Olink NextSeq 550 ຄົ້ນຫາລໍາດັບ

ບັນທຶກເອກະສານ

ຄູ່ມືຜູ້ໃຊ້ Olink® Explore, doc nr 1153, ແມ່ນລ້າສະໄຫມ, ແລະໄດ້ຖືກປ່ຽນແທນໂດຍເອກະສານຕໍ່ໄປນີ້:

• Olink® ສຳຫຼວດເບິ່ງview ຄູ່ມືຜູ້ໃຊ້, doc nr 1187
• Olink® Explore 384 ຄູ່ມືຜູ້ໃຊ້, doc nr 1188
• Olink® Explore 4 x 384 ຄູ່ມືຜູ້ໃຊ້, doc nr 1189
• Olink® Explore 1536 & ຄູ່ມືການຂະຫຍາຍຜູ້ໃຊ້, doc nr 1190
• Olink® Explore 3072 ຄູ່ມືຜູ້ໃຊ້, doc nr 1191
• Olink® Explore Sequencing ໂດຍໃຊ້ NextSeq 550 ຄູ່ມືຜູ້ໃຊ້, doc nr 1192
• Olink® Explore Sequencing ໂດຍໃຊ້ NextSeq 2000 ຄູ່ມືຜູ້ໃຊ້, doc nr 1193
• Olink® Explore Sequencing ໂດຍໃຊ້ NovaSeq 6000 ຄູ່ມືຜູ້ໃຊ້, doc nr 1194

ແນະນຳ

ຈຸດປະສົງການນໍາໃຊ້

Olink® Explore ແມ່ນແພລະຕະຟອມ immunoassay multiplex ສໍາລັບການຄົ້ນພົບ biomarker ທາດໂປຼຕີນຂອງມະນຸດ. ຜະລິດຕະພັນແມ່ນມີຈຸດປະສົງສໍາລັບການນໍາໃຊ້ການຄົ້ນຄວ້າເທົ່ານັ້ນ, ແລະບໍ່ແມ່ນສໍາລັບການນໍາໃຊ້ໃນຂັ້ນຕອນການວິນິດໄສ. ວຽກງານຫ້ອງທົດລອງຈະຕ້ອງດໍາເນີນການໂດຍພະນັກງານຫ້ອງທົດລອງທີ່ໄດ້ຮັບການຝຶກອົບຮົມເທົ່ານັ້ນ. ການປະມວນຜົນຂໍ້ມູນຈະຕ້ອງຖືກປະຕິບັດໂດຍພະນັກງານທີ່ໄດ້ຮັບການຝຶກອົບຮົມເທົ່ານັ້ນ. ຜົນໄດ້ຮັບແມ່ນຫມາຍຄວາມວ່າຈະຖືກນໍາໃຊ້ໂດຍນັກຄົ້ນຄວ້າໂດຍສົມທົບກັບການຄົ້ນພົບທາງດ້ານຄລີນິກຫຼືຫ້ອງທົດລອງອື່ນໆ.

ກ່ຽວກັບຄູ່ມືນີ້

ຄູ່ມືຜູ້ໃຊ້ນີ້ໃຫ້ຄໍາແນະນໍາທີ່ຈໍາເປັນເພື່ອຈັດລໍາດັບOlink® Explore Libraries ໃນ Illumina® NextSeq™ 550. ຄໍາແນະນໍາຕ້ອງປະຕິບັດຕາມຢ່າງເຂັ້ມງວດແລະຊັດເຈນ. ການບ່ຽງເບນໃດໆໃນທົ່ວຂັ້ນຕອນຂອງຫ້ອງທົດລອງອາດຈະເຮັດໃຫ້ຂໍ້ມູນເສຍຫາຍ. ກ່ອນທີ່ຈະເລີ່ມຂັ້ນຕອນການເຮັດວຽກຂອງຫ້ອງທົດລອງ, ໃຫ້ປຶກສາ Olink® Explore Overview ຄູ່​ມື​ການ​ນໍາ​ໃຊ້​ສໍາ​ລັບ​ການ​ແນະ​ນໍາ​ກັບ​ເວ​ທີ​, ລວມ​ທັງ​ຂໍ້​ມູນ​ກ່ຽວ​ກັບ reagents​, ອຸ​ປະ​ກອນ​ແລະ​ເອ​ກະ​ສານ​ທີ່​ຈໍາ​ເປັນ​, ສໍາ​ລັບ​ການ​view ຂອງຂະບວນການເຮັດວຽກ, ເຊັ່ນດຽວກັນກັບຄໍາແນະນໍາຫ້ອງທົດລອງ. ສໍາລັບຄໍາແນະນໍາກ່ຽວກັບວິທີການດໍາເນີນການ Olink® Explore Reagent Kits, ເບິ່ງຄູ່ມືຜູ້ໃຊ້ Olink® Explore ທີ່ໃຊ້ໄດ້. ສໍາລັບການປະມວນຜົນຂໍ້ມູນ ແລະການວິເຄາະຜົນລໍາດັບOlink® Explore, ເບິ່ງຄູ່ມືຜູ້ໃຊ້Olink® NPX Explore. ເຄື່ອງໝາຍການຄ້າ ແລະລິຂະສິດທັງໝົດທີ່ມີຢູ່ໃນເອກະສານນີ້ແມ່ນເປັນຊັບສິນຂອງOlink® Proteomics AB, ເວັ້ນເສຍແຕ່ໄດ້ລະບຸໄວ້ເປັນຢ່າງອື່ນ.

