Olink-lo0go

Olink NextSeq 550 Su'esu'e Fa'asologa

Olink-NextSeq-550-Su'esu'e-Sequencing-oloa

Fa'amatalaga pepa

O le Olink® Explore User manual, doc nr 1153, ua le toe aoga, ma ua suia i pepa nei:

  • Olink® Su'esu'e I lugaview Tusi Taiala, doc nr 1187
  • Olink® Explore 384 User Manual, doc nr 1188
  • Olink® Su'esu'e 4 x 384 Tusi Taiala, doc nr 1189
  • Olink® Explore 1536 & Expansion User Manual, doc nr 1190
  • Olink® Explore 3072 User Manual, doc nr 1191
  • Olink® Explore Sequencing e fa'aaoga ai le NextSeq 550 User Manual, doc nr 1192
  • Olink® Explore Sequencing e fa'aaoga ai le NextSeq 2000 User Manual, doc nr 1193
  • Olink® Su'esu'e Fa'asologa e fa'aaoga ai le NovaSeq 6000 User Manual, doc nr 1194

Folasaga

Fa'aaogā fa'amoemoe

Olink® Explore ose multix immunoassay platform mo le su'esu'eina o meaola fa'aola ole polotini a le tagata. O le oloa e fa'amoemoe mo su'esu'ega na'o le fa'aoga, ae le mo le fa'aogaina i faiga fa'ata'ita'iga. O galuega su'esu'e e na'o tagata faigaluega su'esu'e ua a'oa'oina. E na'o le aufaigaluega ua a'oa'oina le fa'agaioiina o fa'amaumauga. O fa'ai'uga e fa'atatau e fa'aoga e tagata su'esu'e fa'atasi ma isi su'esu'ega ile falema'i po'o su'esu'ega.

E uiga i lenei tusi lesona

O lenei Tusi Taiala e tu'uina atu ai fa'atonuga e mana'omia e fa'asologa ai le Olink® Explore Libraries i le Illumina® NextSeq™ 550. O fa'atonuga e tatau ona mulimulita'ia ma le manino. So'o se 'ese'ese i la'asaga uma ile falesu'esu'e e ono fa'aletonu fa'amaumauga. A'o le'i amataina le galuega su'esu'e, fa'afeso'ota'i le Olink® Explore Overview User Manual mo se folasaga i le tulaga, e aofia ai faʻamatalaga e uiga i reagents, meafaigaluega ma faʻamaumauga e manaʻomia, faʻamutainaview o le fa'asologa o galuega, fa'apea fo'i ta'iala mo falesu'esu'e. Mo fa'atonuga ile faiga ole Olink® Explore Reagent Kits, tagai ile Olink® Explore User Manual. Mo faʻamatalaga faʻamaumauga ma auʻiliʻiliga o le Olink® Explore sequence results, tagai ile Olink® NPX Explore User Manual. O fa'ailoga uma ma puletaofia o lo'o i totonu o lenei mea o mea ia a Olink® Proteomics AB, se'i vagana ua ta'ua.

Fesoasoani fa'apitoa

Mo fesoasoani fa'apitoa, fa'afeso'ota'i le Olink proteomics ile support@olink.com.

Fa'atonuga a le fale su'esu'e

O lenei mataupu o loʻo tuʻuina atu ai faʻatonuga ile faʻasologa o Olink Libraries ile NextSeq™ 550 e faʻaaoga ai le NextSeq™ 500/550 High Output Kit v2.5 (75 Cycles). O le faʻasalalauga faʻaaogaina mo le faʻasologa o se fetuutuunaiga o le Illumina® standard NGS workflow mo Illumina® NextSeq ™ 550. Aʻo leʻi faʻagasolo i le faʻasologa, ia mautinoa ua faʻamaonia le tulaga lelei o le Faletusi mama. Va'ai ile Olink Explore User Manual mo fa'atonuga e uiga ile fa'atonuga lelei.

Fuafua le faasologa o le faasologa

E tasi le Faletusi o Olink e mafai ona fa'asologa i le NextSeq™ 550 High Output flow cell ma le ta'avale. Ole numera ole High Output flow cell ma tamo'e e mana'omia e fa'asologa ai Olink Explore Reagent Kits o lo'o fa'amatalaina ile Siata 1. Afai e sili atu ma le tasi le ta'avale, toe fai fa'atonuga o lo'o fa'amatalaina i lenei tusi lesona.

