Olink NextSeq 2000 Izpētiet secību

Dokumenta piezīme
Olink® Explore lietotāja rokasgrāmata, dok. nr. 1153, ir novecojusi, un tā ir aizstāta ar šādiem dokumentiem:

• Olink® Explore Overview Lietotāja rokasgrāmata, dok. nr. 1187
• Olink® Explore 384 lietotāja rokasgrāmata, dok. nr. 1188
• Olink® Explore 4 x 384 lietotāja rokasgrāmata, dok. nr. 1189
• Olink® Explore 1536 & Expansion lietotāja rokasgrāmata, dok. nr 1190
• Olink® Explore 3072 lietotāja rokasgrāmata, dok. nr. 1191
• Olink® Explore sekvencēšana, izmantojot NextSeq 550 lietotāja rokasgrāmatu, dok. nr 1192
• Olink® Explore sekvencēšana, izmantojot NextSeq 2000 lietotāja rokasgrāmatu, dok. nr 1193
• Olink® Explore sekvencēšana, izmantojot NovaSeq 6000 lietotāja rokasgrāmatu, dok. nr 1194

Ievads

Paredzētais lietojums
Olink® Explore ir daudzkārtēja imūnanalīzes platforma cilvēka proteīna biomarķieru atklāšanai. Produkts ir paredzēts tikai izpētei, nevis diagnostikas procedūrām. Laboratorijas darbus drīkst veikt tikai apmācīts laboratorijas personāls. Datu apstrādi drīkst veikt tikai apmācīts personāls. Rezultātus ir paredzēts izmantot pētniekiem kopā ar citiem klīniskiem vai laboratorijas atklājumiem.
Par šo rokasgrāmatu
Šajā lietotāja rokasgrāmatā ir sniegti norādījumi, kas nepieciešami Olink® Explore Libraries secībai Illumina® NextSeq™ 2000. Norādījumi ir stingri un skaidri jāievēro. Jebkādas novirzes laboratorijas posmos var izraisīt datu traucējumus. Pirms laboratorijas darbplūsmas sākšanas konsultējieties ar Olink® Explore Overview Lietotāja rokasgrāmata ievadam platformā, ieskaitot informāciju par reaģentiem, aprīkojumu un nepieciešamo dokumentācijuview darba plūsmas, kā arī laboratorijas vadlīnijas. Norādījumus par Olink® Explore reaģentu komplektu darbināšanu skatiet attiecīgajā Olink® Explore lietotāja rokasgrāmatā. Informāciju par datu apstrādi un Olink® Explore secības rezultātu analīzi skatiet Olink® NPX Explore lietotāja rokasgrāmatā. Visas šajā materiālā esošās preču zīmes un autortiesības ir Olink® Proteomics AB īpašums, ja vien nav norādīts citādi.
Tehniskais atbalsts
Lai saņemtu tehnisko atbalstu, sazinieties ar Olink Proteomics pa tālr support@olink.com.

Laboratorijas instrukcijas

Šajā nodaļā sniegti norādījumi par Olink bibliotēku secību NextSeq™ 2000, izmantojot NextSeq™ 1000/2000 P2 reaģentus (100 cikli) v3. Sekvencēšanai izmantotais protokols ir Illumina® standarta NGS darbplūsmas adaptācija Illumina® NextSeq™ 2000.
Pirms turpināt secību, pārliecinieties, vai ir pārbaudīta attīrītās Olink bibliotēkas kvalitāte. Skatiet piemērojamo Olink Explore lietotāja rokasgrāmatu, lai iegūtu norādījumus par kvalitātes kontroli.
Plānojiet secību
Katrai NextSeq™ 2000 P2 plūsmas šūnai var secināt vienu Olink bibliotēku. P2 plūsmas šūnu un darbību skaits, kas nepieciešams dažādu Olink Explore reaģentu komplektu secībai, ir aprakstīts 1. tabulā.
Ja ir nepieciešamas vairākas darbības, atkārtojiet šajā rokasgrāmatā aprakstītās instrukcijas.
1. tabula. Sekvences palaišanas plānošana

