Olink NextSeq 2000 Explore Sequence foydalanuvchi qoʻllanmasi

Tarkib yashirish

1 Olink NextSeq 2000 Explore Sequence

2 Kirish

3 Laboratoriya ko'rsatmalari

4 Qayta ko'rib chiqish tarixi

5 Hujjatlar / manbalar

5.1 Ma'lumotnomalar

6 Tegishli xabarlar

Olink NextSeq 2000 Explore Sequence

Hujjat eslatmasi
Olink® Explore foydalanuvchi qoʻllanmasi, doc nr 1153, eskirgan va quyidagi hujjatlar bilan almashtirildi:

Olink® Explore Overview Foydalanuvchi uchun qo'llanma, hujjat № 1187
Olink® Explore 384 foydalanuvchi qo'llanmasi, doc nr 1188
Olink® Explore 4 x 384 foydalanuvchi qo'llanmasi, doc nr 1189
Olink® Explore 1536 & Expansion foydalanuvchi qoʻllanmasi, hujjat № 1190

Olink® Explore 3072 foydalanuvchi qo'llanmasi, doc nr 1191
NextSeq 550 foydalanuvchi qoʻllanmasi yordamida Olink® Explore Sequencing, doc nr 1192
NextSeq 2000 foydalanuvchi qoʻllanmasi yordamida Olink® Explore Sequencing, doc nr 1193

Olink® NovaSeq 6000 foydalanuvchi qo'llanmasi yordamida ketma-ketlikni o'rganing, hujjat № 1194

Kirish

Maqsadli foydalanish
Olink® Explore - bu inson oqsilining biomarkerini topish uchun multipleks immunoassay platformasi. Mahsulot faqat tadqiqot maqsadlarida foydalanish uchun mo'ljallangan, diagnostika jarayonlarida foydalanish uchun emas. Laboratoriya ishlari faqat malakali laboratoriya xodimlari tomonidan amalga oshirilishi kerak. Ma'lumotlarni qayta ishlash faqat o'qitilgan xodimlar tomonidan amalga oshirilishi kerak. Natijalar tadqiqotchilar tomonidan boshqa klinik yoki laboratoriya topilmalari bilan birgalikda foydalanish uchun mo'ljallangan.
Ushbu qo'llanma haqida
Ushbu foydalanuvchi qoʻllanmasida Illumina® NextSeq™ 2000 da Olink® Explore Libraries-ni ketma-ketlashtirish uchun zarur boʻlgan koʻrsatmalar mavjud. Koʻrsatmalarga qatʼiy va aniq rioya qilish kerak. Laboratoriya bosqichlari davomida har qanday og'ish ma'lumotlarning buzilishiga olib kelishi mumkin. Laboratoriya ish jarayonini boshlashdan oldin Olink® Explore Over bilan maslahatlashingview Platforma bilan tanishish uchun foydalanuvchi qoʻllanmasi, shu jumladan reaktivlar, jihozlar va zarur hujjatlar toʻgʻrisidagi maʼlumotlar,view ish jarayoni, shuningdek, laboratoriya ko'rsatmalari. Olink® Explore reagent to'plamlarini qanday ishlatish bo'yicha ko'rsatmalar uchun tegishli Olink® Explore foydalanuvchi qo'llanmasiga qarang. Ma'lumotlarni qayta ishlash va Olink® Explore ketma-ketligi natijalarini tahlil qilish uchun Olink® NPX Explore foydalanuvchi qo'llanmasiga qarang. Ushbu materialdagi barcha savdo belgilari va mualliflik huquqlari, agar boshqacha ko'rsatilmagan bo'lsa, Olink® Proteomics AB mulki hisoblanadi.
Texnik yordam
Texnik yordam uchun Olink Proteomiks bilan bog'laning support@link.com.

