Sekwencja eksploracji Olink NextSeq 2000

Uwaga dotycząca dokumentu
Instrukcja obsługi Olink® Explore, dok. nr 1153, jest przestarzała i została zastąpiona następującymi dokumentami:

• Olink® Przeglądaj ponadview Instrukcja obsługi, dok. nr 1187
• Instrukcja obsługi Olink® Explore 384, dok. nr 1188
• Instrukcja obsługi Olink® Explore 4 x 384, dok. nr 1189
• Instrukcja obsługi Olink® Explore 1536 i rozszerzenia, dok. nr 1190
• Instrukcja obsługi Olink® Explore 3072, dok. nr 1191
• Olink® Explore Sequencing using NextSeq 550 Podręcznik użytkownika, dok. nr 1192
• Olink® Explore Sequencing using NextSeq 2000 Podręcznik użytkownika, dok. nr 1193
• Olink® Explore Sequencing using NovaSeq 6000 Podręcznik użytkownika, dok nr 1194

Wstęp

Przeznaczenie
Olink® Explore to platforma multipleksowych testów immunologicznych do odkrywania ludzkich biomarkerów białkowych. Produkt jest przeznaczony wyłącznie do użytku badawczego, a nie do stosowania w procedurach diagnostycznych. Prace laboratoryjne mogą być prowadzone wyłącznie przez przeszkolony personel laboratoryjny. Przetwarzanie danych może być wykonywane wyłącznie przez przeszkolony personel. Wyniki mają być wykorzystywane przez badaczy w połączeniu z innymi odkryciami klinicznymi lub laboratoryjnymi.
O tym podręczniku
Niniejsza instrukcja obsługi zawiera instrukcje potrzebne do sekwencjonowania bibliotek Olink® Explore na Illumina® NextSeq™ 2000. Instrukcje muszą być ściśle i wyraźnie przestrzegane. Wszelkie odchylenia w trakcie etapów laboratoryjnych mogą skutkować nieprawidłowymi danymi. Przed rozpoczęciem pracy w laboratorium skonsultuj się z Olink® Explore Overview Podręcznik użytkownika wprowadzający do platformy, w tym informacje o odczynnikach, sprzęcie i potrzebnej dokumentacji, wwview przebiegu pracy, a także wytyczne laboratoryjne. Instrukcje dotyczące uruchamiania zestawów odczynników Olink® Explore znajdują się w odpowiedniej instrukcji obsługi Olink® Explore. Informacje na temat przetwarzania danych i analizy wyników sekwencji Olink® Explore można znaleźć w instrukcji obsługi Olink® NPX Explore. Wszystkie znaki towarowe i prawa autorskie zawarte w tym materiale są własnością Olink® Proteomics AB, o ile nie zaznaczono inaczej.
Wsparcie techniczne
Aby uzyskać pomoc techniczną, skontaktuj się z firmą Olink Proteomics pod adresem wsparcie@olink.com.

Instrukcje laboratoryjne

Ten rozdział zawiera instrukcje dotyczące sekwencjonowania bibliotek Olink na NextSeq™ 2000 przy użyciu odczynników NextSeq™ 1000/2000 P2 (100 cykli) v3. Protokół używany do sekwencjonowania jest adaptacją standardowego przepływu pracy Illumina® NGS dla Illumina® NextSeq™ 2000.
Przed przystąpieniem do sekwencjonowania upewnij się, że zweryfikowano jakość oczyszczonej Biblioteki Olink. Zapoznaj się z odpowiednią instrukcją obsługi Olink Explore, aby uzyskać instrukcje dotyczące kontroli jakości.
Zaplanuj przebieg sekwencjonowania
Jedna biblioteka Olink może być zsekwencjonowana na komórkę przepływową NextSeq™ 2000 P2 i na cykl. Liczba komórek przepływowych P2 i przebiegów wymaganych do sekwencjonowania różnych zestawów odczynników Olink Explore została opisana w Tabeli 1.
Jeśli wymagane jest więcej niż jedno uruchomienie, powtórz instrukcje opisane w tej instrukcji.
Tabela 1. Planowanie przebiegu sekwencjonowania

