Olink NextSeq 2000 Explore Sequence

Баримт бичгийн тэмдэглэл
Olink® Explore хэрэглэгчийн гарын авлага, doc nr 1153 нь хуучирсан бөгөөд дараах баримт бичгүүдээр солигдсон болно.

• Olink® Explore Overview Хэрэглэгчийн гарын авлага, doc № 1187
• Olink® Explore 384 хэрэглэгчийн гарын авлага, doc nr 1188
• Olink® Explore 4 x 384 хэрэглэгчийн гарын авлага, doc nr 1189
• Olink® Explore 1536 ба өргөтгөлийн хэрэглэгчийн гарын авлага, doc nr 1190
• Olink® Explore 3072 хэрэглэгчийн гарын авлага, doc nr 1191
• Olink® NextSeq 550 хэрэглэгчийн гарын авлага, doc nr 1192 ашиглан дарааллыг судлах
• Olink® NextSeq 2000 хэрэглэгчийн гарын авлага, doc nr 1193 ашиглан дарааллыг судлах
• Olink® NovaSeq 6000 хэрэглэгчийн гарын авлага, doc nr 1194 ашиглан дарааллыг судлах

Танилцуулга

Зориулалтын хэрэглээ
Olink® Explore нь хүний ​​уургийн биомаркерийг илрүүлэх олон талт дархлаа судлалын платформ юм. Энэхүү бүтээгдэхүүн нь зөвхөн судалгаанд зориулагдсан бөгөөд оношилгооны ажилд зориулагдаагүй болно. Лабораторийн ажлыг зөвхөн бэлтгэгдсэн лабораторийн ажилтан гүйцэтгэнэ. Мэдээллийн боловсруулалтыг зөвхөн бэлтгэгдсэн ажилтан гүйцэтгэнэ. Үр дүнг судлаачид эмнэлзүйн болон лабораторийн бусад үр дүнтэй хослуулан ашиглах зорилготой.
Энэ гарын авлагын талаар
Энэхүү хэрэглэгчийн гарын авлага нь Illumina® NextSeq™ 2000 дээрх Olink® Explore Libraries-ийн дарааллыг тогтооход шаардлагатай зааврыг агуулдаг. Зааврыг нарийн бөгөөд тодорхой дагаж мөрдөх ёстой. Лабораторийн үйл ажиллагааны явцад гарсан аливаа хазайлт нь өгөгдөлд гэмтэл учруулж болзошгүй. Лабораторийн ажлын урсгалыг эхлүүлэхийн өмнө Olink® Explore Over-ээс лавлана ууview Уг платформыг танилцуулах хэрэглэгчийн гарын авлага, үүнд урвалж, тоног төхөөрөмж, шаардлагатай бичиг баримтын талаарх мэдээлэл,view ажлын явц, түүнчлэн лабораторийн удирдамж. Olink® Explore Reagent Kits-ийг хэрхэн ажиллуулах тухай зааврыг холбогдох Olink® Explore хэрэглэгчийн гарын авлагаас үзнэ үү. Olink® Explore дарааллын үр дүнгийн өгөгдөл боловсруулах, дүн шинжилгээ хийх бол Olink® NPX Explore хэрэглэгчийн гарын авлагаас үзнэ үү. Энэ материалд агуулагдах бүх барааны тэмдэг болон зохиогчийн эрх нь өөрөөр заагаагүй бол Olink® Proteomics AB-ийн өмч юм.
Техникийн дэмжлэг
Техникийн дэмжлэг авах бол Olink Proteomics-тэй холбогдоно уу support@link.com.

