Olink NextSeq 550 Su'esu'e Fa'asologa
Fa'amatalaga pepa
O le Olink® Explore User manual, doc nr 1153, ua le toe aoga, ma ua suia i pepa nei:
- Olink® Su'esu'e I lugaview Tusi Taiala, doc nr 1187
- Olink® Explore 384 User Manual, doc nr 1188
- Olink® Su'esu'e 4 x 384 Tusi Taiala, doc nr 1189
- Olink® Explore 1536 & Expansion User Manual, doc nr 1190
- Olink® Explore 3072 User Manual, doc nr 1191
- Olink® Explore Sequencing e fa'aaoga ai le NextSeq 550 User Manual, doc nr 1192
- Olink® Explore Sequencing e fa'aaoga ai le NextSeq 2000 User Manual, doc nr 1193
- Olink® Su'esu'e Fa'asologa e fa'aaoga ai le NovaSeq 6000 User Manual, doc nr 1194
Folasaga
Fa'aaogā fa'amoemoe
Olink® Explore ose multix immunoassay platform mo le su'esu'eina o meaola fa'aola ole polotini a le tagata. O le oloa e fa'amoemoe mo su'esu'ega na'o le fa'aoga, ae le mo le fa'aogaina i faiga fa'ata'ita'iga. O galuega su'esu'e e na'o tagata faigaluega su'esu'e ua a'oa'oina. E na'o le aufaigaluega ua a'oa'oina le fa'agaioiina o fa'amaumauga. O fa'ai'uga e fa'atatau e fa'aoga e tagata su'esu'e fa'atasi ma isi su'esu'ega ile falema'i po'o su'esu'ega.
E uiga i lenei tusi lesona
O lenei Tusi Taiala e tu'uina atu ai fa'atonuga e mana'omia e fa'asologa ai le Olink® Explore Libraries i le Illumina® NextSeq™ 550. O fa'atonuga e tatau ona mulimulita'ia ma le manino. So'o se 'ese'ese i la'asaga uma ile falesu'esu'e e ono fa'aletonu fa'amaumauga. A'o le'i amataina le galuega su'esu'e, fa'afeso'ota'i le Olink® Explore Overview User Manual mo se folasaga i le tulaga, e aofia ai faʻamatalaga e uiga i reagents, meafaigaluega ma faʻamaumauga e manaʻomia, faʻamutainaview o le fa'asologa o galuega, fa'apea fo'i ta'iala mo falesu'esu'e. Mo fa'atonuga ile faiga ole Olink® Explore Reagent Kits, tagai ile Olink® Explore User Manual. Mo faʻamatalaga faʻamaumauga ma auʻiliʻiliga o le Olink® Explore sequence results, tagai ile Olink® NPX Explore User Manual. O fa'ailoga uma ma puletaofia o lo'o i totonu o lenei mea o mea ia a Olink® Proteomics AB, se'i vagana ua ta'ua.
Fesoasoani fa'apitoa
Mo fesoasoani fa'apitoa, fa'afeso'ota'i le Olink proteomics ile support@olink.com.
Fa'atonuga a le fale su'esu'e
O lenei mataupu o loʻo tuʻuina atu ai faʻatonuga ile faʻasologa o Olink Libraries ile NextSeq™ 550 e faʻaaoga ai le NextSeq™ 500/550 High Output Kit v2.5 (75 Cycles). O le faʻasalalauga faʻaaogaina mo le faʻasologa o se fetuutuunaiga o le Illumina® standard NGS workflow mo Illumina® NextSeq ™ 550. Aʻo leʻi faʻagasolo i le faʻasologa, ia mautinoa ua faʻamaonia le tulaga lelei o le Faletusi mama. Va'ai ile Olink Explore User Manual mo fa'atonuga e uiga ile fa'atonuga lelei.
Fuafua le faasologa o le faasologa
E tasi le Faletusi o Olink e mafai ona fa'asologa i le NextSeq™ 550 High Output flow cell ma le ta'avale. Ole numera ole High Output flow cell ma tamo'e e mana'omia e fa'asologa ai Olink Explore Reagent Kits o lo'o fa'amatalaina ile Siata 1. Afai e sili atu ma le tasi le ta'avale, toe fai fa'atonuga o lo'o fa'amatalaina i lenei tusi lesona.
