illumina Local Run Manager CF 139-Varian 2.0 Software Modul Analysis
Dokumen iki lan isine minangka kepemilikan Illumina, Inc. lan afiliasi ("Illumina"), lan mung dimaksudake kanggo panggunaan kontrak saka pelanggan sing ana gandhengane karo panggunaan produk sing diterangake ing kene lan ora ana tujuan liyane. . Dokumen iki lan isine ora bakal digunakake utawa disebarake kanggo maksud liya lan/utawa disampekake, dibeberke, utawa direproduksi kanthi cara apa wae tanpa idin sadurunge tertulis saka Illumina. Illumina ora ngirim lisensi apa wae miturut paten, merek dagang, hak cipta, utawa hak-hak umum utawa hak-hak sing padha karo pihak katelu dening dokumen iki.
Pandhuan ing dokumen iki kudu ditindakake kanthi tegas lan jelas dening personel sing mumpuni lan dilatih kanthi bener kanggo mesthekake panggunaan produk sing bener lan aman sing diterangake ing kene. Kabeh isi dokumen iki kudu diwaca lan dimangerteni kanthi lengkap sadurunge nggunakake produk kasebut.
GAGAL MACA RANCENG LAN NATUTI SEKELENG PITUDUH ING IKI BISA njalari KERUSAKAN PRODUK, cilaka wong, kalebu pangguna utawa wong liya, lan ngrusak properti liyane, lan ora bakal menehi garansi (Jaminan PRODUK). S).
ILLUMINA ORA NANGGUL TANGGUNG JAWAB ANEKA SAMBUNGAN PENGGUNAAN PRODUK (S) sing ora bener sing digambarake ing kene (kalebu bagean utawa piranti lunak).
© 2021 Illumina, Inc. Kabeh hak dilindhungi undhang-undhang.
Kabeh merek dagang minangka properti saka Illumina, Inc. utawa sing nduweni. Kanggo informasi merek dagang tartamtu, waca
www.illumina.com/company/legal.html.
Lokal Run Manager CF 139-Varian 2.0 Analysis Modul Workflow Guide
Swaraview
Modul analisis Local Run Manager CF 139-Variant 2.0 digunakake kanggo TruSight Cystic Fibrosis 139-Variant Assay. Tes kasebut ndeteksi 139 mutasi sing nyebabake penyakit fibrosis kistik lan varian saka gen regulator konduktansi transmembrane cystic fibrosis (CFTR) ing DNA genom sing diisolasi saka spesimen getih kabeh periferal manungsa. Modul analisis nindakake analisis sekunder lan nggawe laporan saka urutan urutan sing nggunakake TruSight Cystic Fibrosis. Deleng paket insert TruSight Cystic Fibrosis Kit (Dokumen # 1000000097720).
Modul analisis ngevaluasi wilayah cendhak ampDNA liified, utawa amplicons, kanggo varian. Urutan fokus saka amplicons mbisakake jangkoan dhuwur saka wilayah tartamtu tengen nomer akeh samples.
Babagan Pandhuan Iki
Pandhuan iki menehi instruksi kanggo nyetel paramèter roto kanggo urutan lan analisis kanggo modul analisis CF 139-Varian 2.0. Nggunakake piranti lunak mbutuhake kawruh dhasar saka sistem operasi Windows saiki lan web antarmuka panganggo basis browser. Kanggo informasi babagan dashboard Local Run Manager lan setelan sistem, deleng Local Run Manager Software Reference Guide kanggo MiSeqDx
(dokumen # 1000000011880).
Ketik Informasi Run
Setel Parameter
- Mlebu menyang Manajer Run Lokal.
- Pilih Create Run, banjur pilih CF 139-Variant 2.0.
- Ketik jeneng run sing ngenali run saka urutan liwat analisis.
Gunakake karakter alfanumerik, spasi, garis ngisor, utawa garis (40 karakter utawa kurang). - [Opsional] Ketik deskripsi run.