ສະຫນັບສະຫນູນດ້ານວິຊາການ

ສໍາລັບການຊ່ວຍເຫຼືອດ້ານວິຊາການ, ຕິດຕໍ່ Olink Proteomics ທີ່ support@olink.com.

ຄໍາແນະນໍາຫ້ອງທົດລອງ

ບົດນີ້ໃຫ້ຄໍາແນະນໍາກ່ຽວກັບວິທີການຈັດລໍາດັບ Olink Libraries ໃນ NextSeq™ 550 ໂດຍໃຊ້ NextSeq™ 500/550 High Output Kit v2.5 (75 Cycles). ໂປໂຕຄອນທີ່ໃຊ້ສໍາລັບການຈັດລໍາດັບແມ່ນການປັບຕົວຂອງຂັ້ນຕອນການເຮັດວຽກມາດຕະຖານ Illumina® NGS ສໍາລັບ Illumina® NextSeq™ 550. ກ່ອນທີ່ຈະດໍາເນີນການຈັດລໍາດັບ, ໃຫ້ແນ່ໃຈວ່າຄຸນນະພາບຂອງຫ້ອງສະຫມຸດບໍລິສຸດໄດ້ຖືກກວດສອບແລ້ວ. ເບິ່ງຄູ່ມືຜູ້ໃຊ້ Olink Explore ທີ່ໃຊ້ໄດ້ສໍາລັບຄໍາແນະນໍາກ່ຽວກັບການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບ.

ວາງແຜນການແລ່ນລໍາດັບ

ຫໍສະໝຸດ Olink ໜ່ວຍໜຶ່ງສາມາດຈັດຮຽງຕາມລຳດັບ NextSeq™ 550 High Output flow cell ແລະຕໍ່ໄລຍະ. ຈຳນວນຂອງເຊລການໄຫຼວຽນຂອງຜົນຜະລິດສູງ ແລະການແລ່ນທີ່ຕ້ອງການເພື່ອຈັດລໍາດັບຊຸດ Olink Explore Reagent ທີ່ແຕກຕ່າງກັນແມ່ນໄດ້ອະທິບາຍໄວ້ໃນຕາຕະລາງ 1. ຖ້າຕ້ອງການຫຼາຍກວ່າໜຶ່ງການແລ່ນ, ໃຫ້ເຮັດຊ້ຳຕາມຄຳແນະນຳທີ່ໄດ້ອະທິບາຍໄວ້ໃນຄູ່ມືນີ້.

ຕາຕະລາງ 1. ການວາງແຜນການແລ່ນຕາມລຳດັບ

Olink® Explore Reagent Kit	ຈຳນວນຫ້ອງສະໝຸດ Olink	ຈໍາ​ນວນ​ຂອງ flow cell(s​) ແລະ run(s​)
Olink® Explore 384 Reagent Kit	1	1
Olink® Explore 4 x 384 ຊຸດ Reagent	4	4
Olink® Explore 1536 Reagent Kit	4	4
Olink® Explore Expansion Reagent Kit	4	4
Olink® Explore 3072 Reagent Kit	8	8

ຕິດຕັ້ງສູດ Olink® ແບບກຳນົດເອງ

ໃນລະຫວ່າງຂັ້ນຕອນນີ້, ສູດການປັບແຕ່ງ Olink® ໄດ້ຖືກຕິດຕັ້ງຢູ່ໃນ NextSeq™ 550. ຂັ້ນຕອນນີ້ພຽງແຕ່ຕ້ອງປະຕິບັດຄັ້ງດຽວ, ກ່ອນທີ່ຈະດໍາເນີນການລໍາດັບ Olink ເປັນຄັ້ງທໍາອິດ.

ໝາຍເຫດ: ສູດແບບກຳນົດເອງ Olink ຈະໃຊ້ໄດ້ກັບຊຸດຜົນຜະລິດສູງ NextSeq™ 500/550 ແລະ NextSeq™ Control Software 4.0 ເທົ່ານັ້ນ.

1. Unzip ແລະວາງ Olink ສູດ custom Olink_NSQ550_HighOutput_V1 ໃນໂຟນເດີຕໍ່ໄປນີ້ຂອງເຄື່ອງມື NextSeq™ 550: C:\Program Files\Illumina\NextSeq Control Software\Recipe\Custom\High\.
2. ພາຍໃຕ້ການປັບແຕ່ງລະບົບ > ຈັດການເຄື່ອງມື, ເປີດໃຊ້ສູດອາຫານທີ່ກຳນົດເອງ. ຖ້າບໍ່ໄດ້ເລືອກ, ຕົວເລືອກສູດອາຫານແບບກຳນົດເອງຈະບໍ່ປາກົດໃນລະຫວ່າງການຕັ້ງຄ່າການແລ່ນ.

ໝາຍເຫດ

• ໃນເວີຊັ່ນຊອຟແວ NCS 4.0, ທາງເລືອກໃນການເລືອກສູດທີ່ກຳນົດເອງຈະເກີດຂຶ້ນຫຼັງຈາກໂຫຼດໄສ້ຕອງ reagent ເທົ່ານັ້ນ, ບໍ່ແມ່ນຢູ່ໃນໜ້າຕັ້ງຄ່າກ່ອນໜ້ານີ້.
• ການແລ່ນຕ້ອງຖືກຕັ້ງຢູ່ໃນໂໝດຄູ່ມືເພື່ອໃຫ້ສູດອາຫານທີ່ກຳນົດເອງ.

