Olink Explore Seicheamhú ag baint úsáide as NextSeq 550
Réamhrá
Úsáid atá beartaithe
Is ardán imdhíonta ilphléacs é Olink® Explore chun bithmharcóir próitéine daonna a fhionnachtain. Tá an táirge beartaithe le haghaidh Úsáide Taighde Amháin, agus ní le húsáid i nósanna imeachta diagnóiseacha. Ní bheidh an obair saotharlainne á rith ach ag foireann oilte saotharlainne. Ní dhéanfaidh ach foireann oilte sonraí a phróiseáil. Tá sé i gceist na torthaí a úsáid ag taighdeoirí i gcomhar le torthaí cliniciúla nó saotharlainne eile.
Maidir leis an lámhleabhar seo
Soláthraíonn an Lámhleabhar Úsáideora seo na treoracha a theastaíonn chun Olink® Explore Libraries a chur in ord ar Illumina® NextSeq™ 550. Ní mór na treoracha a leanúint go docht agus go sainráite. D'fhéadfadh sonraí lagaithe a bheith mar thoradh ar aon diallais ar fud na gcéimeanna saotharlainne. Sula dtosaíonn tú ar an sreabhadh oibre saotharlainne, téigh i gcomhairle leis an Olink® Explore Overview Lámhleabhar Úsáideora le haghaidh réamhrá ar an ardán, lena n-áirítear faisnéis faoi imoibrithe, trealamh agus doiciméadú atá ag teastáil, os a chionnview den sreabhadh oibre, chomh maith le treoirlínte saotharlainne. Le treoracha a fháil maidir le conas Feisteáin Imoibrí Olink® Explore a rith, féach ar an Lámhleabhar Úsáideora Olink® Explore is infheidhme. Le haghaidh próiseála sonraí agus anailís ar thorthaí seicheamh Olink® Explore, féach ar Threoir Úsáideora Olink® MyData Cloud. Is le Olink® Proteomics AB gach trádmharc agus cóipcheart atá san ábhar seo, mura luaitear a mhalairt.
Tacaíocht theicniúil
Le haghaidh tacaíocht theicniúil, déan teagmháil le Olink Proteomics ag tacaíocht@olink.com.
Treoracha saotharlainne
Soláthraíonn an chaibidil seo treoracha maidir le conas Leabharlanna Olink a chur in ord ar NextSeq™ 550 ag baint úsáide as Kit Aschur Ard NextSeq™ 500/550 v2.5 (75 Timthriall). Is é an prótacal a úsáidtear le haghaidh seicheamhú ná oiriúnú ar shreabhadh oibre caighdeánach Illumina® NGS do Illumina® NextSeq™ 550. Sula dtéann tú ar aghaidh leis an seicheamhú, déan cinnte go bhfuil cáilíocht na Leabharlainne íonaithe fíoraithe. Déan tagairt don Lámhleabhar Úsáideora Olink Explore is infheidhme le haghaidh treoracha faoi rialú cáilíochta.
Déan an rith seicheamhaithe a phleanáil
Is féidir Leabharlann Olink amháin a chur in ord in aghaidh na cille sreafa Ard-Aschuir NextSeq™ 550 agus in aghaidh an rith. Déantar cur síos i dTábla 1 ar líon na gceall sreafa Ard-Aschuir a theastaíonn chun na Feisteáin Imoibrí Olink Explore éagsúla a sheicheamhú. Má tá níos mó ná rith amháin ag teastáil, déan na treoracha a bhfuil cur síos orthu sa lámhleabhar seo arís.
