Olink NextSeq 550 Explore Sequencing User Manual

Olink® Explore minangka platform immunoassay multiplex kanggo panemuan biomarker protein manungsa. Prodhuk iki dimaksudaké kanggo Riset Mung Gunakake, lan ora digunakake ing prosedur diagnostik. Karya laboratorium mung kudu ditindakake dening staf laboratorium sing dilatih. Pangolahan data mung kudu ditindakake dening staf sing dilatih. Asil kasebut dimaksudake kanggo digunakake dening peneliti bebarengan karo temuan klinis utawa laboratorium liyane.

Babagan manual iki

Manual pangguna iki menehi instruksi sing dibutuhake kanggo ngurutake Olink® Explore Libraries ing Illumina® NextSeq™ 550. Pandhuan kasebut kudu ditindakake kanthi ketat lan eksplisit. Sembarang panyimpangan ing kabeh langkah laboratorium bisa nyebabake data cacat. Sadurunge miwiti alur kerja laboratorium, hubungi Olink® Explore Overview Manual pangguna kanggo introduksi menyang platform, kalebu informasi babagan reagen, peralatan lan dokumentasi sing dibutuhakeview saka alur kerja, uga pedoman laboratorium. Kanggo instruksi babagan cara mbukak Olink® Explore Reagent Kits, waca Manual pangguna Olink® Explore sing ditrapake. Kanggo pangolahan data lan analisis asil urutan Olink® Explore, waca Olink® NPX Explore User Manual. Kabeh merek dagang lan hak cipta sing ana ing materi iki minangka properti saka Olink® Proteomics AB, kajaba nyatakake.

Dhukungan teknis

Kanggo dhukungan teknis, hubungi Olink Proteomics ing support@olink.com.

Instruksi laboratorium

Bab iki menehi pitunjuk babagan carane ngurutake Pustaka Olink ing NextSeq™ 550 nggunakake NextSeq™ 500/550 High Output Kit v2.5 (75 Siklus). Protokol sing digunakake kanggo urutan minangka adaptasi saka alur kerja NGS standar Illumina® kanggo Illumina® NextSeq™ 550. Sadurunge nerusake urutan, priksa manawa kualitas Pustaka sing wis diresiki wis diverifikasi. Delengen Manual pangguna Olink Explore sing ditrapake kanggo instruksi babagan kontrol kualitas.

Rencanakake urutan urutan

Siji Pustaka Olink bisa diurutake saben sel aliran NextSeq™ 550 High Output lan saben roto. Jumlah sel aliran Output Dhuwur lan mlaku dibutuhake kanggo urutan beda Olink Explore Reagent Kits diterangake ing Tabel 1. Yen luwih saka siji roto dibutuhake, mbaleni instruksi diterangake ing manual iki.

Tabel 1. Sequencing run planning

Olink® Explore Reagen Kit	Jumlah Pustaka Olink	Jumlah sel aliran lan run (s)
Olink® Explore 384 Reagen Kit	1	1
Olink® Explore 4 x 384 Reagen Kit	4	4
Olink® Explore 1536 Reagen Kit	4	4
Olink® Jelajahi Kit Reagen Ekspansi	4	4
Olink® Explore 3072 Reagen Kit	8	8

Instal resep khusus Olink®

Sajrone langkah iki, resep khusus Olink® diinstal ing NextSeq™ 550. Langkah iki mung kudu dileksanakake sapisan, sadurunge Olink sequencing run dileksanakake kanggo pisanan.

CATETAN: Resep khusus Olink mung bisa digunakake karo NextSeq™ 500/550 High Output Kits lan NextSeq™ Control Software 4.0.

Unzip lan lebokake resep khusus Olink Olink_NSQ550_HighOutput_V1 ing folder ing ngisor iki saka instrumen NextSeq™ 550: C:\Program Files\Illumina\NextSeq Control Software\Recipe\Custom\High\.
Ing Kustomisasi Sistem> Ngatur Instrumen, aktifake Resep Kustom. Yen ora dipilih, opsi resep khusus ora bakal katon sajrone persiyapan roto.