Fuafuaga 1. Fa'asologa o le fa'asologa o fuafuaga
Olink® Su'esu'e Reagent Kit | Numera o Olink Libraries | Numera o sela (s) tafe ma ta'e(s) |
Olink® Su'esu'e 384 Reagent Kit | 1 | 1 |
Olink® Su'esu'e 4 x 384 Reagent Kit | 4 | 4 |
Olink® Su'esu'e 1536 Reagent Kit | 4 | 4 |
Olink® Su'esu'e Fa'alautele Reagent Kit | 4 | 4 |
Olink® Su'esu'e 3072 Reagent Kit | 8 | 8 |
Fa'apipi'i le fua masani a le Olink®
I le taimi o lenei laasaga, o le Olink® custom recipe ua faʻapipiʻiina i luga o le NextSeq™ 550. O lenei laasaga e naʻo le tasi e manaʻomia, aʻo leʻi faia se Olink sequencing run mo le taimi muamua.
FAAMANATU: Ole fua masani ole Olink ole a na'o le NextSeq™ 500/550 High Output Kits ma le NextSeq™ Control Software 4.0.
- Tatala ma tuu le fua masani a Olink Olink_NSQ550_HighOutput_V1 i le pusa o loʻo i lalo o le meafaigaluega NextSeq™ 550: C:\Program Files\Illumina\NextSeq Control Software\Recipe\Custom\High\.
- I lalo o Faiga Fa'apitoa> Pulea Meafaigaluega, fa'aagaina Fa'ailoga Fa'apitoa. Afai e le filifilia, o le a le aliali mai le filifiliga o fua masani i le taimi o le seti o le taʻavale.
FAAMANATU
- I le NCS 4.0 software version, o le filifiliga e filifili ai se fua fa'aaganu'u na'o le mea e tupu pe a uma ona utaina le kesi reagent, ae le o le itulau seti muamua.
- E tatau ona seti le tamo'e i le faiga tusi lesona e fa'ataga ai fua masani.
Sauni sequencing reagents
I le laasaga lea, o le pusa faʻafefete o loʻo i ai faʻapipiʻi ma faʻasologa faʻasolosolo e faʻafefe ma saunia le sela tafe.
Sauni kesi fa'ama'i
LAPATAIGA: O lo'o i ai i totonu o le kesi fa'a'ave'ese vaila'au e ono lamatia ai. Fa'aofu ia lava mea e puipui ai ma lafoa'i mea fa'aoga fa'aaoga e tusa ai ma tulaga fa'atatau. Mo nisi fa'amatalaga, va'ai ile Illumina NextSeq 550 System Guide (pepa #15069765).
Sauni nofoa
- 1x NextSeq™ 500/550 High Output Reagent Cartridge v2 (75 taamilosaga).
Faatonuga
- Tu'u le pusa fa'a'aisa fa'a'aisa fa'ato'a fa'alolo i totonu o le vai fa'afefete ma fa'amalie mo le 1 itula. Ia mautinoa ua fa'amuta atoa uma fa'atanoa reagent o kesi.
- FAAMANATU: Mo le fa'afaigofie, fa'asusu le kesi i le aso na muamua atu ma teu i le po i le 4 °C. I lenei vevela, e fa'amautu mea fa'afoliga e o'o i le vaiaso e tasi.
- Fa'amago mae'ae'a le fa'avae o le kesi i se solo pepa ma solo le fa'amaufa'ailoga pepa fa'amago i se mea e leai se lint pe a mana'omia.
- Su'e fa'asefulu taimi e fa'afefiloi lelei ai mea fa'afefete i totonu.
- Oomi malie le kesi i luga o le nofoa e aveese ai le ea. Teu le kesi i le vevela o le potu pe a faʻaaogaina i totonu ole 4 itula.
Saunia sela tafe
Sauni nofoa
- 1x NextSeq™ 500/550 High Output Flow Cell v2.5.