Tábla 1.Seicheamh pleanáil rith:
| Olink® Explore Imoibrí Kit | Líon Leabharlanna Olink | Líon na gcill sreafa(cha) agus na rith(eanna) |
| Olink® Déan iniúchadh ar 384 Kit Imoibrí | 1 | 1 |
| Olink® Déan iniúchadh ar threalamh imoibrí 4 x 384 | 4 | 4 |
| Olink® Déan iniúchadh ar 1536 Kit Imoibrí | 4 | 4 |
| Olink® Déan iniúchadh ar threalamh imoibrí leathnaithe | 4 | 4 |
| Olink® Déan iniúchadh ar 3072 Kit Imoibrí | 8 | 8 |
Suiteáil Olink® oideas saincheaptha
Le linn na céime seo, tá an t-oideas saincheaptha Olink® suiteáilte ar an NextSeq™ 550. Ní gá an chéim seo a dhéanamh ach uair amháin, sula ndéantar rith seicheamhaithe Olink don chéad uair.
NÓTA: Ní oibreoidh an t-oideas saincheaptha Olink ach leis na Feisteáin Ard-Aschuir NextSeq™ 500/550 agus na Bogearraí Rialaithe NextSeq™ 4.0
- Dísip agus cuir an t-oideas saincheaptha Olink Olink_NSQ550_HighOutput_V1 san fhillteán seo a leanas den ionstraim NextSeq™ 550: C:\Programme Files\Illumina\NextSeq Control Software\Oideas\Custom\High\.
- Faoi Saincheapadh Córais > Bainistigh Ionstraim, cumasaigh Oidis Chustaim. Mura roghnaítear é, ní bheidh an rogha oidis saincheaptha le feiceáil le linn an tsocraithe rith.
NÓTA: Sa leagan bogearraí NCS 4.0, ní tharlóidh an rogha chun oideas saincheaptha a roghnú ach amháin tar éis an datha imoibrí a luchtú, ní sa leathanach socraithe níos luaithe.
NÓTA: Ní mór an rith a shocrú i mód láimhe chun oidis saincheaptha a cheadú.
Ullmhaigh imoibrithe seicheamhaithe
Le linn na céime seo, déantar an cartús imoibrí ina bhfuil imoibrithe braisle agus seicheamhaithe a leá agus ullmhaítear an chill sreafa.
Ullmhaigh cartúis imoibrí
RABHADH: Tá ceimiceáin a d'fhéadfadh a bheith guaiseach sa chartús imoibrí. Caith trealamh cosanta imleor agus caith amach imoibrithe a úsáidtear i gcomhréir leis na caighdeáin is infheidhme. Le haghaidh tuilleadh faisnéise, féach ar Threoir an Chórais Illumina NextSeq 550 (doiciméad #15069765).
Binse a ullmhú
- 1x Cartús Imoibrí Ard-Aschuir NextSeq™ 500/550 v2 (75 timthriall).
Treoracha
- Cuir an datha imoibrí reoite leath-báite in uisce tempered seomra agus lig dó leá ar feadh 1 uair an chloig. Bí cinnte go bhfuil gach taiscumair imoibrí de na cartúis leáite go hiomlán.
NÓTA: Ar mhaithe le caoithiúlacht, leáigh an datha an lá roimh ré agus é a stóráil thar oíche ag 4 °C. Ag an teocht seo, tá imoibrithe cobhsaí suas le seachtain amháin. - Triomaigh bonn an datha go maith le tuáille páipéir agus scrios na rónta scragall a thriomú le fíochán saor ó lint más gá.
- Inbhéartaigh an datha deich n-uaire chun na himoibrithe leáite a mheascadh go críochnúil laistigh.
- Tapáil an datha go réidh ar an mbinse chun boilgeoga aeir a bhaint. Stóráil an datha ag teocht an tseomra más rud é go n-úsáidfear é laistigh de 4 uair an chloig.
Ullmhaigh cill sreafa
Binse a ullmhú
- 1x NextSeq™ 500/550 Cill Sreabhadh Ard-Aschuir v2.5.
Treoracha
- Tabhair an chill sreafa cuisnithe go teocht an tseomra ar feadh 30 nóiméad.