CATETAN

Ing versi piranti lunak NCS 4.0, pilihan kanggo milih resep khusus mung bakal kedadeyan sawise kartrij reagen dimuat, ora ing kaca persiyapan sadurunge.

Run kudu disetel ing mode manual kanggo ngidini resep khusus.

Siapke reagen urutan

Sajrone langkah iki, kartrij reagen sing ngemot clustering lan reagen urutan dilebur lan sel aliran disiapake.

Siapke kartrid reagen

WARNING: Kartrid reagen ngemot bahan kimia sing bisa mbebayani. Nganggo peralatan pelindung sing nyukupi lan mbuwang reagen sing digunakake miturut standar sing ditrapake. Kanggo informasi luwih lengkap, waca Pandhuan Sistem Illumina NextSeq 550 (dokumen #15069765).

Siapke bangku

1x NextSeq™ 500/550 Kartrid Reagen Output Dhuwur v2 (75 siklus).

instruksi

Selehake kartrij reagen sing beku setengah dicelupake ing banyu tempered kamar lan ninggalake nganti 1 jam. Priksa manawa kabeh reagen reservoir saka cartridges wis rampung thawed.
- CATETAN: Kanggo penak, cairake kartrid sedina sadurunge lan simpen ing wayah wengi ing suhu 4 °C. Ing suhu iki, reagen stabil nganti seminggu.
Garing dasar kartrij kanthi sak tenane nganggo andhuk kertas lan copot segel foil garing nganggo tisu tanpa serat yen perlu.
Balikake kartrid kaping sepuluh kanggo nyampur sak tenane reagen thawed ing.
Tutul kartrid alon-alon ing bangku kanggo mbusak gelembung udara. Simpen kartrid ing suhu kamar yen bakal digunakake sajrone 4 jam.

Siapke sel aliran

Siapke bangku

1x NextSeq™ 500/550 Sel Aliran Output Dhuwur v2.5.

instruksi

Nggawa sel aliran sing didinginkan menyang suhu kamar nganti 30 menit.
Sijine sarung tangan bebas bubuk anyar (supaya ora kontaminasi lumahing kaca saka sel aliran).
Nalika siap kanggo mbukak sel aliran menyang instrument, mbusak sel aliran saka paket lan clamshell plastik.
Priksa sel aliran. Yen partikel utawa bledug katon ing samubarang lumahing kaca, ngresiki lumahing sing ditrapake nganggo lap alkohol isopropil bebas serat lan garing nganggo jaringan lab sing kurang serat.

Siapke Pustaka Olink® kanggo urutan

Sajrone langkah iki, pengenceran NaOH lan Tris-HCl disiapake, lan Perpustakaan Olink sing diresiki lan dikontrol kualitas diencerake lan didenaturasi kanthi langkah-langkah sing berurutan.

Siapke pengenceran NaOH

Pengenceran NaOH digunakake kanggo denaturasi Pustaka.

Siapke bangku

Stok NaOH 1 N
MilliQ banyu
1 x tabung mikrocentrifuge (1.5 mL)

Pipet manual (10-100 μL)
Filter pipette tips

Sadurunge sampeyan miwiti

Tandha ing tabung microcentrifuge "0.2 N NaOH".

instruksi

Siapkan pengenceran NaOH 0.2 N ing tabung NaOH 0.2 N miturut Tabel 2.
Vortex tabung NaOH 0.2 N sak tenane lan muter mudhun. Gunakake sajrone 12 jam.

Tabel 2. 0.2 N NaOH pengenceran

Reagen	Volume (μL)
MilliQ banyu	80
Stok NaOH 1 N	20

Siapke pengenceran Tris-HCl

Pengenceran Tris-HCl digunakake kanggo netralake Pustaka denaturasi.

Siapke bangku

1 M Tris-HCl pH 7.0 stok (Trizma® hydrochloride solution)
MilliQ banyu

1 x tabung mikrocentrifuge (1.5 mL)
Pipet manual (10-100 μL)
Filter pipette tips

Sadurunge sampeyan miwiti

Tandha tabung microcentrifuge "Tris-HCl"

instruksi

Siapke pengenceran Tris-HCl 200 mM ing Tabung Tris-HCl miturut Tabel 3.
Vortex Tris-HCl Tube sak tenane lan muter mudhun.

