Olink NextSeq 2000 Explore Sequence erabiltzailearen eskuliburua

Edukiak ezkutatu

1 Olink NextSeq 2000 Arakatu sekuentzia

2 Sarrera

3 Laborategiko argibideak

4 Berrikuspen historia

5 Dokumentuak / Baliabideak

5.1 Erreferentziak

6 Erlazionatutako mezuak

Olink NextSeq 2000 Arakatu sekuentzia

Dokumentu-oharra
Olink® Explore Erabiltzailearen eskuliburua, doc nr. 1153, zaharkituta dago eta dokumentu hauekin ordezkatu dute:

Olink® Explore Overview Erabiltzailearen eskuliburua, 1187 dok
Olink® Explore 384 erabiltzailearen eskuliburua, 1188 dok
Olink® Explore 4 x 384 erabiltzailearen eskuliburua, 1189 dok
Olink® Explore 1536 & Expansion erabiltzailearen eskuliburua, 1190 dok

Olink® Explore 3072 erabiltzailearen eskuliburua, 1191 dok
Olink® Explore Sequencing NextSeq 550 erabiltzailearen eskuliburua erabiliz, 1192 dok
Olink® Explore Sequencing NextSeq 2000 erabiltzailearen eskuliburua erabiliz, 1193 dok

Olink® Explore Sequencing NovaSeq 6000 erabiltzailearen eskuliburua erabiliz, 1194 dok.

Sarrera

Aurreikusitako erabilera
Olink® Explore giza proteina biomarkatzaileen aurkikuntzarako immunoensayo multiplexaren plataforma bat da. Produktua ikerketa erabiltzeko soilik da, eta ez diagnostiko-prozeduretan erabiltzeko. Laborategiko lanak laborategiko langile trebatuek bakarrik egingo dituzte. Datuen tratamendua trebatutako langileek bakarrik egingo dute. Emaitzak ikertzaileek beste aurkikuntza kliniko edo laborategi batzuekin batera erabiltzeko pentsatuta daude.
Eskuliburu honi buruz
Erabiltzailearen eskuliburu honek Illumina® NextSeq™ 2000n Olink® Explore Libraries sekuentziatzeko behar diren argibideak eskaintzen ditu. Argibideak zorrotz eta esplizituki jarraitu behar dira. Laborategiko urratsetan zehar egindako desbideratzeek datuak kaltetu ditzakete. Laborategiko lan-fluxua hasi aurretik, kontsultatu Olink® Explore Overview Plataformaren sarrerarako Erabiltzailearen eskuliburua, erreaktiboei, ekipamenduei eta beharrezko dokumentazioari buruzko informazioa barneview lan-fluxuarena, baita laborategiko jarraibideak ere. Olink® Explore erreaktiboen kitak exekutatzeko argibideak lortzeko, ikusi aplikagarria den Olink® Explore erabiltzailearen eskuliburua. Olink® Explore sekuentziaren emaitzen datuak prozesatzeko eta aztertzeko, ikusi Olink® NPX Explore erabiltzailearen eskuliburua. Material honetan jasotako marka eta copyright guztiak Olink® Proteomics AB-ren jabetzakoak dira, bestela adierazi ezean.
Laguntza teknikoa
Laguntza teknikoa lortzeko, jarri harremanetan Olink Proteomics-ekin support@olink.com.

Laborategiko argibideak

Kapitulu honek NextSeq™ 2000-n Olink Liburutegiak NextSeq™ 1000-n NextSeq™ 2000/2 P100 Erreaktiboak (3 Ziklo) v2000 erabiliz sekuentziatzeko jarraibideak eskaintzen ditu. Sekuentziatzeko erabiltzen den protokoloa Illumina® NextSeq™ XNUMXrako Illumina® NGS lan-fluxuaren egokitzapena da.
Sekuentziazioarekin jarraitu aurretik, ziurtatu araztutako Olink Liburutegiaren kalitatea egiaztatu dela. Ikusi aplikagarria den Olink Explore erabiltzailearen eskuliburua kalitate-kontrolari buruzko argibideak lortzeko.
Planifikatu sekuentziazioa
Olink Liburutegi bat NextSeq™ 2000 P2 fluxu-zelula bakoitzeko eta exekuzio bakoitzeko sekuentziatu daiteke. Olink Explore Erreaktibo Kit desberdinak sekuentziatzeko beharrezkoak diren P2 fluxu-zelula eta exekuzio kopurua 1. taulan deskribatzen da.
Korrika bat baino gehiago behar izanez gero, errepikatu eskuliburu honetan deskribatutako argibideak.
1. taula. Korrika sekuentziatzeko plangintza

