Olink NextSeq 550 ашиглан дарааллыг судлах

Танилцуулга

Зориулалтын хэрэглээ
Olink® Explore нь хүний ​​уургийн биомаркерийг илрүүлэх олон талт дархлаа судлалын платформ юм. Энэхүү бүтээгдэхүүн нь зөвхөн судалгаанд зориулагдсан бөгөөд оношилгооны ажилд зориулагдаагүй болно. Лабораторийн ажлыг зөвхөн бэлтгэгдсэн лабораторийн ажилтан гүйцэтгэнэ. Мэдээллийн боловсруулалтыг зөвхөн бэлтгэгдсэн ажилтан гүйцэтгэнэ. Үр дүнг судлаачид эмнэлзүйн болон лабораторийн бусад үр дүнтэй хослуулан ашиглах зорилготой.

Энэ гарын авлагын талаар
Энэхүү хэрэглэгчийн гарын авлага нь Illumina® NextSeq™ 550 дээрх Olink® Explore Libraries-ийн дарааллыг тогтооход шаардлагатай зааврыг агуулдаг. Зааврыг нарийн бөгөөд тодорхой дагаж мөрдөх ёстой. Лабораторийн үйл ажиллагааны явцад гарсан аливаа хазайлт нь өгөгдөлд гэмтэл учруулж болзошгүй. Лабораторийн ажлын урсгалыг эхлүүлэхийн өмнө Olink® Explore Over-ээс лавлана ууview Уг платформыг танилцуулах хэрэглэгчийн гарын авлага, үүнд урвалж, тоног төхөөрөмж, шаардлагатай бичиг баримтын талаарх мэдээлэл,view ажлын явц, түүнчлэн лабораторийн удирдамж. Olink® Explore Reagent Kits-ийг хэрхэн ажиллуулах тухай зааврыг холбогдох Olink® Explore хэрэглэгчийн гарын авлагаас үзнэ үү. Olink® Explore дарааллын үр дүнгийн өгөгдөл боловсруулах, дүн шинжилгээ хийх бол Olink® MyData Cloud хэрэглэгчийн гарын авлагаас үзнэ үү. Энэ материалд агуулагдах бүх барааны тэмдэг болон зохиогчийн эрх нь өөрөөр заагаагүй бол Olink® Proteomics AB-ийн өмч юм.

Техникийн дэмжлэг
Техникийн дэмжлэг авах бол Olink Proteomics-тэй холбогдоно уу support@link.com.

Лабораторийн заавар

Энэ бүлэгт NextSeq™ 550/500 High Output Kit v550 (2.5 Цикл) ашиглан NextSeq™ 75 дээр Olink Libraries-ийг хэрхэн дараалалд оруулах тухай зааврыг өгнө. Дараалалд ашигласан протокол нь Illumina® NextSeq™ 550-д зориулсан Illumina® стандарт NGS ажлын урсгалын тохируулга юм. Дараалалыг үргэлжлүүлэхийн өмнө цэвэршүүлсэн номын сангийн чанарыг баталгаажуулсан эсэхийг шалгаарай. Чанарын хяналтын талаарх зааврыг холбогдох Olink Explore хэрэглэгчийн гарын авлагаас үзнэ үү.

Гүйлтийн дарааллыг төлөвлө
Нэг Olink номын санг NextSeq™ 550 Өндөр гаралтын урсгалын нүд болон гүйлт бүрт дараалуулж болно. Янз бүрийн Olink Explore урвалжийн иж бүрдлийг дараалалд оруулахад шаардагдах Өндөр гаралтын урсгалын нүд ба гүйлтийн тоог Хүснэгт 1-д тайлбарласан болно. Хэрэв нэгээс олон гүйлт шаардлагатай бол энэ гарын авлагад заасан зааврыг давтан хийнэ үү.

