Olink NextSeq 2000 Uurige järjestust

Dokumendi märkus
Olink® Explore'i kasutusjuhend, dok nr 1153, on vananenud ja asendatud järgmiste dokumentidega:

• Olink® Explore Overview Kasutusjuhend, dok nr 1187
• Olink® Explore 384 kasutusjuhend, dok nr 1188
• Olink® Explore 4 x 384 kasutusjuhend, dok nr 1189
• Olink® Explore 1536 & Expansion kasutusjuhend, dok nr 1190
• Olink® Explore 3072 kasutusjuhend, dok nr 1191
• Olink® Uurige järjestust, kasutades NextSeq 550 kasutusjuhendit, dok nr 1192
• Olink® Uurige järjestust, kasutades NextSeq 2000 kasutusjuhendit, dok nr 1193
• Olink® Uurige järjestamist NovaSeq 6000 kasutusjuhendi abil, dok nr 1194

Sissejuhatus

Sihtotstarbeline kasutamine
Olink® Explore on mitmekordne immuunanalüüsi platvorm inimese valgu biomarkerite avastamiseks. Toode on ette nähtud ainult teaduslikuks kasutamiseks ja mitte kasutamiseks diagnostilistes protseduurides. Laboratoorseid töid tohivad teha ainult koolitatud laboritöötajad. Andmeid töötlevad ainult koolitatud töötajad. Tulemused on mõeldud teadlastele kasutamiseks koos muude kliiniliste või laboratoorsete leidudega.
Selle juhendi kohta
See kasutusjuhend sisaldab juhiseid, mis on vajalikud Olink® Explore Libraries järjestamiseks Illumina® NextSeq™ 2000-s. Juhiseid tuleb rangelt ja selgesõnaliselt järgida. Kõik kõrvalekalded laboratoorsetes etappides võivad põhjustada andmete halvenemist. Enne labori töövoo alustamist konsulteerige Olink® Explore Over'igaview Kasutusjuhend platvormi tutvustamiseks, sealhulgas teave reaktiivide, seadmete ja vajalike dokumentide kohta, üleview töövoo kohta, samuti laborijuhiseid. Juhiseid Olink® Explore reaktiivikomplektide kasutamise kohta leiate kehtivast Olink® Explore'i kasutusjuhendist. Olink® Explore jada tulemuste andmetöötluse ja analüüsi kohta vaadake Olink® NPX Explore kasutusjuhendit. Kõik selles materjalis sisalduvad kaubamärgid ja autoriõigused on Olink® Proteomics AB omand, kui pole märgitud teisiti.
Tehniline tugi
Tehnilise toe saamiseks võtke ühendust Olink Proteomicsiga aadressil support@olink.com.

Laboratoorsed juhised

See peatükk sisaldab juhiseid Olink Libraries järjestamiseks rakenduses NextSeq™ 2000, kasutades NextSeq™ 1000/2000 P2 reaktiive (100 tsüklit) v3. Sekveneerimiseks kasutatav protokoll on Illumina® standardse NGS-i töövoo kohandamine Illumina® NextSeq™ 2000 jaoks.
Enne sekveneerimisega jätkamist veenduge, et puhastatud Olinki raamatukogu kvaliteet on kontrollitud. Kvaliteedikontrolli juhiste saamiseks vaadake kohaldatavat Olink Explore'i kasutusjuhendit.
Planeerige järjestusjooks
Ühe Olinki raamatukogu saab järjestada NextSeq™ 2000 P2 vooluelemendi ja jooksu kohta. Erinevate Olink Explore reaktiivikomplektide järjestamiseks vajalike P2 voolurakkude ja käikude arv on kirjeldatud tabelis 1.
Kui on vaja rohkem kui ühte käitamist, korrake selles juhendis kirjeldatud juhiseid.
Tabel 1. Järjestusjooksu planeerimine

Olink® Explore reaktiivikomplekt	Olinki raamatukogude arv	Voolulahtri(te) ja käitamise(de) arv
Olink® Explore 384 reaktiivikomplekt	1	1
Olink® Explore 4 x 384 reaktiivikomplekt	4	4
Olink® Explore 1536 reaktiivikomplekt	4	4
Olink® Explore Expansion Reagent Kit	4	4
Olink® Explore 3072 reaktiivikomplekt	8	8

Valmistage Olink® Custom retsept
Selle etapi käigus valmistatakse ette Olink® kohandatud retsept NextSeq™ 2000-s. Seda sammu tuleb teha ainult üks kord, enne kui esimest korda tehakse Olinki sekveneerimiskäik.
Pakkige lahti ja salvestage Olinki kohandatud retsept XML-file Olink_NSQ2K_P2_V1 sobivasse instrumendi kausta.
MÄRKUS. Olinki kohandatud retsept töötab ainult koos NextSeq™ 1000/2000 P2 reaktiivide (100 tsüklit) v3 komplektiga ja NextSeq™ 1000/2000 juhtimistarkvaraga v1.2 või v1.4.