Olink® Explore Erreaktiboen Kita	Olink Liburutegien kopurua	Fluxu-zelula(k) eta lasterketa(k) kopurua
Olink® Explore 384 erreaktiboen kit	1	1
Olink® Explore 4 x 384 erreaktiboen kit	4	4
Olink® Explore 1536 erreaktiboen kit	4	4
Olink® Explore Expansion Erreaktiboen Kita	4	4
Olink® Explore 3072 erreaktiboen kit	8	8

Prestatu Olink® Errezeta pertsonalizatua
Urrats honetan, Olink® errezeta pertsonalizatua prestatzen da NextSeq™ 2000n. Urrats hau behin bakarrik egin behar da, Olink sekuentziazio-exekuzioa lehen aldiz egin aurretik.
Deskonprimitu eta gorde Olink errezeta pertsonalizatua XML-file Olink_NSQ2K_P2_V1 tresnaren karpeta egoki batean.
OHARRA: Olink errezeta pertsonalizatuak NextSeq™ 1000/2000 P2 Erreaktiboekin (100 Ziklo) v3 kitarekin eta NextSeq™ 1000/2000 kontrol softwarearekin soilik funtzionatuko du v1.2 edo v1.4.

Sekuentziazio erreaktiboak prestatu
Urrats honetan, multzokatzeko eta sekuentziatzeko erreaktiboak dituen erreaktibo-kartutxoa desizozten da eta fluxu-zelula prestatzen da.

OHARRA: Erreaktiboen kartutxoak arriskutsuak izan daitezkeen produktu kimikoak ditu. Erabili babes-ekipamendu egokia eta baztertu erabilitako erreaktiboak aplikagarri diren arauen arabera. Informazio gehiago lortzeko, jo Illumina NextSeq 1000 eta 2000 Sistemaren Gidara (dokumentua #1000000109376).

Prestatu erreaktibo kartutxoa
Ireki gabeko kartutxoa desizoztea hiru metodo ezberdin erabiliz egin daiteke: giro-tenperaturan, kontrolatutako bainu-uretan edo hozkailuan.

Prestatu bankua

1 NextSeq™ 1000/2000 P2 erreaktibo kartutxoa (100 ziklo)

Argibideak
Desizoztu erreaktiboen kartutxoa 2. taulan azaltzen den moduan.
2. taula. Erreaktiboen kartutxoak desizozteko metodoak

Desizozteko metodoa	Argibideak
Giro-tenperaturan	• Zilarrezko paperezko poltsa ireki gabe, jarri izoztutako erreaktibo-kartutxoa bankuan eta desizoztu giro-tenperaturan 9 orduz. Ez gainditu 16 ordu. • Ziurtatu poltsaren etiketa gora begira dagoela eta airea kartutxoaren inguruan zirkula dezakeela.
Ur bainu batean	• Zilarrezko paperezko poltsa ireki gabe, jarri izoztutako erreaktibo-kartutxoa 25 °C-ko ur-bainu kontrolatuan erdi murgilduta eta utzi 6 orduz desizozten. Ez gainditu 8 ordu. • Ziurtatu poltsaren etiketa gora begira dagoela eta desizoztean kartutxoa ez dela alderantzikatzen. • Kartutxoa ondo lehortu paperezko eskuoihal batekin.
Hozkailuan	• Zilarrezko paperezko poltsa ireki gabe, jarri kartutxoa bankuan eta desizoztu giro-tenperaturan 6 orduz. • Ziurtatu poltsaren etiketa gora begira dagoela eta airea kartutxoaren inguruan zirkula dezakeela. • Amaitu kartutxoa hozkailuan desizozten 12 orduz. Ez gainditu 72 ordu. • Korrika egin aurretik, kendu desizoztu gabeko kartutxoa hozkailutik eta utzi giro-tenperaturara iristen gutxienez 15 minutuz, baina gehienez ordubetez.