ກະກຽມ reagents ລໍາດັບ

ໃນລະຫວ່າງຂັ້ນຕອນນີ້, ໄສ້ຕອງ reagent ທີ່ປະກອບດ້ວຍກຸ່ມແລະ reagents ລໍາດັບແມ່ນ thawed ແລະຈຸລັງໄຫຼໄດ້ຖືກກະກຽມ.

ກະກຽມໄສ້ຕອງ reagent

ຄຳເຕືອນ: ໄສ້ຕອງ reagent ມີສານເຄມີທີ່ອາດຈະເປັນອັນຕະລາຍ. ໃສ່ອຸປະກອນປ້ອງກັນທີ່ພຽງພໍ ແລະປະຖິ້ມທາດປະຕິກອນທີ່ໃຊ້ແລ້ວຕາມມາດຕະຖານທີ່ນຳໃຊ້. ສໍາລັບຂໍ້ມູນເພີ່ມເຕີມ, ເບິ່ງຄູ່ມືລະບົບ Illumina NextSeq 550 (ເອກະສານ #15069765).

ກະກຽມ bench

• 1x NextSeq™ 500/550 High Output Reagent Cartridge v2 (75 ຮອບ).

ຄໍາແນະນໍາ

1. ເອົາໄສ້ຕອງໃສ່ນ້ຳແຊ່ແຂງເຄິ່ງໜຶ່ງໃສ່ໃນນ້ຳທີ່ມີອຸນຫະພູມໃນຫ້ອງ ແລະປະໄວ້ 1 ຊົ່ວໂມງ. ໃຫ້ແນ່ໃຈວ່າອ່າງເກັບນໍ້າ reagent ທັງຫມົດຂອງໄສ້ຕອງແມ່ນ thawed ຫມົດ.
   • ໝາຍເຫດ: ເພື່ອຄວາມສະດວກ, ທາຕຸ່ມຕະຫລັບມື້ກ່ອນ ແລະ ເກັບໄວ້ໃນຄືນທີ່ 4 °C. ໃນອຸນຫະພູມນີ້, reagents ມີຄວາມຫມັ້ນຄົງເຖິງຫນຶ່ງອາທິດ.
2. ຕາກແດດໃຫ້ແຫ້ງດ້ວຍຜ້າເຊັດເຈ້ຍ ແລະ ເຊັດຝາອັດປາກມົດລູກໃຫ້ແຫ້ງດ້ວຍເນື້ອເຍື່ອທີ່ບໍ່ມີເສັ້ນດ່າງ ຖ້າຕ້ອງການ.
3. ປີ້ນໄສ້ຕອງສິບເທື່ອເພື່ອປະສົມທາດປະສົມທີ່ທາແລ້ວເຂົ້າກັນຢ່າງລະອຽດ.
4. ແຕະໃສ່ໄສ້ຕອງຄ່ອຍໆຢູ່ເທິງເບົ້າເພື່ອເອົາຟອງອາກາດອອກ. ເກັບຮັກສາ cartridge ໃນອຸນຫະພູມຫ້ອງຖ້າຫາກວ່າມັນຈະຖືກນໍາໃຊ້ພາຍໃນ 4 ຊົ່ວໂມງ.

ກະກຽມເຊລການໄຫຼ

ກະກຽມ bench

• 1x NextSeq™ 500/550 High Output Flow Cell v2.5.

ຄໍາແນະນໍາ

1. ເອົາຫ້ອງນ້ໍາໃນຕູ້ເຢັນໄປໃສ່ອຸນຫະພູມຫ້ອງສໍາລັບ 30 ນາທີ.
2. ໃສ່ຖົງມືທີ່ບໍ່ມີຝຸ່ນໃຫມ່ (ເພື່ອຫຼີກເວັ້ນການປົນເປື້ອນພື້ນແກ້ວຂອງຈຸລັງໄຫຼ).
3. ເມື່ອພ້ອມທີ່ຈະໂຫລດຈຸລັງໄຫຼເຂົ້າໄປໃນເຄື່ອງມື, ເອົາຈຸລັງໄຫຼອອກຈາກຊຸດແລະ clamshell ພາດສະຕິກ.
4. ກວດ​ສອບ​ຫ້ອງ​ການ​ໄຫຼ. ຖ້າມີຝຸ່ນລະອອງ ຫຼືຂີ້ຝຸ່ນຢູ່ໃນພື້ນຜິວແກ້ວ, ເຮັດຄວາມສະອາດພື້ນຜິວທີ່ໃຊ້ໄດ້ດ້ວຍຜ້າເຊັດ isopropyl alcohol ທີ່ບໍ່ມີ lint ແລະເຊັດໃຫ້ແຫ້ງດ້ວຍແພຈຸລັງຫ້ອງທົດລອງທີ່ມີຝາຕ່ຳ.

ກະກຽມຫໍສະຫມຸດOlink®ສໍາລັບການຈັດລໍາດັບ

ໃນລະຫວ່າງຂັ້ນຕອນນີ້, ການເຈືອຈາງ NaOH ແລະ Tris-HCl ໄດ້ຖືກກະກຽມ, ແລະຫ້ອງສະຫມຸດ Olink ທີ່ບໍລິສຸດແລະຄວບຄຸມຄຸນນະພາບແມ່ນ diluted ແລະ denatured ໃນຂັ້ນຕອນຕາມລໍາດັບ.

