illumina Local Run Manager CF 139-Variant 2.0 Analysis Module Software
هي دستاويز ۽ ان جو مواد Illumina, Inc. ۽ ان جي ساٿين ("Illumina") جي ملڪيت آهي، ۽ ان جو مقصد صرف ان جي گراهڪ جي معاهدي جي استعمال لاءِ آهي جنهن ۾ هتي بيان ڪيل پراڊڪٽ (ص) جي استعمال جي سلسلي ۾ ۽ ڪنهن ٻئي مقصد لاءِ. . هي دستاويز ۽ ان جي مواد کي ڪنهن ٻئي مقصد لاءِ استعمال يا ورهائڻ نه گهرجي ۽/يا ٻي صورت ۾ ڪنهن به طريقي سان ڳالهه ٻولهه، پڌرو، يا ٻيهر پيدا نه ڪيو ويندو، جيڪو به Illumina جي اڳواٽ لکيل اجازت کان سواءِ. Illumina ان جي پيٽنٽ، ٽريڊ مارڪ، ڪاپي رائيٽ، يا عام قانون جي حقن جي تحت ڪنهن به لائسنس کي پهچائي نه ٿو ۽ نه ئي هن دستاويز ذريعي ڪنهن به ٽئين پارٽين جا حق.
ھن دستاويز ۾ ڏنل ھدايتن تي سختي سان ۽ واضح طور تي قابل ۽ صحيح طور تي تربيت يافته عملدار جي پيروي ڪرڻ گھرجي ته جيئن ھتي بيان ڪيل پروڊڪٽس جي صحيح ۽ محفوظ استعمال کي يقيني بڻائي سگھجي. اهڙي پراڊڪٽ کي استعمال ڪرڻ کان اڳ هن دستاويز جي سڀني مواد کي مڪمل طور تي پڙهڻ ۽ سمجهڻ گهرجي.
مڪمل طور تي پڙهڻ ۾ ناڪامي ۽ واضح طور تي ھتي شامل سڀني ھدايتن تي عمل ڪرڻ جي نتيجي ۾ پراڊڪٽ (ص) کي نقصان پھچڻ جي نتيجي ۾ ٿي سگھي ٿو، ماڻھن کي نقصان پھچي سگھي ٿو، جنھن ۾ استعمال ڪندڙن يا ٻين کي، ٻين کي، ويڙھيل ۽ مالڪن جي مدد سان س).
ILLUMINA هتي بيان ڪيل پراڊڪٽ (ص) جي غلط استعمال مان پيدا ٿيندڙ ڪنهن به ذميواري کي قبول نٿو ڪري (جنهن ۾ ان جا حصا يا سافٽ ويئر شامل آهن).
© 2021 Illumina, Inc. سڀ حق محفوظ آهن.
سڀ ٽريڊ مارڪ Illumina, Inc. يا انهن جي لاڳاپيل مالڪن جي ملڪيت آهن. مخصوص ٽريڊ مارڪ معلومات لاءِ، ڏسو
www.illumina.com/company/legal.html.
Local Run Manager CF 139-Variant 2.0 Analysis Module Workflow Guide
مٿانview
مقامي رن مئنيجر CF 139-Variant 2.0 تجزيي ماڊل TruSight Cystic Fibrosis 139-Variant Assay سان استعمال لاءِ آھي. اڀياس 139 ڪلينڪ طور تي لاڳاپيل سسٽڪ فائبروسس جي بيماري جو سبب بڻجندڙ ميوٽيشنز ۽ سسٽڪ فائبروسس ٽرانسميبرن ڪنڊڪٽنس ريگيوليٽر (CFTR) جين جي مختلف قسمن کي ڳولي ٿو جينومڪ ڊي اين اي ۾ انساني پردي جي پوري رت جي نمونن کان الڳ ٿيل. تجزياتي ماڊل ثانوي تجزيي کي انجام ڏئي ٿو ۽ ترتيب واري رنن مان رپورٽ جي نسل جيڪا TruSight Cystic Fibrosis استعمال ڪري ٿي. ڏسو پيڪيج داخل ڪريو TruSight Cystic Fibrosis Kit (دستاويز # 1000000097720).
