin'ny NextSeq™ 550 ny sela mikoriana
- Esory ny sela mikoriana ampiasaina amin'ny hazakazaka teo aloha.
- Apetraho eo amin'ny s ny sela mikoriana vaovao voaomanatage.
- Select Load. Mihidy ho azy ny varavarana.
- Rehefa miseho eo amin'ny efijery ny ID cellule mikoriana ary voamarika amin'ny maitso maitso ny sensor, safidio ny Manaraka
Foana ny fitoeran-javatra reagent
FAMPITANDREMANA: Ahitana akora simika mety hampidi-doza ity andiana reagents ity. Manaova fitaovam-piarovana sahaza ary ario ny reagents efa nampiasaina araka ny fenitra azo ampiharina. Raha mila fanazavana fanampiny dia jereo ny Illumina NextSeq 550 System Guide.
- Sokafy ny varavaran'ny efitra fitehirizam-bokatra, esory avy ao amin'ny efitra ambany ny kaontenera reagents lany, ary ario ny atiny mifanaraka amin'ny fenitra azo ampiharina.
- Atsofohy ao amin'ny efitrefitra ambany kokoa ilay fitoeran-javatra reagent tsy misy na inona na inona. Ny tsindry azo henoina dia manondro fa napetraka tsara ilay fitoeran-javatra.
Enta-mavesatra buffer cartridge
- Esory ao amin'ny efitry ny buffer ambony ny carte de buffer efa nampiasaina ary ario mifanaraka amin'ny fenitra mifanaraka amin'izany.
- Asio kasety buffer vaovao ao amin'ny efitranon'ny buffer ambony. Ny tsindry azo heno dia manondro fa napetraka tsara ny cartridge. Ataovy azo antoka fa miseho eo amin'ny efijery ny ID carte de buffer ary voamarika amin'ny loko maitso ny sensor.
- Akatona ny varavaran'ny efitrano fitehirizana ary safidio ny Manaraka.
Ampidiro ny cartridge reagent
- Sokafy ny varavaran'ny efitranon'ny reagent, esory ny baoritra reagent efa nampiasaina, ary ario ny votoaty tsy ampiasaina araka ny fenitra azo ampiharina. Ny fitahirizana eo amin'ny toerana 6 dia azo esorina mba hanamora ny fanariana azo antoka.
- Tsofy ny tombo-kase amin'ny fitahirizana #10 misy soratra hoe "Load Library Here" miaraka amin'ny tendron'ny pipette madio 1 mL.
- Ampidiro 1.3 mL ny Tranomboky Olink avy ao amin'ny Tube Seq mankany amin'ny fitahirizana #10 misy soratra hoe "Load Library Eto".
- Atsofohy ao amin'ny efitranon'ny reagent ny kasety vaovao ary hanidy ny varavaran'ny efitranon'ny reagent.
- Safidio ny Load ary andraso ~ 30 segondra mandra-pisehoan'ny ID cartridge reagent eo amin'ny efijery ary voamarika amin'ny loko maitso ny sensor.
- Avy amin'ny lisitry ny fidinan'ny Recipe, safidio ny safidy [Custom] "Olink_NSQ550_HighOutput_V1".
- Select Next.
Atombohy ny hazakazaka manaraka
- Hamafiso ny mari-pamantarana mihazakazaka aseho amin'ny Review écran. Raha hanova ny masontsivana rehetra, tsindrio Miverena hiverina amin'ny efijery Run Setup.
- Select Next. Ny hazakazaka dia manomboka aorian'ny fisavana mialoha mandeha ho azy. Manodidina ny 7h30 mn eo ho eo ny fotoana fandehanana manaraka.
- Diovy ny faritry ny asa.
FANAMARIHANA: Rehefa vita ny fampandehanana ny filaharana, dia manomboka fanasan-damba mandeha ho azy ny lozisialy amin'ny alàlan'ny vahaolana fanasan-damba omena ao amin'ny carte de buffer sy ny NaOCl omena ao amin'ny cartridge reagent. Maharitra 90 minitra eo ho eo io fanasana io. Mavitrika ny bokotra Home rehefa vita ny fanasana. Ny cartridges efa nampiasaina sy ny sela mikoriana dia azo avela amin'ny toerany mandra-pahatongan'ny hazakazaka manaraka.
Manara-maso ny fivoaran'ny fandehanana
Olink dia mampiasa NGS ho toy ny famakiana hamantatra ny habetsahan'ny filaharana fantatra mba hanombanana ny fitanan'ny proteinina iray ao anatin'ny s.amples (raha oharina amin'ny samples). Ny kalitaon'ny angona avy amin'ny hazakazaka Explore tsirairay dia voafaritry ny masontsivana QC tokana amin'ny teknolojia Olink. Noho izany, ny metrika fanaraha-maso kalitao mahazatra ampiasaina amin'ny NGS mahazatra, toy ny Q-score, dia tsy dia mitsikera loatra.
Tantara fanavaozana
| Malagasy Bible | Daty | Description |
| 1.1 | 2021-12-13 | Fanovana tonian-dahatsoratra |
| 1.0 | 2021-12-01 | Vaovao |
www.olink.com
Ho an'ny fampiasana fikarohana ihany. Tsy azo ampiasaina amin'ny fomba diagnostika.
Ity vokatra ity dia misy fahazoan-dàlana ho an'ny fampiasana tsy ara-barotra ny vokatra Olink. Ireo mpampiasa ara-barotra dia mety mitaky fahazoan-dàlana fanampiny. Mifandraisa amin'i Olink azafady
Proteomics AB (publ) Tsy misy antoka, na voambara na an-kolaka, izay mihoatra an'io famaritana io. Ny Olink Proteomics AB dia tsy tompon'andraikitra amin'ny fahasimbana fananana, ratram-po manokana, na fatiantoka ara-toekarena vokatry ity vokatra ity.
Ny marika manaraka dia an'ny Olink Proteomics AB: Olink®.
Ity vokatra ity dia voarakotry ny patanty maromaro sy ny fangatahana patanty azo alaina ao https://www.olink.com/patents/.
© Copyright 2021 Olink Proteomics AB. Ny marika famantarana avy amin'ny antoko fahatelo rehetra dia fananan'ny tompony tsirairay avy. Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Uppsala, Soeda
1192, v1.1, 2021-12-13
Documents / Loharano
 |
Olink Explore Sequencing mampiasa NextSeq 550 [pdf] Boky Torolàlana Jereo ny Sequencing mampiasa NextSeq 550, Explore Sequencing, mampiasa NextSeq 550, NextSeq 550 |