Tabel 3. 200 mM Tris-HCl dilution

Reagen	Volume (μL)
MilliQ banyu	80
Stok 1M Tris-HCl pH 7.0 (larutan hidroklorida Trizma®)	20

Encer Pustaka Olink®

Sajrone langkah iki, perpustakaan Olink sing diresiki lan dikontrol kualitas diencerke 1:33.

Siapke bangku

Lib Tube, disiapake miturut Manual pangguna Olink Explore sing ditrapake

MilliQ banyu
1 x tabung mikrocentrifuge (1.5 mL)
Pipet manual (0.5-10 lan 100-1000 μL)

Filter pipette tips

Sadurunge sampeyan miwiti

Thaw Tabung Lib yen beku.

Tandhani tabung microcentrifuge anyar: "Dil".

instruksi

Tambah 96 μL banyu MilliQ menyang Dil Tube.

Vortex Lib Tube lan muter mudhun sedhela.
Transfer 3 μL saka Lib Tube menyang Dil Tube.
Vortex Dil Tube lan muter mudhun sedhela.

CATETAN: Simpen Lib Tube (s) ing -20 °C ing cilik saka potensial maneh (s).

Denatur lan dilute Olink® Library menyang konsentrasi loading pungkasan

Sajrone langkah iki, Perpustakaan Olink sing diencerke didenaturasi lan diencerake nganti konsentrasi loading pungkasan.

Siapke bangku

Dil Tube, disiapake ing langkah sadurunge
0.2 N NaOH pengenceran, anyar disiapake ing langkah sadurunge
200 mM Tris-HCl (pH 7.0) pengenceran, disiapake ing langkah sadurunge

Hybridization buffer 1 (HT1) kalebu ing NextSeq™ Accessory Box v2
2x tabung mikrocentrifuge (1.5 mL lan 2 mL)
Pipet manual (0.5-10 lan 100-1000 μL)

Filter pipette tips

Sadurunge sampeyan miwiti

Cair buffer HT1 beku ing suhu kamar. Simpen ing +4 ° C nganti digunakake.

Tandhani tabung microcentrifuge 1.5 mL anyar: "Den" (kanggo Pustaka denaturasi).
Tandhani tabung microcentrifuge 2 mL anyar: "Seq" (kanggo siap mbukak Pustaka).

instruksi

Transfer 5 μL saka Dil Tube menyang Den Tube.
Tambah 5 μL NaOH 0.2 N menyang Den Tube.
Vortex Den Tube lan muter mudhun sedhela.

Inkubasi Den Tube kanggo 5 menit ing suhu kamar kanggo denaturasi Library.
Tambah 5 μL saka 200 mM Tris-HCl (pH 7.0) menyang Den Tube kanggo netralake reaksi kasebut.
Vortex Den Tube lan muter mudhun sedhela.

Tambahake 985 μL HT1 sing wis didinginake menyang Den Tube.
Vortex Den Tube lan muter mudhun sedhela. Tabung bisa disimpen ing +4 °C nganti digunakake (dina sing padha).
Transfer 205 μL saka Den Tube menyang Seq Tube.

Tambah 1095 μL HT1 sing wis didinginake menyang Seq Tube.
Walik Seq Tube kanggo nyampur reagen lan muter mudhun sedhela. Volume loading pungkasan yaiku 1.3 ml.
Langsung terus 2.5 Nindakake Olink® urutan roto.

Nindakake urutan urutan Olink®

Sajrone langkah iki, kartrij buffer, sel aliran lan kartrij reagen sing disiapake ngemot Perpustakaan Olink dimuat menyang NextSeq 550, lan urutan urutan diwiwiti nggunakake resep khusus Olink.