Olink® Explore reaģentu komplekts	Olinkas bibliotēku skaits	Plūsmas šūnas(-u) un palaišanas(-u) skaits
Olink® Explore 384 reaģentu komplekts	1	1
Olink® Explore 4 x 384 reaģentu komplekts	4	4
Olink® Explore 1536 reaģentu komplekts	4	4
Olink® Explore Expansion Reagent Kit	4	4
Olink® Explore 3072 reaģentu komplekts	8	8

Sagatavojiet Olink® Custom recepti
Šīs darbības laikā Olink® pielāgotā recepte tiek sagatavota uz NextSeq™ 2000. Šī darbība ir jāveic tikai vienu reizi, pirms pirmo reizi tiek veikta Olink sekvencēšana.
Izpakojiet un saglabājiet Olink pielāgoto recepti XML-file Olink_NSQ2K_P2_V1 atbilstošā instrumentu mapē.
PIEZĪME: Olink pielāgotā recepte darbosies tikai ar NextSeq™ 1000/2000 P2 reaģentu (100 cikli) v3 komplektu un NextSeq™ 1000/2000 vadības programmatūru v1.2 vai v1.4.

Sagatavojiet sekvencēšanas reaģentus
Šīs darbības laikā reaģentu kasetne, kurā ir klasterizācijas un sekvencēšanas reaģenti, tiek atkausēta un tiek sagatavota plūsmas šūna.

BRĪDINĀJUMS: Reaģenta kasetnē ir potenciāli bīstamas ķīmiskas vielas. Valkājiet atbilstošus aizsardzības līdzekļus un izmetiet izlietotos reaģentus saskaņā ar piemērojamajiem standartiem. Papildinformāciju skatiet Illumina NextSeq 1000 un 2000 sistēmas rokasgrāmatā (dokuments Nr. 1000000109376).

Sagatavojiet reaģenta kasetni
Neatvērto kārtridžu var atkausēt, izmantojot trīs dažādas metodes: istabas temperatūrā, kontrolētā ūdens vannā vai ledusskapī.

Sagatavo soliņu

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 reaģenta kasetne (100 cikli)

Norādījumi
Atkausējiet reaģenta kasetni, kā aprakstīts 2. tabulā.
2. tabula. Reaģentu kasetņu atkausēšanas metodes

Atkausēšanas metode	Norādījumi
Istabas temperatūrā	• Neatverot sudraba folijas maisiņu, novietojiet sasaldēto reaģenta kasetni uz stenda un atkausējiet to istabas temperatūrā 9 stundas. Nepārsniedziet 16 stundas. • Pārliecinieties, vai maisa etiķete ir vērsta uz augšu un gaiss var cirkulēt ap kasetni.
Ūdens vannā	• Neatverot sudraba folijas maisiņu, ievietojiet sasaldēto reaģenta kasetni līdz pusei iegremdētā kontrolētā 25 °C ūdens vannā un ļaujiet tai atkausēt 6 stundas. Nepārsniedziet 8 stundas. • Pārliecinieties, vai maisa etiķete ir vērsta uz augšu un ka kasetne atkausēšanas laikā neapgriežas otrādi. • Kārtīgi nosusiniet kārtridžu ar papīra dvieli.
Ledusskapī	• Neatverot sudraba folijas maisiņu, novietojiet kārtridžu uz sola un atkausējiet to istabas temperatūrā 6 stundas. • Pārliecinieties, vai maisa etiķete ir vērsta uz augšu un gaiss var cirkulēt ap kasetni. • Pabeidziet kārtridžu atkausēšanu ledusskapī 12 stundas. Nepārsniedziet 72 stundas. • Pirms skriešanas izņemiet atkausēto neatvērto kārtridžu no ledusskapja un ļaujiet tai sasilt līdz istabas temperatūrai vismaz 15 minūtes, bet ne ilgāk par 1 stundu.

PIEZĪME: Atkausētās kārtridžus nevar atkārtoti sasaldēt, un tās jāuzglabā 4 °C temperatūrā ne ilgāk kā 72 stundas.