ກະກຽມການເຈືອຈາງ NaOH

• ການເຈືອຈາງ NaOH ແມ່ນໃຊ້ເພື່ອສະແດງເຖິງຫໍສະໝຸດ.

ກະກຽມ bench

• 1 N ຫຸ້ນ NaOH
• ນ້ໍາ MilliQ
• 1x ທໍ່ Microcentrifuge (1.5 ມລ)
• pipette ຄູ່ມື (10-100 μL)
• ຄໍາແນະນໍາການກັ່ນຕອງ pipette

ກ່ອນທີ່ທ່ານຈະເລີ່ມຕົ້ນ

• ໝາຍທໍ່ microcentrifuge “0.2 N NaOH”.

ຄໍາແນະນໍາ

1. ກະກຽມການເຈືອຈາງ 0.2 N NaOH ໃນທໍ່ 0.2 N NaOH ຕາມຕາຕະລາງ 2.
2. Vortex ທໍ່ 0.2 N NaOH ຢ່າງລະອຽດແລະຫມຸນລົງ. ໃຊ້ພາຍໃນ 12 ຊົ່ວໂມງ.

ຕາຕະລາງ 2. 0.2 N ການເຈືອຈາງ NaOH

Reagent	ປະລິມານ (μL)
ນ້ໍາ MilliQ	80
1 N ຫຸ້ນ NaOH	20

ກະກຽມການເຈືອຈາງ Tris-HCl

• ການເຈືອຈາງ Tris-HCl ຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອ neutralize ຫໍສະຫມຸດ denaturated.

ກະກຽມ bench

• 1 M Tris-HCl pH 7.0 ຫຼັກຊັບ (ການແກ້ໄຂ Trizma® hydrochloride)
• ນ້ໍາ MilliQ
• 1x ທໍ່ Microcentrifuge (1.5 ມລ)
• pipette ຄູ່ມື (10-100 μL)
• ຄໍາແນະນໍາການກັ່ນຕອງ pipette

ກ່ອນທີ່ທ່ານຈະເລີ່ມຕົ້ນ

• ໝາຍທໍ່ microcentrifuge “Tris-HCl”

ຄໍາແນະນໍາ

1. ກະກຽມການເຈືອຈາງ Tris-HCl 200 mM ໃນທໍ່ Tris-HCl ຕາມຕາຕະລາງ 3.
2. Vortex ທໍ່ Tris-HCl ຢ່າງລະອຽດແລະຫມຸນລົງ.

ຕາຕະລາງ 3. 200 mM Tris-HCl dilution

Reagent	ປະລິມານ (μL)
ນ້ໍາ MilliQ	80
1M Tris-HCl pH 7.0 ຫຼັກຊັບ (ການແກ້ໄຂ Trizma® hydrochloride)	20

ເຈືອຈາງOlink® Libraries

• ໃນລະຫວ່າງຂັ້ນຕອນນີ້, ຫໍສະຫມຸດ Olink ທີ່ຖືກຄວບຄຸມແລະຄຸນນະພາບແມ່ນເຈືອຈາງ 1:33.

ກະກຽມ bench

• Lib Tube, ກະກຽມອີງຕາມຄູ່ມືຜູ້ໃຊ້ Olink Explore ທີ່ໃຊ້ໄດ້
• ນ້ໍາ MilliQ
• 1x ທໍ່ Microcentrifuge (1.5 ມລ)
• pipettes ຄູ່ມື (0.5–10 ແລະ 100–1000 μL)
• ຄໍາແນະນໍາການກັ່ນຕອງ pipette

ກ່ອນທີ່ທ່ານຈະເລີ່ມຕົ້ນ

• ທາທໍ່ Lib ຖ້າຖືກແຊ່ແຂງ.
• ຫມາຍໃສ່ທໍ່ microcentrifuge ໃຫມ່: "Dil".

ຄໍາແນະນໍາ

1. ຕື່ມນ້ໍາ 96 μLຂອງ MilliQ ເຂົ້າໄປໃນທໍ່ Dil.
2. Vortex ທໍ່ Lib ແລະຫມຸນມັນລົງສັ້ນໆ.
3. ໂອນ 3 μLຈາກທໍ່ Lib ໄປຫາທໍ່ Dil.
4. Vortex ທໍ່ Dil ແລະຫມຸນມັນລົງສັ້ນໆ.

ໝາຍເຫດ: ເກັບຮັກສາທໍ່ Lib Tube(s) ໄວ້ທີ່ -20 °C ໃນກໍລະນີທີ່ມີທ່າແຮງ rerun(s).

Denature ແລະເຈືອຈາງOlink® Library ໄປສູ່ຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນຂອງການໂຫຼດສຸດທ້າຍ

ໃນລະຫວ່າງຂັ້ນຕອນນີ້, ຫໍສະຫມຸດ Olink ທີ່ເຈືອຈາງແມ່ນ denatured ແລະ diluted ເພີ່ມເຕີມຕໍ່ກັບຄວາມເຂັ້ມຂົ້ນຂອງການໂຫຼດສຸດທ້າຍ.