Хүснэгт 1. Гүйлтийн төлөвлөлтийн дараалал:

Olink® Explore Reagent Kit	Olink номын сангийн тоо	Урсгалын нүд(үүд) ба гүйлтийн(үүд) тоо
Olink® Explore 384 урвалжийн хэрэгсэл	1	1
Olink® Explore 4 x 384 урвалжийн иж бүрдэл	4	4
Olink® Explore 1536 урвалжийн хэрэгсэл	4	4
Olink® Explore Explor Reagent Kit	4	4
Olink® Explore 3072 урвалжийн хэрэгсэл	8	8

Olink® захиалгат жорыг суулгана уу
Энэ үе шатанд Olink® захиалгат жорыг NextSeq™ 550 дээр суулгасан. Энэ алхмыг Olink дарааллыг анх удаа хийхээс өмнө нэг л удаа хийх шаардлагатай.
ЖИЧ: Olink захиалгат жор нь зөвхөн NextSeq™ 500/550 Өндөр гаралтын иж бүрдэл болон NextSeq™ Control Software 4.0-тай ажиллах болно.

1. Olink-н захиалгат жорыг задлаад NextSeq™ 550 хэрэгслийн дараах хавтсанд Olink_NSQ1_HighOutput_V550 байрлуулна уу: C:\Program Files\Illumina\NextSeq Control Software\Recipe\Custom\High\.
2. Системийн тохируулга > Багаж удирдах хэсэгт захиалгат жорыг идэвхжүүлнэ үү. Хэрэв сонгоогүй бол тохируулсан жорын сонголт ажиллуулах явцад гарч ирэхгүй.

ЖИЧ: NCS 4.0 програм хангамжийн хувилбарт тохируулсан жор сонгох сонголт нь өмнөх тохиргооны хуудсанд биш зөвхөн урвалжийн хайрцаг ачаалагдсаны дараа л гарч ирнэ.
ЖИЧ: Захиалгат жорыг зөвшөөрөхийн тулд гүйлтийг гарын авлагын горимд тохируулах ёстой.

Дараалсан урвалжуудыг бэлтгэх

Энэ үе шатанд бөөгнөрөл, дараалал тогтоох урвалж агуулсан урвалжийн хайрцагыг гэсгээж, урсгалын эсийг бэлтгэнэ.

Урвалжийн хайрцаг бэлтгэх
АНХААРУУЛГА: Урвалжийн хайрцаг нь аюултай байж болзошгүй химийн бодис агуулдаг. Холбогдох стандартын дагуу хамгаалалтын хэрэгслийг өмсөж, ашигласан урвалжуудыг устгана уу. Дэлгэрэнгүй мэдээллийг Illumina NextSeq 550 системийн гарын авлагаас (баримт бичиг №15069765) үзнэ үү.

Вандан сандал бэлтгэх

• 1x NextSeq™ 500/550 Өндөр гаралтын урвалжийн хайрцаг v2 (75 цикл).

Заавар

1. Хөлдөөсөн урвалжийн хайрцгийг тасалгааны халуун усанд хагас дүрээд 1 цаг гэсгээнэ. Хайрцагны бүх урвалжийн нөөц бүрэн гэссэн эсэхийг шалгаарай.
   ЖИЧ: Тохиромжтой болгохын тулд хайрцгийг өмнөх өдөр нь гэсгээж, шөнийн турш 4 хэмд хадгална. Энэ температурт урвалжууд нэг долоо хоног хүртэл тогтвортой байдаг.
2. Хайрцагны суурийг цаасан алчуураар сайтар хатааж, шаардлагатай бол тугалган цаасыг хөвөнгүй салфеткаар хатаана.
3. Дотор нь гэссэн урвалжуудыг сайтар холихын тулд хайрцгийг арван удаа эргүүлнэ.
4. Агаарын бөмбөлгийг арилгахын тулд сумыг вандан сандал дээр зөөлөн дарна уу. Хайрцагыг 4 цагийн дотор ашиглах бол тасалгааны температурт хадгална.

Урсгалын эсийг бэлтгэх

Вандан сандал бэлтгэх

• 1x NextSeq™ 500/550 Өндөр гаралтын урсгалын эс v2.5.