Valmistage ette sekveneerimisreaktiivid
Selle etapi käigus sulatatakse rühmitus- ja sekveneerimisreaktiive sisaldav reagendikassett ja valmistatakse ette vooluelement.

HOIATUS: Reaktiivi kassett sisaldab potentsiaalselt ohtlikke kemikaale. Kandke sobivaid kaitsevahendeid ja visake kasutatud reaktiivid ära vastavalt kehtivatele standarditele. Lisateabe saamiseks vaadake Illumina NextSeq 1000 ja 2000 süsteemijuhendit (dokument nr 1000000109376).

Valmistage ette reaktiivi kassett
Avamata kolbampulli saab sulatada kolmel erineval viisil: toatemperatuuril, kontrollitud veevannis või külmkapis.

Valmistage pink ette

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 reaktiivikassett (100 tsüklit)

Juhised
Sulatage reaktiivi kassett, nagu on kirjeldatud tabelis 2.
Tabel 2. Reaktiivikasseti sulatamismeetodid

Sulatamise meetod	Juhised
Toatemperatuuril	• Hõbedast fooliumkotti avamata asetage külmutatud reaktiivi kassett pingile ja sulatage seda toatemperatuuril 9 tundi. Mitte üle 16 tunni. • Veenduge, et koti silt oleks ülespoole ja õhk saaks kasseti ümber ringelda.
Veevannis	• Hõbedast fooliumkotti avamata asetage külmutatud reaktiivi kassett poolenisti kontrollitud 25 °C veevanni ja laske sellel 6 tundi sulada. Mitte üle 8 tunni. • Veenduge, et koti silt oleks ülespoole ja kassett ei läheks sulamise ajal ümber. • Kuivatage kassett põhjalikult paberrätikuga.
Külmkapis	• Hõbedast fooliumkotti avamata aseta kassett pingile ja sulata toatemperatuuril 6 tundi. • Veenduge, et koti silt oleks ülespoole ja õhk saaks kasseti ümber ringelda. • Lõpetage kasseti sulatamine külmkapis 12 tundi. Mitte üle 72 tunni. • Enne jooksu eemaldage külmkapist sulanud avamata kassett ja laske sellel soojeneda toatemperatuuril vähemalt 15 minutit, kuid mitte rohkem kui 1 tund.

MÄRKUS. Sulatatud kolbampulli ei saa uuesti külmutada ja neid tuleb hoida temperatuuril 4 °C maksimaalselt 72 tundi.

Valmistage ette voolukamber Valmistage ette pink

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 vooluelement

Juhised

1. Viige jahutatud voolukamber 10-15 minutiks toatemperatuurile.

Valmistage Olink® Library sekveneerimiseks ette

Selle etapi käigus lahjendatakse puhastatud ja kontrollitud kvaliteedikontrolliga Olinki raamatukogu lõpliku laadimiskontsentratsioonini. Pange tähele, et raamatukogu denatureerimine toimub seadme pardal automaatselt.
Valmistage pink ette

• Lib Tube, valmistatud vastavalt kohaldatavale Olink Explore'i kasutusjuhendile
• 1x RSB koos Tween 20-ga
• MilliQ vesi
• 2x mikrotsentrifuugi tuubi (1.5 ml)
• Käsipipett (10, 100 ja 1000 μL)
• Filtripipeti otsad

Enne alustamist

• Sulatage Lib Tube, kui see on külmunud.
• Sulatage külmutatud RSB koos Tween 20-ga toatemperatuuril 10 minutit. Hoida kuni kasutamiseni temperatuuril +4 °C.
• Märgistage kaks uut 1.5 ml mikrotsentrifuugi katsutit järgmiselt:
  • Märkige üks tuubis "Dil" (1:100 lahjendatud raamatukogu jaoks)
  • Märkige üks toru "Seq" (teegi laadimiseks valmis)

Juhised

1. Lisage Dil tuubi 495 μL MilliQ vett.
2. Keerake Lib Tube keerisega ja keerake seda korraks alla.
3. Viige 5 μL käsitsi Lib-tuubist Dil-tuubi.
4. Keerake Dil Tube keerisega ja keerake seda korraks alla.
5. Lisage Seq tuubi 20 μL RBS-i koos Tween 20-ga.
6. Kandke käsitsi 20 μL Dil-tuubist Seq-tuubi.
7. Keerake Seq Tube keerisega ja keerake seda korraks alla.
8. Jätkake kohe 2.5 Laadige vooluelement ja Olink® Library reagendikassetti. MÄRKUS. Võimaliku korduskäitamise puhuks hoidke Lib-tuubi(sid) temperatuuril -20 °C.

