Olink NextSeq 2000 Keşfetme Sırası

Belge notu
Olink® Explore Kullanım kılavuzu, belge no. 1153, geçerliliğini yitirmiştir ve aşağıdaki belgelerle değiştirilmiştir:

• Olink® Üzerinden Keşfedinview Kullanım Kılavuzu, belge no 1187
• Olink® Explore 384 Kullanım Kılavuzu, belge no. 1188
• Olink® Explore 4 x 384 Kullanım Kılavuzu, belge no. 1189
• Olink® Explore 1536 ve Genişletme Kullanım Kılavuzu, belge no 1190
• Olink® Explore 3072 Kullanım Kılavuzu, belge no. 1191
• Olink® NextSeq 550 Kullanıcı Kılavuzunu Kullanarak Dizilemeyi Keşfedin, belge nr 1192
• Olink® NextSeq 2000 Kullanıcı Kılavuzunu Kullanarak Dizilemeyi Keşfedin, belge nr 1193
• NovaSeq 6000 Kullanıcı Kılavuzunu kullanarak Olink® Dizilemeyi Keşfedin, belge no 1194

giriiş

Amaçlanan kullanım
Olink® Explore, insan proteini biyobelirteç keşfi için çoklu bir immünolojik test platformudur. Ürün, Yalnızca Araştırma Kullanımı için tasarlanmıştır ve teşhis prosedürlerinde kullanım için değildir. Laboratuvar çalışmaları yalnızca eğitimli laboratuvar personeli tarafından yürütülecektir. Veri işleme yalnızca eğitimli personel tarafından gerçekleştirilecektir. Sonuçlar, araştırmacılar tarafından diğer klinik veya laboratuvar bulgularıyla birlikte kullanılmak üzere tasarlanmıştır.
Bu kılavuz hakkında
Bu Kullanım Kılavuzu, Illumina® NextSeq™ 2000'de Olink® Explore Kitaplıklarını sıralamak için gereken talimatları sağlar. Talimatlara kesinlikle ve açıkça uyulmalıdır. Laboratuvar adımlarındaki herhangi bir sapma, verilerin bozulmasına neden olabilir. Laboratuvar iş akışına başlamadan önce Olink® Keşfetview Reaktifler hakkında bilgiler, gerekli ekipman ve belgeler dahil olmak üzere platforma giriş için Kullanım Kılavuzuview iş akışının yanı sıra laboratuvar yönergeleri. Olink® Explore Reaktif Kitlerinin nasıl çalıştırılacağına ilişkin talimatlar için ilgili Olink® Explore Kullanım Kılavuzuna bakın. Olink® Explore sekans sonuçlarının veri işlemesi ve analizi için Olink® NPX Explore Kullanım Kılavuzuna bakın. Bu materyalde yer alan tüm ticari markalar ve telif hakları, aksi belirtilmedikçe Olink® Proteomics AB'nin mülkiyetindedir.
Teknik destek
Teknik destek için şu adresten Olink Proteomics ile iletişime geçin: destek@olink.com.

Laboratuvar talimatları

Bu bölüm, NextSeq™ 2000/1000 P2000 Reaktifleri (2 Döngü) v100 kullanılarak NextSeq™ 3'de Olink Kitaplıklarının nasıl sıralanacağına ilişkin talimatlar sağlar. Sekanslama için kullanılan protokol, Illumina® NextSeq™ 2000 için Illumina® standart NGS iş akışının bir uyarlamasıdır.
Sıralamaya geçmeden önce saflaştırılmış Olink Kitaplığının kalitesinin doğrulandığından emin olun. Kalite kontrolle ilgili talimatlar için ilgili Olink Explore Kullanıcı Kılavuzuna bakın.
Sekanslama çalıştırmasını planlayın
Bir Olink Kitaplığı, NextSeq™ 2000 P2 akış hücresi ve çalıştırma başına sıralanabilir. Farklı Olink Explore Reaktif Kitlerini sıralamak için gereken P2 akış hücresi ve çalıştırma sayısı Tablo 1'de açıklanmıştır.
Birden fazla çalışma gerekiyorsa, bu kılavuzda açıklanan talimatları tekrarlayın.
Tablo 1. Sıralama çalışması planlaması