Laboratoriya ko'rsatmalari

Ushbu bobda NextSeq™ 2000/1000 P2000 reagentlari (2 sikl) v100 yordamida NextSeq™ 3 da Olink kutubxonalarini ketma-ketlashtirish boʻyicha koʻrsatmalar berilgan. Tartibga solish uchun ishlatiladigan protokol Illumina® NextSeq™ 2000 uchun Illumina® standart NGS ish oqimining moslashuvidir.
Tartibga solishni davom ettirishdan oldin, tozalangan Olink kutubxonasining sifati tekshirilganligiga ishonch hosil qiling. Sifat nazorati bo'yicha ko'rsatmalar uchun tegishli Olink Explore foydalanuvchi qo'llanmasiga qarang.
Ketma-ketlikni rejalashtirish
Bitta Olink kutubxonasi NextSeq™ 2000 P2 oqim xujayrasi va har bir ishga tushirilishi uchun ketma-ketlashtirilishi mumkin. Turli xil Olink Explore reagent to'plamlarini ketma-ketlashtirish uchun zarur bo'lgan P2 oqim hujayralari va yugurishlar soni 1-jadvalda tasvirlangan.
Agar bir nechta yugurish kerak bo'lsa, ushbu qo'llanmada tasvirlangan ko'rsatmalarni takrorlang.
Jadval 1. Ketma-ketlik bilan ishlashni rejalashtirish

Olink® Explore reagent to'plami	Olink kutubxonalari soni	Oqim katak(lar)i va ishga tushirish(lar) soni
Olink® Explore 384 reagent to'plami	1	1
Olink® Explore 4 x 384 reagent to'plami	4	4
Olink® Explore 1536 reagent to'plami	4	4
Olink® Explore kengaytirish reagenti to'plami	4	4
Olink® Explore 3072 reagent to'plami	8	8

Olink® maxsus retseptini tayyorlang
Ushbu bosqichda Olink® maxsus retsepti NextSeq™ 2000 da tayyorlanadi. Olink ketma-ketligini birinchi marta bajarishdan oldin bu qadam faqat bir marta bajarilishi kerak.
Olink maxsus retsepti XML-ni oching va saqlangfile Olink_NSQ2K_P2_V1 tegishli asboblar papkasida.
ESLATMA: Olink maxsus retsepti faqat NextSeq™ 1000/2000 P2 reagentlari (100 sikl) v3 to'plami va NextSeq™ 1000/2000 boshqaruv dasturi v1.2 yoki v1.4 bilan ishlaydi.

Sekvensiya reagentlarini tayyorlang
Ushbu bosqichda klasterlash va ketma-ketlik reagentlarini o'z ichiga olgan reagent kartriji eritiladi va oqim xujayrasi tayyorlanadi.

OGOHLANTIRISH: Reagent kartrijida potentsial xavfli kimyoviy moddalar mavjud. Tegishli himoya vositalarini taqing va amaldagi standartlarga muvofiq ishlatilgan reagentlarni tashlang. Qo'shimcha ma'lumot uchun Illumina NextSeq 1000 va 2000 tizim qo'llanmasiga qarang (hujjat #1000000109376).

Reaktiv kartrijni tayyorlang
Ochilmagan kartrijni muzdan tushirish uch xil usul yordamida amalga oshirilishi mumkin: xona haroratida, boshqariladigan suv hammomida yoki muzlatgichda.

Skameykani tayyorlang

1x NextSeq™ 1000/2000 P2 reagent kartriji (100 tsikl)

Ko'rsatmalar
Reaktiv kartrijni 2-jadvalda ko'rsatilganidek eritib oling.
Jadval 2. Reaktiv kartrijni eritish usullari

Eritish usuli	Ko'rsatmalar
Xona haroratida	• Kumush folga qopchani ochmasdan, muzlatilgan reagent kartridjini skameykaga qo'ying va uni xona haroratida 9 soat davomida eritib yuboring. 16 soatdan oshmasligi kerak. • Xalta yorlig'i yuqoriga qaraganligiga va kartrij atrofida havo aylanishiga ishonch hosil qiling.
Suv hammomida	• Kumush folga xaltachani ochmasdan, muzlatilgan reagent kartrijni yarim suv ostida boshqariladigan 25 °C suv hammomiga qo'ying va 6 soat davomida erishi uchun qoldiring. 8 soatdan oshmasligi kerak. • Qop yorlig‘i yuqoriga qaraganligiga va eritish vaqtida kartrij teskari bo‘lmasligiga ishonch hosil qiling. • Kartrijni qog'oz sochiq bilan yaxshilab quriting.
Muzlatgichda	• Kumush folga sumkasini ochmasdan, kartridjni skameykaga qo'ying va uni xona haroratida 6 soat davomida eritib yuboring. • Xalta yorlig'i yuqoriga qaraganligiga va kartrij atrofida havo aylanishiga ishonch hosil qiling. • Muzlatgichda kartrijni 12 soat davomida eritishni tugating. 72 soatdan oshmasligi kerak. • Yugurishdan oldin, erigan ochilmagan kartridjni muzlatgichdan olib tashlang va xona haroratiga kamida 15 daqiqa, lekin 1 soatdan oshmasligi kerak.

