illumina Local Run Manager CF 139-Variant 2.0 Analysis Module Software
دا سند او د هغې محتويات د Illumina, Inc. او د هغې اړوندو شرکتونو ("Illumina") ملکیت دی، او یوازې د دې لپاره چې دلته بیان شوي د محصول (محصولاتو) کارولو په تړاو د دې پیرودونکي قراردادي کارونې لپاره دي او د کوم بل هدف لپاره ندي. . دا سند او د هغې مینځپانګې باید د کوم بل هدف لپاره ونه کارول شي یا توزیع شي او/یا په بل ډول د ایلومینا د مخکیني لیکلي رضایت پرته په هیڅ ډول اړیکه ، افشا یا بیا تولید نشي. Illumina د دې سند له مخې د خپل پیټینټ، سوداګریزې نښې، کاپي حق، یا د عام قانون حقونه او نه هم د دریمې ډلې ورته ورته حقوق الندې هیڅ جواز نه رسوي.
په دې سند کې لارښوونې باید په کلکه او په واضح ډول د وړ او مناسب روزل شوي پرسونل لخوا تعقیب شي ترڅو ډاډ ترلاسه شي چې دلته تشریح شوي محصول (س) سم او خوندي کارول کیږي. د دې سند ټول مینځپانګې باید د داسې محصولاتو کارولو دمخه په بشپړ ډول لوستل او پوه شي.
په بشپړ ډول لوستلو کې پاتې راتلل او په ښکاره ډول د ټولو لارښوونو پیروي کول چې دلته شتون لري ممکن محصول ته زیان ورسوي، خلکو ته زیان، په شمول د کاروونکو یا نورو لپاره، او د نورو سره د شریکولو لپاره، د وینډوز په ګډون س).
ILLUMINA هیڅ ډول مسؤلیت په غاړه نه اخلي چې د هغه محصول (S) ناسم استعمال څخه رامینځته کیږي چې دلته تشریح شوي (د هغې برخې یا سافټویر په شمول).
© 2021 Illumina, Inc. ټول حقونه خوندي دي.
ټولې سوداګریزې نښې د Illumina Inc. یا د دوی اړوندو مالکینو ملکیت دی. د ځانګړي سوداګریزې نښې معلوماتو لپاره، وګورئ
www.illumina.com/company/legal.html.
د محلي چلولو مدیر CF 139-Variant 2.0 تحلیلي ماډل کاري فلو لارښود
اوورview
د ځایی چلولو مدیر CF 139-Variant 2.0 تحلیل ماډل د TruSight Cystic Fibrosis 139-Variant Assay سره د کارولو لپاره دی. ارزونه د 139 کلینیکي اړونده سیسټیک فایبرروسس ناروغۍ رامینځته کونکي تغیرات او د سیسټیک فایبروسس ټرانس میمبرین کنډکټانس ریګولیټر (CFTR) جین په جینومیک DNA کې کشف کوي چې د انسان د ټول وینې نمونو څخه جلا شوي. د تحلیل ماډل ثانوي تحلیل ترسره کوي او د ترتیب کولو چلونو څخه راپور تولید کوي چې د TruSight سیسټیک فایبروسس کاروي. د TruSight Cystic Fibrosis Kit داخلولو بسته وګورئ (سند #1000000097720).
د تحلیل ماډل د لنډو سیمو ارزونه کوي ampلایف شوی DNA، یا ampلیکون، د ډولونو لپاره. د متمرکز ترتیب amplicons د ځانګړو سیمو لوړ پوښښ وړوي په لوی شمیر کېamples.
د دې لارښود په اړه
دا لارښود د CF 139-Variant 2.0 تحلیلي ماډل لپاره د ترتیب او تحلیل لپاره د چلولو پیرامیټونو ترتیبولو لپاره لارښوونې چمتو کوي. د سافټویر کارول د اوسني وینډوز عملیاتي سیسټم لومړني پوهې ته اړتیا لري او web د براوزر پر بنسټ د کاروونکي انٹرفیس. د محلي چلولو مدیر ډشبورډ او سیسټم ترتیباتو په اړه د معلوماتو لپاره، د MiSeqDx لپاره د محلي چلولو مدیر سافټویر حواله لارښود وګورئ
(سند # 1000000011880).