Olink® Reaktif Kitini Keşfedin	Olink Kitaplıklarının Sayısı	Akış hücre(ler)i ve çalıştırma(lar) sayısı
Olink® Explore 384 Reaktif Kiti	1	1
Olink® Explore 4 x 384 Reaktif Kiti	4	4
Olink® Explore 1536 Reaktif Kiti	4	4
Olink® Explore Genleşme Reaktif Kiti	4	4
Olink® Explore 3072 Reaktif Kiti	8	8

Olink® Özel tarifini hazırlayın
Bu adım sırasında, NextSeq™ 2000'de Olink® özel tarifi hazırlanır. Bu adımın, ilk kez bir Olink sıralama çalıştırması gerçekleştirilmeden önce yalnızca bir kez gerçekleştirilmesi gerekir.
Olink özel tarif XML'ini açın ve kaydedin-file Uygun bir araç klasöründe Olink_NSQ2K_P2_V1.
NOT: Olink özel tarifi yalnızca NextSeq™ 1000/2000 P2 Reaktifleri (100 Döngü) v3 kiti ve NextSeq™ 1000/2000 kontrol yazılımı v1.2 veya v1.4 ile çalışacaktır.

Sıralama reaktiflerini hazırlayın
Bu adım sırasında kümeleme ve dizileme reaktiflerini içeren reaktif kartuşu çözülür ve akış hücresi hazırlanır.

UYARI: Reaktif kartuşu potansiyel olarak tehlikeli kimyasallar içerir. Yeterli koruyucu ekipman giyin ve kullanılmış reaktifleri geçerli standartlara uygun olarak atın. Daha fazla bilgi için Illumina NextSeq 1000 ve 2000 Sistem Kılavuzuna (belge #1000000109376) bakın.

Reaktif kartuşunu hazırlayın
Açılmamış kartuşun çözülmesi üç farklı yöntemle yapılabilir: oda sıcaklığında, kontrollü su banyosunda veya buzdolabında.

tezgah hazırla

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Reaktif Kartuşu (100 döngü)

Talimatlar
Reaktif kartuşunu Tablo 2'de açıklandığı gibi çözün.
Tablo 2. Reaktif kartuşu çözme yöntemleri

Çözdürme yöntemi	Talimatlar
Oda sıcaklığında	• Gümüş folyo poşeti açmadan donmuş reaktif kartuşunu tezgahın üzerine koyun ve oda sıcaklığında 9 saat çözün. 16 saati geçmeyin. • Torba etiketinin yukarı baktığından ve havanın kartuş etrafında dolaşabileceğinden emin olun.
bir su banyosunda	• Gümüş folyo poşeti açmadan donmuş reaktif kartuşunu kontrollü 25 °C su banyosuna yarı daldırılmış şekilde yerleştirin ve 6 saat erimesini bekleyin. 8 saati geçmeyin. • Torba etiketinin yukarı baktığından ve çözülme sırasında kartuşun ters dönmediğinden emin olun. • Kartuşu bir kağıt havluyla iyice kurulayın.
Buzdolabında	• Gümüş folyo poşeti açmadan kartuşu tezgaha koyun ve oda sıcaklığında 6 saat çözündürün. • Torba etiketinin yukarı baktığından ve havanın kartuş etrafında dolaşabileceğinden emin olun. • Kartuşu buzdolabında 12 saat çözdürmeyi bitirin. 72 saati geçmeyin. • Çalıştırmadan önce, çözülmüş ve açılmamış kartuşu buzdolabından çıkarın ve en az 15 dakika, en fazla 1 saat oda sıcaklığına gelmesine izin verin.

NOT: Çözülmüş kartuşlar yeniden dondurulamaz ve 4 °C'de en fazla 72 saat saklanmalıdır.