Лабораторийн заавар

Энэ бүлэгт NextSeq™ 2000/1000 P2000 урвалжууд (2 цикл) v100-ийг ашиглан NextSeq™ 3 дээрх Olink номын сангуудыг хэрхэн дараалалд оруулах тухай зааврыг өгнө. Дараалалд ашигласан протокол нь Illumina® NextSeq™ 2000-д зориулсан Illumina® стандарт NGS ажлын урсгалын тохируулга юм.
Дараалалыг үргэлжлүүлэхийн өмнө цэвэршүүлсэн Olink номын сангийн чанарыг баталгаажуулсан эсэхийг шалгаарай. Чанарын хяналтын талаарх зааврыг холбогдох Olink Explore хэрэглэгчийн гарын авлагаас үзнэ үү.
Гүйлтийн дарааллыг төлөвлө
NextSeq™ 2000 P2 урсгалын нүд болон гүйлт бүрт нэг Olink номын санг дараалуулж болно. Өөр өөр Olink Explore урвалжийн иж бүрдлийг дараалалд оруулахад шаардагдах P2 урсгалын эсүүд болон гүйлтийн тоог Хүснэгт 1-д тайлбарласан болно.
Хэрэв нэгээс олон гүйлт шаардлагатай бол энэ гарын авлагад заасан зааврыг давт.
Хүснэгт 1. Гүйлтийн төлөвлөлтийн дараалал

Olink® Explore Reagent Kit	Olink номын сангийн тоо	Урсгалын нүд(үүд) ба гүйлтийн(үүд) тоо
Olink® Explore 384 урвалжийн хэрэгсэл	1	1
Olink® Explore 4 x 384 урвалжийн иж бүрдэл	4	4
Olink® Explore 1536 урвалжийн хэрэгсэл	4	4
Olink® Explore Explor Reagent Kit	4	4
Olink® Explore 3072 урвалжийн хэрэгсэл	8	8

Olink® захиалгат жор бэлтгэ
Энэ үе шатанд Olink® захиалгат жорыг NextSeq™ 2000 дээр бэлтгэдэг. Энэ алхамыг Olink дарааллыг анх удаа хийхээс өмнө нэг л удаа хийх шаардлагатай.
Olink тусгай жорыг задлаад хадгалаарай XML-file Olink_NSQ2K_P2_V1 тохирох хэрэгслийн хавтсанд.
ЖИЧ: Olink захиалгат жор нь зөвхөн NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagents (100 Cycles) v3 иж бүрдэл болон NextSeq™ 1000/2000 хяналтын програм хангамжийн v1.2 эсвэл v1.4-тэй ажиллах болно.

Дараалсан урвалжуудыг бэлтгэх
Энэ үе шатанд бөөгнөрөл, дараалал тогтоох урвалж агуулсан урвалжийн хайрцагыг гэсгээж, урсгалын эсийг бэлтгэнэ.

АНХААРУУЛГА: Урвалжийн хайрцаг нь аюултай байж болзошгүй химийн бодис агуулдаг. Холбогдох стандартын дагуу хамгаалалтын хэрэгслийг өмсөж, ашигласан урвалжуудыг устгана уу. Дэлгэрэнгүй мэдээллийг Illumina NextSeq 1000 ба 2000 системийн гарын авлагаас (баримт бичиг №1000000109376) үзнэ үү.

Урвалжийн хайрцаг бэлтгэх
Нээгээгүй хайрцгийг гэсгээхдээ тасалгааны температурт, хяналттай усан ваннд эсвэл хөргөгчинд гурван өөр аргаар хийж болно.

Вандан сандал бэлтгэх

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 урвалжийн сум (100 цикл)

Заавар
Хүснэгт 2-т заасны дагуу урвалжийн сумыг гэсгээнэ.
Хүснэгт 2. Урвалжийн хайрцгийг гэсгээх аргууд