- Cuir lámhainní nua saor ó phúdar ort (chun dromchla gloine na cille sreafa a sheachaint).
- Nuair a bheidh tú réidh chun an cille sreafa a luchtú isteach san ionstraim, bain an chill sreafa as an bpacáiste agus an clamshell plaisteach.
- Iniúchadh a dhéanamh ar an sreabhadh cille. Má tá cáithníneach nó deannach le feiceáil ar aon cheann de na dromchlaí gloine, glan an dromchla infheidhme le halcól isopropil gan lint agus triomaigh le fíochán saotharlainne íseal-lint é.
Ullmhaigh Leabharlann Olink® le haghaidh seicheamhú
Le linn na céime seo, ullmhaítear caoluithe NaOH agus Tris-HCl, agus déantar Leabharlann Olink íonaithe agus rialaithe cáilíochta a chaolú agus a dhínádúrú i gcéimeanna seicheamhach.
Ullmhaigh caolú NaOH
Úsáidtear caolú NaOH chun na Leabharlanna a dhínádúrú.
Binse a ullmhú
- 1 N stoc NaOH
- MilliQ uisce
- Feadán micrealártheifneoir 1x (1.5 mL)
- Pípéad láimhe (10-100 μL)
- Scag leideanna pípéad
Sula dtosaíonn tú
Marcáil “NaOH” ar an bhfeadán micrealártheifneora.
Treoracha
- Ullmhaigh caolú 0.2 N NaOH san fheadán NaOH de réir Tábla 2.
- Vortex an Tube NaOH go maith agus casadh síos. Bain úsáid as laistigh de 12 uair an chloig.
Tábla 2. 0.2 N caolú NaOH
| Imoibrí | Toirt (μL) |
| MilliQ uisce | 80 |
| 1 N stoc NaOH | 20 |
2.4.2 Caolú Tris-HCl a ullmhú
Úsáidtear caolú Tris-HCl chun an Leabharlann dínádúraithe a neodrú.
Binse a ullmhú
- Stoc 1 M Tris-HCl pH 7.0 (tuaslagán hidreaclóiríd Trizma®)
- MilliQ uisce
- Feadán micrealártheifneoir 1x (1.5 mL)
- Pípéad láimhe (10-100 μL)
- Scag leideanna pípéad
Sula dtosaíonn tú
- Marcáil an feadán micrealártheifneoir mar “Tris-HCl”
Treoracha
- Ullmhaigh caolú Tris-HCl 200 mM sa fheadán Tris-HCl de réir Tábla 3.
- Vortex an Feadán Tris-HCl go maith agus casadh síos é.
Tábla 3. caolú Tris-HCl 200 mM:
| Imoibrí | Toirt (μL) |
| MilliQ uisce | 80 |
| Stoc 1M Tris-HCl pH 7.0 (tuaslagán hidreaclóiríd Trizma®) | 20 |
Leabharlanna Olink® caolaithe
Le linn na céime seo, caolaítear Leabharlann Olink íonaithe agus rialaithe cáilíochta 1:33.
Binse a ullmhú
- Lib Tube, ullmhaithe de réir Lámhleabhar Úsáideora Olink Explore is infheidhme
- MilliQ uisce
- Feadán micrealártheifneoir 1x (1.5 mL)
- Pípéid láimhe (0.5-10 agus 100-1000 μL)
- Scag leideanna pípéad
Sula dtosaíonn tú
- Leáigh an Tube Lib má tá sé reoite.
- Marcáil an feadán nua micrealártheifneoir: “Dil”.
Treoracha
- Cuir 96 μL d'uisce MilliQ leis an Feadán Dil.
- Vortex an Lib Tube agus casadh síos go hachomair é.
- Aistrigh 3 μL ón Lib Tube go dtí an Feadán Dil.