Akış hücresini hazırlayın Tezgahı hazırlayın

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Akış Hücresi

Talimatlar

1. Soğutulmuş akış hücresini 10-15 dakika oda sıcaklığına getirin.

Sıralama için Olink® Library'yi hazırlayın

Bu adım sırasında saflaştırılmış ve kalite kontrollü Olink Kitaplığı, nihai yükleme konsantrasyonuna seyreltilir. Kitaplık denatürasyonunun cihaz üzerinde otomatik olarak gerçekleştirildiğini unutmayın.
tezgah hazırla

• Geçerli Olink Explore Kullanıcı Kılavuzuna göre hazırlanmış Lib Tube
• Tween 1 ile 20x RSB
• MilliQ su
• 2x Mikrosantrifüj tüpleri (1.5 mL)
• Manuel pipet (10, 100 ve 1000 μL)
• Filtre pipet uçları

Başlamadan önce

• Donmuşsa Lib Tüpünü çözün.
• Dondurulmuş RSB'yi Tween 20 ile oda sıcaklığında 10 dakika çözün. Kullanana kadar +4 °C'de saklayın.
• İki yeni 1.5 mL mikrosantrifüj tüpünü aşağıdaki gibi işaretleyin:
  • Bir tüpü "Dil" olarak işaretleyin (1:100 seyreltilmiş Kitaplık için)
  • Bir tüpü "Seq" olarak işaretleyin (yüklemeye hazır Kitaplık için)

Talimatlar

1. Dil Tüpüne 495 μL MilliQ su ekleyin.
2. Lib Tüpünü vorteksleyin ve kısaca döndürün.
3. 5 μL'yi Lib Tüpünden Dil Tüpüne manuel olarak aktarın.
4. Dil Tüpünü vorteksleyin ve kısaca döndürün.
5. Seq Tube'a Tween 20 ile 20 μL RBS ekleyin.
6. 20 μL'yi Dil Tüpünden Seq Tüpüne manuel olarak aktarın.
7. Seq Tüpünü vorteksleyin ve kısaca döndürün.
8. Hemen 2.5 Akış hücresini ve Olink® Kitaplığını reaktif kartuşuna yükleyin ile devam edin. NOT: Olası tekrar çalışma(lar) durumunda Lib Tüplerini -20 °C'de saklayın.

Akış hücresini ve Olink® Kitaplığını reaktif kartuşuna yükleyin
Bu adım sırasında akış hücresi ve seyreltilmiş Olink Kitaplığı, çözülmüş reaktif kartuşuna yüklenir.
tezgah hazırla

• 1x Çözülmüş NextSeq™ 1000/2000 P2 Reaktif Kartuşu (100 döngü), önceki adımda hazırlanmış
• Önceki adımda hazırlanan 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Akış Hücresi
• Bir önceki adımda hazırlanan Sex Tube (yüklemeye hazır seyreltilmiş Olink Library ile)
• Manuel pipet (100 μL)
• Pipet ucu (1 mL)

Kartuşu hazırlayın

1. Kartuşu gümüş folyo torbasından çıkarın.
2. İçindeki çözülmüş reaktifleri iyice karıştırmak için kartuşu on kez ters çevirin.

NOT: Dahili bileşenlerin şıngırtısını duymak normaldir.

Akış hücresini kartuşa yükleyin

1. Akış hücresini kartuşa yüklemeye hazır olduğunuzda akış hücresini paketinden çıkarın. Akış hücresini, sekmedeki etiket yukarı bakacak şekilde gri sekmeden tutun. Akış hücresinin cam yüzeyinin kirlenmesini önlemek için yeni pudrasız eldivenler kullanın.
2. Akış hücresini kartuşun önündeki akış hücresi yuvasına yerleştirin. Sesli bir klik, akış hücresinin doğru yerleştirildiğini gösterir.
3. Gri tırnağı çekerek çıkarın.

Olink® Kitaplığını kartuşa yükleyin

1. Kitaplık rezervuarını temiz bir 1 mL pipet ucuyla delin.
2. Seq Tube'dan kitaplık rezervuarının altına 20 μL Olink Kitaplığı yükleyin.