Заавар

1.  Хөргөсөн урсгалын эсийг тасалгааны температурт 30 минутын турш авчирна.
2.  Нунтаггүй шинэ бээлий өмс (урсгалын эсийн шилэн гадаргууг бохирдуулахгүйн тулд).
3.  Урсгалын үүрийг багаж руу ачаалахад бэлэн болмогц савлагаа болон хуванцар хавчаараас урсгалын эсийг салгана.
4.  Урсгалын үүрийг шалгана уу. Шилэн гадаргуу дээр тоосонцор эсвэл тоос харагдаж байвал хэрэглэх боломжтой гадаргууг хөвөнгүй изопропилийн спиртээр цэвэрлэж, бага хөвөн даавуугаар хатаана.

Olink® номын санг дараалалд бэлтгэх

Энэ үе шатанд NaOH ба Tris-HCl-ийн шингэрүүлэлтүүдийг бэлтгэж, цэвэршүүлсэн, чанарын хяналттай Olink Library-ийг дараалсан алхмаар шингэлж, денатурат болгодог.

NaOH шингэрүүлэлт бэлтгэх
NaOH шингэрүүлэлт нь Номын сангуудыг денатуратжуулахад хэрэглэгддэг.

Вандан сандал бэлтгэх

• 1 N NaOH-ийн нөөц
• MilliQ ус
• 1х Микроцентрифугийн хоолой (1.5 мл)
• Гарын авлагын пипетк (10-100 мкл)
• Шүүлтүүрийн пипеткийн үзүүрүүд

Эхлэхээсээ өмнө
Микроцентрифугийн хоолойг "NaOH" гэж тэмдэглэнэ.

Заавар

1. Хүснэгт 0.2-ын дагуу NaOH хоолойд 2 N NaOH шингэрүүлэлтийг бэлтгэнэ.
2. NaOH хоолойг сайтар эргүүлээд доош эргүүлнэ. 12 цагийн дотор хэрэглэнэ.

Хүснэгт 2. 0.2 Н NaOH шингэрүүлэлт

Урвалж	Эзлэхүүн (μл)
MilliQ ус	80
1 N NaOH-ийн нөөц	20

2.4.2 Tris-HCl шингэрүүлэлт бэлтгэнэ
Tris-HCl шингэрүүлэлт нь денатурацлагдсан номын санг саармагжуулахад ашиглагддаг.

Вандан сандал бэлтгэх

• 1 M Tris-HCl pH 7.0 нөөц (Trizma® гидрохлоридын уусмал)
• MilliQ ус
• 1х Микроцентрифугийн хоолой (1.5 мл)
• Гарын авлагын пипетк (10-100 мкл)
• Шүүлтүүрийн пипеткийн үзүүрүүд

Эхлэхээсээ өмнө

• Микроцентрифугийн хоолойг "Tris-HCl" гэж тэмдэглэнэ.

Заавар

1. Хүснэгт 200-ын дагуу Tris-HCl хоолойд 3 мМ Tris-HCl шингэрүүлэлт бэлтгэнэ.
2. Tris-HCl хоолойг сайтар эргүүлээд доош эргүүлнэ.

Хүснэгт 3. 200 мМ Tris-HCl шингэрүүлэлт:

Урвалж	Эзлэхүүн (μл)
MilliQ ус	80
1M Tris-HCl pH 7.0 нөөц (Trizma® гидрохлоридын уусмал)	20

Olink® номын санг шингэлнэ
Энэ үе шатанд цэвэршүүлсэн, чанарын хяналттай Olink номын санг 1:33 харьцаагаар шингэлнэ.

Вандан сандал бэлтгэх

• Olink Explore хэрэглэгчийн гарын авлагын дагуу бэлтгэсэн Lib Tube
• MilliQ ус
• 1х Микроцентрифугийн хоолой (1.5 мл)
• Гарын авлагын пипетк (0.5-10 ба 100-1000 мкл)
• Шүүлтүүрийн пипеткийн үзүүрүүд

Эхлэхээсээ өмнө

• Хэрэв хөлдсөн бол Либ хоолойг гэсгээнэ.
• Микроцентрифугийн шинэ хоолойг тэмдэглэ: "Dil".