OHARRA: Desizoztutako kartutxoak ezin dira berriro izoztu eta 4 °C-tan gorde behar dira, gehienez 72 orduz.

Prestatu fluxu-zelula Prestatu bankua

1x NextSeq™ 1000/2000 P2 fluxu-zelula

Argibideak

Ekarri hoztutako fluxu-zelula giro-tenperaturara 10-15 minutuz.

Prestatu Olink® Liburutegia sekuentziatzeko

Urrats honetan, araztutako eta kalitatez kontrolatutako Olink Liburutegia azken karga-kontzentraziora diluitzen da. Kontuan izan Liburutegiaren desnaturalizazioa automatikoki egiten dela tresnan.
Prestatu bankua

Lib Tube, aplikagarria den Olink Explore Erabiltzailearen Eskuliburuaren arabera prestatua

1x RSB Tween 20-rekin
MilliQ ura
2x Mikrozentrifuga-hodi (1.5 ml)
Eskuzko pipeta (10, 100 eta 1000 μL)
Iragazi pipeta-puntak

Hasi baino lehen

Desizoztu Lib Hodia izoztuta badago.
Desizoztu RSB izoztua Tween 20-rekin giro-tenperaturan 10 minutuz. Gorde +4 °C-tan erabili arte.
Markatu 1.5 ml-ko mikrozentrifuga-hodi berriak honela:
- Markatu hodi bat "Dil" (1:100 diluitutako liburutegirako)
- Markatu hodi bat "Seq" (Liburutegia kargatzeko prest egon dadin)

Argibideak

Gehitu 495 μL MilliQ ur Dil Hodiari.

Biribilizatu Lib Hodia eta bira ezazu laburki behera.
Eskuz transferitu 5 μL Lib Hoditik Dil Hodira.
Biribilizatu Dil Hodia eta bira ezazu laburki behera.
Gehitu 20 μL RBS Tween 20-arekin Seq Tube-ra.

Eskuz transferitu 20 μL Dil Hoditik Seq Hodira.
Biribilizatu Seq Tubea eta bira ezazu laburki behera.
Jarraitu berehala 2.5 Kargatu fluxu-zelula eta Olink® Liburutegia erreaktiboen kartutxoan. OHARRA: Gorde Lib Hodiak -20 °C-tan, berriro errepikatu daitezkeen kasuetan.

Kargatu fluxu-zelula eta Olink® Liburutegia erreaktiboen kartutxoan
Urrats honetan, fluxu-zelula eta diluitutako Olink Liburutegia desizoztutako erreaktibo-kartutxoan kargatzen dira.
Prestatu bankua

1 NextSeq™ 1000/2000 P2 erreaktibo kartutxo desizoztua (100 ziklo), aurreko urratsean prestatua

1 NextSeq™ 1000/2000 P2 Fluxu-zelula, aurreko urratsean prestatua
Sex Tube (Olink Liburutegi diluitua kargatzeko prest duena), aurreko urratsean prestatua

Eskuzko pipeta (100 μL)
Pipetaren punta (1 ml)

Prestatu kartutxoa

Kendu kartutxoa zilarrezko paperezko poltsatik.
Alderantzikatu kartutxoa hamar aldiz barruan desizoztutako erreaktiboak ondo nahasteko.

OHARRA: Normala da barneko osagaiak tindaka entzutea.

Kargatu fluxu-zelula kartutxoan

Fluxu-zelula kartutxoan kargatzeko prest dagoenean, kendu fluxu-zelula paketetik. Eutsi fluxu-zelula fitxa grisaren ondoan, fitxako etiketa gora begira jarrita. Erabili hauts gabeko eskularru berriak fluxu-zelularen beirazko gainazala ez kutsatzeko.
Sartu fluxu-zelula kartutxoaren aurrealdeko zirrikituan. Klik entzunezko batek fluxu-zelula behar bezala kokatuta dagoela adierazten du.
Kendu fitxa grisa ateraz.