Гэсгээх арга	Заавар
Өрөөний температурт	• Мөнгөн цаасан уутыг нээхгүйгээр хөлдөөсөн урвалжийн сумыг вандан сандал дээр тавиад тасалгааны температурт 9 цагийн турш гэсгээнэ. 16 цагаас хэтрэхгүй. • Цүнхний шошгыг дээш харсан, хайрцагны эргэн тойронд агаар эргэлдэж байгаа эсэхийг шалгаарай.
Усан халаагуурт	• Мөнгөн цаасан уутыг онгойлгохгүйгээр хөлдөөсөн урвалжийн хайрцгийг хяналттай 25 °C усан ваннд хагас дүрээд 6 цагийн турш гэсгээнэ. 8 цагаас хэтрэхгүй. • Уутны шошгыг дээшээ харж, гэсгээх үед хайрцаг нь урвуу ороогүй эсэхийг шалгаарай. • Хайрцагыг цаасан алчуураар сайтар хатаана.
Хөргөгчинд	• Мөнгөн цаасан уутыг онгойлгохгүйгээр вандан сандал дээр тавиад тасалгааны температурт 6 цагийн турш гэсгээнэ. • Цүнхний шошгыг дээш харсан, хайрцагны эргэн тойронд агаар эргэлдэж байгаа эсэхийг шалгаарай. • Хайрцагыг хөргөгчинд 12 цагийн турш гэсгээж дуусгана. 72 цагаас хэтрэхгүй. • Ажиллахын өмнө гэсгээсэн нээгдээгүй хайрцгийг хөргөгчнөөс гаргаж аваад тасалгааны температурт 15 минут, гэхдээ 1 цагаас илүүгүй хугацаанд байлгана.

ЖИЧ: Гэссэн хайрцгийг дахин хөлдөөх боломжгүй бөгөөд 4 ° C-т хамгийн ихдээ 72 цагийн турш хадгална.

Урсгалын эсийг бэлтгэх Вандан сандал бэлтгэх

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 урсгалын эс

Заавар

1. Хөргөсөн урсгалын эсийг тасалгааны температурт 10-15 минутын турш авчирна.

Olink® номын санг дараалалд бэлтгэх

Энэ үе шатанд цэвэршүүлсэн, чанарын хяналттай Olink номын санг эцсийн ачааллын концентраци хүртэл шингэлнэ. Номын сангийн денатураци нь багаж дээр автоматаар хийгддэг гэдгийг анхаарна уу.
Вандан сандал бэлтгэх

• Olink Explore хэрэглэгчийн гарын авлагын дагуу бэлтгэсэн Lib Tube
• Tween 1-той 20x RSB
• MilliQ ус
• 2х Микроцентрифугийн хоолой (1.5 мл)
• Гарын авлагын пипетк (10, 100 ба 1000 мкл)
• Шүүлтүүрийн пипеткийн үзүүрүүд

Эхлэхээсээ өмнө

• Хэрэв хөлдсөн бол Либ хоолойг гэсгээнэ.
• Tween 20-тай хөлдөөсөн RSB-ийг тасалгааны температурт 10 минутын турш гэсгээнэ. Хэрэглэх хүртэл +4 хэмд хадгална.
• Хоёр шинэ 1.5 мл микроцентрифугийн хоолойг дараах байдлаар тэмдэглэнэ үү.
  • Нэг хуруу шилэнд "Dil" (1:100 шингэрүүлсэн номын сангийн хувьд) тэмдэглэнэ.
  • Нэг хоолойг "Seq" гэж тэмдэглээрэй (номын санг ачаалахад бэлэн)

Заавар

1. Dil хоолойд 495 мкл MilliQ ус нэмнэ.
2. Либ хоолойг эргүүлээд богино хугацаанд эргүүлнэ.
3. Либ хоолойноос 5 мкл-г гараар Дил хоолой руу шилжүүлнэ.
4. Дил хоолойг эргүүлж, богино хугацаанд эргүүл.
5. Seq Tube-д Tween 20-тай 20 мкл RBS нэмнэ.
6. Dil Tube-ээс Seq Tube руу 20 мкл-ийг гараар шилжүүлнэ.
7. Seq Tube-г эргүүлээд богино хугацаанд эргүүлнэ.
8. Нэн даруй 2.5 Ачаалах урсгалын эс болон Olink® номын санг урвалжийн хайрцагт хийнэ. ТАЙЛБАР: Дахин ажиллуулж болзошгүй тохиолдолд Lib Tube(ууд)-ыг -20 °C хэмд хадгална.

