Olink NextSeq 2000 Explore Sequence Manual Bikarhêner

Contents veşartin

1 Olink NextSeq 2000 Explore Sequence

2 Pêşkêş

3 talîmatên Laboratory

Olink NextSeq 2000 Explore Sequence

Têbînî belge
Destûra Bikarhêner Olink® Explore, doc nr 1153, kevin e, û bi belgeyên jêrîn ve hatî guhertin:

Olink® Explore Overview Manual Bikarhêner, doc nr 1187
Olink® Explore 384 Manual Bikarhêner, doc nr 1188
Olink® Explore 4 x 384 Manual Bikarhêner, doc nr 1189
Olink® Explore 1536 & Expansion Manual Bikarhêner, doc nr 1190

Olink® Explore 3072 Manual Bikarhêner, doc nr 1191
Olink® Bikarhêneriya NextSeq 550 Bikarhêner Rêzkirinekê Bikole, Doc nr 1192
Olink® Bikarhêneriya NextSeq 2000 Bikarhêner Rêzkirinekê Bikole, Doc nr 1193

Destûra Bikarhêner a NovaSeq 6000, doc nr 1194

Pêşkêş

Bikaranîna mebest
Olink® Explore ji bo vedîtina biyomarkera proteîna mirovî platformek immunoassay multipleks e. Hilber Tenê ji bo Bikaranîna Lêkolînê ye, û ne ji bo karanîna di prosedurên tespîtkirinê de ye. Karê laboratîfê tenê ji hêla xebatkarên laboratîfê yên perwerdekirî ve tê meşandin. Pêvajoya daneyê tenê ji hêla karmendên perwerdekirî ve tête kirin. Encam têne wateya ku ji hêla lêkolîneran ve bi encamên klînîkî an laboratîf ên din re bêne bikar anîn.
Li ser vê manual
Ev Manuala Bikarhêner rêwerzên ku ji bo rêzkirina Pirtûkxaneyên Olink® Explore li ser Illumina® NextSeq™ 2000 hewce ne peyda dike. Divê rêwerzan bi hişk û eşkere bêne şopandin. Her guheztinek li seranserê gavên laboratîfê dibe ku bibe sedema têkçûna daneyan. Berî destpêkirina xebata laboratîfê, bi Olink® Explore Over re şêwir bikinview Destûra Bikarhêner ji bo danasîna platformê, tevî agahdariya di derbarê reagents, amûr û belgeyên pêwîst de, zêdeview ji tevgera xebatê, û her weha wekî rêwerzên laboratîfê. Ji bo rêwerzên li ser ka meriv çawa kîteyên Olink® Explore Reagent dimeşîne, serî li Destûra Bikarhêner Olink® Explore ya bijarte bidin. Ji bo pêvajokirin û analîzkirina daneyan a encamên rêza Olink® Explore, serî li Destûra Bikarhêner Olink® NPX Explore bidin. Hemî tîcarî û mafên kopî yên ku di vê materyalê de hene milkê Olink® Proteomics AB ne, heya ku wekî din neyê gotin.
Piştgiriya teknîkî
Ji bo piştgiriya teknîkî, bi Olink Proteomics re têkilî daynin support@olink.com.

talîmatên Laboratory

Ev beş rêwerzên li ser çawaniya rêzkirina Pirtûkxaneyên Olink li ser NextSeq™ 2000 bi karanîna NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagents (100 Cycles) v3 peyda dike. Protokola ku ji bo rêzgirtinê tê bikar anîn adaptasyona xebata standard NGS ya Illumina® ji bo Illumina® NextSeq™ 2000 e.
Berî ku hûn dest bi rêzkirinê bikin, pê ewle bin ku kalîteya Pirtûkxaneya Olink-a paqijkirî hatiye verast kirin. Ji bo rêwerzên di derbarê kontrolkirina kalîteyê de serî li Destûra Bikarhêner Olink Explore ya guncan bidin.
Rêvekirina rêziknameyê plan bikin
Yek Pirtûkxaneya Olink dikare li ser şaneya herikînê ya NextSeq™ 2000 P2 û her gavê were rêz kirin. Hejmara şaneyên diherikin P2 û rêvekirinên ku ji bo rêzkirina kîteyên cûda yên Olink Explore Reagent hewce ne di Tablo 1 de têne diyar kirin.
Ger ji yekê zêdetir xebitandin hewce be, rêwerzên ku di vê manualê de hatine diyar kirin dubare bikin.
Tablo 1. Plansazkirina rêvekirina rêzikan