Kargatu Olink® Liburutegia kartutxoan

Zulatu Liburutegiko biltegia 1 ml-ko pipeta-punta garbi batekin.
Kargatu Olink Liburutegiko 20 μL Seq Hoditik liburutegiko urtegiaren behealdean.

Egin Olink® sekuentziazio exekuzioa
Urrats honetan, kargatutako fluxu-zelula eta Olink Liburutegia dituen Buffer-kartutxoa NextSeq™ 2000-n kargatzen da, eta sekuentziazio exekuzioa hasten da Olink errezeta erabiliz.
Prestatu bankua

1 NextSeq™ 1000/2000 P2 erreaktibo-kartutxoa (100 ziklo) NextSeq™ 1000/2000 P2 Fluxu-zelularekin eta Olink Liburutegi diluituarekin kargatuta, aurreko urratsean prestatua.

Konfiguratu Run modua

Kontrol-softwarearen menuan, hautatu Ezarpenak.
BaseSpace Sequence Hub Zerbitzuak eta laguntza proaktiboa atalean, hautatu Local Run Setup.
Hautatu Laguntza proaktiboa soilik ezarpen gehigarri gisa. Funtzio honek Interneteko konexioa behar du.
Hautatu zure datuentzako Hosting kokapena. Hosting kokapena zure eskualdean edo gertu egon behar du.
Ezarri irteerako karpetaren kokapena uneko exekuzioaren datu gordinak. Hautatu Aukeratu nabigatzeko eta hautatu irteerako karpeta.
Hautatu Desnaturalizatu eta Diluitu On Board kontrol-laukia tresnaren barneko Liburutegia automatikoki desnaturalizatu eta diluitzeko.
Hautatu Purge Reagent Cartridge kontrol-laukia erabiltzen ez diren erreaktiboak automatikoki garbitzeko kartutxoaren agortutako erreaktiboen konpartimentuan.
Hautatu Autocheck for software updates kontrol-laukia software-eguneratzeak automatikoki egiaztatzeko (aukerakoa). Funtzio honek Interneteko konexioa behar du.
Hautatu Gorde.

Konfiguratu exekuzio-parametroak

OHARRA: Argibide hau NextSeq™ 1.4/1000 kontrol softwarearen 2000 bertsioari dagokio. Behean deskribatzen diren urrats batzuk desberdinak izan daitezke v1.2 bertsioa erabiltzean

Kontrol-softwarearen menuan, hautatu Hasi.
Hautatu Eskuz Konfiguratu lasterketa berria eta sakatu Konfigurazioa.
Exekutatu konfigurazioa orrian, ezarri exekutatzeko parametroak honela:

Exekutatu izena eremuan, idatzi esperimentuaren ID esklusibo bat.
Irakurketa mota goitibeherako zerrendan, hautatu Irakurketa bakarra aukera.

Idatzi ziklo kopurua honela:

- Irakurri 1: 24
- 1. aurkibidea: 0
- 2. aurkibidea: 0
- Irakurri 2: 0

OHARRA: Funtsezkoa da Irakurri 1 24an ezartzea, bestela exekuzio osoak huts egingo du.
OHARRA: Ez ikusi abisu-mezuei ziklo kopurua sartzerakoan.

Custom Primer Wells goitibeherako zerrendan, hautatu Ez.
Errezeta pertsonalizatua (aukerakoa) eremuan, hautatu Aukeratu nabigatzeko eta hautatu XML errezeta pertsonalizatua file Olink_NSQ2K_P2_V1. Hautatu Ireki.

Ez inportatu Sample Fitxa.
Ziurtatu Irteerako karpetaren kokapena zuzena dela. Bestela, hautatu Aukeratu nabigatzeko eta hautatu nahi duzun irteera karpetaren kokapena.
Denature and Dilute Onboard eremuan, hautatu Gaituta goitibeherako zerrendan.
Hautatu Prep.