Faatonuga
- Aumai le sela fa'a'aisa i le vevela potu mo le 30 minute.
- Fa'amau ni totigilima fou e leai se pa'u (ina ia 'alofia le fa'aleagaina o le mata tioata o le sela tafe).
- A sauni e uta le sela tafe i totonu o le meafaigaluega, aveese le sela tafe mai le afifi ma le atigi palasitika.
- Su'esu'e le sela tafe. Afai o lo'o iloa atu se matā'ele po'o le pefu i luga o so'o se mata tioata, fa'amama le mea fa'atatau ile solo ole isopropyl alcohol e leai se lint ma fa'amago i se mea e maualalo le lint lab tissue.
Saunia le Faletusi Olink® mo le fa'asologa
I le taimi o lenei laʻasaga, ua saunia faʻafefeteina NaOH ma Tris-HCl, ma o le Olink Library faʻamamaina ma le lelei o loʻo pulea ma faʻafefeteina i laasaga faʻasolosolo.
Sauni le fa'afefeteina o le NaOH
- O lo'o fa'aaogaina le fa'amamafa o le NaOH e fa'au'u ai le Faletusi.
Sauni nofoa
- 1 N NaOH fa'asoa
- MiliQ vai
- 1x paipa Microcentrifuge (1.5 mL)
- paipa tusilima (10–100 μL)
- Fa'amama fa'utu'uga paipa
Ae e te le'i amataina
- Faailoga le microcentrifuge tube “0.2 N NaOH”.
Faatonuga
- Saunia se fa'afefeteina 0.2 N NaOH ile 0.2 N NaOH Tube e tusa ai ma le Siata 2.
- Vortex le 0.2 N NaOH Tube ma vili i lalo. Fa'aaoga i totonu ole 12 itula.
Laulau 2. 0.2 N NaOH dilution
Reagent | Volume (μL) |
MiliQ vai | 80 |
1 N NaOH fa'asoa | 20 |
Saunia Tris-HCl dilution
- O le Tris-HCl dilution o loʻo faʻaaogaina e faʻafefe ai le Faletusi ua faʻaleagaina.
Sauni nofoa
- 1 M Tris-HCl pH 7.0 fa'asoa (Trizma® hydrochloride solution)
- MiliQ vai
- 1x paipa Microcentrifuge (1.5 mL)
- paipa tusilima (10–100 μL)
- Fa'amama fa'utu'uga paipa
Ae e te le'i amataina
- Faailoga le paipa microcentrifuge “Tris-HCl”
Faatonuga
- Saunia se 200 mM Tris-HCl dilution i le Tris-HCl Tube e tusa ai ma le Siata 3.
- Vortex le Tris-HCl Tube ma vili i lalo.
Laulau 3. 200 mM Tris-HCl dilution
Reagent | Volume (μL) |
MiliQ vai | 80 |
1M Tris-HCl pH 7.0 fa'asoa (Trizma® hydrochloride solution) | 20 |
Fa'amama faletusi Olink®
- I le taimi o lenei laasaga, o le faʻamamaina ma le lelei o le Olink Library e faʻafefeteina 1:33.
Sauni nofoa
- Lib Tube, saunia e tusa ai ma le Olink Explore User Manual
- MiliQ vai
- 1x paipa Microcentrifuge (1.5 mL)
- Paipa tusi (0.5–10 ma le 100–1000 μL)
- Fa'amama fa'utu'uga paipa
Ae e te le'i amataina
- Fa'amalo le Lip Tube pe a aisa.
- Faailoga le paipa microcentrifuge fou: "Dil".
Faatonuga
- Faaopopo le 96 μL o le MilliQ vai i le Dil Tube.
- Vortex le Lib Tube ma vili i lalo puupuu.
- Faʻafeiloaʻi le 3 μL mai le Lib Tube i le Dil Tube.
- Vortex le Dil Tube ma vili i lalo puupuu.
FAAMANATU: Teu le Lip Tube(s) i le -20 °C i le tulaga e ono toe fa'aaoga.