Olink® Explore Reagent Kit	Hejmara Pirtûkxaneyên Olink	Hejmara şaneyên herikînê û şaneyan
Olink® Explore 384 Reagent Kit	1	1
Olink® Explore 4 x 384 Kit Reagent	4	4
Olink® Explore 1536 Reagent Kit	4	4
Olink® Explore Expansion Reagent Kit	4	4
Olink® Explore 3072 Reagent Kit	8	8

Reçeteya xwerû ya Olink® amade bikin
Di vê gavê de, reçeteya xwerû ya Olink® li ser NextSeq™ 2000 tê amadekirin. Ev gav tenê pêdivî ye ku carekê were kirin, berî ku yekem car rêzkirinek Olink were meşandin.
Reçeteya xwerû ya Olink XML-ê vekin û hilîninfile Olink_NSQ2K_P2_V1 di peldankek amûrek guncan de.
NOT: Reçeteya xwerû ya Olink dê tenê bi kit NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagents (100 Cycles) v3 û nermalava kontrolê ya NextSeq™ 1000/2000 v1.2 an v1.4 re bixebite.

Reagentên rêzkirinê amade bikin
Di vê gavê de, kartoliya reagentê ya ku reagentên komkirin û rêzgirtinê vedihewîne tê şilkirin û şaneya herikînê tê amadekirin.

GAZÎ: Kartûka reagentê madeyên kîmyewî yên potansiyel xeternak dihewîne. Amûrên parastinê yên têr li xwe bikin û reagentên hatî bikar anîn li gorî standardên guncan bavêjin. Ji bo bêtir agahdarî, serî li Rêbernameya Pergalê ya Illumina NextSeq 1000 û 2000 (belge #1000000109376) bidin.

Karta reagentê amade bikin
Germkirina kartolê ya nevekirî dikare bi sê awayên cihêreng were kirin: li germahiya odeyê, li serşokê avê ya kontrolkirî, an di sarincê de.

Dîwanê amade bikin

1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagent Cartridge (100 çerx)

Instructions
Kartrîja reagentê wekî ku di Tabloya 2-ê de hatî destnîşan kirin bişewitînin.
Tablo 2. Rêbazên şilkirina kartrîja reagentê

Rêbaza germkirinê	Instructions
Li germahiya odeyê	• Bêyî vekirina kîsikê pelê zîv, kartolê reagentê yê cemidandî bixin ser rûkê û 9 saetan li germahiya odeyê bihelînin. Ji 16 saetan derbas neke. • Piştrast bikin ku etîketa çenteyê ber bi jor ve ye û hewa dikare li dora kartolê bigere.
Di hemamek avê de	• Bêyî vekirina kîsika pelê zîv, kartolêya reagentê ya cemidî nîv-nav binê avê bihêlin û bihêlin ku 25 saetan bihele. Ji 6 saetan derbas neke. • Piştrast bikin ku etîketa çente ber bi jor ve ye û di dema şilbûnê de kartrîc nevegere. • Kartolê bi destmala kaxiz baş zuwa bikin.
Di sarincokê de	• Bêyî vekirina tûrikê felqê zîv, kartolê deynin ser rûkê û 6 saetan li germahiya odeyê bihelînin. • Piştrast bikin ku etîketa çenteyê ber bi jor ve ye û hewa dikare li dora kartolê bigere. • 12 saetan di sarincokê de şûştina kartolê bi dawî bikin. Ji 72 saetan derbas neke. • Beriya bazdanê, kartolê nevekirî ji sarincê derxînin û bihêlin ku herî kêm 15 hûrdeman bigihîje germahiya odeyê, lê ne ji 1 saetê zêdetir.

NOT: Kartolên şilbûyî ji nû ve nayên cemidandin û divê di germahiya 4 °C de, herî zêde 72 saetan werin hilanîn.

Hucreya herikînê amade bikin Benç amade bikin

1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell

Instructions

Ji bo 10-15 deqîqeyan hucreya herikîna sarincokê bînin germahiya odeyê.