Урвалжийн хайрцагт урсгалын эс болон Olink® номын санг ачаална уу
Энэ үе шатанд урсгалын эс болон шингэрүүлсэн Olink номын санг гэссэн урвалжийн хайрцагт ачаална.
Вандан сандал бэлтгэх

• Өмнөх алхамд бэлтгэсэн 1x гэсгээсэн NextSeq™ 1000/2000 P2 урвалжийн сум (100 цикл)
• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 урсгалын эс, өмнөх алхамд бэлтгэсэн
• Өмнөх шатанд бэлтгэсэн секс хоолой (ачихад бэлэн шингэрүүлсэн Olink номын сантай).
• Гарын авлагын пипетк (100 мкл)
• Пипеткийн үзүүр (1 мл)

Картрижийг бэлтгэ

1. Мөнгөн тугалган уутнаас сумыг ав.
2. Дотор нь гэссэн урвалжуудыг сайтар холихын тулд хайрцгийг арван удаа эргүүлнэ.

ЖИЧ: Дотоод бүрэлдэхүүн хэсгүүдийн жингэнэх чимээг сонсох нь хэвийн үзэгдэл юм.

Урсгалын үүрийг хайрцагт ачаална

1. Урсгалын үүрийг хайрцагт ачаалахад бэлэн болсны дараа урсгалын үүрийг багцаас салгана. Урсгалын нүдийг саарал өнгийн хавчаараас барьж, таб дээрх шошгыг дээшээ харуулна. Урсгал эсийн шилэн гадаргууг бохирдуулахгүйн тулд нунтаггүй шинэ бээлий хэрэглээрэй.
2. Урсгалын үүрийг хайрцагны урд талын урсгалын үүрэнд оруулна. Дуут товшилт нь урсгалын нүдийг зөв байрлуулсан болохыг харуулж байна.
3. Саарал табыг сугалж ав.

Olink® номын санг хайрцагт ачаална уу

1. Номын сангийн савыг цэвэрхэн 1 мл пипеткийн үзүүрээр цоолоно.
2. Seq Tube-ээс 20 мкл Олинк номын санг номын сангийн савны ёроолд ачаална.

Olink® дарааллын гүйлтийг гүйцэтгэнэ
Энэ үе шатанд ачаалагдсан урсгалын нүд болон Olink номын сан бүхий буферийн хайрцагыг NextSeq™ 2000-д ачаалж, Olink жорыг ашиглан дарааллын ажлыг эхлүүлнэ.
Вандан сандал бэлтгэх

• Өмнөх алхамд бэлтгэсэн NextSeq™ 1/1000 P2000 урсгалын эс болон шингэрүүлсэн Olink номын сан бүхий 2x NextSeq™ 100/1000 P2000 урвалжийн хайрцаг (2 цикл).

Ажиллуулах горимыг тохируулна уу

1. Хяналтын програм хангамжийн цэснээс Тохиргоог сонгоно уу.
2. BaseSpace Sequence Hub Services & Proactive Support дотроос Local Run Setup-г сонгоно уу.
3. Зөвхөн идэвхтэй дэмжлэгийг нэмэлт тохиргоо болгон сонгоно уу. Энэ функц нь интернет холболт шаарддаг.
4. Өгөгдөлдөө байршуулах байршлыг сонгоно уу. Байршил нь танай бүс нутагт эсвэл ойролцоо байх ёстой.
5. Одоогийн ажиллаж байгаа түүхий мэдээллийн гаралтын хавтасны байршлыг тохируулна уу. Сонгохыг сонгоод гаралтын хавтсыг сонгоно уу.
6. Төхөөрөмж дээрх Номын санг автоматаар денатурат болон шингэлэхийн тулд Денатурат ба шингэрүүлэх нүдийг сонго.
7. Ашиглагдаагүй урвалжуудыг хайрцагны зарцуулсан урвалжийн тасалгаанд автоматаар цэвэрлэхийн тулд Урвалжийн сумыг цэвэрлэх нүдийг сонго.
8. Програм хангамжийн шинэчлэлтийг автоматаар шалгахын тулд програм хангамжийн шинэчлэлтийг автоматаар шалгах нүдийг сонго (заавал биш). Энэ функц нь интернет холболт шаарддаг.
9. Хадгалах гэснийг сонгоно уу.