Siapke bangku

Seq Tube (karo siap kanggo mbukak Library), disiapake ing langkah sadurunge

1x NextSeq™ 500/550 High Output Reagent Cartridge v2, disiapake ing langkah sadurunge
1x NextSeq™ 500/550 High Output Flow Cell v2.5, disiapake ing langkah sadurunge
1x NextSeq™ 500/550 Buffer Cartridge v2 (75 siklus), ing suhu kamar

Setel paramèter runut urutan

Sajrone langkah iki, paramèter runtuting urutan dipilih ing NextSeq™ 550.

Ing layar Ngarep NextSeq™ 550, pilih Eksperimen.

Ing layar Pilih Assay, pilih Urutan.
Ing kaca Run Setup, pilih Mode run manual banjur Sabanjure.
Setel parameter run kaya ing ngisor iki:
- Ing kolom Run Name, ketik ID eksperimen unik.
- Ing kolom ID Pustaka, ketik ID Pustaka sing sampeyan lakoni (opsional).
- Ing lapangan Tipe Waca, pilih opsi Waca Tunggal.
- Ketik nomer siklus kaya ing ngisor iki:
  - Waca 1: 24
  - Indeks 1: 0
  - Indeks 2: 0
  - Waca 2: 0
  - PENTING: Penting yen Waca 1 disetel dadi 24, yen ora, kabeh roto bakal gagal.
- Tansah kothak centhang kanggo primisima khusus ora dipilih.
- Setel lokasi folder output kanggo data mentah mbukak saiki. Pilih Telusuri kanggo ngganti lokasi folder output.
Aja nyetel Sample Lembar.

Pilih Purge consumables kanggo run iki.
Pilih Sabanjure.

Muat sel aliran menyang NextSeq™ 550

Mbusak sel aliran digunakake saka roto sadurunge.
Selehake sel aliran disiapake anyar ing stage.
Pilih Muat. Lawang ditutup kanthi otomatis.

Nalika ID sel aliran katon ing layar lan sensor dicenthang ing werna ijo, pilih Sabanjure.

Kosongake wadhah reagen

WARNING: Set reagen iki ngemot bahan kimia sing bisa mbebayani. Nganggo peralatan pelindung sing nyukupi lan mbuwang reagen sing digunakake miturut standar sing ditrapake. Kanggo informasi luwih lengkap, waca Pandhuan Sistem Illumina NextSeq 550.

Bukak lawang kompartemen penyangga, copot wadhah reagen sing dibuwang saka kompartemen ngisor, lan mbuwang isi kasebut miturut standar sing ditrapake.

Geser wadhah reagen kosong bali menyang kompartemen buffer ngisor. Klik sing bisa dirungokake nuduhake manawa wadhah kasebut dipasang kanthi bener.

Muat kartrid buffer

Copot kartrij buffer bekas saka kompartemen buffer ndhuwur lan mbuwang isi kasebut miturut standar sing ditrapake.

Geser kartrid buffer anyar menyang kompartemen buffer ndhuwur. Klik sing bisa dirungokake nuduhake yen kartrid wis dipasang kanthi bener. Priksa manawa ID kartrij buffer katon ing layar lan sensor dicenthang nganggo warna ijo.
Nutup lawang kompartemen buffer banjur pilih Sabanjure.

Muat kartrid reagen

Bukak lawang kompartemen reagen, copot kartrij reagen sing digunakake, lan buang konten sing ora digunakake miturut standar sing ditrapake. Reservoir ing posisi 6 bisa dicopot kanggo nggampangake pembuangan sing aman.
Pierce segel saka reservoir # 10 labeled minangka "Muat Library Kene" karo resik 1 ml pipette tip.
Muat 1.3 mL Perpustakaan Olink saka Seq Tube menyang reservoir # 10 kanthi label "Muat Perpustakaan Kene".
Geser kartrid reagen anyar menyang kompartemen reagen lan tutup lawang kompartemen reagen.
Pilih Muat lan ngenteni ~ 30 detik nganti ID kartrij reagen katon ing layar lan sensor dicenthang kanthi warna ijo.
Saka dhaptar gulung-mudhun Resep, pilih opsi resep [Custom] "Olink_NSQ550_HighOutput_V1".
- PENTING: Priksa manawa resep khusus wis diinstal sadurunge ing piranti kasebut. Waca 2.2 Instal resep khusus Olink®.
Pilih Sabanjure.