Sagatavojiet plūsmas šūnu Sagatavojiet stendu

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 plūsmas šūna

Norādījumi

1. Uzkarsējiet atdzesētu plūsmas šūnu istabas temperatūrā 10–15 minūtes.

Sagatavojiet Olink® bibliotēku sekvencēšanai

Šajā posmā attīrītā un ar kvalitāti kontrolētā Olink bibliotēka tiek atšķaidīta līdz galīgajai iekraušanas koncentrācijai. Ņemiet vērā, ka bibliotēkas denaturēšana instrumentā tiek veikta automātiski.
Sagatavo soliņu

• Lib Tube, kas sagatavota saskaņā ar piemērojamo Olink Explore lietotāja rokasgrāmatu
• 1x RSB ar Tween 20
• MilliQ ūdens
• 2x mikrocentrifūgas mēģenes (1.5 ml)
• Manuāla pipete (10, 100 un 1000 μL)
• Filtru pipetes uzgaļi

Pirms sākat

• Atkausējiet Lib cauruli, ja tā ir sasalusi.
• Atkausējiet saldēto RSB ar Tween 20 istabas temperatūrā 10 minūtes. Līdz lietošanai uzglabāt +4°C.
• Atzīmējiet divas jaunās 1.5 ml mikrocentrifūgas mēģenes šādi:
  • Atzīmējiet vienu mēģeni “Dil” (atšķaidītajai bibliotēkai 1:100)
  • Atzīmējiet vienu cauruli “Seq” (lai bibliotēka būtu gatava ielādei)

Norādījumi

1. Pievienojiet 495 μL MilliQ ūdens Dil mēģenē.
2. Vorteksējiet Lib Tube un īsi pagrieziet to uz leju.
3. Manuāli pārnesiet 5 μL no Lib caurules uz Dil cauruli.
4. Samaisiet Dil cauruli un īsi pagrieziet to uz leju.
5. Pievienojiet 20 μL RBS ar Tween 20 Seq caurulei.
6. Manuāli pārnesiet 20 μL no Dil mēģenes uz Seq cauruli.
7. Vorteksējiet Seq Tube un īsi pagrieziet to uz leju.
8. Nekavējoties turpiniet līdz 2.5. Ievietojiet plūsmas šūnu un Olink® Library reaģenta kasetnē. PIEZĪME: Glabājiet Lib cauruli(-es) -20 °C, ja iespējama(s) atkārtota(-as) palaišana(-es).

Ievietojiet plūsmas šūnu un Olink® Library reaģenta kasetnē
Šīs darbības laikā plūsmas šūna un atšķaidītā Olink bibliotēka tiek ievietota atkausētā reaģenta kasetnē.
Sagatavo soliņu

• 1x atkausēta NextSeq™ 1000/2000 P2 reaģenta kasetne (100 cikli), kas sagatavota iepriekšējā darbībā
• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 plūsmas šūna, kas sagatavota iepriekšējā darbībā
• Sex Tube (ar ielādei gatavu atšķaidītu Olink bibliotēku), kas sagatavota iepriekšējā solī
• Manuāla pipete (100 μL)
• Pipetes gals (1 ml)

Sagatavojiet kasetni

1. Izņemiet kasetni no sudraba folijas maisiņa.
2. Apgrieziet kasetni desmit reizes otrādi, lai kārtīgi samaisītu tajā esošos atkausētos reaģentus.

PIEZĪME: Ir normāli dzirdēt iekšējo komponentu džinkstēšanu.

Ievietojiet plūsmas šūnu kasetnē

1. Kad esat gatavs ievietot plūsmas šūnu kārtridžā, izņemiet plūsmas šūnu no iepakojuma. Turiet plūsmas šūnu aiz pelēkās cilnes tā, lai etiķete uz cilnes būtu vērsta uz augšu. Izmantojiet jaunus cimdus bez pūdera, lai izvairītos no plūsmas šūnas stikla virsmas piesārņošanas.
2. Ievietojiet plūsmas šūnu plūsmas šūnas spraugā kasetnes priekšpusē. Skaņas klikšķis norāda, ka plūsmas šūna ir pareizi novietota.
3. Noņemiet pelēko mēlīti, izvelkot to.

Ievietojiet Olink® Library kasetnē

1. Caurduriet bibliotēkas rezervuāru ar tīru 1 ml pipetes galu.
2. Ievietojiet 20 μL Olink Library no Seq Tube bibliotēkas rezervuāra apakšā.