ກະກຽມ bench

• Dil Tube, ການກະກຽມໃນຂັ້ນຕອນທີ່ຜ່ານມາ
• 0.2 N ການເຈືອຈາງ NaOH, ການກະກຽມສົດໃນຂັ້ນຕອນທີ່ຜ່ານມາ
• ການເຈືອຈາງ 200 mM Tris-HCl (pH 7.0), ການກະກຽມໃນຂັ້ນຕອນທີ່ຜ່ານມາ
• Hybridization buffer 1 (HT1) ລວມຢູ່ໃນ NextSeq™ Accessory Box v2
• 2x ທໍ່ Microcentrifuge (1.5 mL ແລະ 2 mL)
• pipettes ຄູ່ມື (0.5–10 ແລະ 100–1000 μL)
• ຄໍາແນະນໍາການກັ່ນຕອງ pipette

ກ່ອນທີ່ທ່ານຈະເລີ່ມຕົ້ນ

• ທາ Buffer HT1 ແຊ່ແຂງຢູ່ທີ່ອຸນຫະພູມຫ້ອງ. ເກັບຮັກສາໄວ້ທີ່ +4 ° C ຈົນກ່ວາການນໍາໃຊ້.
• ໝາຍໃສ່ທໍ່ຈຸນລະພາກຂະໜາດ 1.5 ມລ ໃໝ່: “Den” (ສຳລັບຫໍສະໝຸດທີ່ມີຕົວຕົນ).
• ໝາຍໃສ່ທໍ່ໄມໂຄຣເຊັນເຕີຣີ 2 ມລ ໃໝ່: “Seq” (ສຳລັບຫ້ອງສະໝຸດພ້ອມທີ່ຈະໂຫຼດ).

ຄໍາແນະນໍາ

1. ໂອນ 5 μLຈາກ Dil Tube ໄປຫາ Den Tube.
2. ຕື່ມ 5 μL ຂອງ 0.2 N NaOH ກັບ Den Tube.
3. Vortex the Den Tube ແລະປັ່ນມັນລົງສັ້ນໆ.
4. Incubate the Den Tube 5 ນາທີຢູ່ໃນອຸນຫະພູມຫ້ອງເພື່ອ denature ຫໍສະຫມຸດ.
5. ຕື່ມ 5 μL ຂອງ 200 mM Tris-HCl (pH 7.0) ເຂົ້າໄປໃນ Den Tube ເພື່ອ neutralize ຕິກິຣິຍາ.
6. Vortex the Den Tube ແລະປັ່ນມັນລົງສັ້ນໆ.
7. ຕື່ມ 985 μL ຂອງ HT1 prechilled ກັບ Den Tube.
8. Vortex the Den Tube ແລະປັ່ນມັນລົງສັ້ນໆ. ທໍ່ສາມາດເກັບຮັກສາໄວ້ທີ່ +4 ° C ຈົນກ່ວາການນໍາໃຊ້ (ໃນມື້ດຽວກັນ).
9. ໂອນ 205 μLຈາກ Den Tube ໄປຫາ Seq Tube.
10. ຕື່ມ 1095 μL ຂອງ HT1 prechilled ກັບ Seq Tube.
11. ປີ້ນທໍ່ Seq ເພື່ອປະສົມທາດ reagents ແລະປັ່ນມັນລົງສັ້ນໆ. ປະລິມານການໂຫຼດສຸດທ້າຍແມ່ນ 1.3 ມລ.
12. ທັນທີສືບຕໍ່ໄປ 2.5 ດໍາເນີນການລໍາດັບOlink®.

ດໍາເນີນການຈັດລໍາດັບOlink®

ໃນລະຫວ່າງຂັ້ນຕອນນີ້, ໄສ້ຕອງ buffer, flow cell ແລະ cartridge reagent ທີ່ກຽມໄວ້ທີ່ບັນຈຸ Olink Library ຈະຖືກໂຫລດເຂົ້າໄປໃນ NextSeq 550, ແລະການດໍາເນີນການຕາມລໍາດັບແມ່ນເລີ່ມຕົ້ນໂດຍໃຊ້ສູດ Olink custom.

ກະກຽມ bench

• Seq Tube (ພ້ອມ​ທີ່​ຈະ​ໂຫຼດ​ຫໍ​ສະ​ຫມຸດ​)​, ກະ​ກຽມ​ໃນ​ຂັ້ນ​ຕອນ​ທີ່​ຜ່ານ​ມາ​
• 1x NextSeq™ 500/550 High Output Reagent Cartridge v2, ກະກຽມໃນຂັ້ນຕອນກ່ອນໜ້າ
• 1x NextSeq™ 500/550 High Output Flow Cell v2.5, ກະກຽມໃນຂັ້ນຕອນກ່ອນໜ້າ
• 1x NextSeq™ 500/550 Buffer Cartridge v2 (75 ຮອບ), ຢູ່ອຸນຫະພູມຫ້ອງ

ຕັ້ງຄ່າຕົວກໍານົດການແລ່ນລໍາດັບ

ໃນລະຫວ່າງຂັ້ນຕອນນີ້, ການຈັດລໍາດັບພາລາມິເຕີການແລ່ນແມ່ນເລືອກຢູ່ໃນ NextSeq™ 550.