Zestaw odczynników Olink® Explore	Liczba bibliotek Olink	Liczba komórek przepływowych i przebiegów
Zestaw odczynników Olink® Explore 384	1	1
Zestaw odczynników Olink® Explore 4 x 384	4	4
Zestaw odczynników Olink® Explore 1536	4	4
Zestaw odczynników rozszerzających Olink® Explore	4	4
Zestaw odczynników Olink® Explore 3072	8	8

Przygotuj recepturę Olink® Custom
Na tym etapie na NextSeq™ 2000 przygotowywana jest niestandardowa receptura Olink®. Ten krok należy wykonać tylko raz, zanim przebieg sekwencjonowania Olink zostanie wykonany po raz pierwszy.
Rozpakuj i zapisz niestandardowy przepis Olink XML-file Olink_NSQ2K_P2_V1 w odpowiednim folderze instrumentów.
NOTATKA: Niestandardowa receptura Olink będzie działać tylko z zestawem NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagents (100 Cycles) v3 i oprogramowaniem sterującym NextSeq™ 1000/2000 v1.2 lub v1.4.

Przygotuj odczynniki do sekwencjonowania
Podczas tego etapu kaseta z odczynnikami zawierająca odczynniki do grupowania i sekwencjonowania jest rozmrażana i przygotowywana jest komora przepływowa.

OSTRZEŻENIE: Kartridż z odczynnikami zawiera potencjalnie niebezpieczne chemikalia. Nosić odpowiednie wyposażenie ochronne i usuwać zużyte odczynniki zgodnie z obowiązującymi normami. Więcej informacji można znaleźć w przewodniku po systemie Illumina NextSeq 1000 i 2000 (dokument nr 1000000109376).

Przygotuj kartridż z odczynnikami
Rozmrażanie nieotwartego wkładu można przeprowadzić na trzy różne sposoby: w temperaturze pokojowej, w kontrolowanej łaźni wodnej lub w lodówce.

Przygotuj ławkę

• 1x wkład z odczynnikiem NextSeq™ 1000/2000 P2 (100 cykli)

Instrukcje
Rozmrozić kartridż z odczynnikami zgodnie z opisem w Tabeli 2.
Tabela 2. Metody rozmrażania kartridża z odczynnikami

Metoda rozmrażania	Instrukcje
W temperaturze pokojowej	• Nie otwierając torebki ze srebrnej folii, umieść zamrożony kartridż z odczynnikami na stole i rozmrażaj go w temperaturze pokojowej przez 9 godzin. Nie przekraczać 16 godzin. • Upewnij się, że etykieta worka jest skierowana do góry i że powietrze może krążyć wokół wkładu.
W kąpieli wodnej	• Nie otwierając torebki ze srebrnej folii, umieścić zamrożony kartridż z odczynnikami do połowy zanurzony w łaźni wodnej o kontrolowanej temperaturze 25°C i pozostawić do rozmrożenia na 6 godzin. Nie przekraczać 8 godzin. • Upewnij się, że etykieta worka jest skierowana do góry i że wkład nie przewraca się podczas rozmrażania. • Dokładnie osusz wkład papierowym ręcznikiem.
W lodówce	• Nie otwierając torebki ze srebrnej folii, umieść wkład na stole i rozmrażaj go w temperaturze pokojowej przez 6 godzin. • Upewnij się, że etykieta worka jest skierowana do góry i że powietrze może krążyć wokół wkładu. • Zakończ rozmrażanie wkładu w lodówce przez 12 godzin. Nie przekraczać 72 godzin. • Przed biegiem wyjmij rozmrożony, nieotwarty wkład z lodówki i pozwól mu osiągnąć temperaturę pokojową przez co najmniej 15 minut, ale nie dłużej niż 1 godzinę.

NOTATKA: Rozmrożonych wkładów nie można zamrażać ponownie i należy je przechowywać w temperaturze 4°C przez maksymalnie 72 godziny.