Pirtûkxaneya Olink® ji bo rêzgirtinê amade bikin

Di vê gavê de, Pirtûkxaneya Olink-a paqijkirî û bi kalîte-kontrolkirî heya berhevoka barkirina dawîn tê rijandin. Bala xwe bidinê ku denaturasyona Pirtûkxaneyê bixweber li ser amûrê tê kirin.
Dîwanê amade bikin

Lib Tube, li gorî Destûra Bikarhêner a Olink Explore ya guncan hatî amadekirin

1x RSB bi Tween 20
Avê MilliQ
2x lûleyên mîkrosentrîfuj (1.5 mL)
Pipetta destan (10, 100 û 1000 μL)
Parzûnên pipetê

Berî ku hûn dest pê bikin

Ger qerisî Tubeya Lib bihelînin.
RSB-ya cemidî bi Tween 20-ê 10 hûrdeman li germahiya odeyê bihelînin. Heta bikar bînin di +4 °C de hilînin.
Du lûleyên mîkrosentrîfujê yên nû 1.5 mL bi vî rengî nîşan bikin:
- Yek boriyek "Dil" nîşan bikin (ji bo Pirtûkxaneya dilûkirî 1:100)
- Yek boriyek "Seq" nîşan bikin (ji bo amadekirina pirtûkxaneyê)

Instructions

495 μL ava MilliQ li Tîpa Dil zêde bikin.

Tuba Lib-ê bizivirînin û bi kurtî wê bizivirînin.
Bi destan 5 μL ji lûleya Lib berbi Dil Tube veguhezînin.
Tûleya Dil bizivirînin û bi kurtî bizivirînin.
20 μL RBS bi Tween 20 re li lûleya Seq zêde bikin.

Bi destan 20 μL ji lûleya Dil veguherîne lûleya Seq.
Tubeya Seqê bizivirînin û bi kurtî wê bizivirînin.
Tavilê bidomînin 2.5 Hucreya herikînê û Pirtûkxaneya Olink®-ê li kartona reagentê bar bikin. BİXWÎNE: Di bûyera dubarekirina potansiyel de lûle(yên) Lib di -20 °C de hilînin.

Hucreya herikînê û Pirtûkxaneya Olink® li kartona reagentê bar bikin
Di vê gavê de, hucreya herikînê û Pirtûkxaneya Olink-ê ya hûrkirî di nav kartolika reagentê ya şilkirî de têne barkirin.
Dîwanê amade bikin

1x Thawed NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagent Cartridge (100 çerx), di gava berê de hatî amadekirin

1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell, di gava berê de hatî amadekirin
Sex Tube (bi Kitêbxaneya Olink a dilşikestî-barkirî re), ku di gava berê de hatî amadekirin

Pipetta destan (100 μL)
Tîpa pîpetê (1 mL)

Kartolê amade bikin

Kartolê ji çenteyê pelika zîv derxin.
Kartrîcê deh caran bizivirînin da ku reagentên şilbûyî di hundurê de bi tevahî tevlihev bikin.

NOT: Normal e ku meriv hêmanên hundurîn bi çîngê bihise.

Hucreya herikînê di nav cerjorê de bar bikin

Dema ku hûn amade ne ku hucreya herikê di nav kartîkê de bar bikin, hucreya herikê ji pakêtê derxînin. Hucreya herikê bi tabloya gewr, bi etîketa li ser tabê ber bi jor ve bigire. Destikên nû yên bê toz bikar bînin da ku rûyê camê ya hucreya herikê qirêj nekin.
Hucreya herikînê têxe hêlîna hucreya herikînê ya li pêşiya kartolê. Bişkojkek bihîstî destnîşan dike ku hucreya herikînê rast hatiye danîn.
Bi kişandina wê tabloya gewr jê bikin.

Pirtûkxaneya Olink®-ê di nav kartîkê de bar bikin

Depoya Pirtûkxaneyê bi tîrêjek 1 ml ya pipetê ya paqij qul bikin.
20 μL Pirtûkxaneya Olink ji lûleya Seq li binê rezerva pirtûkxaneyê bar bikin.

