Olink NextSeq 2000 探索序列用戶手冊

內容隱藏

1 Olink NextSeq 2000 探索序列

2 介紹

Olink NextSeq 2000 探索序列

文件說明
Olink® Explore 用戶手冊，doc nr 1153，已過時，已被以下文檔取代：

Olink®探索view 用戶手冊，文檔編號 1187
Olink® Explore 384 用戶手冊，文檔編號 1188
Olink® Explore 4 x 384 用戶手冊，文檔編號 1189
Olink® Explore 1536 和擴展用戶手冊，文檔編號 1190

Olink® Explore 3072 用戶手冊，文檔編號 1191
Olink® 使用 NextSeq 550 用戶手冊探索測序，文檔編號 1192
Olink® 使用 NextSeq 2000 用戶手冊探索測序，文檔編號 1193

Olink® 使用 NovaSeq 6000 用戶手冊探索測序，文檔編號 1194

介紹

預期用途
Olink® Explore 是一個用於人類蛋白質生物標誌物發現的多重免疫分析平台。該產品僅供研究使用，不得用於診斷程序。實驗室工作只能由經過培訓的實驗室工作人員進行。數據處理只能由經過培訓的人員進行。結果旨在供研究人員與其他臨床或實驗室發現結合使用。
關於本手冊
本用戶手冊提供了在 Illumina® NextSeq™ 2000 上對 Olink® Explore Libraries 進行測序所需的說明。必須嚴格明確地遵守這些說明。整個實驗室步驟的任何偏差都可能導致數據受損。在開始實驗室工作流程之前，請查閱 Olink® Explore Overview 平台介紹的用戶手冊，包括有關試劑、設備和所需文檔的信息，以及view 的工作流程，以及實驗室指南。有關如何運行 Olink® Explore 試劑盒的說明，請參閱適用的 Olink® Explore 用戶手冊。有關 Olink® Explore 序列結果的數據處理和分析，請參閱 Olink® NPX Explore 用戶手冊。除非另有說明，否則本材料中包含的所有商標和版權均為 Olink® Proteomics AB 的財產。
技術支援
如需技術支持，請聯繫 Olink Proteomics，網址為 support@olink.com.

實驗室說明

本章提供有關如何使用 NextSeq™ 2000/1000 P2000 試劑（2 個循環）v100 在 NextSeq™ 3 上對 Olink 文庫進行測序的說明。用於測序的協議改編自適用於 Illumina® NextSeq™ 2000 的 Illumina® 標準 NGS 工作流程。
在進行測序之前，請確保已驗證純化的 Olink 庫的質量。有關質量控制的說明，請參閱適用的 Olink Explore 用戶手冊。
計劃測序運行
每個 NextSeq™ 2000 P2 流動槽和每次運行都可以對一個 Olink 文庫進行測序。表 2 描述了對不同 Olink Explore 試劑盒進行測序所需的 P1 流通池數量和運行次數。
如果需要多次運行，請重複本手冊中描述的說明。
表 1. 測序運行計劃

Olink®探索試劑盒	Olink圖書館數量	流通池數量和運行次數
Olink® Explore 384 試劑盒	1	1
Olink® Explore 4 x 384 試劑盒	4	4
Olink® Explore 1536 試劑盒	4	4
Olink® Explore 擴增試劑盒	4	4
Olink® Explore 3072 試劑盒	8	8

準備 Olink® 定製配方
在此步驟中，在 NextSeq™ 2000 上準備 Olink® 自定義配方。此步驟只需執行一次，即在首次執行 Olink 測序運行之前。
解壓縮並保存 Olink 自定義配方 XML-file Olink_NSQ2K_P2_V1 在適當的儀器文件夾中。
筆記： Olink 定製配方僅適用於 NextSeq™ 1000/2000 P2 試劑（100 個循環）v3 試劑盒和 NextSeq™ 1000/2000 控制軟件 v1.2 或 v1.4。

準備測序試劑
在此步驟中，包含聚類和測序試劑的試劑盒被解凍並準備好流通池。

警告： 試劑盒包含有潛在危險的化學品。穿戴適當的防護設備並根據適用標準丟棄用過的試劑。有關詳細信息，請參閱 Illumina NextSeq 1000 和 2000 系統指南（文檔 #1000000109376）。