Gunakake karakter alfanumerik, spasi, garis ngisor, utawa garis (150 karakter utawa kurang). - Ketik nomer lot lan tanggal kadaluwarsa kanggo kit persiapan perpustakaan.
Tegese Samples kanggo Run
Nemtokake samples kanggo roto nggunakake salah siji opsi ing ngisor iki.- Ketik samples kanthi manual-Gunakake tabel kosong ing layar Nggawe Run. Disaranake sample sumur disorot.
- Impor samples-Navigasi menyang njaba file ing format nilai sing dipisahake koma (*.csv). Cithakan kasedhiya kanggo diundhuh ing layar Gawe Run.
Ketik Samples Manual
- Ketik s unikampjeneng ing Samplapangan Jeneng.
Gunakake karakter alfanumerik, garis, utawa garis ngisor (40 karakter utawa kurang). - Klik-tengen lan pilih kontrol positif lan negatif samples.
Kanggo nyimpen roto, iku kudu paling siji kontrol positif lan negatif. - [Opsional] Ketik minangkaample katrangan ing samptab Deskripsi.
Gunakake karakter alfanumerik, garis, utawa garis ngisor (50 karakter utawa kurang). - [Opsional] Pilih adaptor Indeks 1 saka dhaptar gulung mudhun Indeks 1 (i7).
Langkah iki opsional amarga kombinasi indeks i7 lan i5 otomatis diisi kanthi tata letak standar. - [Opsional] Pilih adaptor Indeks 2 saka dhaptar gulung mudhun Indeks 2 (i5).
Langkah iki opsional amarga kombinasi indeks i7 lan i5 otomatis diisi kanthi tata letak standar. - Pilih lambang Print kanggo nampilake tata letak piring.
- Pilih Print kanggo nyithak tata letak piring minangka referensi kanggo nyiapake perpustakaan.
- [Opsional] Pilih Ekspor kanggo ngekspor sampinformasi le file.
- Pilih Save Run.
Yen kurang saka 24 samples wis mlebu, sing ora cukup Sample jendhela bakal ditampilake. Pilih Nerusake kanggo nerusake, utawa pilih Batal kanggo ngowahi samples.
AWAS
Nerusake kurang saka 24 samples ora divalidasi dening Illumina. Waca TruSight Cystic Fibrosis Package Insert (Dokumen # 1000000097720) kanggo informasi luwih lengkap.
Impor Samples
Sampinformasi le bisa diimpor saka rong jinis files:
- A sampinformasi le file sing sadurunge diekspor saka modul CF 139-Varian 2.0 nggunakake fitur Ekspor.
- Cithakan file, sing bisa digawe kanthi milih Cithakan ing layar Gawe Run. Cithakan file ngemot judhul kolom sing bener kanggo ngimpor, kanthi informasi placeholder ing saben kolom. Gunakake editor eksternal kanggo ngatur cithakan file:
- Tambah sample informasi kanggo saben sample ing roto.
- Sawise kabeh sampInformasi wis ditambahake, mbusak informasi placeholder sing isih ana ing sel sing ora digunakake.
- Simpen cithakan file.
Kanggo ngimpor sampinformasine:
- Pilih Import Samples, banjur nelusuri menyang file lan pilih.
- Pilih lambang Print kanggo nampilake tata letak piring.
- Pilih Print kanggo nyithak tata letak piring minangka referensi kanggo nyiapake perpustakaan.
- [Opsional] Pilih Ekspor kanggo ngekspor sample informasi menyang external file.
- Pilih Save Run.
Yen kurang saka 24 samples wis mlebu, sing ora cukup Sample jendhela bakal ditampilake. Pilih Nerusake kanggo nerusake, utawa pilih Batal kanggo ngowahi samples.
AWAS
Nerusake kurang saka 24 samples ora divalidasi dening Illumina. Waca TruSight Cystic Fibrosis Package Insert (Dokumen # 1000000097720) kanggo informasi luwih lengkap.