- Vortex an Dil Tube agus casadh síos go hachomair é
Dínádúr agus caolaigh Leabharlann Olink® go dtí an tiúchan luchtaithe deiridh
Le linn na céime seo, déantar Leabharlann Olink caolaithe a dhínádúrú agus a chaolú tuilleadh go dtí an tiúchan luchtaithe deiridh.
Binse a ullmhú
- Dil Tube, ullmhaithe sa chéim roimhe seo
- 0.2 N caolú NaOH, ullmhaithe go húr sa chéim roimhe seo
- 200 mM Tris-HCl (pH 7.0) caolú, ullmhaithe sa chéim roimhe seo
- Maolán hibridithe 1 (HT1) san áireamh sa NextSeq™ Accessory Box v2
- Feadáin mhicrealártheifneora 2x (1.5 mL agus 2 mL)
- Pípéid láimhe (0.5-10 agus 100-1000 μL)
- Scag leideanna pípéad
Sula dtosaíonn tú
- Leáigh an maolán HT1 reoite ag teocht an tseomra. Stóráil ag +4 °C go dtí go n-úsáidfear é.
- Marcáil an feadán nua micrealártheifneoir 1.5 ml: “Den” (don Leabharlann dínádúraithe).
- Marcáil an feadán nua micrealártheifneoir 2 ml: “Seq” (don Leabharlann réidh le luchtú).
Treoracha
- Aistrigh 5 μL ón Dil Tube go dtí an Feadán Den.
- Cuir 5 μL de 0.2 N NaOH leis an Feadán Den.
- Vortex an Den Tube agus casadh síos go hachomair é.
- Gorraigh an Feadán Den ar feadh 5 nóiméad ag teocht an tseomra chun an Leabharlann a dhínádúrú.
- Cuir 5 μL de 200 mM Tris-HCl (pH 7.0) leis an Den Tube chun an t-imoibriú a neodrú.
- Vortex an Den Tube agus casadh síos go hachomair é.
- Cuir 985 μL de HT1 réamhfhuaraithe leis an Den Tube.
- Vortex an Den Tube agus casadh síos go hachomair é. Is féidir an feadán a stóráil ag +4 ° C go dtí go n-úsáidfear é (an lá céanna).
- Aistrigh 205 μL ón Feadán Den go dtí an Feadán Seq.
- Cuir 1095 μL de HT1 réamhfhuaraithe leis an Seq Tube.
- Invert an Seq Tube chun na himoibrithe a mheascadh agus é a chasadh síos go hachomair. Is é 1.3 mL an toirt luchtaithe deiridh.
- Lean ar aghaidh láithreach chuig 2.5 Rith seicheamhaithe Olink® a dhéanamh.
Déan rith seicheamhaithe Olink®
Le linn na céime seo, déantar an cartús maolánach, an chill sreafa agus an datha imoibrí ullmhaithe ina bhfuil Leabharlann Olink a luchtú isteach sa NextSeq 550, agus cuirtear tús leis an rith seicheamhaithe ag baint úsáide as an t-oideas saincheaptha Olink.
Binse a ullmhú
- Seq Tube (le Leabharlann réidh le luchtú), ullmhaithe sa chéim roimhe seo
- 1x Cartús Imoibrí Ard-Aschuir NextSeq™ 500/550 v2, ullmhaithe sa chéim roimhe seo
- 1x NextSeq™ 500/550 Cill Sreabhadh Ard-Aschuir v2.5, ullmhaithe sa chéim roimhe seo
- 1x NextSeq™ 500/550 Maolán Cartús v2 (75 timthriall), ag teocht an tseomra
Socraigh paraiméadair rith seicheamhaithe
Le linn na céime seo, roghnaítear paraiméadair rith seicheamhaithe ar an NextSeq™ 550.
- Ar an scáileán Baile NextSeq™ 550, roghnaigh Turgnamh.
- Ar an scáileán Roghnaigh Assay, roghnaigh Seicheamh.