Fuafuaga 1. Fa'asologa o le fa'asologa o fuafuaga

Olink® Su'esu'e Reagent Kit Numera o Olink Libraries Numera o sela (s) tafe ma ta'e(s)
Olink® Su'esu'e 384 Reagent Kit 1 1
Olink® Su'esu'e 4 x 384 Reagent Kit 4 4
Olink® Su'esu'e 1536 Reagent Kit 4 4
Olink® Su'esu'e Fa'alautele Reagent Kit 4 4
Olink® Su'esu'e 3072 Reagent Kit 8 8

Fa'apipi'i le fua masani a le Olink®

I le taimi o lenei laasaga, o le Olink® custom recipe ua faʻapipiʻiina i luga o le NextSeq™ 550. O lenei laasaga e naʻo le tasi e manaʻomia, aʻo leʻi faia se Olink sequencing run mo le taimi muamua.

FAAMANATU: Ole fua masani ole Olink ole a na'o le NextSeq™ 500/550 High Output Kits ma le NextSeq™ Control Software 4.0.

  1. Tatala ma tuu le fua masani a Olink Olink_NSQ550_HighOutput_V1 i le pusa o loʻo i lalo o le meafaigaluega NextSeq™ 550: C:\Program Files\Illumina\NextSeq Control Software\Recipe\Custom\High\.
  2. I lalo o Faiga Fa'apitoa> Pulea Meafaigaluega, fa'aagaina Fa'ailoga Fa'apitoa. Afai e le filifilia, o le a le aliali mai le filifiliga o fua masani i le taimi o le seti o le taʻavale.

FAAMANATU

  • I le NCS 4.0 software version, o le filifiliga e filifili ai se fua fa'aaganu'u na'o le mea e tupu pe a uma ona utaina le kesi reagent, ae le o le itulau seti muamua.
  • E tatau ona seti le tamo'e i le faiga tusi lesona e fa'ataga ai fua masani.

Sauni sequencing reagents

I le laasaga lea, o le pusa faʻafefete o loʻo i ai faʻapipiʻi ma faʻasologa faʻasolosolo e faʻafefe ma saunia le sela tafe.

Sauni kesi fa'ama'i

LAPATAIGA: O lo'o i ai i totonu o le kesi fa'a'ave'ese vaila'au e ono lamatia ai. Fa'aofu ia lava mea e puipui ai ma lafoa'i mea fa'aoga fa'aaoga e tusa ai ma tulaga fa'atatau. Mo nisi fa'amatalaga, va'ai ile Illumina NextSeq 550 System Guide (pepa #15069765).

Sauni nofoa

  • 1x NextSeq™ 500/550 High Output Reagent Cartridge v2 (75 taamilosaga).

Faatonuga

  1. Tu'u le pusa fa'a'aisa fa'a'aisa fa'ato'a fa'alolo i totonu o le vai fa'afefete ma fa'amalie mo le 1 itula. Ia mautinoa ua fa'amuta atoa uma fa'atanoa reagent o kesi.
    • FAAMANATU: Mo le fa'afaigofie, fa'asusu le kesi i le aso na muamua atu ma teu i le po i le 4 °C. I lenei vevela, e fa'amautu mea fa'afoliga e o'o i le vaiaso e tasi.
  2. Fa'amago mae'ae'a le fa'avae o le kesi i se solo pepa ma solo le fa'amaufa'ailoga pepa fa'amago i se mea e leai se lint pe a mana'omia.
  3. Su'e fa'asefulu taimi e fa'afefiloi lelei ai mea fa'afefete i totonu.
  4. Oomi malie le kesi i luga o le nofoa e aveese ai le ea. Teu le kesi i le vevela o le potu pe a faʻaaogaina i totonu ole 4 itula.
Saunia sela tafe

Sauni nofoa

  • 1x NextSeq™ 500/550 High Output Flow Cell v2.5.