Fa'asa'o ma fa'asusu le Faletusi Olink® i le fa'atonuga mulimuli o uta
I le taimi o lenei laasaga, o le Olink Library ua faʻafefeteina ua faʻamavaeina ma faʻaopopo atili i le faʻatonuga o uta mulimuli.
Sauni nofoa
- Dil Tube, saunia i le laasaga muamua
- 0.2 N NaOH dilution, fou saunia i le laasaga muamua
- 200 mM Tris-HCl (pH 7.0) dilution, saunia i le laasaga muamua
- Fa'asao fa'apalapala 1 (HT1) o lo'o aofia i le NextSeq™ Accessory Box v2
- 2x Microcentrifuge paipa (1.5 mL ma le 2 mL)
- Paipa tusi (0.5–10 ma le 100–1000 μL)
- Fa'amama fa'utu'uga paipa
Ae e te le'i amataina
- Fa'amalo le fa'a'aisa HT1 pa'u ile vevela ole potu. Teu i le +4 °C se'ia fa'aoga.
- Faailoga le paipa microcentrifuge fou 1.5 mL: “Den” (mo le Faletusi ua fa'amuta).
- Faailoga le 2 mL microcentrifuge tube fou: "Seq" (mo le sauni e utaina le Faletusi).
Faatonuga
- Faʻafeiloaʻi le 5 μL mai le Dil Tube i le Den Tube.
- Faaopopo le 5 μL o le 0.2 N NaOH i le Den Tube.
- Vortex le Den Tube ma vili i lalo puupuu.
- Fa'a'u le Den Tube mo le 5 minute i le vevela o le potu e fa'au'u ai le Faletusi.
- Faaopopo le 5 μL o le 200 mM Tris-HCl (pH 7.0) i le Den Tube e faʻaitiitia ai le gaioiga.
- Vortex le Den Tube ma vili i lalo puupuu.
- Fa'aopoopo le 985 μL o le HT1 fa'amalo i le Den Tube.
- Vortex le Den Tube ma vili i lalo puupuu. E mafai ona teuina le paipa ile +4 °C se'ia fa'aoga (le aso lava e tasi).
- Faʻafeiloaʻi le 205 μL mai le Den Tube i le Seq Tube.
- Faaopopo le 1095 μL o le HT1 mua'i malulu i le Seq Tube.
- Su'e le Seq Tube e fa'afefiloi ai mea fa'afofo ma vili i lalo mo sina taimi. O le voluma uta mulimuli e 1.3 mL.
- Fa'aauau pea ile 2.5 Fa'atino ole fa'asologa ole Olink®.
Fa'atino le fa'asologa o le Olink®
I le taimi o lenei laasaga, o le pusa faʻapipiʻi, o le tafe o le cell ma le kesi reagent ua saunia o loʻo i ai le Olink Library o loʻo faʻapipiʻiina i le NextSeq 550, ma amata ai le faʻasologa o le faʻaogaina o le fua masani a Olink.
Sauni nofoa
- Seq Tube (ma sauni e utaina le Faletusi), saunia i le laasaga muamua
- 1x NextSeq™ 500/550 High Output Reagent Cartridge v2, saunia i le laasaga muamua
- 1x NextSeq™ 500/550 High Output Flow Cell v2.5, saunia i le laasaga muamua
- 1x NextSeq™ 500/550 Buffer Cartridge v2 (75 taamilosaga), i le vevela o le potu
Seti sequencing run parameters
I lenei laasaga, o le faʻasologa o taʻaloga e filifilia i le NextSeq™ 550.
- I le NextSeq™ 550 Home screen, filifili Fa'ata'ita'i.
- I luga o le Select Assay screen, filifili Sequence.
- I le Run Setup itulau, filifili le Manual run mode ona sosoo ai lea ma le Next.
- Seti le ta'avale ta'avale e pei ona ta'ua i lalo:
- I le Run Name field, ulufale i se ID fa'ata'ita'iga tulaga ese.
- I totonu o le Faletusi ID fanua, ulufale i le ID o le Faletusi o loʻo e tamoe (filifiliga).
- I le Ituaiga Faitau fanua, filifili le filifiliga Faitau Tasi.