1. ໃນໜ້າຈໍຫຼັກ NextSeq™ 550, ເລືອກ Experiment.
2. ໃນ​ຫນ້າ​ຈໍ​ເລືອກ​ການ​ທົດ​ສອບ​, ເລືອກ​ລໍາ​ດັບ​.
3. ໃນ​ຫນ້າ​ການ​ຕັ້ງ​ຄ່າ​ການ​ດໍາ​ເນີນ​ງານ​, ເລືອກ​ເອົາ​ຮູບ​ແບບ​ການ​ດໍາ​ເນີນ​ການ​ຄູ່​ມື​ແລະ​ຈາກ​ນັ້ນ​ຕໍ່​ໄປ​.
4. ຕັ້ງຄ່າຕົວກໍານົດການແລ່ນດັ່ງຕໍ່ໄປນີ້:
   • ໃນຊ່ອງ Run Name, ໃສ່ ID ການທົດລອງທີ່ເປັນເອກະລັກ.
   • ຢູ່ໃນຊ່ອງ ID ຫ້ອງສະໝຸດ, ໃສ່ ID ຂອງຫ້ອງສະໝຸດທີ່ທ່ານກຳລັງໃຊ້ຢູ່ (ທາງເລືອກ).
   • ໃນ​ພາກ​ສະ​ຫນາມ​ອ່ານ​ປະ​ເພດ​, ເລືອກ​ເອົາ​ທາງ​ເລືອກ​ການ​ອ່ານ​ດຽວ​.
   • ໃສ່ຈໍານວນຮອບວຽນດັ່ງຕໍ່ໄປນີ້:
     • ອ່ານ 1: 24
     • ດັດຊະນີ 1: 0
     • ດັດຊະນີ 2: 0
     • ອ່ານ 2: 0
     • ສຳຄັນ: ມັນເປັນສິ່ງສໍາຄັນທີ່ Read 1 ຖືກກໍານົດເປັນ 24, ຖ້າບໍ່ດັ່ງນັ້ນການແລ່ນທັງຫມົດຈະລົ້ມເຫລວ.
   • ຮັກສາກ່ອງໝາຍສຳລັບ primers ແບບກຳນົດເອງທີ່ບໍ່ໄດ້ເລືອກ.
   • ຕັ້ງຄ່າສະຖານທີ່ໂຟນເດີຜົນໄດ້ຮັບສໍາລັບຂໍ້ມູນດິບທີ່ແລ່ນປະຈຸບັນ. ເລືອກ Browse ເພື່ອປ່ຽນສະຖານທີ່ໂຟນເດີຜົນໄດ້ຮັບ.
5. ຢ່າຕັ້ງ Sample Sheet.
6. ເລືອກ Purge consumables ສໍາລັບໄລຍະນີ້.
7. ເລືອກຕໍ່ໄປ.

ໂຫຼດຕາລາງການໄຫຼເຂົ້າໄປໃນ NextSeq™ 550

1. ເອົາຕາລາງການໄຫຼທີ່ໃຊ້ແລ້ວອອກຈາກການແລ່ນຜ່ານມາ.
2. ວາງຕາລາງການໄຫຼທີ່ກຽມໄວ້ໃຫມ່ໃສ່ stage.
3. ເລືອກ Load. ປະຕູປິດອັດຕະໂນມັດ.
4. ເມື່ອ ID ຕາລາງການໄຫຼປາກົດຢູ່ໃນຫນ້າຈໍແລະເຊັນເຊີຖືກກວດສອບເປັນສີຂຽວ, ເລືອກຕໍ່ໄປ.

ລ້າງກ່ອງບັນຈຸທາດ reagent

ຄຳເຕືອນ: ຊຸດຂອງ reagents ນີ້ປະກອບດ້ວຍສານເຄມີທີ່ອາດຈະເປັນອັນຕະລາຍ. ໃສ່ອຸປະກອນປ້ອງກັນທີ່ພຽງພໍ ແລະປະຖິ້ມທາດປະຕິກອນທີ່ໃຊ້ແລ້ວຕາມມາດຕະຖານທີ່ນຳໃຊ້. ສໍາລັບຂໍ້ມູນເພີ່ມເຕີມ, ເບິ່ງຄູ່ມືລະບົບ Illumina NextSeq 550.

1. ເປີດປະຕູຂອງຊ່ອງບັນຈຸ, ເອົາຖັງ reagents ທີ່ໃຊ້ແລ້ວອອກຈາກຫ້ອງຕ່ໍາ, ແລະຖິ້ມເນື້ອໃນຕາມມາດຕະຖານທີ່ກ່ຽວຂ້ອງ.
2. ເລື່ອນພາຊະນະບັນຈຸທາດ reagent ຫວ່າງເປົ່າກັບຄືນໄປບ່ອນເຂົ້າໄປໃນຊ່ອງກັນຊົນຕ່ໍາ. ການຄລິກທີ່ໄດ້ຍິນໄດ້ຊີ້ໃຫ້ເຫັນວ່າບັນຈຸຖືກວາງຢ່າງຖືກຕ້ອງ.

ໂຫຼດຖັງເກັບມ້ຽນ

1. ຖອດໄສ້ຕອງທີ່ໃຊ້ແລ້ວອອກຈາກຊ່ອງໃສ່ກັນຊົນຊັ້ນເທິງ ແລະຖິ້ມເນື້ອໃນຕາມມາດຕະຖານທີ່ນຳໃຊ້.
2. ເລື່ອນກ່ອງໃສ່ກັນໄພໃໝ່ໃສ່ຊ່ອງໃສ່ກັນຊົນຊັ້ນເທິງ. ການຄລິກທີ່ໄດ້ຍິນໄດ້ຊີ້ໃຫ້ເຫັນວ່າໃສ່ໄສ້ຕອງຖືກວາງໄວ້ຢ່າງຖືກຕ້ອງ. ໃຫ້ແນ່ໃຈວ່າ ID cartridge ປາກົດຢູ່ໃນຫນ້າຈໍແລະເຊັນເຊີຖືກກວດສອບເປັນສີຂຽວ.
3. ປິດປະຕູຂອງຊ່ອງໃສ່ກັນຊົນແລ້ວເລືອກ Next.