Przygotuj celę przepływową Przygotuj ławkę

• 1x komora przepływowa NextSeq™ 1000/2000 P2

Instrukcje

1. Doprowadzić schłodzoną komorę przepływową do temperatury pokojowej na 10-15 minut.

Przygotuj bibliotekę Olink® do sekwencjonowania

Podczas tego etapu oczyszczona i kontrolowana pod względem jakości biblioteka Olink jest rozcieńczana do końcowego stężenia obciążającego. Należy pamiętać, że denaturacja Biblioteki jest wykonywana automatycznie w aparacie.
Przygotuj ławkę

• Lib Tube, przygotowany zgodnie z obowiązującą Instrukcją użytkownika Olink Explore
• 1x RSB z Tweenem 20
• Woda MilliQ
• 2x probówki do mikrowirówki (1.5 ml)
• Pipeta ręczna (10, 100 i 1000 μL)
• Końcówki do pipet filtrujących

Zanim zaczniesz

• Rozmrozić probówkę Lib, jeśli jest zamrożona.
• Rozmrażaj zamrożone RSB z Tween 20 w temperaturze pokojowej przez 10 minut. Przechowywać w temperaturze +4°C do momentu użycia.
• Oznaczyć dwie nowe probówki do mikrowirówki o pojemności 1.5 ml w następujący sposób:
  • Zaznacz jedną probówkę „Dil” (dla Biblioteki rozcieńczonej w stosunku 1:100)
  • Zaznacz jedną probówkę „Seq” (dla gotowej do załadowania biblioteki)

Instrukcje

1. Dodaj 495 μl wody MilliQ do probówki Dil.
2. Wymieszać probówkę Lib Tube i krótko ją odwirować.
3. Ręcznie przenieś 5 μl z probówki Lib do probówki Dil.
4. Zorteksować probówkę Dil i krótko ją odwirować.
5. Dodać 20 μl RBS z Tween 20 do probówki Seq.
6. Ręcznie przenieś 20 μl z probówki Dil do probówki Seq.
7. Worteksować probówkę Seq i krótko ją odwirować.
8. Natychmiast przejdź do 2.5 Załaduj komorę przepływową i bibliotekę Olink® do kartridża z odczynnikami. UWAGA: Probówki Lib należy przechowywać w temperaturze -20°C na wypadek potencjalnej powtórnej analizy.

Załaduj celę przepływową i bibliotekę Olink® do kartridża z odczynnikami
Podczas tego etapu cela przepływowa i rozcieńczona biblioteka Olink są ładowane do rozmrożonego wkładu z odczynnikami.
Przygotuj ławkę

• 1x rozmrożona kaseta z odczynnikiem NextSeq™ 1000/2000 P2 (100 cykli), przygotowana w poprzednim kroku
• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell, przygotowana w poprzednim kroku
• Sex Tube (z gotową do załadowania rozcieńczoną biblioteką Olink), przygotowaną w poprzednim kroku
• Pipeta ręczna (100 μL)
• Końcówka do pipety (1 ml)

Przygotuj wkład

1. Wyjmij wkład ze srebrnej torebki foliowej.
2. Odwróć kasetę dziesięć razy, aby dokładnie wymieszać znajdujące się w niej rozmrożone odczynniki.

NOTATKA: To normalne, że wewnętrzne komponenty brzęczą.

Załaduj celę przepływową do kasety

1. Gdy wszystko jest gotowe do załadowania celi przepływowej do kasety, wyjmij celę przepływową z opakowania. Przytrzymaj komorę przepływową za szarą wypustkę, etykietą na wypustce skierowaną do góry. Użyj nowych rękawic bezpudrowych, aby uniknąć zanieczyszczenia szklanej powierzchni komory przepływowej.
2. Włóż komorę przepływową do szczeliny komory przepływowej z przodu wkładu. Słyszalne kliknięcie wskazuje, że komora przepływowa jest prawidłowo umieszczona.
3. Usuń szarą kartę, wyciągając ją.

Załaduj bibliotekę Olink® do kasety

1. Przebij zbiornik Biblioteki czystą końcówką pipety o pojemności 1 ml.
2. Załaduj 20 μl biblioteki Olink z probówki Seq na dno zbiornika biblioteki.