Faatonuga

  1. Aumai le sela fa'a'aisa i le vevela potu mo le 30 minute.
  2. Fa'amau ni totigilima fou e leai se pa'u (ina ia 'alofia le fa'aleagaina o le mata tioata o le sela tafe).
  3. A sauni e uta le sela tafe i totonu o le meafaigaluega, aveese le sela tafe mai le afifi ma le atigi palasitika.
  4. Su'esu'e le sela tafe. Afai o lo'o iloa atu se matā'ele po'o le pefu i luga o so'o se mata tioata, fa'amama le mea fa'atatau ile solo ole isopropyl alcohol e leai se lint ma fa'amago i se mea e maualalo le lint lab tissue.

Saunia le Faletusi Olink® mo le fa'asologa

I le taimi o lenei laʻasaga, ua saunia faʻafefeteina NaOH ma Tris-HCl, ma o le Olink Library faʻamamaina ma le lelei o loʻo pulea ma faʻafefeteina i laasaga faʻasolosolo.

Sauni le fa'afefeteina o le NaOH

  • O lo'o fa'aaogaina le fa'amamafa o le NaOH e fa'au'u ai le Faletusi.

Sauni nofoa

  • 1 N NaOH fa'asoa
  • MiliQ vai
  • 1x paipa Microcentrifuge (1.5 mL)
  • paipa tusilima (10–100 μL)
  • Fa'amama fa'utu'uga paipa

Ae e te le'i amataina

  • Faailoga le microcentrifuge tube “0.2 N NaOH”.

Faatonuga

  1. Saunia se fa'afefeteina 0.2 N NaOH ile 0.2 N NaOH Tube e tusa ai ma le Siata 2.
  2. Vortex le 0.2 N NaOH Tube ma vili i lalo. Fa'aaoga i totonu ole 12 itula.

Laulau 2. 0.2 N NaOH dilution

Reagent Volume (μL)
MiliQ vai 80
1 N NaOH fa'asoa 20

Saunia Tris-HCl dilution

  • O le Tris-HCl dilution o loʻo faʻaaogaina e faʻafefe ai le Faletusi ua faʻaleagaina.

Sauni nofoa

  • 1 M Tris-HCl pH 7.0 fa'asoa (Trizma® hydrochloride solution)
  • MiliQ vai
  • 1x paipa Microcentrifuge (1.5 mL)
  • paipa tusilima (10–100 μL)
  • Fa'amama fa'utu'uga paipa

Ae e te le'i amataina

  • Faailoga le paipa microcentrifuge “Tris-HCl”

Faatonuga

  1. Saunia se 200 mM Tris-HCl dilution i le Tris-HCl Tube e tusa ai ma le Siata 3.
  2. Vortex le Tris-HCl Tube ma vili i lalo.

Laulau 3. 200 mM Tris-HCl dilution

Reagent Volume (μL)
MiliQ vai 80
1M Tris-HCl pH 7.0 fa'asoa (Trizma® hydrochloride solution) 20
Fa'amama faletusi Olink®
  • I le taimi o lenei laasaga, o le faʻamamaina ma le lelei o le Olink Library e faʻafefeteina 1:33.

Sauni nofoa

  • Lib Tube, saunia e tusa ai ma le Olink Explore User Manual
  • MiliQ vai
  • 1x paipa Microcentrifuge (1.5 mL)
  • Paipa tusi (0.5–10 ma le 100–1000 μL)
  • Fa'amama fa'utu'uga paipa

Ae e te le'i amataina

  • Fa'amalo le Lip Tube pe a aisa.
  • Faailoga le paipa microcentrifuge fou: "Dil".

Faatonuga

  1. Faaopopo le 96 μL o le MilliQ vai i le Dil Tube.
  2. Vortex le Lib Tube ma vili i lalo puupuu.
  3. Faʻafeiloaʻi le 3 μL mai le Lib Tube i le Dil Tube.
  4. Vortex le Dil Tube ma vili i lalo puupuu.

FAAMANATU: Teu le Lip Tube(s) i le -20 °C i le tulaga e ono toe fa'aaoga.

Fa'asa'o ma fa'asusu le Faletusi Olink® i le fa'atonuga mulimuli o uta

I le taimi o lenei laasaga, o le Olink Library ua faʻafefeteina ua faʻamavaeina ma faʻaopopo atili i le faʻatonuga o uta mulimuli.