Rêzkirina rêziknameya Olink® pêk bînin
Di vê gavê de, kartolê Buffer bi hucreya herikîna barkirî û Pirtûkxaneya Olink di NextSeq™ 2000-ê de tê barkirin, û xebata rêzkirinê bi karanîna rêça Olink dest pê dike.
Dîwanê amade bikin

1x Kartrîja Reagentê ya NextSeq™ 1000/2000 P2 (100 çerx) ku bi Hucreya Flow NextSeq™ 1000/2000 P2 û Pirtûkxaneya Olinkê ya hûrkirî ve hatî barkirin, ku di gava berê de hatî amadekirin.

Moda Run Veava bike

Ji pêşeka nermalava kontrolê, Mîhengan hilbijêrin.
Di bin Karûbarên BaseSpace Sequence Hub & Piştgiriya Proaktîf de, Sazkirina Rêvekirina Herêmî hilbijêrin.
Wekî mîhengên pêvek Tenê Piştgiriya Proaktîf hilbijêrin. Vê fonksiyonê pêwendiyek înternetê hewce dike.
Ji bo daneyên xwe Cihê Mêvandariyê hilbijêrin. Pêdivî ye ku cîhê mêvandariyê li herêma we an jî nêzî wê be.
Cihê Peldanka Derketinê ji bo daneya xav a heyî saz bikin. Hilbijêre Hilbijêre ku rêve bike û peldanka derketinê hilbijêrin.
Qutika Denature û Dilute On Board hilbijêrin da ku Pirtûkxaneya li ser amûrê bixweber were guheztin û rijandin.
Qutiya kontrolê ya Purge Reagent Cartridge hilbijêrin da ku reajansên ku nehatine bikar anîn bixweber li beşa reagentên xerckirî ya kartolê paqij bikin.
Ji bo nûvekirinên nermalavê bixweber kontrol bikin qutiya kontrolê ya Xweser ji bo nûvekirinên nermalavê hilbijêrin (vebijarkî). Vê fonksiyonê pêwendiyek înternetê hewce dike.
Hilbijêre Save.

Parametreyên xebitandinê saz bikin

NOT: Ev rêwerz ji bo guhertoya 1.4 ya nermalava kontrolê ya NextSeq™ 1000/2000 derbas dibe. Hin gavên ku li jêr têne diyar kirin dibe ku dema ku guhertoya v1.2 bikar tînin cûda bin

Ji pêşeka nermalava kontrolê, Destpêk hilbijêrin.
Hilbijêre Bi Destan Set Up New Run û Setup çap bike.
Di rûpela Run Setup de, pîvanên xebitandinê wekî jêrîn saz bikin:

Di qada Navê Rêvekirinê de, nasnameyek ceribandinek yekta binivîse.
Di navnîşa dakêşana Tîpa Xwendinê de, vebijarka Xwendina Yekane hilbijêrin.

Hejmara dewreyan wiha binivîsin:

- 1 bixwînin: 24
- Indeksa 1: 0
- Indeksa 2: 0
- 2 bixwînin: 0

NOT: Girîng e ku Read 1 li ser 24-ê were danîn, wekî din dê tevahiya xebitandinê têk bibe.
NOT: Dema ku hejmara dewreyan têkevin peyamên hişyariyê paşguh nekin.

Di navnîşa dakêşanê ya Custom Primer Wells de, hilbijêre Na.
Di qada Reçeteya Xweser (vebijarkî) de, Hilbijêre ku navîgasyon bike û XML-ya xwerû ya xwerû hilbijêrin file Olink_NSQ2K_P2_V1. Vekirî hilbijêre.

S îtxal nekinample Sheet.
Piştrast bike ku cîhê Peldanka Derketinê rast e. Wekî din, hilbijêrin Hilbijêre ku rêve bike û cîhê peldanka derketinê ya xwestî hilbijêrin.
Di qada Denature and Dilute Onboard de, ji navnîşa dakêşanê Enabled hilbijêrin.
Hilbijêre Prep.

Kartolê barkirî bar bikin

Hilbijêre Load. Vîzora amûrê vedibe û tepsî tê derxistin.