Wykonaj cykl sekwencjonowania Olink®
Podczas tego etapu kaseta z buforem z załadowaną kuwetą przepływową i biblioteką Olink jest ładowana do NextSeq™ 2000 i rozpoczyna się przebieg sekwencjonowania przy użyciu receptury Olink.
Przygotuj ławkę

• 1x kaseta z odczynnikami NextSeq™ 1000/2000 P2 (100 cykli) wypełniona komórką przepływową NextSeq™ 1000/2000 P2 i rozcieńczoną biblioteką Olink, przygotowaną w poprzednim kroku.

Skonfiguruj tryb pracy

1. Z menu oprogramowania sterującego wybierz Ustawienia.
2. W obszarze Usługi BaseSpace Sequence Hub i proaktywne wsparcie wybierz Konfiguracja biegu lokalnego.
3. Wybierz opcję Tylko pomoc proaktywna jako dodatkowe ustawienia. Ta funkcja wymaga połączenia z Internetem.
4. Wybierz lokalizację hostingu dla swoich danych. Lokalizacja hostingu powinna znajdować się w Twoim regionie lub w jego pobliżu.
5. Ustaw lokalizację folderu wyjściowego dla bieżących nieprzetworzonych danych. Wybierz opcję Wybierz, aby nawigować i wybrać folder wyjściowy.
6. Zaznacz pole wyboru Denature and Dilute On Board, aby automatycznie denaturować i rozcieńczać Bibliotekę w aparacie.
7. Zaznacz pole wyboru Purge Reagent Cartridge (Purge Reagent Cartridge), aby automatycznie usunąć nieużywane odczynniki do komory na zużyte odczynniki w kartridżu.
8. Zaznacz pole wyboru Automatyczne sprawdzanie aktualizacji oprogramowania, aby automatycznie sprawdzać dostępność aktualizacji oprogramowania (opcjonalnie). Ta funkcja wymaga połączenia z Internetem.
9. Wybierz Zapisz.

Ustaw parametry biegu

NOTATKA: Niniejsza instrukcja dotyczy wersji 1.4 oprogramowania sterującego NextSeq™ 1000/2000. Niektóre z opisanych poniżej kroków mogą się różnić w przypadku korzystania z wersji v1.2

1. Z menu oprogramowania sterującego wybierz Start.
2. Wybierz Manually Set Up New Run i naciśnij Setup.
3. Na stronie Run Setup skonfiguruj parametry wirowania w następujący sposób:

• W polu Nazwa przebiegu wprowadź unikalny identyfikator eksperymentu.
• Z listy rozwijanej Rodzaj odczytu wybierz opcję Odczyt pojedynczy.

Wprowadź liczbę cykli w następujący sposób:

• • Przeczytaj 1: 24
  • Indeks 1: 0
  • Indeks 2: 0
  • Przeczytaj 2: 0

NOTATKA: Bardzo ważne jest, aby Odczyt 1 był ustawiony na 24, w przeciwnym razie cały przebieg zakończy się niepowodzeniem.
NOTATKA: Zignoruj ​​komunikaty ostrzegawcze podczas wprowadzania liczby cykli.

• Z listy rozwijanej Custom Primer Wells wybierz No.
• W polu Receptura niestandardowa (opcjonalnie) wybierz opcję Wybierz, aby nawigować i wybierz plik XML receptury niestandardowej file Olink_NSQ2K_P2_V1. Wybierz Otwórz.
• Nie importuj Samparkusz.
• Upewnij się, że lokalizacja folderu wyjściowego jest poprawna. W przeciwnym razie wybierz Wybierz, aby nawigować i wybierz żądaną lokalizację folderu wyjściowego.
• W polu Denature and Dilute Onboard wybierz opcję Enabled z listy rozwijanej.
• Wybierz opcję Przygotowanie.