Заавар

1. Dil хоолойд 96 мкл MilliQ ус нэмнэ.
2. Либ хоолойг эргүүлээд богино хугацаанд эргүүлнэ.
3. Либ хоолойноос 3 мкл-ийг Дил хоолой руу шилжүүлнэ.
4. Дил хоолойг эргүүлж, богино хугацаанд эргүүл

Olink® Library-ийг денатураци хийж, эцсийн ачааллын концентраци хүртэл шингэлнэ
Энэ үе шатанд шингэрүүлсэн Olink Library-ийг денатуражуулж, эцсийн ачааллын концентраци хүртэл шингэлнэ.

Вандан сандал бэлтгэх

• Өмнөх алхамд бэлтгэсэн Dil Tube
• Өмнөх алхамд шинээр бэлтгэсэн 0.2 N NaOH шингэрүүлэлт
• Өмнөх алхамд бэлтгэсэн 200 мМ Tris-HCl (рН 7.0) шингэрүүлэлт
• Hybridization буфер 1 (HT1) NextSeq™ нэмэлт хэрэгслийн хайрцаг v2-д багтсан болно
• 2х микроцентрифугийн хоолой (1.5 мл ба 2 мл)
• Гарын авлагын пипетк (0.5-10 ба 100-1000 мкл)
• Шүүлтүүрийн пипеткийн үзүүрүүд

Эхлэхээсээ өмнө

• Хөлдөөсөн HT1 буферийг тасалгааны температурт гэсгээнэ. Хэрэглэх хүртэл +4 хэмд хадгална.
• Шинэ 1.5 мл микроцентрифугийн хоолойг тэмдэглэнэ үү: "Den" (денатурат номын сангийн хувьд).
• Шинэ 2 мл микроцентрифугийн хоолойг тэмдэглэнэ үү: "Seq" (номын санг ачаалахад бэлэн).

Заавар

1. Дил хоолойноос 5 мкл-ийг нүхний хоолой руу шилжүүлнэ.
2. 5 мкл 0.2 н NaOH-ийг нүхний хоолойд нэмнэ.
3. Хоолойг эргүүлээд богино хугацаанд эргүүл.
4. Номын санг денатуратжуулахын тулд Den Tube-ийг тасалгааны температурт 5 минутын турш өсгөвөрлөнө.
5. Урвалыг саармагжуулахын тулд Den Tube-д 5 мкл 200 мм Tris-HCl (рН 7.0) нэмнэ.
6. Хоолойг эргүүлээд богино хугацаанд эргүүл.
7. Урьдчилан хөргөсөн HT985-ийг 1 мкл хоолойд нэмнэ.
8. Хоолойг эргүүлээд богино хугацаанд эргүүл. Хоолойг ашиглах хүртэл (тэр өдөр) +4 ° C-д хадгалж болно.
9. Den Tube-ээс Seq Tube руу 205 мкл шилжүүлнэ.
10. Seq Tube-д 1095 мкл урьдчилан хөргөсөн HT1 нэмнэ.
11. Seq Tube-ийг эргүүлж, урвалжуудыг хольж, богино хугацаанд эргүүлнэ. Эцсийн ачааллын хэмжээ 1.3 мл байна.
12. Нэн даруй 2.5 Olink® дарааллын гүйлтийг үргэлжлүүлнэ үү.

Olink® дарааллын гүйлтийг гүйцэтгэнэ

Энэ үе шатанд буферийн хайрцаг, урсгалын нүд болон Olink номын санг агуулсан бэлтгэсэн урвалжийн хайрцагыг NextSeq 550-д ачаалж, Olink захиалгат жорыг ашиглан дарааллын ажлыг эхлүүлнэ.

Вандан сандал бэлтгэх

• Өмнөх алхамд бэлтгэсэн Seq Tube (Номын санг ачаалахад бэлэн).
• 1x NextSeq™ 500/550 Өндөр гаралтын урвалжийн сум v2, өмнөх алхамд бэлтгэсэн
• 1x NextSeq™ 500/550 Өндөр гаралтын урсгалын эс v2.5, өмнөх алхамд бэлтгэсэн
• 1x NextSeq™ 500/550 буфер картридж v2 (75 цикл), өрөөний температурт

Ажиллуулах дарааллын параметрүүдийг тохируулна уу
Энэ үе шатанд NextSeq™ 550 дээр дараалсан гүйлтийн параметрүүдийг сонгоно.