準備試劑盒
可以使用三種不同的方法解凍未打開的墨盒：在室溫下、在受控水浴中或在冰箱中。

準備工作台

1x NextSeq™ 1000/2000 P2 試劑盒（100 個循環）

指示
如表 2 中所述解凍試劑盒。
表 2. 試劑盒解凍方法

解凍方法	指示
室溫下	• 不打開銀箔袋，將冷凍的試劑盒放在工作台上，室溫解凍9 小時。不要超過 16 小時。 • 確保袋子標籤朝上並且空氣可以在墨盒周圍流通。
在水浴中	• 在不打開銀箔袋的情況下，將冷凍的試劑盒半浸入受控的25 °C 水浴中並讓它解凍6 小時。不要超過8小時。 • 確保袋子標籤朝上並且解凍過程中墨盒不會倒置。 • 用紙巾徹底擦乾墨盒。
在冰箱裡	• 在不打開銀箔袋的情況下，將試劑盒放在工作台上並在室溫下解凍 6 小時。 • 確保袋子標籤朝上並且空氣可以在墨盒周圍流通。 • 將墨盒在冰箱中解凍 12 小時。不要超過 72 小時。 • 運行前，從冰箱中取出解凍的未開封試劑盒，使其達到室溫至少 15 分鐘，但不超過 1 小時。

筆記： 解凍後的試劑盒不能再冷凍，必須在 4 °C 下儲存最長 72 小時。

準備流通池準備工作台

1x NextSeq™ 1000/2000 P2 流通池

指示

將冷藏的流通池置於室溫下 10-15 分鐘。

為測序準備 Olink® 文庫

在此步驟中，純化和質量控制的 Olink 庫被稀釋到最終加載濃度。請注意，文庫變性是在儀器上自動執行的。
準備工作台

Lib Tube，根據適用的 Olink Explore 用戶手冊準備

1x RSB 與吐溫 20
MilliQ水
2x 微量離心管 (1.5 mL)
手動移液器（10、100 和 1000 μL）
過濾移液管吸頭

開始之前

如果冷凍，解凍 Lib 管。
在室溫下用 Tween 20 解凍冷凍的 RSB 10 分鐘。儲存在 +4 °C 直至使用。
將兩個新的 1.5 mL 微量離心管標記如下：
- 標記一根管子“Dil”（用於 1:100 稀釋的文庫）
- 標記一個管“Seq”（用於準備加載庫）

指示

向稀釋管中加入 495 μL MilliQ 水。

渦旋 Lib 管並短暫旋轉。
手動將 5 μL 從 Lib 管轉移到 Dil 管。
渦旋稀釋管並短暫旋轉。
將 20 μL 的 RBS 和 Tween 20 添加到 Seq 管中。

手動將 20 μL 從稀釋管轉移到 Seq 管。
渦旋 Seq Tube 並短暫旋轉。
立即繼續執行 2.5 將流動槽和 Olink® 文庫裝入試劑盒。注：將 Lib 管儲存在 -20 °C 以防可能重新運行。

將流動槽和 Olink® 文庫裝入試劑盒
在此步驟中，流動槽和稀釋的 Olink 庫被加載到解凍的試劑盒中。
準備工作台

1x 解凍的 NextSeq™ 1000/2000 P2 試劑盒（100 個循環），在上一步中準備好

1x NextSeq™ 1000/2000 P2 流動槽，在上一步中準備好
Sex Tube（帶有準備加載的稀釋 Olink 庫），在上一步中準備好

手動移液器 (100 μL)
移液器吸頭 (1 mL)

準備墨盒

從銀箔袋中取出墨盒。
翻轉試劑盒十次以徹底混合其中解凍的試劑。

筆記： 聽到內部組件發出叮噹聲是正常的。

將流通池裝入夾盒

準備好將流動槽裝入夾盒時，從包裝中取出流動槽。握住流動槽的灰色標籤，標籤上的標籤朝上。使用新的無粉手套以避免污染流通池的玻璃表面。
將流動槽插入夾盒前端的流動槽槽中。聽到咔嗒聲表示流通池已正確放置。
拉出灰色標籤，將其取下。

將 Olink® 庫加載到墨盒中

用乾淨的 1 mL 移液器尖端刺穿文庫儲液器。
將 20 μL 的 Olink 庫從 Seq 管加載到庫庫底部。

執行 Olink® 測序運行
在此步驟中，裝有流動槽和 Olink 文庫的緩衝液盒被加載到 NextSeq™ 2000 中，並使用 Olink 配方開始測序運行。
準備工作台