ESLATMA: Eritilgan kartridjlarni qayta muzlatib bo'lmaydi va ularni 4 °C haroratda, maksimal 72 soat davomida saqlash kerak.

Oqim xujayrasini tayyorlang Dastgohni tayyorlang

1x NextSeq™ 1000/2000 P2 oqim xujayrasi

Ko'rsatmalar

Sovutgichli oqim xujayrasini 10-15 daqiqa davomida xona haroratiga keltiring.

Olink® kutubxonasini ketma-ketlashtirishga tayyorlang

Ushbu bosqichda tozalangan va sifat nazorati ostidagi Olink kutubxonasi oxirgi yuklanish kontsentratsiyasigacha suyultiriladi. Esda tutingki, kutubxona denaturatsiyasi qurilma bortida avtomatik ravishda amalga oshiriladi.
Skameykani tayyorlang

Lib Tube, amaldagi Olink Explore foydalanuvchi qo'llanmasiga muvofiq tayyorlangan

Tween 1 bilan 20x RSB
MilliQ suv
2x mikrotsentrifuga naychalari (1.5 ml)
Qo'lda pipetka (10, 100 va 1000 mkl)
Pipetka uchlarini filtrlang

Boshlashdan oldin

Agar muzlatilgan bo'lsa, Lib trubkasini eritib oling.
Muzlatilgan RSB ni Tween 20 bilan xona haroratida 10 daqiqa davomida eritib yuboring. Ishlatilgunga qadar +4 °C haroratda saqlang.
Ikkita yangi 1.5 ml mikrosentrifuga naychasini quyidagicha belgilang:
- Bitta naychani "Dil" ni belgilang (1:100 suyultirilgan kutubxona uchun)
- Bitta trubkani "Seq" ni belgilang (kutubxonani yuklashga tayyor)

Ko'rsatmalar

Dil naychasiga 495 mL MilliQ suv qo'shing.

Lib trubkasini aylantiring va uni qisqacha aylantiring.
Lib trubkasidan Dil trubasiga 5 mkL qo'lda o'tkazing.
Dil trubkasini aylantiring va uni qisqacha aylantiring.
Seq tubega 20 mL RBS dan Tween 20 qo'shing.

20 mL ni Dil trubkasidan Seq tubega qo'lda o'tkazing.
Seq Tube-ni aylantiring va uni qisqacha aylantiring.
Darhol davom eting 2.5 Oqim xujayrasi va Olink® kutubxonasini reaktiv kartrijga yuklang. DIQQAT: Lib trubkasi(lar)ni potentsial qayta ishga tushirish(lar)da -20 °C da saqlang.

Oqim xujayrasi va Olink® kutubxonasini reagent kartrijiga yuklang
Ushbu bosqichda oqim xujayrasi va suyultirilgan Olink kutubxonasi eritilgan reagent kartridjiga yuklanadi.
Skameykani tayyorlang

1x eritilgan NextSeq™ 1000/2000 P2 reaktiv kartriji (100 tsikl), oldingi bosqichda tayyorlangan

1x NextSeq™ 1000/2000 P2 oqim xujayrasi, oldingi bosqichda tayyorlangan
Oldingi bosqichda tayyorlangan jinsiy aloqa naychasi (yuklashga tayyor suyultirilgan Olink kutubxonasi bilan).

Qo'lda pipetka (100 mkl)
Pipetka uchi (1 ml)

Kartrijni tayyorlang

Ultriumni kumush folga sumkasidan olib tashlang.
Ichidagi eritilgan reagentlarni yaxshilab aralashtirish uchun kartrijni o'n marta aylantiring.

ESLATMA: Ichki qismlarning jiringlashini eshitish odatiy holdir.

Oqim xujayrasini kartrijga soling

Oqim xujayrasini kartrijga yuklashga tayyor bo'lgach, oqim xujayrasini paketdan olib tashlang. Yorliqdagi yorliq yuqoriga qaragan holda oqim katakchasini kulrang yorliqdan ushlab turing. Oqim xujayrasining shisha yuzasini ifloslantirmaslik uchun yangi kukunsiz qo'lqoplardan foydalaning.
Oqim xujayrasini kartrijning old qismidagi oqim xujayrasi uyasiga joylashtiring. Ovozli bosish oqim xujayrasi to'g'ri joylashtirilganligini ko'rsatadi.
Kulrang yorliqni tortib olib, olib tashlang.