- Tu'u le numera o ta'amilosaga fa'apea:
- Faitau 1: 24
- Fa'asinomaga 1: 0
- Fa'asinomaga 2: 0
- Faitau 2: 0
- TAUA: E taua tele le Faitau 1 e seti i le 24, a leai o le a le manuia le tamoe atoa.
- Taofi le pusa fa'ailoga mo fa'ailoga masani e le'i filifilia.
- Seti le nofoaga o lo'o maua ai le faila mo fa'amaumauga mata'utia o lo'o iai nei. Filifili Su'esu'e e sui ai le nofoaga o lo'o i ai le faila.
- Aua le setiina se Sample Pepa.
- Filifili fa'amama mea fa'aaoga mo lenei tamo'e.
- Filifili le Next.
Tu'u le sela i le NextSeq™ 550
- Aveese le sela fa'aoga fa'aoga mai le ta'avale muamua.
- Tuu le sela fou ua saunia i luga o le stage.
- Filifili uta. E otometi lava ona tapuni le faitotoa.
- A aliali mai le ID cell flow i luga o le lau ma siaki le masini i le lanu meamata, filifili le Next.
Fa'amama le koneteina reagent
LAPATAIGA: O lenei seti o reagents o lo'o i ai ni vaila'au mata'utia. Fa'aofu ia lava mea e puipui ai ma lafoa'i mea fa'aoga fa'aaoga e tusa ai ma tulaga fa'atatau. Mo nisi faʻamatalaga, vaʻai ile Illumina NextSeq 550 System Guide.
- Tatala le faitotoa o le vaega puipui, aveese le pusa reagents ua faaalu mai le vaega pito i lalo, ma lafoai mea e tusa ai ma tulaga faatonuina talafeagai.
- Toe fa'asolo le koneteina gaogao i totonu o le vaega pito i lalo. O se kiliki fa'alogo e ta'u mai ai ua sa'o le tu'u o le koneteina.
U'u pusa pa'u
- Ave'ese le pusa fa'aoga fa'aoga mai le pito i luga o le pusa fa'apolopolo ma lafoa'i mea e tusa ai ma tulaga fa'atatau.
- Fa'ase'e se pusa pa'u fou i totonu o le vaega pito i luga. O se kiliki fa'alogo e ta'u mai ai o lo'o sa'o le tu'u o le kesi. Ia mautinoa o loʻo faʻaalia le ID pusa paʻu i luga o le lau ma o loʻo siaki le masini i le lanu meamata.
- Tapuni le faitoto'a o le vaega pa'u ma filifili le Next.
U'u le kesi fa'a'ave'ese
- Tatala le faitoto'a o le vaega o le reagent, aveese le kesi fa'aaogaina, ma tia'i mea e le'i fa'aaogaina e tusa ai ma tulaga fa'atatau. O le faatanoa i le tulaga 6 e mafai ona aveese e faafaigofie ai le lafoaia saogalemu.
- Tu'i le fa'amaufa'ailoga o le faatanoa #10 ua fa'ailogaina o le "Load Library Here" fa'atasi ai ma se pito mama 1 mL paipa.
- La'u le 1.3 mL le Olink Library mai le Seq Tube i le faatanoa #10 ua faaigoaina o le “Load Library Here”.
- Fa'ase'e le kesi fa'afofoga fou i totonu o le vaega fa'afofoga ma tapuni le faitoto'a o le vaega fa'afofoga.
- Filifili Uta ma faʻatali mo ~ 30 sekone seʻia oʻo ina faʻaalia le ID kalama reagent i luga o le lau ma siaki le masini i le lanu meamata.
- Mai le lisi o mea'ai, filifili le filifiliga fua [Custom] "Olink_NSQ550_HighOutput_V1".
- TAUA: Ia mautinoa sa fa'apipi'i muamua le fua fa'aaganu'u i totonu o le meafaigaluega. Va'ai ile 2.2 Fa'apipi'i le fua fa'apitoa ole Olink®.
- Filifili le Next.