Miwiti sequencing run

Konfirmasi paramèter roto ditampilake ing Review layar. Kanggo ngowahi parameter apa wae, penet Back kanggo bali menyang layar Run Setup.
Pilih Sabanjure. Run diwiwiti sawise mriksa pra-roto otomatis. Wektu mlaku urutan kira-kira 7h30 min.
PENTING: Pesthekake yen mbukak diwiwiti nalika mriksa pra-run otomatis wis rampung (~ 5 menit).
1. CATETANKanggo gagal mriksa sadurunge mbukak, waca pandhuan pabrikan.
2. CATETAN: Ati-ati supaya ora nabrak utawa ngganggu NextSeq™ 550 sajrone urutane. Instrumen kasebut sensitif marang getaran.
Ngresiki area kerja.
1. CATETAN: Nalika urutan urutan rampung, piranti lunak miwiti cuci otomatis sawise mlaku nggunakake solusi cuci sing kasedhiya ing kartrid buffer lan NaOCl sing kasedhiya ing kartrid reagen. Cuci iki njupuk kira-kira 90 menit. Tombol Ngarep dadi aktif yen wisuh rampung. Cartridges lan sel aliran sing digunakake bisa ditinggalake nganti mlaku sabanjure.

Monitor kemajuan run

Olink nggunakake NGS minangka wacan kanggo ngitung jumlah urutan sing dikawruhi supaya bisa ngira konsentrasi protein sing diwenehake ing s.amples (relatif karo liyane samples). Kualitas data saka saben Explore sequencing run utamané ditemtokake dening paramèter QC unik kanggo teknologi Olink. Mula, metrik kontrol kualitas standar sing digunakake ing NGS konvensional, kayata Q-skor, kurang kritis.

Riwayat revisi

Versi	Tanggal	Katrangan
1.2	2022-11-01	1.2 Ngganti Olink® Mydata karo Olink® NPX Explore. 2.4 Ditambahake 0.2 N kanggo Sadurunge miwiti.
1.1	2021-12-13	owah-owahan editorial
1.0	2021-12-01	Anyar

www.olink.com

Kanggo Riset Gunakake Mung. Ora kanggo Gunakake ing Prosedur Diagnostik.

Produk iki kalebu lisensi kanggo panggunaan non-komersial produk Olink. Pangguna komersial mbutuhake lisensi tambahan. Hubungi Olink Proteomics AB kanggo rincian. Ora ana jaminan, ditulis utawa diwenehake, sing ngluwihi katrangan iki. Olink Proteomics AB ora tanggung jawab kanggo karusakan property, bundhas pribadi, utawa mundhut ekonomi disebabake prodhuk iki. Merek dagang ing ngisor iki diduweni dening Olink Proteomics AB: Olink®. Produk iki dijamin dening sawetara paten lan aplikasi paten kasedhiya ing https://www.olink.com/patents/.

© Hak Cipta 2021 Olink Proteomics AB. Kabeh merek dagang pihak katelu minangka properti sing nduweni.
Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Uppsala, Swedia
1192, v1.2, 2022-11-01

Dokumen / Sumber Daya

Olink NextSeq 550 Explore Sequencing [pdf] Manual pangguna
NextSeq 550 Explore Sequencing, NextSeq 550, Explore Sequencing, Sequencing

Referensi

Manual pangguna

Olink NextSeq 550 Explore Sequencing

Cathetan dokumen

Pambuka

Instruksi laboratorium

Siapke kartrid reagen

Siapke sel aliran

Sadurunge sampeyan miwiti

Encer Pustaka Olink®

Denatur lan dilute Olink® Library menyang konsentrasi loading pungkasan

Nindakake urutan urutan Olink®

Kosongake wadhah reagen

Riwayat revisi

Dokumen / Sumber Daya

Referensi

Ninggalake komentar

Batal balesan