Kargatu kargatutako kartutxoa

Hautatu Kargatu. Tresnen bisera irekitzen da eta erretilua kanporatzen da.

Jarri kargatutako kartutxoa erretiluan etiketa gora begira duela eta fluxu-zelula tresnaren barruan.
Hautatu Itxi.
Kartutxoa behar bezala kargatuta dagoenean, egiaztatu exekutatzeko parametroak eta hautatu Sekuentzia. Tresnak exekuzio aurretiko egiaztapenak egiten ditu tresnaren eta fluidikoen.
OHARRA: Fluidikoaren egiaztapenean, hainbat leherketa-soinu entzutea espero da.
Ziurtatu exekuzioa abian dela exekuzio aurreko egiaztapen automatikoak amaitu ondoren (~15 minutu). Sekuentziazioaren iraupena 10:30 min ingurukoa da.
OHARRA: Exekutatu aurretik egindako egiaztapen-hutsak ikusteko, ikusi fabrikatzailearen argibideak.
OHARRA: Kontuz ibili NextSeq™ 2000-a ez topo egin edo ez trabatzeko sekuentziazioan zehar. Tresna bibrazioekiko sentikorra da.

Garbitu lan-eremua.

Jarraitu Korrikaren aurrerapena
Olink-ek NGS irakurketa gisa erabiltzen du sekuentzia ezagun baten zenbatekoa kuantifikatzeko, proteina jakin baten kontzentrazioa s-tan kalkulatzeko.amples (beste s.ren erlatiboaamples). Explore sekuentziazio exekuzio bakoitzeko datuen kalitatea, batez ere, Olink teknologiaren QC parametroek zehazten dute. Hori dela eta, NGS konbentzionalean erabiltzen diren kalitate-kontroleko metrika estandarrak, hala nola Q-score, ez dira hain kritikoak.
Atera eta bota kartutxoa korrika egin ondoren

OHARRA: Erreaktibo multzo honek arriskutsuak izan daitezkeen produktu kimikoak ditu. Erabili babes-ekipamendu egokia eta baztertu erabilitako erreaktiboak aplikagarri diren arauen arabera. Informazio gehiago lortzeko, jo Illumina NextSeq 1000 eta 2000 Sistemaren Gidara (dokumentua #1000000109376).

Exekuzioa amaitzen denean, hautatu Eject Cartridge.
OHARRA: Erabilitako kartutxoa fluxu-zelula barne utzi daiteke hurrengo exekuziora arte, baina gehienez 3 egunetan.

Kendu kartutxoa erretilutik.
Bota ezazu erreaktiboak aplikagarri diren arauen arabera.
Hautatu Itxi atea. Erretilua berriro kargatu da.
Hautatu Hasiera hasierako pantailara itzultzeko.
OHARRA: Kartutxoak sistema martxan jartzeko mekanismo guztiak dituenez, baita erabilitako erreaktiboak biltzeko biltegi bat ere, ez dago tresna garbiketarik egin ondoren.

Berrikuspen historia

Bertsioa	Data	Deskribapena
1.1	2022-11-01	1.2 Olink® Mydata ordezkatu da Olink® NPX Explore-rekin. 2.2 Editatua.
1.0	2021-12-01	Berria

www.olink.com
Ikerketa erabiltzeko soilik. Ez da Diagnostiko Prozeduretan erabiltzeko.
Produktu honek Olink produktuak ez-komertzialki erabiltzeko lizentzia bat du. Erabiltzaile komertzialek lizentzia osagarriak eska ditzakete. Mesedez, jarri harremanetan Olink Proteomics AB-rekin xehetasunetarako. Ez dago deskribapen honetatik haratago zabaltzen den bermerik, adierazi edo inplizituki. Olink Proteomics AB ez da produktu honek eragindako kalte pertsonalen, kalte pertsonalen edo galera ekonomikoen erantzule.

Honako marka komertziala Olink Proteomics AB-ren jabetzakoa da: Olink®.
Produktu hau webgunean eskuragarri dauden hainbat patente eta patente-eskaerek estaltzen dute https://www.olink.com/patents/.