Kartrîja barkirî bi etîket ber bi jor û hucreya herikînê di hundurê amûrê de bixin ser tepsiyê.
Hilbijêre Close.
Dema ku kartol bi rêkûpêk hate barkirin, pîvanên xebitandinê verast bikin û Rêzgirtinê hilbijêrin. Amûr ji bo amûr û şilavan kontrolên pêşîn pêk tîne.
NOT: Di dema kontrolkirina fluidîkê de, tê çaverê kirin ku çend dengên rijandinê bibihîzin.
Piştrast bikin ku bazdan piştî ku kontrolên pêşdibistanê yên otomatîk qediyan (~ 15 hûrdem) dest pê dike. Demjimêra rêzkirinê bi qasî 10h30 hûrdem e.
NOT: Ji bo her têkçûnên kontrolê yên berî xebitandinê, serî li rêwerzên çêker bidin.
NOT: Hay ji xwe hebin ku hûn di dema rêzgirtinê de li NextSeq™ 2000-ê neherikin an bi rengek din aciz nebin. Amûr ji lerzîndan hesas e.

Qada xebatê paqij bikin.

Monitor Run Pêşveçûn
Olink NGS-ê wekî xwendinek bikar tîne da ku mîqdara rêzek naskirî binirxîne da ku giraniya proteînek diyarkirî di s de texmîn bike.amples (girêdayî samples). Qalîteya daneya ji her rêvekirina rêziknameya Explore-yê bi giranî ji hêla parametreyên QC-ya ku ji teknolojiya Olink-ê yekta ye ve tê destnîşankirin. Ji ber vê yekê, pîvanên kontrolkirina kalîteya standard ên ku di NGS-ya kevneşopî de têne bikar anîn, wekî Q-score, kêmtir krîtîk in.
Piştî bazdanê kartolê derxînin û bavêjin

GAZÎ: Di vê koma reagentan de kîmyewiyên potansiyel xeternak hene. Amûrên parastinê yên têr li xwe bikin û reagentên hatî bikar anîn li gorî standardên guncan bavêjin. Ji bo bêtir agahdarî, serî li Rêbernameya Pergalê ya Illumina NextSeq 1000 û 2000 (belge #1000000109376) bidin.

Dema ku xebitandin qediya, Eject Cartridge hilbijêrin.
NOT: Kartolê ku hatî bikar anîn tevî hucreya herikînê dikare heya gera din li cîh were hiştin, lê ji 3 rojan zêdetir nabe.

Kartolê ji tepsiyê derxînin.
Reagentan li gorî standardên bicîhkirî hilweşînin.
Hilbijêre Close Door. Tepsî ji nû ve tê barkirin.
Malê hilbijêrin da ku vegerin ser ekrana Destpêkê.
NOT: Ji ber ku kartol hemî mekanîzmayên xebitandina pergalê, û her weha depoyek ji bo berhevkirina reagentên hatî bikar anîn dihewîne, piştî xebitandinê hewcedariya şûştina amûrê tune.

Dîroka Revision

Awa	Rojek	Terîf
1.1	2022-11-01	1.2 Olink® Mydata bi Olink® NPX Explore veguherand. 2.2 Edited.
1.0	2021-12-01	Nşh

www.olink.com
Ji bo Lêkolînê Tenê Bikaranîna. Ne ji bo Bikaranîna Di Pêvajoyên Diagnostîkî de ye.
Ev hilber destûrnameyek ji bo karanîna ne-bazirganî ya hilberên Olink vedigire. Dibe ku bikarhênerên bazirganî lîsansên din hewce bikin. Ji kerema xwe ji bo hûrguliyan bi Olink Proteomics AB re têkilî daynin. Tu garantî tune, eşkere an jî têgihîştî, ku ji vê ravekirinê wêdetir be. Olink Proteomics AB ne berpirsiyar e ji ber zirara milk, zirara kesane, an zirara aborî ya ku ji hêla vê hilberê ve hatî çêkirin.

Nîşana bazirganî ya jêrîn xwediyê Olink Proteomics AB ye: Olink®.
Ev hilber ji hêla gelek patentan û serîlêdanên patentê yên ku li vir têne peyda kirin ve girêdayî ye https://www.olink.com/patents/.

© Copyright 2021 Olink Proteomics AB. Hemî nîşanên bazirganî yên sêyemîn milkê xwediyên wan ên têkildar in. Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Uppsala, Sweden 1193, v1.1, 2022-11-01