تجزيو ماڊل جي مختصر علائقن جو اندازو لڳائي ٿو ampٺهيل ڊي اين اي، يا amplicons، variants لاء. جي مرڪزي تسلسل amplicons وڏي تعداد ۾ خاص علائقن جي اعلي ڪوريج کي قابل بڻائي ٿوamples.
ھن ھدايت بابت
هي گائيڊ CF 139-Variant 2.0 analysis module لاءِ ترتيب ۽ تجزيي لاءِ رن پيٽرولر قائم ڪرڻ لاءِ هدايتون مهيا ڪري ٿو. سافٽ ويئر جي استعمال کي موجوده ونڊوز آپريٽنگ سسٽم جي بنيادي ڄاڻ جي ضرورت آهي ۽ web برائوزر تي ٻڌل يوزر انٽرفيس. مقامي رن مئنيجر ڊيش بورڊ ۽ سسٽم سيٽنگن بابت معلومات لاءِ، ڏسو Local Run Manager Software Reference Guide for MiSeqDx
(دستاويز # 1000000011880).
رن انفارميشن داخل ڪريو
پيرا ميٽر مقرر ڪريو
- Local Run Manager ۾ لاگ ان ڪريو.
- منتخب ڪريو ٺاھيو رن، ۽ پوء چونڊيو CF 139-Variant 2.0.
- ھڪڙي رن جو نالو داخل ڪريو جيڪو رن کي سڃاڻي ٿو تجزيو ذريعي ترتيب ڏيڻ کان.
الفانومري اکر، اسپيس، انڊر اسڪور، يا ڊيش استعمال ڪريو (40 اکر يا گهٽ). - [اختياري] رن جي تفصيل داخل ڪريو.
الفانومري اکر، اسپيس، انڊر اسڪور، يا ڊيش استعمال ڪريو (150 اکر يا گهٽ). - لائبريري جي تياري کٽ لاءِ لاٽ نمبر ۽ ختم ٿيڻ جي تاريخ داخل ڪريو.
وضاحت ڪريو Sampڊوڙ لاء
وضاحت ڪريو sampهيٺ ڏنل اختيارن مان هڪ استعمال ڪندي هلائڻ لاء.- داخل ڪريو samples manually- استعمال ڪريو خالي ٽيبل ٺاھيو رن اسڪرين تي. تجويز ڪيل ايسampلي ويلز نمايان ٿيل آهن.
- درآمد ڪريو ايسamples- هڪ خارجي ڏانهن وڃو file ڪاما کان الڳ ڪيل قدر (*.csv) فارميٽ ۾. ٺاھيو رن اسڪرين تي ڊائون لوڊ لاءِ ھڪڙو ٽيمپليٽ موجود آھي.
ايس داخل ڪريوampدستي طور تي
- هڪ منفرد ايس داخل ڪريوampايس ۾ نالوampنالو جو ميدان.
الفانومري اکر، ڊيش، يا انڊر اسڪور استعمال ڪريو (40 اکر يا گهٽ). - صحيح ڪلڪ ڪريو ۽ چونڊيو مثبت ۽ منفي ڪنٽرول ايسamples.
هڪ رن کي بچائڻ لاء، ان کي گهٽ ۾ گهٽ هڪ مثبت ۽ هڪ منفي ڪنٽرول هجڻ گهرجي. - [اختياري] داخل ڪريو جيئنamps ۾ وضاحتample وضاحت ٽيب.
الفانومري اکر، ڊيش، يا انڊر اسڪور استعمال ڪريو (50 اکر يا گهٽ). - [اختياري] انڊيڪس 1 اڊاپٽر چونڊيو انڊيڪس 1 (i7) ڊراپ ڊائون لسٽ مان.