- Faʻamaonia le taʻavale taʻavale o loʻo faʻaalia i le Review lau. Ina ia fa'asa'o so'o se tapula'a, fetaomi i tua e toe fo'i i le mata o le Fa'atonu Fa'agasolo.
- Filifili le Next. E amata le tamo'e pe a uma le siaki otometi a'o le'i ta'e. Ole taimi ole fa'asologa ole taimi e tusa ole 7h30 min.
- TAUA: Ia mautinoa e amata le tamo'e pe a mae'a le siaki otometi muamua (~5 minute).
- FAAMANATUMo so'o se fa'aletonu siaki a'o le'i ta'e, va'ai ile fa'atonuga a le gaosi oloa.
- FAAMANATU: Fa'aeteete 'aua ne'i oso i totonu pe fa'alavelaveina le NextSeq™ 550 a'o fa'agasolo le fa'asologa. O le meafaigaluega e maaleale i tetete.
- Fa'amama le nofoaga faigaluega.
- FAAMANATU: A mae'a le fa'asologa o le fa'asologa, ona amata loa lea e le polokalama se ta'ele'ele fa'auma e fa'aaoga ai vaifofo fufulu o lo'o tu'uina atu i totonu o le pusa pa'u ma le NaOCl o lo'o tu'uina atu i totonu o le kesi fa'afofoga. O lenei fufuluga e tusa ma le 90 minute. O le fa'amau o le Home e fa'agaoioia pe a mae'a le fufulu. E mafai ona tu'u pea pusa fa'aoga ma sela fa'agasolo se'ia o'o i le isi ta'aloga.
Mata'ituina le alualu i luma o le ta'avale
Olink e faʻaaoga le NGS e fai ma faitau e faʻatatau le aofaʻi o se faʻasologa iloa ina ia mafai ai ona faʻatusatusa le faʻaogaina o se porotini tuʻuina i le s.amples (faatatau i isi samples). O le lelei o fa'amaumauga mai fa'asologa fa'asologa o Su'esu'e ta'itasi e fa'amautu e fa'amaufa'ailoga QC fa'apitoa ile tekonolosi a Olink. O le mea lea, o fua fa'atatau o le lelei o lo'o fa'aaogaina i NGS masani, e pei o le Q-score, e le taua tele.
Toe iloilo tala'aga
Fa'aliliuga | Aso | Fa'amatalaga |
1.2 | 2022-11-01 | 1.2 Suia Olink® Mydata ma le Olink® NPX Explore.
2.4 Fa'aopoopo le 0.2 N ile Ae e te le'i amataina. |
1.1 | 2021-12-13 | Suiga faatonu |
1.0 | 2021-12-01 | Fou |
Mo Na'o Su'esu'ega Fa'aaogā. E le mo le Fa'aaogaina i Faiga Fa'ata'ita'iga.
O lenei oloa e aofia ai se laisene mo le fa'aogaina e le fa'apisinisi o oloa Olink. E ono mana'omia e tagata fa'apisinisi ni laisene fa'aopoopo. Fa'amolemole fa'afeso'ota'i le Olink proteomics AB mo fa'amatalaga. E leai ni fa'amaoniga, fa'aalia pe fa'aalia, e fa'alautele atu i tua atu o lenei fa'amatalaga. Olink Proteomics AB e le noatia mo le faaleagaina o meatotino, manu'a a le tagata lava ia, poʻo le gau o le tamaoaiga e mafua mai i lenei oloa. O le fa'ailoga o lo'o mulimuli mai o lo'o umia e Olink Proteomics AB: Olink®. O lenei oloa e ufiufi e le tele o pateni ma talosaga pateni o loʻo maua i https://www.olink.com/patents/.
© Puletaofia 2021 Olink proteomics AB. O fa'ailoga tau fefa'ataua'iga uma a isi vaega o mea totino a latou tagata e ona.
Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Uppsala, Suetena
1192, v1.2, 2022-11-01
Pepa / Punaoa
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Olink NextSeq 550 Su'esu'e Fa'asologa [pdf] Tusi Taiala NextSeq 550 Su'esu'e Fa'asologa, NextSeq 550, Su'esu'e Fa'asologa, Fa'asologa |