Laadige vooluelement ja Olink® Library reagendikassetti
Selle etapi käigus laaditakse vooluelement ja lahjendatud Olinki raamatukogu sulatatud reaktiivi kassetti.
Valmistage pink ette

• 1x sulatatud NextSeq™ 1000/2000 P2 reaktiivi kassett (100 tsüklit), valmistatud eelmises etapis
• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell, valmistatud eelmises etapis
• Sex Tube (koos laadimisvalmis lahjendatud Olinki raamatukoguga), mis on valmistatud eelmises etapis
• Käsipipett (100 μL)
• Pipeti ots (1 ml)

Valmistage kassett ette

1. Eemaldage kassett hõbedasest fooliumkotist.
2. Pöörake kassetti kümme korda ümber, et sulatatud reaktiivid põhjalikult segada.

MÄRKUS. Sisemiste komponentide kõlisemise kuulmine on normaalne.

Laadige vooluelement kassetti

1. Kui olete valmis vooluelemendi kassetti laadima, eemaldage vooluelement pakendist. Hoidke voolulahtrit halli vahekaardi juures nii, et vahelehel olev silt oleks ülespoole. Kasutage uusi pulbrivabu kindaid, et vältida vooluelemendi klaaspinna saastumist.
2. Sisestage vooluandur kasseti esiosas olevasse vooluelemendi pilusse. Helitav klõps näitab, et voolukamber on õigesti paigutatud.
3. Eemaldage hall sakk, tõmmates seda välja.

Laadige Olink® Library kassetti

1. Torgake raamatukogu reservuaari puhta 1 ml pipetiotsaga läbi.
2. Laadige Seq Tube'ist 20 μL Olinki raamatukogu raamatukogu reservuaari põhja.

Tehke Olink® sekveneerimiskäik
Selle etapi käigus laaditakse puhverkassett koos laaditud vooluelemendi ja Olinki raamatukoguga seadmesse NextSeq™ 2000 ning järjestamist alustatakse Olinki retsepti alusel.
Valmistage pink ette

• 1x NextSeq™ 1000/2000 P2 reaktiivikassett (100 tsüklit), mis on täidetud NextSeq™ 1000/2000 P2 vooluelemendiga ja lahjendatud Olinki raamatukoguga, mis on valmistatud eelmises etapis.

Konfigureerige töörežiim

1. Juhttarkvara menüüst valige Sätted.
2. Jaotises BaseSpace Sequence Hub Services & Proactive Support valige Local Run Setup.
3. Valige lisaseadetena Ainult ennetav tugi. See funktsioon nõuab Interneti-ühendust.
4. Valige oma andmete jaoks hostimiskoht. Majutuskoht peaks asuma teie piirkonnas või selle lähedal.
5. Määrake praeguse käitamise algandmete jaoks väljundkausta asukoht. Valige navigeerimiseks Vali ja valige väljundkaust.
6. Märkige ruut Denature and Dilute On Board, et seadmel oleva raamatukogu automaatselt denatureerida ja lahjendada.
7. Märkige ruut Puhastage reaktiivikassett, et puhastada kasutamata reaktiivid automaatselt kasseti kasutatud reaktiivide kambrisse.
8. Tarkvaravärskenduste automaatseks kontrollimiseks märkige ruut Kontrolli tarkvaravärskendusi automaatselt (valikuline). See funktsioon nõuab Interneti-ühendust.
9. Valige Salvesta.

Seadistage käitamisparameetrid

MÄRKUS. See juhend kehtib juhtimistarkvara NextSeq™ 1.4/1000 versiooni 2000 kohta. Mõned allpool kirjeldatud sammud võivad versiooni v1.2 kasutamisel erineda

1. Juhttarkvara menüüst valige Start.
2. Valige Käsitsi seadistage uus käitamine ja vajutage nuppu Setup.
3. Lehel Run Setup seadistage käitamisparameetrid järgmiselt.

• Sisestage väljale Käitamise nimi kordumatu katse ID.
• Valige ripploendist Lugemise tüüp suvand Üks lugemine.

Sisestage tsüklite arv järgmiselt:

• • Loe 1: 24
  • Indeks 1: 0
  • Indeks 2: 0
  • Loe 2: 0

MÄRKUS. On ülioluline, et Read 1 oleks seatud väärtusele 24, vastasel juhul kogu jooks ebaõnnestub.
MÄRKUS. Tsüklite arvu sisestamisel eirake hoiatusteateid.