Veiciet Olink® sekvencēšanas palaišanu
Šīs darbības laikā bufera kasetne ar ielādētu plūsmas šūnu un Olink bibliotēku tiek ielādēta NextSeq™ 2000, un tiek sākta secības noteikšana, izmantojot Olink recepti.
Sagatavo soliņu

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 reaģenta kasetne (100 cikli), kas ievietota ar NextSeq™ 1000/2000 P2 plūsmas šūnu un atšķaidītu Olink bibliotēku, kas sagatavota iepriekšējā darbībā.

Konfigurējiet darbības režīmu

1. Vadības programmatūras izvēlnē atlasiet Iestatījumi.
2. Sadaļā BaseSpace Sequence Hub Services & Proactive Support atlasiet Local Run Setup.
3. Kā papildu iestatījumus atlasiet Tikai proaktīvais atbalsts. Šai funkcijai nepieciešams interneta savienojums.
4. Atlasiet saviem datiem mitināšanas vietu. Hostinga vietai ir jāatrodas jūsu reģionā vai tā tuvumā.
5. Iestatiet izvades mapes atrašanās vietu pašreizējiem palaišanas neapstrādātajiem datiem. Atlasiet Izvēlieties, lai pārvietotos, un atlasiet izvades mapi.
6. Atzīmējiet izvēles rūtiņu Denature and Dilute On Board, lai automātiski denaturētu un atšķaidītu bibliotēku instrumentā.
7. Atzīmējiet izvēles rūtiņu Iztīrīt reaģentu kasetni, lai automātiski iztīrītu neizmantotos reaģentus uz kasetnes izlietoto reaģentu nodalījumu.
8. Atzīmējiet izvēles rūtiņu Automātiski pārbaudīt programmatūras atjauninājumus, lai automātiski pārbaudītu programmatūras atjauninājumus (neobligāti). Šai funkcijai nepieciešams interneta savienojums.
9. Atlasiet Saglabāt.

Iestatiet darbības parametrus

PIEZĪME: Šī instrukcija attiecas uz NextSeq™ 1.4/1000 vadības programmatūras versiju 2000. Dažas no tālāk aprakstītajām darbībām var atšķirties, ja izmantojat versiju v1.2

1. Vadības programmatūras izvēlnē atlasiet Sākt.
2. Atlasiet Manuāli iestatīt jaunu palaišanu un nospiediet Iestatīt.
3. Lapā Run Setup iestatiet izpildes parametrus šādi:

• Laukā Izpildes nosaukums ievadiet unikālu eksperimenta ID.
• Nolaižamajā sarakstā Lasīšanas veids atlasiet opciju Single Read.

Ievadiet ciklu skaitu šādi:

• • Lasīt 1: 24
  • 1. rādītājs: 0
  • 2. rādītājs: 0
  • Lasīt 2: 0

PIEZĪME: Ir ļoti svarīgi, lai Read 1 būtu iestatīts uz 24, pretējā gadījumā visa darbība neizdosies.
PIEZĪME: Ievadot ciklu skaitu, ignorējiet brīdinājuma ziņojumus.

• Nolaižamajā sarakstā Custom Primer Wells atlasiet Nē.
• Laukā Pielāgota recepte (neobligāti) atlasiet Izvēlieties, lai pārvietotos, un atlasiet pielāgotās receptes XML file Olink_NSQ2K_P2_V1. Atlasiet Atvērt.
• Neimportējiet Sample Sheet.
• Pārliecinieties, vai izvades mapes atrašanās vieta ir pareiza. Pretējā gadījumā atlasiet Izvēlēties, lai pārvietotos, un atlasiet vajadzīgo izvades mapes atrašanās vietu.
• Laukā Denature and Dilute Onboard nolaižamajā sarakstā atlasiet Iespējots.
• Atlasiet Sagatavošana.