ໂຫຼດໄສ້ຕອງ reagent

1. ເປີດ​ປະ​ຕູ​ຂອງ​ຊ່ອງ​ສໍາ​ລັບ​ການ reagent​, ເອົາ​ໄສ້​ຕອງ reagent ທີ່​ໃຊ້​ແລ້ວ​, ແລະ​ຖິ້ມ​ເນື້ອ​ໃນ​ທີ່​ບໍ່​ໄດ້​ນໍາ​ໃຊ້​ຕາມ​ມາດ​ຕະ​ຖານ​ທີ່​ນໍາ​ໃຊ້​ໄດ້​. ອ່າງເກັບນ້ໍາຢູ່ຕໍາແຫນ່ງ 6 ແມ່ນສາມາດຖອດອອກໄດ້ເພື່ອຄວາມສະດວກໃນການກໍາຈັດຢ່າງປອດໄພ.
2. ເຈາະປະທັບຕາຂອງອ່າງເກັບນ້ໍາ #10 ທີ່ມີປ້າຍຊື່ເປັນ "Load Library ທີ່ນີ້" ດ້ວຍປາຍທໍ່ນ້ໍາ 1 mL ທີ່ສະອາດ.
3. ໂຫລດ 1.3 mL ຫໍສະຫມຸດ Olink ຈາກ Seq Tube ເຂົ້າໄປໃນອ່າງເກັບນ້ໍາ #10 ທີ່ຕິດສະຫຼາກເປັນ "Load Library ທີ່ນີ້".
4. ເລື່ອນໄສ້ບັນຈຸທາດປະຕິກອນໃໝ່ເຂົ້າໄປໃນຊ່ອງບັນຈຸທາດປະຕິກອນ ແລະປິດປະຕູຫ້ອງບັນຈຸທາດ reagent.
5. ເລືອກ Load ແລະລໍຖ້າສໍາລັບ ~30 ວິນາທີຈົນກ່ວາ ID cartridge reagent ປະກົດຂຶ້ນໃນຫນ້າຈໍແລະເຊັນເຊີຖືກກວດສອບເປັນສີຂຽວ.
6. ຈາກລາຍການແບບເລື່ອນລົງສູດອາຫານ, ເລືອກເອົາ [Custom] “Olink_NSQ550_HighOutput_V1” ທາງເລືອກສູດ.
   • ສຳຄັນ: ໃຫ້ແນ່ໃຈວ່າສູດທີ່ກໍາຫນົດເອງໄດ້ຖືກຕິດຕັ້ງກ່ອນຫນ້ານີ້ໃນເຄື່ອງມື. ອ້າງອີງເຖິງ 2.2 ຕິດຕັ້ງສູດ Olink® ແບບກຳນົດເອງ.
7. ເລືອກຕໍ່ໄປ.

1. ຢືນຢັນຕົວກໍານົດການແລ່ນທີ່ສະແດງຢູ່ໃນ Review ຈໍ. ເພື່ອແກ້ໄຂພາລາມິເຕີຕ່າງໆ, ໃຫ້ກົດກັບຄືນເພື່ອກັບຄືນໄປຫາໜ້າຈໍການຕັ້ງຄ່າ.
2. ເລືອກຕໍ່ໄປ. ການແລ່ນເລີ່ມຕົ້ນຫຼັງຈາກການກວດສອບການແລ່ນກ່ອນອັດຕະໂນມັດ. ເວລາແລ່ນຕາມລຳດັບແມ່ນປະມານ 7h30 ນາທີ.
3. ສຳຄັນ: ໃຫ້ແນ່ໃຈວ່າການແລ່ນເລີ່ມຕົ້ນເມື່ອການກວດສອບການແລ່ນກ່ອນອັດຕະໂນມັດສໍາເລັດແລ້ວ (~5 ນາທີ).
   1. ໝາຍເຫດສໍາລັບຄວາມລົ້ມເຫຼວຂອງການກວດສອບລ່ວງຫນ້າໃດໆ, ເບິ່ງຄໍາແນະນໍາຂອງຜູ້ຜະລິດ.
   2. ໝາຍເຫດ: ລະວັງບໍ່ໃຫ້ຕຳ ຫຼື ລົບກວນ NextSeq™ 550 ໃນລະຫວ່າງການແລ່ນຕາມລຳດັບ. ເຄື່ອງມືມີຄວາມອ່ອນໄຫວຕໍ່ກັບການສັ່ນສະເທືອນ.
4. ເຮັດຄວາມສະອາດພື້ນທີ່ເຮັດວຽກ.
   1. ໝາຍເຫດ: ເມື່ອການແລ່ນຕາມລຳດັບສຳເລັດແລ້ວ, ຊອບແວຈະເລີ່ມການລ້າງຫຼັງການແລ່ນແບບອັດຕະໂນມັດໂດຍການນຳໃຊ້ວິທີແກ້ໄຂການລ້າງທີ່ສະໜອງໃຫ້ຢູ່ໃນຕຸ່ມບັນຈຸ ແລະ NaOCl ທີ່ສະໜອງໃຫ້ຢູ່ໃນຕະຫລັບໝຸນ. ການລ້າງນີ້ໃຊ້ເວລາປະມານ 90 ນາທີ. ປຸ່ມໜ້າຫຼັກຈະເປີດໃຊ້ງານເມື່ອລ້າງສຳເລັດ. ຕະຫລັບຫມຶກທີ່ໃຊ້ແລ້ວແລະ flow cell ສາມາດຖືກປະໄວ້ຢູ່ໃນສະຖານທີ່ຈົນກ່ວາໄລຍະຕໍ່ໄປ.