1x NextSeq™ 1000/2000 P2 試劑盒（100 個循環）裝有 NextSeq™ 1000/2000 P2 流動槽和稀釋的 Olink 文庫，在上一步中準備。

配置運行模式

從控制軟件菜單中，選擇設置。
在 BaseSpace Sequence Hub 服務和主動支持下，選擇本地運行設置。
選擇僅主動支持作為附加設置。此功能需要互聯網連接。
為您的數據選擇託管位置。託管位置應位於或靠近您所在的地區。
為當前運行的原始數據設置輸出文件夾位置。選擇選擇以導航並選擇輸出文件夾。
選中變性和稀釋板載複選框以自動變性和稀釋儀器上的文庫。
選中 Purge Reagent Cartridge 複選框以自動將未使用的試劑清除到試劑盒的廢試劑隔間。
選中自動檢查軟件更新復選框以自動檢查軟件更新（可選）。此功能需要互聯網連接。
選擇保存。

設置運行參數

筆記： 本說明適用於 NextSeq™ 1.4/1000 控制軟件的 2000 版。使用 v1.2 版本時，下面描述的一些步驟可能會有所不同

從控制軟件菜單中，選擇開始。
選擇手動設置新運行並按設置。
在 Run Setup 頁面中，設置運行參數如下：

在運行名稱字段中，輸入唯一的實驗 ID。
在 Read Type 下拉列表中，選擇 Single Read 選項。

輸入循環次數如下：

- 閱讀 1： 24
- 索引 1： 0
- 索引 2： 0
- 閱讀 2： 0

筆記： 將 Read 1 設置為 24 至關重要，否則整個運行將失敗。
筆記： 輸入循環次數時忽略警告消息。

在 Custom Primer Wells 下拉列表中，選擇 No。
在自定義配方（可選）字段中，選擇選擇導航並選擇自定義配方 XML file Olink_NSQ2K_P2_V1。選擇打開。

不要導入 Samp樂表。
確保輸出文件夾位置正確。否則，選擇選擇以導航並選擇所需的輸出文件夾位置。
在板載變性和稀釋字段中，從下拉列表中選擇已啟用。
選擇準備。

加載已加載的墨盒

選擇加載。儀器遮陽板打開，托盤彈出。

將裝載的墨盒放在托盤上，標籤朝上，流通池在儀器內。
選擇關閉。
正確加載墨盒後，驗證運行參數並選擇序列。儀器對儀器和流體執行運行前檢查。
筆記： 在流體檢查期間，預計會聽到幾聲爆裂聲。
確保在自動運行前檢查完成後（約 15 分鐘）開始運行。測序運行時間約為 10 小時 30 分鐘。
筆記： 對於任何運行前檢查失敗，請參閱製造商的說明。
筆記： 在測序運行期間，小心不要撞到或以其他方式乾擾 NextSeq™ 2000。該儀器對振動敏感。

清潔工作區域。

監控運行進度
Olink 使用 NGS 作為讀數來量化已知序列的數量，以估計 s 中給定蛋白質的濃度amples（相對於其他 samp萊斯）。每次 Explore 測序運行的數據質量主要取決於 Olink 技術獨有的 QC 參數。因此，傳統 NGS 中使用的標準質量控制指標（例如 Q 分數）並不那麼重要。
運行後彈出並丟棄墨盒

警告： 這套試劑含有潛在的危險化學品。穿戴適當的防護設備並根據適用標準丟棄用過的試劑。有關詳細信息，請參閱 Illumina NextSeq 1000 和 2000 系統指南（文檔 #1000000109376）。

運行完成後，選擇 Eject Cartridge。
筆記： 包括流通池在內的用過的試劑盒可以留在原處，直到下一次運行，但不超過 3 天。

從托盤中取出墨盒。
根據適用標準處置試劑。
選擇關門。托盤被重新加載。
選擇主頁返回主屏幕。
筆記： 由於試劑盒包含運行系統的所有機制，以及用於收集用過的試劑的容器，因此無需在運行後清洗儀器。

修訂歷史

版本	日期	描述
1.1	2022-11-01	1.2 將 Olink® Mydata 替換為 Olink® NPX Explore。 2.2 已編輯。
1.0	2021-12-01	新的

奧聯網
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