Sauni nofoa

  • Dil Tube, saunia i le laasaga muamua
  • 0.2 N NaOH dilution, fou saunia i le laasaga muamua
  • 200 mM Tris-HCl (pH 7.0) dilution, saunia i le laasaga muamua
  • Fa'asao fa'apalapala 1 (HT1) o lo'o aofia i le NextSeq™ Accessory Box v2
  • 2x Microcentrifuge paipa (1.5 mL ma le 2 mL)
  • Paipa tusi (0.5–10 ma le 100–1000 μL)
  • Fa'amama fa'utu'uga paipa

Ae e te le'i amataina

  • Fa'amalo le fa'a'aisa HT1 pa'u ile vevela ole potu. Teu i le +4 °C se'ia fa'aoga.
  • Faailoga le paipa microcentrifuge fou 1.5 mL: “Den” (mo le Faletusi ua fa'amuta).
  • Faailoga le 2 mL microcentrifuge tube fou: "Seq" (mo le sauni e utaina le Faletusi).

Faatonuga

  1. Faʻafeiloaʻi le 5 μL mai le Dil Tube i le Den Tube.
  2. Faaopopo le 5 μL o le 0.2 N NaOH i le Den Tube.
  3. Vortex le Den Tube ma vili i lalo puupuu.
  4. Fa'a'u le Den Tube mo le 5 minute i le vevela o le potu e fa'au'u ai le Faletusi.
  5. Faaopopo le 5 μL o le 200 mM Tris-HCl (pH 7.0) i le Den Tube e faʻaitiitia ai le gaioiga.
  6. Vortex le Den Tube ma vili i lalo puupuu.
  7. Fa'aopoopo le 985 μL o le HT1 fa'amalo i le Den Tube.
  8. Vortex le Den Tube ma vili i lalo puupuu. E mafai ona teuina le paipa ile +4 °C se'ia fa'aoga (le aso lava e tasi).
  9. Faʻafeiloaʻi le 205 μL mai le Den Tube i le Seq Tube.
  10. Faaopopo le 1095 μL o le HT1 mua'i malulu i le Seq Tube.
  11. Su'e le Seq Tube e fa'afefiloi ai mea fa'afofo ma vili i lalo mo sina taimi. O le voluma uta mulimuli e 1.3 mL.
  12. Fa'aauau pea ile 2.5 Fa'atino ole fa'asologa ole Olink®.

Fa'atino le fa'asologa o le Olink®

I le taimi o lenei laasaga, o le pusa faʻapipiʻi, o le tafe o le cell ma le kesi reagent ua saunia o loʻo i ai le Olink Library o loʻo faʻapipiʻiina i le NextSeq 550, ma amata ai le faʻasologa o le faʻaogaina o le fua masani a Olink.

Sauni nofoa

  • Seq Tube (ma sauni e utaina le Faletusi), saunia i le laasaga muamua
  • 1x NextSeq™ 500/550 High Output Reagent Cartridge v2, saunia i le laasaga muamua
  • 1x NextSeq™ 500/550 High Output Flow Cell v2.5, saunia i le laasaga muamua
  • 1x NextSeq™ 500/550 Buffer Cartridge v2 (75 taamilosaga), i le vevela o le potu

Seti sequencing run parameters

I lenei laasaga, o le faʻasologa o taʻaloga e filifilia i le NextSeq™ 550.

  1. I le NextSeq™ 550 Home screen, filifili Fa'ata'ita'i.
  2. I luga o le Select Assay screen, filifili Sequence.
  3. I le Run Setup itulau, filifili le Manual run mode ona sosoo ai lea ma le Next.
  4. Seti le ta'avale ta'avale e pei ona ta'ua i lalo:
    • I le Run Name field, ulufale i se ID fa'ata'ita'iga tulaga ese.
    • I totonu o le Faletusi ID fanua, ulufale i le ID o le Faletusi o loʻo e tamoe (filifiliga).
    • I le Ituaiga Faitau fanua, filifili le filifiliga Faitau Tasi.
    • Tu'u le numera o ta'amilosaga fa'apea:
      • Faitau 1: 24
      • Fa'asinomaga 1: 0
      • Fa'asinomaga 2: 0
      • Faitau 2: 0
      • TAUA: E taua tele le Faitau 1 e seti i le 24, a leai o le a le manuia le tamoe atoa.
    • Taofi le pusa fa'ailoga mo fa'ailoga masani e le'i filifilia.
    • Seti le nofoaga o lo'o maua ai le faila mo fa'amaumauga mata'utia o lo'o iai nei. Filifili Su'esu'e e sui ai le nofoaga o lo'o i ai le faila.
  5. Aua le setiina se Sample Pepa.
  6. Filifili fa'amama mea fa'aaoga mo lenei tamo'e.
  7. Filifili le Next.