هي قدم اختياري آهي ڇاڪاڻ ته i7 ۽ i5 انڊيڪس جو مجموعو پاڻمرادو ٺهندو آهي ڊفالٽ ترتيب سان. - [اختياري] انڊيڪس 2 اڊاپٽر چونڊيو انڊيڪس 2 (i5) ڊراپ ڊائون لسٽ مان.
هي قدم اختياري آهي ڇاڪاڻ ته i7 ۽ i5 انڊيڪس جو مجموعو پاڻمرادو ٺهندو آهي ڊفالٽ ترتيب سان. - پليٽ جي ترتيب کي ڏيکارڻ لاءِ پرنٽ آئڪن کي منتخب ڪريو.
- منتخب ڪريو پرنٽ پليٽ لي آئوٽ کي پرنٽ ڪرڻ لاءِ ريفرنس جي طور تي لائبريري تيار ڪرڻ لاءِ.
- [اختياري] چونڊيو برآمد ڪرڻ لاءِ ايڪسپورٽ sampڄاڻ file.
- منتخب ڪريو Save Run.
جيڪڏهن 24 کان گهٽamples داخل ڪيو ويو آهي، غير مناسب ايسample ونڊو ڏيکاري ويندي. جاري رکڻ لاءِ اڳتي کي منتخب ڪريو، يا s کي تبديل ڪرڻ لاءِ منسوخ ڪريو چونڊيوamples.
احتياط
24 s کان گھٽ سان اڳتي وڌڻamples Illumina پاران تصديق ٿيل نه آهي. وڌيڪ معلومات لاءِ TruSight Cystic Fibrosis Package Insert (دستاويز #1000000097720) ڏسو.
درآمد Samples
Sampمعلومات ٻن قسمن مان درآمد ڪري سگھجي ٿو files:
- اي ايسampڄاڻ file جيڪو اڳي برآمد ڪيو ويو CF 139-Variant 2.0 ماڊل مان Export فيچر استعمال ڪندي.
- هڪ ٽيمپليٽ file، جيڪو ٺاھي سگھجي ٿو ٽيمپليٽ کي منتخب ڪندي ٺاھيو رن اسڪرين تي. سانچو file درآمد لاءِ صحيح ڪالمن جي عنوانن تي مشتمل آهي، هر ڪالم ۾ جڳهه رکندڙ معلومات سان. ٽيمپليٽ کي ترتيب ڏيڻ لاءِ خارجي ايڊيٽر استعمال ڪريو file:
- شامل ڪريو sampهر هڪ لاء معلوماتampڊوڙ ۾.
- هڪ دفعو سڀ ايسampلي معلومات شامل ڪئي وئي آهي، غير استعمال ٿيل سيلز ۾ باقي رکيل جڳهه جي معلومات کي ختم ڪريو.
- ٽيمپليٽ محفوظ ڪريو file.
درآمد ڪرڻ sampڄاڻ:
- منتخب ڪريو درآمد Samples، ۽ پوءِ ڏانھن براؤز ڪريو file ۽ ان کي چونڊيو.
- پليٽ جي ترتيب کي ڏيکارڻ لاءِ پرنٽ آئڪن کي منتخب ڪريو.
- منتخب ڪريو پرنٽ پليٽ لي آئوٽ کي پرنٽ ڪرڻ لاءِ ريفرنس جي طور تي لائبريري تيار ڪرڻ لاءِ.
- [اختياري] چونڊيو برآمد ڪرڻ لاءِ ايڪسپورٽ sampٻاهرين کي معلومات file.
- منتخب ڪريو Save Run.
جيڪڏهن 24 کان گهٽamples داخل ڪيو ويو آهي، غير مناسب ايسample ونڊو ڏيکاري ويندي. جاري رکڻ لاءِ اڳتي کي منتخب ڪريو، يا s کي تبديل ڪرڻ لاءِ منسوخ ڪريو چونڊيوamples.