1. NextSeq™ 550-ийн үндсэн дэлгэц дээр Туршилтыг сонгоно уу.
2. Select Assay дэлгэц дээр Sequence-г сонгоно.
3. Run Setup хуудаснаас Гараар ажиллуулах горимыг сонгоод Дараа нь.
4. Ажиллуулах параметрүүдийг дараах байдлаар тохируулна уу.
   • Run Name талбарт туршилтын өвөрмөц ID-г оруулна уу.
   • Номын сангийн ID талбарт ажиллаж байгаа номын сангийн ID-г оруулна уу (заавал биш).
   • Унших төрөл талбараас Single Read сонголтыг сонгоно уу.
   • Циклийн тоог дараах байдлаар оруулна уу.
     • 1:24-ийг уншина уу
     • Индекс 1: 0
     • Индекс 2: 0
     • 2:0-ийг уншина уу
   • Захиалгат праймерын нүдийг сонгоогүй байлгаарай.
   • Одоогийн ажиллаж байгаа түүхий мэдээллийн гаралтын хавтасны байршлыг тохируулна уу. Гаралтын хавтасны байршлыг өөрчлөхийн тулд Browse-г сонго.
5. S-г бүү тохируулample хуудас.
6. Энэ гүйлтэд хэрэглээний материалыг цэвэрлэхийг сонгоно уу.
7. Дараах гэснийг сонгоно уу.

Урсгалын нүдийг NextSeq™ 550 руу ачаална уу

1. Өмнөх гүйлтээс ашигласан урсгалын нүдийг устгана уу.
2. Шинэ бэлтгэсэн урсгалын нүдийг s дээр байрлуулнаtage.
3. Ачаа сонгоно уу. Хаалга автоматаар хаагдана.
4. Дэлгэц дээр урсгалын эсийн ID гарч ирэх ба мэдрэгчийг ногооноор шалгавал Next-г сонгоно уу

Урвалжийн савыг хоослох
АНХААРУУЛГА: Энэ багц урвалж нь аюултай байж болзошгүй химийн бодис агуулдаг. Холбогдох стандартын дагуу хамгаалалтын хэрэгслийг өмсөж, ашигласан урвалжуудыг устгана уу. Дэлгэрэнгүй мэдээллийг Illumina NextSeq 550 системийн гарын авлагаас авна уу.

1. Буфер тасалгааны хаалгыг онгойлгож, ашигласан урвалжийн савыг доод тасалгаанаас гаргаж, агуулгыг холбогдох стандартын дагуу устгана.
2. Хоосон урвалж савыг доод буферийн тасалгаанд шургуулна. Дуут товшилт нь савыг зөв байрлуулсан болохыг илтгэнэ.

Буферийн хайрцгийг ачаална уу

1. Ашигласан буферийн хайрцгийг дээд буфер тасалгаанаас гаргаж, агуулгыг холбогдох стандартын дагуу устгана уу.
2. Шинэ буфер хайрцагыг дээд буфер тасалгаанд шургуулна. Дуут товшилт нь сум зөв байрлуулсан болохыг харуулж байна. Дэлгэц дээр буфер картриджийн ID гарч ирэх ба мэдрэгчийг ногоон өнгөөр ​​шалгана уу.
3. Буфер тасалгааны хаалгыг хаагаад Next-г сонгоно уу.

Урвалжийн сумыг ачаална

1. Урвалжийн тасалгааны хаалгыг онгойлгож, ашигласан урвалжийн хайрцагыг авч, ашиглагдаагүй агуулгыг холбогдох стандартын дагуу устгана. 6-р байрлалд байгаа усан сан нь зайлуулах боломжтой.
2. "Номын санг энд ачаална уу" гэсэн шошготой №10 усан сангийн битүүмжлэлийг 1 мл соруурын цэвэрхэн үзүүрээр цоолоно.
3. Olink Library-г Seq Tube-ээс 1.3 мл-ийг "Номын санг энд ачаална" гэж шошготой №10 саванд ачаална.
4. Шинэ урвалжийн хайрцагыг урвалжийн тасалгаанд шургуулж, урвалжийн тасалгааны хаалгыг хаа.
5. "Ачаалах" гэснийг сонгоод урвалжийн хайрцагны ID дэлгэцэн дээр гарч ирэх ба мэдрэгчүүд ногоон өнгөтэй болтол ~30 секунд хүлээнэ үү.
6. Жор унадаг жагсаалтаас [Custom] "Olink_NSQ550_HighOutput_V1" жорын сонголтыг сонгоно уу.
7. Дараах гэснийг сонгоно уу.