Olink® dizileme çalışması gerçekleştirin
Bu adım sırasında, yüklü akış hücresi ve Olink Kitaplığı ile Tampon kartuşu NextSeq™ 2000'e yüklenir ve Olink tarifi kullanılarak sıralama çalışması başlatılır.
tezgah hazırla

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Reaktif Kartuşu (100 döngü), NextSeq™ 1000/2000 P2 Akış Hücresi ve önceki adımda hazırlanan seyreltilmiş Olink Kitaplığı ile yüklenmiştir.

Çalıştırma Modunu Yapılandırın

1. Kontrol yazılımı menüsünden Ayarlar'ı seçin.
2. BaseSpace Sequence Hub Hizmetleri ve Proaktif Destek altında Yerel Çalıştırma Kurulumu'nu seçin.
3. Ek ayarlar olarak Yalnızca Proaktif Destek'i seçin. Bu işlev bir internet bağlantısı gerektirir.
4. Verileriniz için Barındırma Konumunu seçin. Barındırma Konumu bölgenizde veya bölgenize yakın olmalıdır.
5. Geçerli çalıştırma ham verileri için Çıktı Klasörü konumunu ayarlayın. Gezinmek için Seç'i seçin ve çıktı klasörünü seçin.
6. Cihazdaki Kitaplığı otomatik olarak denatüre etmek ve seyreltmek için Denature and Diute On Board onay kutusunu seçin.
7. Kullanılmayan reaktifleri otomatik olarak kartuşun kullanılmış reaktif bölmesine boşaltmak için Reaktif Kartuşunu Temizle onay kutusunu seçin.
8. Yazılım güncellemelerini otomatik olarak kontrol etmek için Yazılım güncellemelerini otomatik kontrol et onay kutusunu seçin (isteğe bağlı). Bu işlev bir internet bağlantısı gerektirir.
9. Kaydet'i seçin.

Çalıştırma parametrelerini ayarla

NOT: Bu talimat, NextSeq™ 1.4/1000 kontrol yazılımının 2000 sürümü için geçerlidir. Aşağıda açıklanan adımlardan bazıları, v1.2 sürümü kullanılırken farklı olabilir.

1. Kontrol yazılımı menüsünden Başlat'ı seçin.
2. Yeni Çalıştırmayı Manuel Olarak Ayarla'yı seçin ve Kurulum'a basın.
3. Çalıştırma Kurulumu sayfasında çalıştırma parametrelerini aşağıdaki gibi ayarlayın:

• Çalıştırma Adı alanına benzersiz bir deney kimliği girin.
• Okuma Türü açılır listesinde, Tek Okuma seçeneğini seçin.

Döngü sayısını aşağıdaki gibi girin:

• • 1'i okuyun: 24
  • Dizin 1: 0
  • Dizin 2: 0
  • 2'i okuyun: 0

NOT: Okuma 1'in 24'e ayarlanması çok önemlidir, aksi takdirde çalıştırmanın tamamı başarısız olur.
NOT: Döngü sayısını girerken uyarı mesajlarını dikkate almayın.

• Özel Primer Kuyuları açılır listesinde Hayır'ı seçin.
• Özel Tarif (isteğe bağlı) alanında, gezinmek için Seç'i seçin ve özel tarif XML'sini seçin file Olink_NSQ2K_P2_V1. Aç'ı seçin.
• S almayınampSayfa.
• Çıktı Klasörü konumunun doğru olduğundan emin olun. Aksi takdirde, gezinmek için Seç'i seçin ve istenen çıktı klasörü konumunu seçin.
• Denature and Diute Onboard alanında, açılır listeden Etkin öğesini seçin.
• Hazırlık'ı seçin.