احتياط
24 s کان گھٽ سان اڳتي وڌڻamples Illumina پاران تصديق ٿيل نه آهي. وڌيڪ معلومات لاءِ TruSight Cystic Fibrosis Package Insert (دستاويز #1000000097720) ڏسو.
هڪ رن کي تبديل ڪريو
ترتيب ڏيڻ کان پهريان توهان جي رن ۾ معلومات کي تبديل ڪرڻ جي هدايتن لاء، مقامي رن مئنيجر ڏسو
MiSeqDx لاءِ سافٽ ويئر ريفرنس گائيڊ (دستاويز # 1000000011880).
تجزيي جا طريقا
TruSight Cystic Fibrosis جي تجزيي جي طريقن جي وضاحت لاءِ، ڏسو پيڪيج داخل ڪريو TruSight Cystic Fibrosis Kit (دستاويز # 1000000097720).
View رن ۽ نتيجا
- مقامي رن مئنيجر جي مکيه اسڪرين مان، رن جي نالي تي ڪلڪ ڪريو.
- رن اوور کانview ٽيب، ٻيهرview رن جي تسلسل جي ماپ.
- [اختياري] چونڊيو ڪاپي ٽو ڪلپ بورڊ آئڪن کي نقل ڪرڻ لاءِ آئوٽ رن فولڊر رستو.
- ٻيهر ڪرڻ لاءِ Sequencing Information ٽئب کي منتخب ڪريوview هلائيندڙ پيٽرولر ۽ استعمال ٿيندڙ معلومات.
- منتخب ڪريو Samples ۽ نتيجا ٽيب ڏانهن view تجزيو جا نتيجا.
ٽيب مهيا ڪري ٿو جيئنample لسٽ جيڪا ڪال جي شرح، ڪارڪردگي، ۽ ڪنٽرول تي معلومات کي اختصار ڪري ٿي.
جيڪڏهن تجزيو بار بار ڪيو ويو، ته وڌايو تجزيو چونڊيو ڊراپ-ڊائون لسٽ ۽ چونڊيو مناسب تجزيو. - [اختياري] ڊبل ڪلڪ ڪريو تبصرو فيلڊ تي تبصرو داخل ڪرڻ لاءِ جيئنampلسٽ ۾ le. ڪلڪ ڪريو Save Changes.
- منتخب ڪريو samples فهرست ۾ تفصيلي مختلف معلومات ڏيکارڻ لاء. ايسample variant معلومات ڏيکاري ٿو هيٺان sampلسٽ.
نوٽ هر دفعي تبديليون محفوظ ڪيون وينديون آهن، هڪ تجزيو نتيجو file ترتيب ڏنل فولڊر ۾ ٺاهي ويندي. هي file هڪ وقت شامل آهيamp ۾ شامل ڪيو ويو file نالو، فارميٽ سان YYMMDD_HHMMSS.
رن اوور تي وڌيڪ معلومات لاءview ۽ ترتيب ڏيڻ واري معلومات جا ٽيب، ۽ تجزيو ڪيئن ڪجي، ڏسو Local Run Manager Software Reference Guide for MiSeqDx (دستاويز #
1000000011880).
لوٽ ٽريڪنگ ڊيٽا File
تجزيو مڪمل ٿيڻ کان پوء، ھيٺ ڏنل اختيارن مان ھڪڙو چونڊيو view LotTracking.txt file.
- کان Sample ۽ نتيجا ٽئب تي، ڪلڪ ڪريو Export Lot Tracking Data.
- کوليو file Alignment فولڊر ۾.
الائنمينٽ فولڊر ڏانهن رستو ڏيکاريل آهي Samples ۽ نتيجا ٽئب ۾ تجزيو فولڊر فيلڊ ۾. - [اختياري] منتخب ڪريو ڪاپي ٽو ڪلپ بورڊ آئڪن کي نقل ڪرڻ لاءِ تجزيو فولڊر رستو.