Olink® kutubxonasini kartrijga joylashtiring

Kutubxona rezervuarini toza 1 ml pipetka uchi bilan teshing.
Seq Tube dan 20 mL Olink kutubxonasini kutubxona rezervuarining pastki qismiga yuklang.

Olink® ketma-ketligini bajaring
Ushbu bosqichda yuklangan oqim xujayrasi va Olink kutubxonasi bilan Bufer kartriji NextSeq™ 2000 ga yuklanadi va Olink retsepti yordamida ketma-ketlik ishga tushiriladi.
Skameykani tayyorlang

Oldingi bosqichda tayyorlangan NextSeq™ 1/1000 P2000 oqim xujayrasi va suyultirilgan Olink kutubxonasi bilan yuklangan 2x NextSeq™ 100/1000 P2000 reagent kartriji (2 tsikl).

Ishlash rejimini sozlang

Boshqarish dasturi menyusidan Sozlamalar-ni tanlang.
BaseSpace Sequence Hub Services & Proactive Support ostida, Local Run Setup-ni tanlang.
Qo'shimcha sozlamalar sifatida Faqat proaktiv yordamni tanlang. Bu funksiya internetga ulanishni talab qiladi.
Ma'lumotlaringiz uchun Xosting manzilini tanlang. Xosting joylashuvi mintaqangizda yoki unga yaqin bo'lishi kerak.
Joriy ishga tushirilgan xom ma'lumotlar uchun Chiqish papkasining manzilini o'rnating. Navigatsiya qilish uchun tanlang va chiqish papkasini tanlang.
Asbob bortidagi Kutubxonani avtomatik ravishda denatüratsiya qilish va suyultirish uchun Denaturatsiya va Bortida suyultirish katagiga belgi qo'ying.
Foydalanilmayotgan reagentlarni kartrijning sarflangan reagentlar bo'limiga avtomatik ravishda tozalash uchun "Reagent kartrijini tozalash" katagiga belgi qo'ying.
Dasturiy ta'minot yangilanishlarini avtomatik tekshirish (ixtiyoriy) uchun "Dastur yangilanishlarini avtomatik tekshirish" katagiga belgi qo'ying. Bu funksiya internetga ulanishni talab qiladi.
Saqlash-ni tanlang.

Ishlash parametrlarini o'rnating

ESLATMA: Ushbu ko'rsatma NextSeq™ 1.4/1000 boshqaruv dasturining 2000-versiyasi uchun amal qiladi. v1.2 versiyasidan foydalanilganda quyida tavsiflangan ba'zi qadamlar boshqacha bo'lishi mumkin

Boshqaruv dasturi menyusidan Boshlash-ni tanlang.
Yangi ishga tushirishni qo'lda sozlash-ni tanlang va O'rnatish-ni bosing.
Run Setup sahifasida ishga tushirish parametrlarini quyidagicha sozlang:

Run Name maydoniga noyob tajriba identifikatorini kiriting.
O'qish turi ochiladigan ro'yxatida Yagona o'qish variantini tanlang.

Tsikllar sonini quyidagicha kiriting:

- 1 o'qing: 24
- Indeks 1: 0
- Indeks 2: 0
- 2 o'qing: 0

ESLATMA: O'qish 1 ni 24 ga o'rnatish juda muhim, aks holda butun yugurish muvaffaqiyatsiz bo'ladi.
ESLATMA: Davrlar sonini kiritishda ogohlantirish xabarlariga e'tibor bermang.

Maxsus primer quduqlari ochiladigan ro'yxatida Yo'q-ni tanlang.
Maxsus retsept (ixtiyoriy) maydonida navigatsiya qilish uchun Tanlash-ni tanlang va maxsus retsept XML-ni tanlang file Olink_NSQ2K_P2_V1. Ochish-ni tanlang.

S import qilmangample Sheet.
Chiqish papkasining joylashuvi to'g'ri ekanligiga ishonch hosil qiling. Aks holda, navigatsiya qilish uchun Tanlash-ni tanlang va kerakli chiqish papkasi manzilini tanlang.
Denaturatsiya va suyultirilgan bort maydonida ochiladigan ro'yxatdan Enabled ni tanlang.
Tayyorgarlik-ni tanlang.

Yuklangan kartrijni joylashtiring

Yuklash-ni tanlang. Asbob visori ochiladi va laganda chiqariladi.