Ажиллуулах параметрүүдийг тохируулна уу

ЖИЧ: Энэхүү заавар нь NextSeq™ 1.4/1000 хяналтын программын 2000 хувилбарт хамаарна. V1.2 хувилбарыг ашиглах үед доор тайлбарласан зарим алхмууд өөр байж болно

1. Хяналтын програм хангамжийн цэснээс Start-ийг сонгоно уу.
2. Гараар шинэ ажиллуулахыг сонгоод Setup товчийг дарна уу.
3. Run Setup хуудсанд ажиллуулах параметрүүдийг дараах байдлаар тохируулна уу.

• Run Name талбарт туршилтын өвөрмөц ID-г оруулна уу.
• Унших төрөл унадаг жагсаалтаас Single Read сонголтыг сонгоно уу.

Циклийн тоог дараах байдлаар оруулна уу.

• • 1-ийг уншина уу: 24
  • Индекс 1: 0
  • Индекс 2: 0
  • 2-ийг уншина уу: 0

ЖИЧ: Унших 1-ийг 24 болгож тохируулах нь маш чухал, эс тэгвээс бүх гүйлт амжилтгүй болно.
ЖИЧ: Циклийн тоог оруулахдаа анхааруулах мессежийг үл тоомсорло.

• Custom Primer Wells унадаг жагсаалтаас Үгүй гэснийг сонгоно уу.
• Захиалгат жор (заавал биш) талбараас Сонгохыг сонгоод, захиалгат жорын XML-г сонгоно уу file Olink_NSQ2K_P2_V1. Нээхийг сонгоно уу.
• S-г оруулж болохгүйample хуудас.
• Гаралтын хавтас зөв байрлалтай эсэхийг шалгаарай. Үгүй бол "Choose"-г сонгоод, хүссэн гаралтын хавтасны байршлыг сонгоно уу.
• Deature and Diute Onboard талбараас доош унадаг жагсаалтаас Enabled-г сонгоно уу.
• Бэлтгэлийг сонгоно уу.

Ачаалагдсан хайрцгийг ачаална уу

1. Ачаа сонгоно уу. Багажны хаалт нээгдэж, тавиур нь гарна.
2. Ачаалагдсан хайрцгийг тавиур дээр шошгыг дээш харуулан, багажны доторх урсгалын үүрийг байрлуулна.
3. Хаах-г сонгоно уу.
4. Хайрцаг зөв ачаалсны дараа ажиллуулах параметрүүдийг шалгаад Sequence-г сонгоно уу. Энэ хэрэгсэл нь багаж болон шингэнийг ажиллуулахын өмнөх шалгалтыг гүйцэтгэдэг.
   ЖИЧ: Шингэнийг шалгах явцад хэд хэдэн дуу чимээ гарах төлөвтэй байна.
5. Урьдчилан гүйлтийн автомат шалгалтыг хийж дууссаны дараа гүйлт эхлэх эсэхийг шалгаарай (~15 минут). Дараалсан ажлын хугацаа ойролцоогоор 10 цаг 30 минут байна.
   ЖИЧ: Урьдчилсан шалгалтын алдаа гарсан тохиолдолд үйлдвэрлэгчийн зааврыг үзнэ үү.
   ЖИЧ: Дараалал тогтоох явцад NextSeq™ 2000-тэй мөргөлдөхөөс болгоомжил. Энэ хэрэгсэл нь чичиргээнд мэдрэмтгий байдаг.
6. Ажлын талбайг цэвэрлэ.