جڏهن تجزيو مڪمل ٿي چڪو آهي، ڊيٽا کي ٽريڪ ڪرڻ جو تمام گهڻو file رن لاءِ Alignment فولڊر ۾ لکيل آهي. مثال لاءِample: MiSeqAnalysis\ \Alignment_N\YYMMDD_HHMMSS. N ھڪڙو ترتيب وار نمبر آھي جيڪو وڌندو آھي جيڪڏھن تجزيو ڪيو ويو ھو. YYMMDD_HHMMSS وقت آهيamp ڊوڙ جو.
نتيجن جي رپورٽ
ثانوي تجزيي جي مڪمل ٿيڻ کان پوء، تجزيي جي نتيجن جو خلاصو Samples ۽ نتيجا ٽيب. تجزيو جا نتيجا (آئوٽ پُٽ) file asay for the assay پڻ اختصار ڪري ٿو نتيجن کي هڪ ٽئب ۾ الڳ ٿيل متن ۾ file TruSightCF139VariantAsay.txt سڏيو ويندو آهي.
تجزيو جي نتيجن ۾ نتيجا file ايس تي مليل معلومات شامل ڪريوample ۽ نتيجا ٽيب. ھيٺ ڏنل اختيارن مان ھڪڙو چونڊيو view تجزيو جا نتيجا file TruSightCF139VariantAssay.txt:
- کان Sample ۽ نتيجا ٽئب، ڪلڪ ڪريو Export Data.
- کوليو file Alignment فولڊر ۾.
Alignment فولڊر ڏانهن رستو ڏيکاريل آهي تجزيو فولڊر فيلڊ ۾ Samples ۽ نتيجا ٽيب.
نوٽ
تجزيو فولڊر رستي کي نقل ڪرڻ لاءِ ڪاپي ڪلپ بورڊ جي آئڪن کي منتخب ڪريو.
تجزيو fileهر sequencing رن لاء اوزار تي ذخيرو ٿيل آهن، سان fileمحفوظ ڪيو ويو آهي
MiSeqAnalysis\ ڊيٽا\Intensities\BaseCalls and MiSeqAnalysis\
نالو>\Alignment_N\YYMMDD_HHMMSS. N ھڪڙو ترتيب وار نمبر آھي جيڪو وڌندو آھي جيڪڏھن تجزيو ڪيو ويو ھو. YYMMDD_HHMMSS وقت آهيamp ڊوڙ جو.
تجزيو جا نتيجا File ڄاڻ
تجزيو جا نتيجا file TruSightCF139VariantAssay.txt ۾ ٽي حصا شامل آهن: جي file هيڊر، ايسample ڄاڻ، ۽ ايسampمختلف قسمن جي ڄاڻ. جي file هيڊر پهريون درج ٿيل آهي، ۽ رن بابت عام معلومات شامل آهي. نوٽ ڪريو ته رڳو ھڪڙو آھي file هيڊر في رن. ان جي ابتڙ، sampلي ڄاڻ ۽ ايسample variants معلومات هر s لاء شامل آهنampلي تجزيي ۾ استعمال ڪيو ويو. اهي حصا هر هڪ لاءِ گڏ ٿيل آهنampلي.
هيٺ ڏنل جدول ۾ هر قطار جي وضاحت مهيا ڪري ٿي file هيڊر، جنهن ۾ رن بابت معلومات شامل آهي:
ٽيبل 1 File هيڊر (رن جي ڄاڻ)
- ٽيسٽ بيان ڪري ٿو جيڪو ٽيسٽ ڪيو ويو. رن آئي ڊي رن آئي ڊي جيڪا تيار ڪئي وئي MiSeq آپريٽنگ سافٽ ويئر (MOS) ترتيب ڏيڻ جي شروعات ۾.
- هلائڻ جي تاريخ (YYMMDD) جيڪا ترتيب ڏيڻ واري رن کي MOS ۾ شروع ڪيو ويو.