Гүйлтийн дарааллыг эхлүүлэх

1. Re дээр харуулсан ажиллуулах параметрүүдийг баталгаажуулна ууview дэлгэц. Аливаа параметрийг засварлахын тулд Буцах товчийг дарж Run Setup дэлгэц рүү буцна уу.
2. Дараах гэснийг сонгоно уу. Урьдчилан автоматаар шалгасны дараа гүйлт эхэлнэ. Дараалсан ажлын хугацаа ойролцоогоор 7 цаг 30 минут байна.
3. Ажлын талбайг цэвэрлэ.

ЖИЧ: Дараалсан гүйлт дууссаны дараа програм хангамж нь буферийн хайрцагт өгөгдсөн угаах уусмал болон урвалжийн хайрцагт өгөгдсөн NaOCl-ийг ашиглан гүйлтийн дараах автомат угаалга эхлүүлнэ. Энэ угаалга нь ойролцоогоор 90 минут болно. Угааж дууссаны дараа Нүүр хуудасны товчлуур идэвхтэй болно. Ашигласан хайрцаг болон урсгалын үүрийг дараагийн гүйлт хүртэл хэвээр үлдээж болно.

Гүйлтийн явцыг хянах
Олинк нь өгөгдсөн уургийн концентрацийг s-д тооцоолохын тулд мэдэгдэж буй дарааллын хэмжээг хэмжихийн тулд NGS-ийг уншлага болгон ашигладаг.amples (бусад s-тэй харьцуулахадamples). Explore секвенцийн гүйлт бүрийн өгөгдлийн чанарыг Olink технологид хамаарах QC параметрүүдээр тодорхойлдог. Иймээс Q-оноо гэх мэт уламжлалт NGS-д ашигладаг чанарын хяналтын стандарт хэмжүүрүүд чухал биш юм.

Хяналтын түүх

Хувилбар	Огноо	Тодорхойлолт
1.1	2021-12-13	Редакцийн өөрчлөлтүүд
1.0	2021-12-01	Шинэ

www.link.com
Зөвхөн судалгааны зориулалтаар ашиглах. Оношлогооны процедурт ашиглахгүй.
Энэ бүтээгдэхүүн нь Olink бүтээгдэхүүнийг арилжааны бус ашиглах тусгай зөвшөөрлийг агуулдаг. Арилжааны хэрэглэгчид нэмэлт лиценз шаардаж болно. Olink-тай холбогдоно уу
Дэлгэрэнгүйг Proteomics AB. Энэ тайлбараас хэтэрсэн илэрхий болон далд баталгаа байхгүй. Olink Proteomics AB нь энэ бүтээгдэхүүнээс үүдэлтэй эд хөрөнгийн хохирол, хувийн гэмтэл, эдийн засгийн хохирлыг хариуцахгүй.
Дараах худалдааны тэмдгийг Olink Proteomics AB эзэмшдэг: Olink®.
Энэ бүтээгдэхүүн нь хэд хэдэн патент болон патентын өргөдөлд хамрагдсан https://www.olink.com/patents/.
© Зохиогчийн эрх 2021 Olink Proteomics AB. Гуравдагч этгээдийн бүх барааны тэмдэг нь тус тусын эздийнхээ өмч юм. Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Uppsala, Швед
1192, v1.1, 2021-12-13

Баримт бичиг / нөөц

Olink NextSeq 550 ашиглан дарааллыг судлах [pdf] Хэрэглэгчийн гарын авлага NextSeq 550, NextSeq 550, NextSeq 550 ашиглан дарааллыг судлах

Лавлагаа

• Хэрэглэгчийн гарын авлага