ຕິດ​ຕາມ​ກວດ​ກາ​ການ​ດໍາ​ເນີນ​ງານ​

Olink ໃຊ້ NGS ເປັນການອ່ານເພື່ອປະເມີນປະລິມານຂອງລໍາດັບທີ່ຮູ້ຈັກເພື່ອຄາດຄະເນຄວາມເຂັ້ມຂົ້ນຂອງທາດໂປຼຕີນທີ່ໃຫ້ຢູ່ໃນ s.amples (ທຽບກັບ s ອື່ນໆamples). ຄຸນນະພາບຂໍ້ມູນຈາກການດໍາເນີນການລໍາດັບການສໍາຫຼວດແຕ່ລະຄັ້ງສ່ວນໃຫຍ່ແມ່ນຖືກກໍານົດໂດຍຕົວກໍານົດການ QC ທີ່ເປັນເອກະລັກຂອງເຕັກໂນໂລຢີ Olink. ດັ່ງນັ້ນ, ມາດຕະການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບມາດຕະຖານທີ່ໃຊ້ໃນ NGS ທໍາມະດາ, ເຊັ່ນ Q-score, ແມ່ນມີຄວາມສໍາຄັນຫນ້ອຍ.

ປະຫວັດການແກ້ໄຂ

ຮຸ່ນ	ວັນທີ	ລາຍລະອຽດ
1.2	2022-11-01	1.2 ແທນທີ່Olink® Mydata ດ້ວຍOlink® NPX Explore. 2.4 ເພີ່ມ 0.2 N ໃສ່ກ່ອນທີ່ທ່ານຈະເລີ່ມຕົ້ນ.
1.1	2021-12-13	ການປ່ຽນແປງບັນນາທິການ
1.0	2021-12-01	ໃໝ່

www.olink.com

ສໍາລັບການນໍາໃຊ້ການຄົ້ນຄວ້າເທົ່ານັ້ນ. ບໍ່ແມ່ນສໍາລັບການນໍາໃຊ້ໃນຂັ້ນຕອນການວິນິດໄສ.

ຜະລິດຕະພັນນີ້ປະກອບມີໃບອະນຸຍາດສໍາລັບການນໍາໃຊ້ທີ່ບໍ່ແມ່ນການຄ້າຂອງຜະລິດຕະພັນ Olink. ຜູ້ໃຊ້ການຄ້າອາດຈະຕ້ອງການໃບອະນຸຍາດເພີ່ມເຕີມ. ກະລຸນາຕິດຕໍ່ Olink Proteomics AB ສໍາລັບລາຍລະອຽດ. ບໍ່​ມີ​ການ​ຮັບ​ປະ​ກັນ​, ສະ​ແດງ​ອອກ​ຫຼື​ໂດຍ​ຄວາມ​ຫມາຍ​, ທີ່​ຂະ​ຫຍາຍ​ນອກ​ເຫນືອ​ການ​ອະ​ທິ​ບາຍ​ນີ້​. Olink Proteomics AB ບໍ່ຮັບຜິດຊອບຕໍ່ຄວາມເສຍຫາຍຂອງຊັບສິນ, ການບາດເຈັບສ່ວນບຸກຄົນ, ຫຼືການສູນເສຍທາງດ້ານເສດຖະກິດທີ່ເກີດຈາກຜະລິດຕະພັນນີ້. ເຄື່ອງຫມາຍການຄ້າຕໍ່ໄປນີ້ແມ່ນເປັນເຈົ້າຂອງໂດຍ Olink Proteomics AB: Olink®. ຜະ​ລິດ​ຕະ​ພັນ​ນີ້​ແມ່ນ​ກວມ​ເອົາ​ໂດຍ​ສິດ​ທິ​ບັດ​ຈໍາ​ນວນ​ຫນຶ່ງ​ແລະ​ຄໍາ​ຮ້ອງ​ສະ​ຫມັກ​ສິດ​ທິ​ບັດ​ທີ່​ມີ​ຢູ່​ໃນ https://www.olink.com/patents/.

© ສະຫງວນລິຂະສິດ 2021 Olink Proteomics AB. ເຄື່ອງໝາຍການຄ້າພາກສ່ວນທີສາມທັງໝົດແມ່ນເປັນຊັບສິນຂອງເຈົ້າຂອງທີ່ກ່ຽວຂ້ອງ.
Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Uppsala, ສວີເດນ
1192, v1.2, 2022-11-01

ເອກະສານ / ຊັບພະຍາກອນ

Olink NextSeq 550 ຄົ້ນຫາລໍາດັບ [pdf] ຄູ່ມືຜູ້ໃຊ້ NextSeq 550 Explore Sequencing, NextSeq 550, Explore Sequencing, Sequencing

ເອກະສານອ້າງອີງ

• ຄູ່ມືຜູ້ໃຊ້