د چلولو معلومات دننه کړئ
پیرامیټونه تنظیم کړئ
- د محلي چلولو مدیر ته ننوتل.
- Create Run غوره کړئ، او بیا CF 139-Variant 2.0 غوره کړئ.
- د چلولو نوم دننه کړئ چې د تحلیل له لارې د ترتیب کولو څخه رن پیژني.
د الفانومیریک حروف، ځای، انډر سکور، یا ډش (40 حروف یا لږ) وکاروئ. - [اختیاري] د چلولو توضیح داخل کړئ.
د الفانومیریک حروف، ځای، انډر سکور، یا ډش (150 حروف یا لږ) وکاروئ. - د کتابتون د چمتو کولو کټ لپاره لاټ شمیره او د پای نیټه دننه کړئ.
S مشخص کړئampد منډې لپاره
s مشخص کړئampد لاندې انتخابونو څخه یو په کارولو سره د چلولو لپاره.- داخل کړئampپه لاسي ډول - د چلولو په سکرین کې خالي میز وکاروئ. وړاندیز شوی sampد څاه ګانو په ګوته شوي دي.
- د واردولوamples - بهر ته لاړ شئ file په کوما سره جلا شوي ارزښتونو (*.csv) بڼه کې. یو ټیمپلیټ د چلولو په سکرین کې د ډاونلوډ لپاره شتون لري.
ایس داخل کړئampپه لاسي ډول
- یو ځانګړی داخل کړئampلی نوم په Sampد نوم ساحه.
د الفانومیریک حروف، ډیش، یا انډر سکور (40 حروف یا لږ) وکاروئ. - ښي کلیک وکړئ او مثبت او منفي کنټرول غوره کړئamples.
د یوې منډې د ژغورلو لپاره، دا باید لږترلږه یو مثبت او یو منفي کنټرول ولري. - [اختیاري] په توګه داخل کړئample توضیحات په sampد توضیحاتو ټب.
د الفانومیریک حروف، ډیش، یا انډر سکور (50 حروف یا لږ) وکاروئ. - [اختیاري] د شاخص 1 (i1) ډراپ-ډاون لیست څخه د انډیکس 7 اډاپټر غوره کړئ.
دا ګام اختیاري دی ځکه چې د i7 او i5 شاخص ترکیبونه د ډیفالټ ترتیب سره اتوماتیک کیږي. - [اختیاري] د شاخص 2 (i2) ډراپ-ډاون لیست څخه د انډیکس 5 اډاپټر غوره کړئ.
دا ګام اختیاري دی ځکه چې د i7 او i5 شاخص ترکیبونه د ډیفالټ ترتیب سره اتوماتیک کیږي. - د پلیټ ترتیب ښودلو لپاره د چاپ نښه غوره کړئ.
- د کتابتونونو چمتو کولو لپاره د حوالې په توګه د پلیټ ترتیب د چاپ کولو لپاره چاپ غوره کړئ.
- [اختیاري] د صادرولو لپاره صادرات غوره کړئampمعلومات file.
- د چلولو خوندي کول غوره کړئ.
که د 24 s څخه کم ويamples داخل شوي دي، ناکافي Sampکړکۍ به ښکاره شي. د دوام لپاره پروسیډ وټاکئ، یا د s ترمیم کولو لپاره لغوه غوره کړئamples.
احتیاط
د 24 ثانیو څخه کم سره پرمخ وړلamples د Illumina لخوا تایید شوي ندي. د نورو معلوماتو لپاره د TruSight Cystic Fibrosis Package Insert (سند #1000000097720) وګورئ.