Tu'u le sela i le NextSeq™ 550

  1. Aveese le sela fa'aoga fa'aoga mai le ta'avale muamua.
  2. Tuu le sela fou ua saunia i luga o le stage.
  3. Filifili uta. E otometi lava ona tapuni le faitotoa.
  4. A aliali mai le ID cell flow i luga o le lau ma siaki le masini i le lanu meamata, filifili le Next.
Fa'amama le koneteina reagent

LAPATAIGA: O lenei seti o reagents o lo'o i ai ni vaila'au mata'utia. Fa'aofu ia lava mea e puipui ai ma lafoa'i mea fa'aoga fa'aaoga e tusa ai ma tulaga fa'atatau. Mo nisi faʻamatalaga, vaʻai ile Illumina NextSeq 550 System Guide.

  1. Tatala le faitotoa o le vaega puipui, aveese le pusa reagents ua faaalu mai le vaega pito i lalo, ma lafoai mea e tusa ai ma tulaga faatonuina talafeagai.
  2. Toe fa'asolo le koneteina gaogao i totonu o le vaega pito i lalo. O se kiliki fa'alogo e ta'u mai ai ua sa'o le tu'u o le koneteina.

U'u pusa pa'u

  1. Ave'ese le pusa fa'aoga fa'aoga mai le pito i luga o le pusa fa'apolopolo ma lafoa'i mea e tusa ai ma tulaga fa'atatau.
  2. Fa'ase'e se pusa pa'u fou i totonu o le vaega pito i luga. O se kiliki fa'alogo e ta'u mai ai o lo'o sa'o le tu'u o le kesi. Ia mautinoa o loʻo faʻaalia le ID pusa paʻu i luga o le lau ma o loʻo siaki le masini i le lanu meamata.
  3. Tapuni le faitoto'a o le vaega pa'u ma filifili le Next.

U'u le kesi fa'a'ave'ese

  1. Tatala le faitoto'a o le vaega o le reagent, aveese le kesi fa'aaogaina, ma tia'i mea e le'i fa'aaogaina e tusa ai ma tulaga fa'atatau. O le faatanoa i le tulaga 6 e mafai ona aveese e faafaigofie ai le lafoaia saogalemu.
  2. Tu'i le fa'amaufa'ailoga o le faatanoa #10 ua fa'ailogaina o le "Load Library Here" fa'atasi ai ma se pito mama 1 mL paipa.
  3. La'u le 1.3 mL le Olink Library mai le Seq Tube i le faatanoa #10 ua faaigoaina o le “Load Library Here”.
  4. Fa'ase'e le kesi fa'afofoga fou i totonu o le vaega fa'afofoga ma tapuni le faitoto'a o le vaega fa'afofoga.
  5. Filifili Uta ma faʻatali mo ~ 30 sekone seʻia oʻo ina faʻaalia le ID kalama reagent i luga o le lau ma siaki le masini i le lanu meamata.
  6. Mai le lisi o mea'ai, filifili le filifiliga fua [Custom] "Olink_NSQ550_HighOutput_V1".
    • TAUA: Ia mautinoa sa fa'apipi'i muamua le fua fa'aaganu'u i totonu o le meafaigaluega. Va'ai ile 2.2 Fa'apipi'i le fua fa'apitoa ole Olink®.
  7. Filifili le Next.
Amata fa'asologa fa'asolosolo
  1. Faʻamaonia le taʻavale taʻavale o loʻo faʻaalia i le Review lau. Ina ia fa'asa'o so'o se tapula'a, fetaomi i tua e toe fo'i i le mata o le Fa'atonu Fa'agasolo.
  2. Filifili le Next. E amata le tamo'e pe a uma le siaki otometi a'o le'i ta'e. Ole taimi ole fa'asologa ole taimi e tusa ole 7h30 min.
  3. TAUA: Ia mautinoa e amata le tamo'e pe a mae'a le siaki otometi muamua (~5 minute).
    1. FAAMANATUMo so'o se fa'aletonu siaki a'o le'i ta'e, va'ai ile fa'atonuga a le gaosi oloa.
    2. FAAMANATU: Fa'aeteete 'aua ne'i oso i totonu pe fa'alavelaveina le NextSeq™ 550 a'o fa'agasolo le fa'asologa. O le meafaigaluega e maaleale i tetete.
  4. Fa'amama le nofoaga faigaluega.
    1. FAAMANATU: A mae'a le fa'asologa o le fa'asologa, ona amata loa lea e le polokalama se ta'ele'ele fa'auma e fa'aaoga ai vaifofo fufulu o lo'o tu'uina atu i totonu o le pusa pa'u ma le NaOCl o lo'o tu'uina atu i totonu o le kesi fa'afofoga. O lenei fufuluga e tusa ma le 90 minute. O le fa'amau o le Home e fa'agaoioia pe a mae'a le fufulu. E mafai ona tu'u pea pusa fa'aoga ma sela fa'agasolo se'ia o'o i le isi ta'aloga.