- Ar an leathanach Socrú Rith, roghnaigh Modh reáchtáil láimhe agus ansin Ar Aghaidh.
- Socraigh na paraiméadair rith mar seo a leanas:
- Sa réimse Ainm Rith, cuir isteach ID turgnaimh uathúil.
- Sa réimse ID Leabharlainne, cuir isteach ID na Leabharlainne atá á rith agat (roghnach).
- Sa réimse Léigh Cineál, roghnaigh an rogha Léigh Aonair.
- Cuir isteach líon na dtimthriallta mar seo a leanas:
- Léigh 1:24
- Innéacs 1:0
- Innéacs 2:0
- Léigh 2:0
- Coinnigh an ticbhosca le haghaidh primers saincheaptha neamhroghnaithe.
- Socraigh suíomh an fhillteáin aschuir do na sonraí amha reatha. Roghnaigh Brabhsáil chun suíomh an fhillteáin aschuir a athrú.
- Ná socraigh Sample Bileog.
- Roghnaigh earraí inchaite Purge don rith seo.
- Roghnaigh Ar Aghaidh.
Luchtaigh sreabhchill isteach i NextSeq™ 550
- Bain an chill sreafa úsáidte ón rith roimhe seo.
- Cuir an chill sreafa ullmhaithe nua ar an stage.
- Roghnaigh Luchtaigh. Tá an doras dúnta go huathoibríoch.
- Nuair a bhíonn an t-aitheantas cille sreafa le feiceáil ar an scáileán agus na braiteoirí a sheiceáil i glas, roghnaigh Ar Aghaidh
Folmhaigh an coimeádán imoibrí
RABHADH: Tá ceimiceáin a d’fhéadfadh a bheith guaiseach sa tacar imoibrithe seo. Caith trealamh cosanta imleor agus caith amach imoibrithe a úsáidtear i gcomhréir leis na caighdeáin is infheidhme. Le haghaidh tuilleadh faisnéise, féach ar Threoir an Chórais Illumina NextSeq 550.
- Oscail doras an urrann maolánach, bain an coimeádán imoibrithe caite as an urrann níos ísle, agus diúscairt an t-ábhar de réir na gcaighdeán is infheidhme.
- Sleamhnaigh an coimeádán imoibrí folamh ar ais isteach sa urrann maolánach íochtair. Léiríonn cliceáil inchloiste go bhfuil an coimeádán suite i gceart.
Íosluchtaigh cartúis maolánacha
- Bain an datha maolánach a úsáidtear ón urrann maolánach uachtarach agus diúscair an t-ábhar i gcomhréir leis na caighdeáin is infheidhme.
- Sleamhnaigh cartús maolánach nua isteach sa urrann mhaolánach uachtarach. Léiríonn cliceáil inchloiste go bhfuil an datha suite i gceart. Bí cinnte go bhfuil an t-aitheantas datha maolánach le feiceáil ar an scáileán agus go bhfuil na braiteoirí seiceáilte i glas.
- Dún doras na urrann maolánach agus roghnaigh Ar Aghaidh.
Íosluchtaigh cartúis imoibrí
- Oscail doras urrann an imoibrí, bain an datha imoibrí a úsáidtear, agus diúscairt an t-ábhar neamhúsáidte de réir na gcaighdeán is infheidhme. Is féidir an taiscumar ag suíomh 6 a bhaint chun diúscairt shábháilte a éascú.
- Pierce séala an taiscumar #10 lipéadaithe mar “Luchtaigh Leabharlann Anseo” le tip glan pípéad 1 ml.
- Luchtaigh 1.3 ml Leabharlann Olink ón Seq Tube isteach i dtaiscumar #10 lipéadaithe mar “Luchtaigh Leabharlann Anseo”.
- Sleamhnaigh an cartús imoibrí nua isteach san urrann imoibrí agus dún doras urrann an imoibrí.