وارد Samples
Sampمعلومات د دوه ډوله څخه وارد کیدی شي files:
- ا سampمعلومات file چې مخکې د صادراتو فیچر په کارولو سره د CF 139-Variant 2.0 ماډل څخه صادر شوی و.
- یو ټیمپلیټ file، کوم چې د Create Run په سکرین کې د ټیمپلیټ په غوره کولو سره رامینځته کیدی شي. کينډۍ file د واردولو لپاره د درست کالم سرلیکونه لري، په هر کالم کې د ځای لرونکي معلوماتو سره. د ټیمپلیټ دودیز کولو لپاره بهرنۍ مدیر وکاروئ file:
- s اضافه کړئampد هر یو لپاره معلوماتampپه منډه کې.
- یوځل ټول sample معلومات اضافه شوي، په غیر استعمال شوي حجرو کې د ځای لرونکي پاتې شوي معلومات حذف کړئ.
- کينډۍ خوندي کړئ file.
د واردولو لپارهampمعلومات:
- د وارداتو انتخاب غوره کړئamples، او بیا یې ته لټون وکړئ file او هغه وټاکئ.
- د پلیټ ترتیب ښودلو لپاره د چاپ نښه غوره کړئ.
- د کتابتونونو چمتو کولو لپاره د حوالې په توګه د پلیټ ترتیب د چاپ کولو لپاره چاپ غوره کړئ.
- [اختیاري] د صادرولو لپاره صادرات غوره کړئampد بهرنیانو لپاره معلومات file.
- د چلولو خوندي کول غوره کړئ.
که د 24 s څخه کم ويamples داخل شوي دي، ناکافي Sampکړکۍ به ښکاره شي. د دوام لپاره پروسیډ وټاکئ، یا د s ترمیم کولو لپاره لغوه غوره کړئamples.
احتیاط
د 24 ثانیو څخه کم سره پرمخ وړلamples د Illumina لخوا تایید شوي ندي. د نورو معلوماتو لپاره د TruSight Cystic Fibrosis Package Insert (سند #1000000097720) وګورئ.
یو رن ایډیټ کړئ
د ترتیب کولو دمخه ستاسو په جریان کې د معلوماتو ایډیټ کولو لارښوونو لپاره ، د محلي چلولو مدیر وګورئ
د MiSeqDx لپاره د سافټویر حوالې لارښود (سند #1000000011880).
د تحلیل میتودونه
د TruSight سسټیک فایبروسس لپاره د تحلیلي میتودونو د توضیح لپاره، د TruSight Cystic Fibrosis Kit داخلولو بسته وګورئ (سند #1000000097720).
View چلول او پایلې
- د ځایی چلولو مدیر اصلي سکرین څخه، د چلولو نوم کلیک وکړئ.
- د رن اوور څخهview ټب، بیاview د ترتیب چلولو میټریکونه.
- [اختیاري] د کلپ بورډ ته کاپي آیکون غوره کړئ ترڅو د محصول چلولو فولډر لاره کاپي کړئ.
- د بیا کولو لپاره د معلوماتو ترتیب کولو ټب غوره کړئview چلول پیرامیټونه او د مصرف وړ معلومات.
- S غوره کړئamples او د پایلو ټب ته view د تحلیل پایلې.
ټب په توګه وړاندې کويample لیست چې د تلیفون نرخ ، فعالیت او د کنټرول په اړه معلومات لنډیز کوي.
که تحلیل تکرار شوی وي، د انتخاب تحلیل ډراپ ډاون لیست پراخ کړئ او مناسب تحلیل غوره کړئ. - [اختیاري] د تبصرې د ننوتلو لپاره د تبصرې ساحه دوه ځله کلیک وکړئ لکه څنګه چېampپه لیست کې. کلیک وکړئ بدلونونه خوندي کړئ.
- s انتخاب کړئampپه لست کې د تفصيلي ډول معلوماتو ښودلو لپاره. سampد متغیر معلومات د s لاندې ښودل کیږيampلست.