Ievietojiet ievietoto kasetni

1. Izvēlieties Ielādēt. Instrumenta vizieris atveras un paplāte tiek izstumta.
2. Novietojiet ievietoto kasetni uz paplātes ar etiķeti uz augšu un plūsmas šūnu instrumenta iekšpusē.
3. Atlasiet Aizvērt.
4. Kad kasetne ir pareizi ievietota, pārbaudiet darbības parametrus un atlasiet Sequence. Instruments veic instrumenta un šķidruma pārbaudes pirms palaišanas.
   PIEZĪME: Šķidruma pārbaudes laikā ir sagaidāms, ka būs dzirdamas vairākas spiedošas skaņas.
5. Pārliecinieties, ka skrējiens sākas pēc tam, kad ir pabeigtas automātiskās pirms palaišanas pārbaudes (~15 minūtes). Sekvences izpildes laiks ir aptuveni 10h30 min.
   PIEZĪME: Pirms palaišanas pārbaudes kļūmēm skatiet ražotāja norādījumus.
   PIEZĪME: Esiet piesardzīgs, lai secības izpildes laikā nesadurtos ar NextSeq™ 2000 vai kā citādi netraucētu. Instruments ir jutīgs pret vibrācijām.
6. Notīriet darba zonu.

Pārraugiet darbības gaitu
Olinks izmanto NGS kā nolasījumu, lai kvantitatīvi noteiktu zināmās sekvences daudzumu, lai novērtētu noteiktā proteīna koncentrāciju samples (attiecībā pret citiem samples). Datu kvalitāti no katras Explore sekvencēšanas darbības galvenokārt nosaka Olink tehnoloģijai unikālie kvalitātes kontroles parametri. Tādējādi standarta kvalitātes kontroles metrika, ko izmanto parastajās NGS, piemēram, Q-score, ir mazāk svarīga.
Pēc darbības izņemiet un izmetiet kasetni

BRĪDINĀJUMS: Šis reaģentu komplekts satur potenciāli bīstamas ķīmiskas vielas. Valkājiet atbilstošus aizsardzības līdzekļus un izmetiet izlietotos reaģentus saskaņā ar piemērojamajiem standartiem. Papildinformāciju skatiet Illumina NextSeq 1000 un 2000 sistēmas rokasgrāmatā (dokuments Nr. 1000000109376).

1. Kad palaišana ir pabeigta, atlasiet Izstumt kasetni.
   PIEZĪME: Izlietoto kasetni, ieskaitot plūsmas šūnu, var atstāt vietā līdz nākamajai reizei, bet ne ilgāk kā 3 dienas.
2. Izņemiet kasetni no paliktņa.
3. Atbrīvojieties no reaģentiem saskaņā ar piemērojamiem standartiem.
4. Atlasiet Aizvērt durvis. Paplāte ir atkārtoti ielādēta.
5. Atlasiet Sākums, lai atgrieztos sākuma ekrānā.
   PIEZĪME: Tā kā kasetnē ir visi mehānismi sistēmas darbināšanai, kā arī rezervuārs izlietoto reaģentu savākšanai, instrumenta mazgāšana pēc darbības nav nepieciešama.

Pārskatīšanas vēsture

Versija	Datums	Apraksts
1.1	2022-11-01	1.2 Olink® Mydata tika aizstāts ar Olink® NPX Explore. 2.2 Rediģēts.
1.0	2021-12-01	Jauns

www.olink.com
Tikai pētnieciskai lietošanai. Nav paredzēts izmantot diagnostikas procedūrās.
Šajā produktā ir iekļauta licence Olink produktu nekomerciālai lietošanai. Komerciāliem lietotājiem var būt nepieciešamas papildu licences. Lai iegūtu sīkāku informāciju, lūdzu, sazinieties ar Olink Proteomics AB. Netiek izteiktas vai netiešas garantijas, kas pārsniedz šo aprakstu. Olink Proteomics AB nav atbildīgs par īpašuma bojājumiem, miesas bojājumiem vai ekonomiskiem zaudējumiem, ko izraisījis šis produkts.

Šī preču zīme pieder Olink Proteomics AB: Olink®.
Uz šo produktu attiecas vairāki patenti un patentu pieteikumi, kas pieejami vietnē https://www.olink.com/patents/.

© Autortiesības 2021 Olink Proteomics AB. Visas trešo pušu preču zīmes ir to attiecīgo īpašnieku īpašums. Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Upsala, Sweden 1193, v1.1, 2022-11-01

Dokumenti / Resursi

Olink NextSeq 2000 Izpētiet secību [pdfLietotāja rokasgrāmata NextSeq 2000 Explore Sequence, NextSeq 2000, Explore Sequence, Sequence

Atsauces

• Lietotāja rokasgrāmata