- تجزياتي نسخو سافٽ ويئر نسخو جيڪو تجزيو لاء استعمال ڪيو ويو.
هيٺ ڏنل جدول s ۾ هر قطار جي وضاحت ڏئي ٿوampلي معلومات جا حصا: ٽيبل 2 ايسampڄاڻ
- Sampلي آئي ڊي ايسample نالو مهيا ڪيو ويو جڏهن رن ٺاهي وئي، مقامي رن مئنيجر سافٽ ويئر پاران ڏنل تجزياتي ID سان گڏ. جيڪڏهن توهان هڪ رن جي درخواست ڪريو، ايسampلي نالو جو حصو Sample ID ساڳيو رهي ٿو، جڏهن ته تجزيو ID تبديل ٿي.
- ھي فيلڊ *.txt ۾ آھي file صرف.
Sampلي جو نالو ايسample نالو مهيا ڪيو ويو جڏهن رن ٺاهي وئي.
هيٺ ڏنل جدول s ۾ هر ڪالمن جي وضاحت فراهم ڪري ٿوample variants سيڪشن: ٽيبل 3 Sampمختلف قسمن جي ڄاڻ
نظرثاني جي تاريخ
- دستاويز جي تاريخ تبديلي جي وضاحت
- دستاويز # 1000000100945 v01 آگسٽ 2021 اپڊيٽ ڪيو ويو EU بااختيار نمائندو پتو.
- دستاويز # 1000000100945 v00 ڊسمبر 2019 شروعاتي رليز.
ٽيڪنيڪل مدد
ٽيڪنيڪل مدد لاءِ، Illumina ٽيڪنيڪل سپورٽ سان رابطو ڪريو.
- Webسائيٽ: www.illumina.com
- اي ميل: techsupport@illumina.com
Illumina ڪسٽمر سپورٽ ٽيليفون نمبر
| علائقو | ٽول فري | علائقائي |
| اتر آمريڪا | +1.800.809.4566 | |
| آسٽريليا | +1.800.775.688 | |
| آسٽريا | +43 800006249 | +43 19286540 |
| بيلجيم | +32 80077160 | +32 34002973 |
| چين | 400.066.5835 | |
| ڊينمارڪ | +45 80820183 | +45 89871156 |
| فنلينڊ | +358 800918363 | +358 974790110 |
| فرانس | +33 805102193 | +33 170770446 |
| جرمني | +49 8001014940 | +49 8938035677 |
| هانگ ڪانگ، چين | 800960230 | |
| آئرلينڊ | +353 1800936608 | +353 016950506 |
| اٽلي | +39 800985513 | +39 236003759 |
| جاپان | 0800.111.5011 | |
| نيدرليند | +31 8000222493 | +31 207132960 |
| نيو زيلينڊ | 0800.451.650 | |
| ناروي | +47 800 16836 | +47 21939693 |
| سينگاپور | +1.800.579.2745 | |
| ڏکڻ ڪوريا | +82 80 234 5300 | |
| اسپين | +34 911899417 | +34 800300143 |
| سوئيڊن | +46 850619671 | +46 200883979 |
| سئيٽرزلينڊ | +41 565800000 | +41 800200442 |
| تائيوان، چين | 00806651752 | |
| برطانيه | +44 8000126019 | +44 2073057197 |
| ٻيا ملڪ | +44.1799.534000 |
حفاظتي ڊيٽا شيٽ (SDSs) - Illumina تي دستياب webسائيٽ تي support.illumina.com/sds.html. پراڊڪٽ ڊاڪيومينٽيشن - ڊائون لوڊ لاءِ دستياب آهي تان support.illumina.com.
دستاويز / وسيلا
 |
illumina Local Run Manager CF 139-Variant 2.0 Analysis Module Software [pdf] استعمال ڪندڙ ھدايت Local Run Manager CF 139-Variant 2.0 Analysis Module, Software, Local Run Manager CF 139-Variant 2.0 Analysis Module Software |