Yuklangan kartrijni yorlig'i yuqoriga qaratib, oqim xujayrasini asbob ichidagi patnisga joylashtiring.
Yopish-ni tanlang.
Ultrium to'g'ri yuklangandan so'ng, ishga tushirish parametrlarini tekshiring va Sequence-ni tanlang. Asbob asbob va suyuqliklar uchun ishlashdan oldin tekshiruvlarni amalga oshiradi.
ESLATMA: Suyuqlikni tekshirish paytida bir nechta tirqish tovushlari eshitilishi kutilmoqda.
Avtomatik oldindan tekshirishlar tugagandan so'ng (~15 daqiqa) yugurish boshlanishiga ishonch hosil qiling. Sekvensiyaning ishlash vaqti taxminan 10 soat 30 minut.
ESLATMA: Ishlashdan oldin tekshirishda nosozliklar uchun ishlab chiqaruvchining ko'rsatmalariga qarang.
ESLATMA: Sekvensiyani bajarish paytida NextSeq™ 2000 bilan to'qnashmaslik yoki boshqa yo'l bilan bezovta qilmaslik uchun ehtiyot bo'ling. Asbob tebranishlarga sezgir.

Ish joyini tozalang.

Ishlash jarayonini kuzatib boring
Olink ma'lum ketma-ketlikning miqdorini aniqlash uchun NGS dan ma'lum bir oqsilning s dagi konsentratsiyasini baholash uchun o'qish sifatida foydalanadi.amples (boshqalarga nisbatanamples). Har bir Explore sequencing ishidagi ma'lumotlar sifati asosan Olink texnologiyasiga xos QC parametrlari bilan belgilanadi. Shunday qilib, an'anaviy NGSda ishlatiladigan standart sifat nazorati ko'rsatkichlari, masalan, Q-skor, unchalik muhim emas.
Ishlashdan keyin kartrijni chiqarib tashlang va tashlang

OGOHLANTIRISH: Ushbu reaktivlar to'plamida potentsial xavfli kimyoviy moddalar mavjud. Tegishli himoya vositalarini taqing va amaldagi standartlarga muvofiq ishlatilgan reagentlarni tashlang. Qo'shimcha ma'lumot uchun Illumina NextSeq 1000 va 2000 tizim qo'llanmasiga qarang (hujjat #1000000109376).

Ishlash tugagach, Eject Cartridge-ni tanlang.
ESLATMA: Ishlatilgan kartrij, shu jumladan oqim xujayrasi keyingi ishga tushirilgunga qadar joyida qoldirilishi mumkin, lekin 3 kundan oshmasligi kerak.

Ultriumni patnisdan chiqarib oling.
Reagentlarni amaldagi standartlarga muvofiq yo'q qiling.
Yopiq eshikni tanlang. Tovoq qayta yuklangan.
Asosiy ekranga qaytish uchun Bosh sahifa ni tanlang.
ESLATMA: Ultrium tizimni ishga tushirish uchun barcha mexanizmlarni, shuningdek, ishlatilgan reagentlarni to'plash uchun rezervuarni o'z ichiga olganligi sababli, yugurishdan keyin asboblarni yuvish kerak emas.

Qayta ko'rib chiqish tarixi

Versiya	Sana	Tavsif
1.1	2022-11-01	1.2 Olink® Mydata Olink® NPX Explore bilan almashtirildi. 2.2 Tahrirlangan.
1.0	2021-12-01	Yangi

www.link.com
Faqat tadqiqot uchun. Diagnostika protseduralarida foydalanish uchun emas.
Ushbu mahsulot Olink mahsulotlaridan notijorat foydalanish uchun litsenziyani o'z ichiga oladi. Tijorat foydalanuvchilari qo'shimcha litsenziyalarni talab qilishi mumkin. Tafsilotlar uchun Olink Proteomics AB bilan bog'laning. Ushbu tavsifdan tashqarida ifodalangan yoki nazarda tutilgan kafolatlar mavjud emas. Olink Proteomics AB ushbu mahsulot sabab bo'lgan mulkiy zarar, shaxsiy jarohat yoki iqtisodiy zarar uchun javobgar emas.

Quyidagi savdo belgisi Olink Proteomics AB kompaniyasiga tegishli: Olink®.
Ushbu mahsulot bir nechta patentlar va patent ilovalari bilan qoplangan https://www.olink.com/patents/.

© Mualliflik huquqi 2021 Olink Proteomics AB. Barcha uchinchi tomon savdo belgilari tegishli egalarining mulki hisoblanadi. Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Uppsala, Shvetsiya 1193, v1.1, 2022-11-01