Ажиллуулах явцыг хянах
Олинк нь өгөгдсөн уургийн концентрацийг s-д тооцоолохын тулд мэдэгдэж буй дарааллын хэмжээг хэмжихийн тулд NGS-ийг уншлага болгон ашигладаг.amples (бусад s-тэй харьцуулахадamples). Explore секвенцийн гүйлт бүрийн өгөгдлийн чанарыг Olink технологид хамаарах QC параметрүүдээр тодорхойлдог. Иймээс Q-оноо гэх мэт уламжлалт NGS-д ашигладаг чанарын хяналтын стандарт хэмжүүрүүд чухал биш юм.
Ажилласны дараа сумыг гаргаж аваад хая

АНХААРУУЛГА: Энэ багц урвалж нь аюултай байж болзошгүй химийн бодис агуулдаг. Холбогдох стандартын дагуу хамгаалалтын хэрэгслийг өмсөж, ашигласан урвалжуудыг устгана уу. Дэлгэрэнгүй мэдээллийг Illumina NextSeq 1000 ба 2000 системийн гарын авлагаас (баримт бичиг №1000000109376) үзнэ үү.

1. Ажиллаж дуусмагц Eject Cartridge-г сонгоно уу.
   ЖИЧ: Ашигласан хайрцаг, түүний дотор урсгалын үүрийг дараагийн гүйлт хүртэл хэвээр үлдээж болно, гэхдээ 3 хоногоос хэтрэхгүй.
2. Хайрцагнаас хайрцгийг салга.
3. Урвалжийг холбогдох стандартын дагуу устгана.
4. Хаалгыг хаахыг сонгоно уу. Тавиурыг дахин ачааллаа.
5. Нүүр дэлгэц рүү буцахын тулд Нүүр хэсгийг сонгоно уу.
   ЖИЧ: Хайрцаг нь системийг ажиллуулах бүх механизм, түүнчлэн ашигласан урвалжуудыг цуглуулах нөөцийг агуулсан байдаг тул гүйлтийн дараа багажийг угаах шаардлагагүй болно.

Хяналтын түүх

Хувилбар	Огноо	Тодорхойлолт
1.1	2022-11-01	1.2 Olink® Mydata-г Olink® NPX Explore-оор сольсон. 2.2 Зассан.
1.0	2021-12-01	Шинэ

www.link.com
Зөвхөн судалгааны зориулалтаар ашиглах. Оношлогооны процедурт ашиглахгүй.
Энэ бүтээгдэхүүн нь Olink бүтээгдэхүүнийг арилжааны бус зорилгоор ашиглах тусгай зөвшөөрлийг агуулдаг. Арилжааны хэрэглэгчид нэмэлт лиценз шаардаж болно. Дэлгэрэнгүй мэдээллийг Olink Proteomics AB-тай холбоо барина уу. Энэ тайлбараас хэтэрсэн илэрхий болон далд баталгаа байхгүй. Olink Proteomics AB нь энэ бүтээгдэхүүнээс үүдэлтэй эд хөрөнгийн хохирол, хувийн гэмтэл, эдийн засгийн хохирлыг хариуцахгүй.

Дараах худалдааны тэмдгийг Olink Proteomics AB эзэмшдэг: Olink®.
Энэ бүтээгдэхүүн нь хэд хэдэн патент болон патентын өргөдөлд хамрагдсан https://www.olink.com/patents/.

© Зохиогчийн эрх 2021 Olink Proteomics AB. Гуравдагч этгээдийн бүх барааны тэмдэг нь тус тусын эздийнхээ өмч юм. Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Uppsala, Швед 1193, v1.1, 2022-11-01

Баримт бичиг / нөөц

Olink NextSeq 2000 Explore Sequence [pdf] Хэрэглэгчийн гарын авлага NextSeq 2000 Explore Sequence, NextSeq 2000, Explore Sequence, Sequence

Лавлагаа

• Хэрэглэгчийн гарын авлага