Mata'ituina le alualu i luma o le ta'avale

Olink e faʻaaoga le NGS e fai ma faitau e faʻatatau le aofaʻi o se faʻasologa iloa ina ia mafai ai ona faʻatusatusa le faʻaogaina o se porotini tuʻuina i le s.amples (faatatau i isi samples). O le lelei o fa'amaumauga mai fa'asologa fa'asologa o Su'esu'e ta'itasi e fa'amautu e fa'amaufa'ailoga QC fa'apitoa ile tekonolosi a Olink. O le mea lea, o fua fa'atatau o le lelei o lo'o fa'aaogaina i NGS masani, e pei o le Q-score, e le taua tele.

Toe iloilo tala'aga

Fa'aliliuga Aso Fa'amatalaga
1.2 2022-11-01 1.2 Suia Olink® Mydata ma le Olink® NPX Explore.

2.4 Fa'aopoopo le 0.2 N ile Ae e te le'i amataina.

1.1 2021-12-13 Suiga faatonu
1.0 2021-12-01 Fou

www.olink.com

Mo Na'o Su'esu'ega Fa'aaogā. E le mo le Fa'aaogaina i Faiga Fa'ata'ita'iga.

O lenei oloa e aofia ai se laisene mo le fa'aogaina e le fa'apisinisi o oloa Olink. E ono mana'omia e tagata fa'apisinisi ni laisene fa'aopoopo. Fa'amolemole fa'afeso'ota'i le Olink proteomics AB mo fa'amatalaga. E leai ni fa'amaoniga, fa'aalia pe fa'aalia, e fa'alautele atu i tua atu o lenei fa'amatalaga. Olink Proteomics AB e le noatia mo le faaleagaina o meatotino, manu'a a le tagata lava ia, poʻo le gau o le tamaoaiga e mafua mai i lenei oloa. O le fa'ailoga o lo'o mulimuli mai o lo'o umia e Olink Proteomics AB: Olink®. O lenei oloa e ufiufi e le tele o pateni ma talosaga pateni o loʻo maua i https://www.olink.com/patents/.

© Puletaofia 2021 Olink proteomics AB. O fa'ailoga tau fefa'ataua'iga uma a isi vaega o mea totino a latou tagata e ona.
Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Uppsala, Suetena
1192, v1.2, 2022-11-01

Pepa / Punaoa

Olink NextSeq 550 Su'esu'e Fa'asologa [pdf] Tusi Taiala
NextSeq 550 Su'esu'e Fa'asologa, NextSeq 550, Su'esu'e Fa'asologa, Fa'asologa

Fa'asinomaga

Tuu se faamatalaga

E le fa'asalalauina lau tuatusi imeli. Fa'ailogaina fanua mana'omia *