- Roghnaigh Luchtaigh agus fan ar feadh ~30 soicind go dtí go bhfeicfear ID an datha imoibrí ar an scáileán agus go bhfuil na braiteoirí seiceáilte i glas.
- Ón liosta anuas Oideas, roghnaigh an [Custom] “Olink_NSQ550_HighOutput_V1” rogha oideas.
- Roghnaigh Ar Aghaidh.
Tosaigh rith seicheamhaithe
- Deimhnigh na paraiméadair rith a thaispeántar ar an Review scáileán. Chun aon pharaiméadair a chur in eagar, brúigh Ar Ais chun filleadh ar an scáileán Run Setup.
- Roghnaigh Ar Aghaidh. Tosaíonn an rith tar éis seiceáil uathoibríoch réamh-rith. Is é an t-am a rith seicheamhaithe thart ar 7h30 min.
- Glan an limistéar oibre.
NÓTA: Nuair a bhíonn an rith seicheamhaithe críochnaithe, cuireann na bogearraí tús le nigh iar-rith uathoibríoch ag baint úsáide as na réitigh níocháin a sholáthraítear sa datha maolánach agus an NaOCl a chuirtear ar fáil sa datha imoibrí. Tógann an nigh seo thart ar 90 nóiméad. Éiríonn an cnaipe Baile gníomhach nuair a bhíonn an nigh críochnaithe. Is féidir cartúis úsáidte agus cill sreafa a fhágáil i bhfeidhm go dtí an chéad rith eile.
Monatóireacht a dhéanamh ar dhul chun cinn na rith
Úsáideann Olink NGS mar inléite chun méid seichimh aitheanta a chainníochtú chun tiúchan próitéine tugtha i s a mheasamples (i gcoibhneas le s. eileamples). Déantar cáilíocht sonraí ó gach reáchtáil seicheamhaithe Explore a chinneadh go príomha ag paraiméadair QC atá uathúil do theicneolaíocht Olink. Mar sin, is lú an tábhacht atá leis na méadrachtaí caighdeánacha um rialú cáilíochta a úsáidtear i ngnáthscór NGS, mar shampla Q-scór.
Stair athbhreithnithe
| Leagan | Dáta | Cur síos |
| 1.1 | 2021-12-13 | Athruithe eagarthóireachta |
| 1.0 | 2021-12-01 | Nua |
www.olink.com
Chun Úsáid Taighde Amháin. Gan Úsáid i Nósanna Imeachta Diagnóiseacha.
Áiríonn an táirge seo ceadúnas le haghaidh úsáid neamhthráchtála táirgí Olink. Féadfaidh ceadúnais bhreise a bheith ag teastáil ó úsáideoirí tráchtála. Déan teagmháil le Olink le do thoil
Proteomics AB le haghaidh sonraí. Níl aon bharántas, sainráite nó intuigthe, a théann thar an tuairisc seo. Níl Olink Proteomics AB faoi dhliteanas i leith damáiste maoine, díobhála pearsanta, nó caillteanas eacnamaíoch de bharr an táirge seo.
Is le Olink Proteomics AB an trádmharc seo a leanas: Olink®.
Tá an táirge seo clúdaithe ag roinnt paitinní agus iarratais ar phaitinn atá ar fáil ag https://www.olink.com/patents/.
© Cóipcheart 2021 Olink Proteomics AB. Is maoin dá n-úinéirí faoi seach gach trádmharc tríú páirtí. Próitéamaíocht Olink, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Uppsala, An tSualainn
1192, v1.1, 2021-12-13
Doiciméid / Acmhainní
 |
Olink Explore Seicheamhú ag baint úsáide as NextSeq 550 [pdfLámhleabhar Úsáideora Déan iniúchadh ar sheicheamhú ag úsáid NextSeq 550, Fiosraigh Seicheamhú, ag baint úsáide as NextSeq 550, NextSeq 550 |