Sunting Run
Kanggo instruksi babagan nyunting informasi ing roto sadurunge urutan, ndeleng Local Run Manager
Pandhuan Referensi Piranti Lunak kanggo MiSeqDx (dokumen # 1000000011880).
Metode Analisis
Kanggo katrangan cara analisis kanggo TruSight Cystic Fibrosis, waca paket masang TruSight Cystic Fibrosis Kit (Dokumen # 1000000097720).
View Run lan Asil
- Saka layar utama Local Run Manager, klik jeneng run.
- Saka Run Overview tab, review metrik sequencing run.
- [Opsional] Pilih lambang Copy to Clipboard kanggo nyalin path folder run output.
- Pilih tab Informasi Urutan kanggo review mbukak paramèter lan informasi consumables.
- Pilih Samples lan tab Asil kanggo view asil analisis.
Tab nyedhiyakake minangkaampdhaptar sing ngringkes tingkat telpon, kinerja, lan informasi ing kontrol.
Yen analisis diulang, tambahake dhaptar gulung Pilih Analisis banjur pilih analisis sing cocog. - [Opsional] Klik kaping pindho kolom Komentar kanggo ngetik komentar babagan minangkaample ing dhaftar. Klik Simpen Owah-owahan.
- Pilih samples ing dhaftar kanggo nampilake informasi varian rinci. Sample informasi varian nampilake ngisor sampdaftar le.
CATETAN Saben owah-owahan disimpen, asil analisis file bakal digawe ing folder Alignment. Iki file kalebu wektu stamp ditambahake menyang file jeneng, kanthi format YYMMDD_HHMMSS.
Kanggo informasi luwih lengkap babagan Run Overview lan tab Informasi Sequencing, lan carane requeue analisis, deleng Local Run Manager Software Reference Guide kanggo MiSeqDx (dokumen #
1000000011880).
Data nelusuri akeh File
Sawise analisis rampung, pilih salah siji opsi ing ngisor iki kanggo view ing LotTracking.txt file.
- Saka Sample lan tab Hasil, klik Ekspor Data Pelacakan Lot.
- Bukak ing file ing folder Alignment.
Path menyang folder Alignment ditampilake ing Samples lan tab Hasil ing kolom Folder Analisis. - [Opsional] Pilih lambang Copy to Clipboard kanggo nyalin path folder analisis.
Nalika analisis lengkap, data nelusuri akèh file ditulis ing folder Alignment kanggo roto. Kanggo example: MiSeqAnalysis\ \Alignment_N\YYMMDD_HHMMSS. N minangka nomer urut-urutan sing mundhak yen analisis requeued. YYMMDD_HHMMSS punika kapingamp saka roto.
Laporan asil
Sawise analisis sekunder rampung, asil analisis dirangkum ing Samples lan tab Results. Hasil analisis (output) file kanggo assay uga ngringkes asil ing teks siji tab-delimited file disebut TruSightCF139VariantAssay.txt.
Asil ing asil analisis file kalebu informasi sing ditemokake ing Sample lan tab Asil. Pilih salah siji saka opsi ing ngisor iki kanggo view asil analisis file TruSightCF139VariantAssay.txt:
- Saka Sample lan tab Hasil, klik Ekspor Data.
- Bukak ing file ing folder Alignment.
Path menyang folder Alignment ditampilake ing kolom Folder Analisis saka Samples lan tab Results.
CATETAN
Pilih lambang Copy to Clipboard kanggo nyalin path folder analisis.
Analisis kasebut files kanggo saben roto urutan disimpen ing instrument, karo files disimpen kanggo
MiSeqAnalysis\ \Data\Intensities\BaseCalls and MiSeqAnalysis\
Jeneng>\Alignment_N\YYMMDD_HHMMSS. N minangka nomer urut-urutan sing nambah yen analisa diulang. YYMMDD_HHMMSS punika kapingamp saka roto.