Załaduj załadowany wkład

1. Wybierz Załaduj. Osłona przyrządu otwiera się i taca zostaje wysunięta.
2. Umieść załadowaną kasetę na tacy z etykietą skierowaną do góry i komorą przepływową wewnątrz urządzenia.
3. Wybierz Zamknij.
4. Po prawidłowym załadowaniu kasety sprawdź parametry przebiegu i wybierz opcję Sekwencja. Przyrząd wykonuje kontrole przed uruchomieniem przyrządu i układu płynowego.
   NOTATKA: Oczekuje się, że podczas kontroli układów hydraulicznych usłyszysz kilka trzasków.
5. Upewnij się, że cykl rozpocznie się po zakończeniu automatycznych kontroli przed uruchomieniem (~15 minut). Czas trwania sekwencjonowania wynosi około 10:30 min.
   NOTATKA: W przypadku niepowodzenia kontroli przed uruchomieniem należy zapoznać się z instrukcjami producenta.
   NOTATKA: Uważaj, aby nie zderzyć się z NextSeq™ 2000 ani nie zakłócić go w inny sposób podczas przebiegu sekwencjonowania. Instrument jest wrażliwy na wibracje.
6. Oczyść obszar roboczy.

Monitoruj postęp biegu
Olink wykorzystuje NGS jako odczyt do ilościowego określenia ilości znanej sekwencji w celu oszacowania stężenia danego białka w samples (w stosunku do innych samples). Jakość danych z każdego przebiegu sekwencjonowania Explore jest określana głównie przez parametry QC unikalne dla technologii Olink. W związku z tym standardowe wskaźniki kontroli jakości stosowane w konwencjonalnych NGS, takie jak Q-score, są mniej krytyczne.
Wysuń i wyrzuć kasetę po przebiegu

OSTRZEŻENIE: Ten zestaw odczynników zawiera potencjalnie niebezpieczne substancje chemiczne. Nosić odpowiednie wyposażenie ochronne i usuwać zużyte odczynniki zgodnie z obowiązującymi normami. Więcej informacji można znaleźć w przewodniku po systemie Illumina NextSeq 1000 i 2000 (dokument nr 1000000109376).

1. Po zakończeniu cyklu wybierz opcję Wysuń wkład.
   NOTATKA: Zużyty wkład wraz z kuwetą przepływową można pozostawić na miejscu do następnego przebiegu, ale nie dłużej niż 3 dni.
2. Wyjmij wkład z tacy.
3. Utylizować odczynniki zgodnie z obowiązującymi normami.
4. Wybierz Zamknij drzwi. Taca jest ponownie ładowana.
5. Wybierz Strona główna, aby powrócić do ekranu głównego.
   NOTATKA: Ponieważ kartridż zawiera wszystkie mechanizmy potrzebne do uruchomienia systemu, a także zbiornik do zbierania zużytych odczynników, nie ma potrzeby mycia instrumentu po cyklu.

Historia rewizji

Wersja	Data	Opis
1.1	2022-11-01	1.2 Zamieniono Olink® Mydata na Olink® NPX Explore. 2.2 Edytowano.
1.0	2021-12-01	Nowy

www.olink.com
Wyłącznie do użytku badawczego. Nie do użytku w procedurach diagnostycznych.
Ten produkt zawiera licencję na niekomercyjne wykorzystanie produktów Olink. Użytkownicy komercyjni mogą wymagać dodatkowych licencji. W celu uzyskania szczegółowych informacji prosimy o kontakt z firmą Olink Proteomics AB. Nie istnieją żadne gwarancje, wyrażone ani dorozumiane, wykraczające poza ten opis. Firma Olink Proteomics AB nie ponosi odpowiedzialności za szkody majątkowe, obrażenia ciała ani straty ekonomiczne spowodowane przez ten produkt.

Następujący znak towarowy jest własnością firmy Olink Proteomics AB: Olink®.
Ten produkt jest objęty kilkoma patentami i zgłoszeniami patentowymi dostępnymi pod adresem https://www.olink.com/patents/.

© Copyright 2021 Olink Proteomics AB. Wszystkie znaki towarowe stron trzecich są własnością ich odpowiednich właścicieli. Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Uppsala, Szwecja 1193, v1.1, 2022

Dokumenty / Zasoby

Sekwencja eksploracji Olink NextSeq 2000 [plik PDF] Instrukcja obsługi NextSeq 2000 Przeglądaj sekwencję, NextSeq 2000, Przeglądaj sekwencję, sekwencję

Odniesienia

• Instrukcja obsługi