• Valige ripploendist Custom Primer Wells Ei.
• Valige väljal Kohandatud retsept (valikuline) käsk Vali navigeerimiseks ja valige kohandatud retsepti XML file Olink_NSQ2K_P2_V1. Valige Ava.
• Ärge importige S-iample Sheet.
• Veenduge, et väljundkausta asukoht on õige. Muul juhul valige navigeerimiseks Vali ja valige soovitud väljundkausta asukoht.
• Väljal Denature and Dilute Onboard valige ripploendist Lubatud.
• Valige Ettevalmistus.

Laadige laaditud kassett

1. Valige Laadi. Instrumendi visiir avaneb ja salv väljub.
2. Asetage laetud kassett alusele nii, et silt on ülespoole ja vooluelement seadme sees.
3. Valige Sule.
4. Kui kassett on korralikult laaditud, kontrollige käitamisparameetreid ja valige Järjestus. Seade teostab instrumendi ja vedelike käitamiseelset kontrolli.
   MÄRKUS. Vedeliku kontrolli ajal on oodata mitut hüppamist.
5. Veenduge, et jooks algab pärast automaatsete käitamiseelsete kontrollide lõppu (~15 minutit). Järjestuse kestus on ligikaudu 10h30 min.
   MÄRKUS. Käivituseelse kontrolli tõrgete korral vaadake tootja juhiseid.
   MÄRKUS. Olge ettevaatlik, et te ei põrutaks vastu NextSeq™ 2000 ega segaks seda muul viisil järjestamise ajal. Seade on vibratsiooni suhtes tundlik.
6. Puhastage tööpiirkond.

Käitamise edenemise jälgimine
Olink kasutab NGS-i näiduna teadaoleva järjestuse koguse kvantifitseerimiseks, et hinnata antud valgu kontsentratsiooni sekunditesamples (võrreldes teiste samples). Iga Explore'i järjestuse käitamise andmete kvaliteedi määravad peamiselt Olinki tehnoloogiale ainulaadsed QC parameetrid. Seetõttu on tavapärases NGS-is kasutatavad standardsed kvaliteedikontrolli mõõdikud, näiteks Q-skoor, vähem kriitilised.
Pärast käitamist väljutage ja visake kassett ära

HOIATUS: See reaktiivide komplekt sisaldab potentsiaalselt ohtlikke kemikaale. Kandke sobivaid kaitsevahendeid ja visake kasutatud reaktiivid ära vastavalt kehtivatele standarditele. Lisateabe saamiseks vaadake Illumina NextSeq 1000 ja 2000 süsteemijuhendit (dokument nr 1000000109376).

1. Kui käitamine on lõppenud, valige Eject Cartridge (Eject Cartridge).
   MÄRKUS. Kasutatud kasseti koos vooluelemendiga võib paigale jätta kuni järgmise käitamiseni, kuid mitte rohkem kui 3 päeva.
2. Eemaldage kassett salvest.
3. Kõrvaldage reaktiivid vastavalt kehtivatele standarditele.
4. Valige Sule uks. Salv on uuesti laaditud.
5. Avakuvale naasmiseks valige Avaleht.
   MÄRKUS. Kuna kassett sisaldab kõiki süsteemi käitamiseks vajalikke mehhanisme, samuti reservuaari kasutatud reaktiivide kogumiseks, ei ole pärast töötamist vaja instrumenti pesta.

Läbivaatamise ajalugu

Versioon	Kuupäev	Kirjeldus
1.1	2022-11-01	1.2 Olink® Mydata asendati Olink® NPX Explore'iga. 2.2 Redigeeritud.
1.0	2021-12-01	Uus

www.olink.com
Ainult teaduslikuks kasutamiseks. Ei ole mõeldud kasutamiseks diagnostilistes protseduurides.
See toode sisaldab litsentsi Olinki toodete mitteäriliseks kasutamiseks. Ärikasutajad võivad nõuda täiendavaid litsentse. Täpsema teabe saamiseks võtke ühendust Olink Proteomics AB-ga. Puuduvad otsesed ega kaudsed garantiid, mis ulatuvad sellest kirjeldusest kaugemale. Olink Proteomics AB ei vastuta selle toote põhjustatud varalise kahju, kehavigastuse ega majandusliku kahju eest.

Järgmine kaubamärk kuulub Olink Proteomics AB-le: Olink®.
See toode on kaetud mitmete patentide ja patenditaotlustega, mis on saadaval aadressil https://www.olink.com/patents/.

© Autoriõigus 2021 Olink Proteomics AB. Kõik kolmandate isikute kaubamärgid on nende vastavate omanike omand. Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B, SE-752 37 Uppsala, Rootsi 1193, v1.1, 2022-11-01

Dokumendid / Ressursid

Olink NextSeq 2000 Uurige järjestust [pdfKasutusjuhend NextSeq 2000 Uurige järjestust, NextSeq 2000, Uurige järjestust, järjestust

Viited

• Kasutusjuhend