Dolu kartuşu yükleyin

1. Yükle'yi seçin. Alet vizörü açılır ve tepsi çıkarılır.
2. Yüklenen kartuşu, etiket yukarı bakacak ve akış hücresi cihazın içinde olacak şekilde tepsiye yerleştirin.
3. Kapat'ı seçin.
4. Kartuş düzgün bir şekilde yüklendikten sonra çalıştırma parametrelerini doğrulayın ve Sıra'yı seçin. Alet, alet ve akışkanlar için çalıştırma öncesi kontroller gerçekleştirir.
   NOT: Akışkan kontrolü sırasında birkaç patlama sesinin duyulması beklenir.
5. Otomatik çalıştırma öncesi kontrolleri tamamlandıktan sonra (~15 dakika) çalıştırmanın başladığından emin olun. Sekanslama çalışma süresi yaklaşık 10h30 dakikadır.
   NOT: Çalıştırma öncesi kontrol hataları için üreticinin talimatlarına bakın.
   NOT: Sekanslama çalışması sırasında NextSeq™ 2000'ye çarpmamaya veya başka bir şekilde rahatsız etmemeye dikkat edin. Alet titreşimlere karşı hassastır.
6. Çalışma alanını temizleyin.

Çalıştırma İlerlemesini İzleyin
Olink, belirli bir proteinin s cinsinden konsantrasyonunu tahmin etmek için bilinen bir dizinin miktarını ölçmek için bir okuma olarak NGS'yi kullanır.amples (diğerlerine göre)amples). Her bir Explore sıralama çalışmasından elde edilen veri kalitesi, esas olarak Olink teknolojisine özgü QC parametreleri tarafından belirlenir. Bu nedenle, geleneksel NGS'de kullanılan Q-skoru gibi standart kalite kontrol ölçütleri daha az kritiktir.
Çalışmadan sonra kartuşu çıkarın ve atın

UYARI: Bu reaktif seti potansiyel olarak tehlikeli kimyasallar içerir. Yeterli koruyucu ekipman giyin ve kullanılmış reaktifleri geçerli standartlara uygun olarak atın. Daha fazla bilgi için Illumina NextSeq 1000 ve 2000 Sistem Kılavuzuna (belge #1000000109376) bakın.

1. Çalışma tamamlandığında Kartuşu Çıkar öğesini seçin.
   NOT: Akış hücresi dahil kullanılmış kartuş, bir sonraki çalıştırmaya kadar yerinde bırakılabilir, ancak en fazla 3 gün.
2. Kartuşu tepsiden çıkarın.
3. Reaktifleri geçerli standartlara uygun olarak atın.
4. Kapıyı Kapat'ı seçin. Tepsi yeniden yüklenir.
5. Ana ekrana dönmek için Ana Sayfa öğesini seçin.
   NOT: Kartuş, sistemi çalıştırmak için tüm mekanizmaların yanı sıra kullanılmış reaktifleri toplamak için bir hazne içerdiğinden çalıştırmadan sonra alet yıkamaya gerek yoktur.

Revizyon geçmişi

Sürüm	Tarih	Tanım
1.1	2022-11-01	1.2 Olink® Mydata, Olink® NPX Explore ile değiştirildi. 2.2 Düzenlendi.
1.0	2021-12-01	Yeni

www.olink.com
Yalnızca Araştırma Kullanımı İçin. Teşhis Prosedürlerinde Kullanım İçin Değildir.
Bu ürün, Olink ürünlerinin ticari olmayan kullanımı için bir lisans içerir. Ticari kullanıcılar ek lisanslar gerektirebilir. Ayrıntılar için lütfen Olink Proteomics AB ile iletişime geçin. Bu açıklamanın ötesine geçen açık veya zımni hiçbir garanti yoktur. Olink Proteomics AB, bu ürünün neden olduğu maddi hasar, kişisel yaralanma veya ekonomik kayıplardan sorumlu değildir.

Aşağıdaki ticari marka Olink Proteomics AB'ye aittir: Olink®.
Bu ürün, şu adreste bulunan çeşitli patentler ve patent başvuruları kapsamındadır: https://www.olink.com/patents/.

© Copyright 2021 Olink Proteomics AB. Tüm üçüncü taraf ticari markalar ilgili sahiplerinin mülkiyetindedir. Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Uppsala, İsveç 1193, v1.1, 2022-11-01

Belgeler / Kaynaklar

Olink NextSeq 2000 Keşfetme Sırası [pdf] Kullanıcı Kılavuzu NextSeq 2000 Keşif Sırası, NextSeq 2000, Keşif Sırası, Sıra

Referanslar

• Kullanıcı Kılavuzu