Hasil Analisis File Informasi
Asil analisis file TruSightCF139VariantAssay.txt kalebu telung bagean: ing file header, sample informasi, lan sample varian informasi. Ing file header wis kadhaptar pisanan, lan kalebu informasi umum bab roto. Elinga yen mung ana siji file header saben roto. Ing kontras, sample informasi lan sample varian informasi klebu kanggo saben sample digunakake ing analisis. bagean iki dipasangake bebarengan kanggo saben sample.
Tabel ing ngisor iki menehi katrangan saben baris ing file header, sing kalebu informasi babagan run:
Tabel 1 File Header (Informasi Run)
- Tes Nggambarake tes sing ditindakake. Run ID Run ID sing digawe dening MiSeq Operating Software (MOS) ing wiwitan urutan.
- Run Date Date (YYMMDD) sing run sequencing diwiwiti ing MOS.
- Versi Analisis Versi piranti lunak sing digunakake kanggo analisis.
Tabel ing ngisor iki menehi katrangan saben baris ing sampbagean informasi: Tabel 2 Sampl Informasi
- Sample ID Ing sampjeneng sing diwenehake nalika roto digawe, digabungake karo ID analisis diutus dening piranti lunak Local Run Manager. Yen sampeyan requeue roto, ing sampjeneng bagean saka Sample ID tetep padha, nalika ID analisis diganti.
- Lapangan iki ana ing *.txt file mung.
Sample Jeneng The sample jeneng diwenehake nalika roto digawe.
Tabel ing ngisor iki menehi katrangan saben kolom ing sampbagean varian: Tabel 3 Sample Varian Informasi
Riwayat Revisi
- Dokumen Tanggal Katrangan Owah-owahan
- Dokumen # 1000000100945 v01 Agustus 2021 Dianyari alamat Perwakilan Sah EU.
- Dokumen # 1000000100945 v00 Desember 2019 Rilis awal.
Bantuan Teknis
Kanggo bantuan teknis, hubungi Dhukungan Teknis Illumina.
- Websitus: www.illumina.com
- Email: techsupport@illumina.com
Nomer Telpon Dhukungan Pelanggan Illumina
| wilayah | Bebas Pulsa | regional |
| Amerika Utara | +1.800.809.4566 | |
| Australia | +1.800.775.688 | |
| Austria | +43 800006249 | +43 19286540 |
| Belgia | +32 80077160 | +32 34002973 |
| Cina | 400.066.5835 | |
| Denmark | +45 80820183 | +45 89871156 |
| Finlandia | +358 800918363 | +358 974790110 |
| Prancis | +33 805102193 | +33 170770446 |
| Jerman | +49 8001014940 | +49 8938035677 |
| Hong Kong, China | 800960230 | |
| Irlandia | +353 1800936608 | +353 016950506 |
| Italia | +39 800985513 | +39 236003759 |
| Jepang | 0800.111.5011 | |
| Walanda | +31 8000222493 | +31 207132960 |
| Selandia Anyar | 0800.451.650 | |
| Norwegia | +47 800 16836 | +47 21939693 |
| Singapura | +1.800.579.2745 | |
| Korea Kidul | +82 80 234 5300 | |
| Spanyol | +34 911899417 | +34 800300143 |
| Swedia | +46 850619671 | +46 200883979 |
| Swiss | +41 565800000 | +41 800200442 |
| Taiwan, China | 00806651752 | |
| Inggris | +44 8000126019 | +44 2073057197 |
| negara liya | +44.1799.534000 |
Lembar data safety (SDS) - Kasedhiya ing Illumina websitus ing support.illumina.com/sds.html. Dokumentasi produk-Kasedhiya kanggo diundhuh saka support.illumina.com.
Dokumen / Sumber Daya
 |
illumina Local Run Manager CF 139-Varian 2.0 Software Modul Analysis [pdf] Pandhuan pangguna Manajer Run Lokal CF 139-Varian 2.0 Analisis Modul, Piranti Lunak, Manajer Lokal Run CF 139-Varian 2.0 Piranti Lunak Modul Analisis |