نوټ هرکله چې بدلونونه خوندي شي، د تحلیل پایلې file په ترتیب فولډر کې به پیدا شي. دا file یو وخت stamp سره ضمیمه شوی file نوم، د YYMMDD_HHMMSS بڼه سره.
د Run Over په اړه د نورو معلوماتو لپارهview او د معلوماتو د ترتیب کولو ټبونه، او څنګه د تحلیل غوښتنه کول، د MiSeqDx لپاره د محلي چلولو مدیر سافټویر حواله لارښود وګورئ (د سند #
۴).
د لوټ تعقیب ډاټا File
یوځل چې تحلیل بشپړ شي ، د لاندې انتخابونو څخه یو غوره کړئ view د LotTracking.txt file.
- له Sample او د پایلو ټب کې، د لاټ تعقیب ډاټا صادرولو کلیک وکړئ.
- خلاص کړئ file د سمون فولډر کې.
د الینمینټ فولډر ته لاره په S کې ښودل کیږيamples او د پایلو ټب د تحلیل فولډر ساحه کې. - [اختیاري] د تحلیل فولډر لاره کاپي کولو لپاره د کلپ بورډ ته کاپي آیکون غوره کړئ.
کله چې تحلیل بشپړ شي، د ډیری تعقیب ډاټا file د چلولو لپاره د سمون فولډر ته لیکل شوی. د مثال لپارهample: MiSeqAnalysis\ \Alignment_N\YYMMDD_HHMMSS. N یو ترتیبي شمیره ده چې زیاتیږي که چیرې تحلیل غوښتنه وشي. YYMMDD_HHMMSS تر ټولو وخت دیamp د منډې.
د پایلو راپور
وروسته له دې چې ثانوي تحلیل بشپړ شي، د تحلیل پایلې په S کې لنډیز شويamples او د پایلو ټب. د تحلیل پایلې (حاصل) file د ارزونې لپاره هم پایلې په یوه ټب کې محدود شوي متن کې لنډیز کوي file د TruSightCF139VariantAsay.txt په نوم یادیږي.
د تحلیل پایلې پایلې file په S کې موندل شوي معلومات شامل ديample او د پایلو ټب. د لاندې انتخابونو څخه یو غوره کړئ view د تحلیل پایلې file TruSightCF139VariantAsay.txt:
- له Sample او د پایلو ټب کې، د ډیټا صادرولو کلیک وکړئ.
- خلاص کړئ file د سمون فولډر کې.
د سمون فولډر ته لاره د S تحلیل فولډر ساحه کې ښودل کیږيamples او د پایلو ټب.
نوټ
د تحلیل فولډر لاره کاپي کولو لپاره کلپ بورډ ته کاپي آیکون غوره کړئ.
تحلیل fileد هرې سلسلې چلولو لپاره په وسیله کې زیرمه شوي، سره fileته خوندي شوی دی
MiSeqAnalysis\ \Data\Intensities\BaseCalls and MiSeqAnalysis\
نوم>\Alignment_N\YYMMDD_HHMMSS. N یو ترتیبي شمیره ده چې زیاتیږي که چیرې تحلیل ته اړتیا وي. YYMMDD_HHMMSS تر ټولو وخت دیamp د منډې.
د تحلیل پایله File معلومات
د تحلیل پایلې file TruSightCF139VariantAsay.txt درې برخې لري: د file سرلیک، sample معلومات، او sampد ډولونو معلومات. د file سرلیک لومړی لیست شوی، او د چلولو په اړه عمومي معلومات شامل دي. په یاد ولرئ چې یوازې یو شتون لري file په هر منډه سرلیک. په مقابل کې، sample معلومات او sampد هر ډول لپاره معلومات شامل ديampپه تحلیل کې کارول کیږي. دا برخې د هرې برخې لپاره یوځای شوي ديample.
لاندې جدول د هر قطار توضیحات وړاندې کوي file سرلیک، چې د چلولو په اړه معلومات پکې شامل دي:
جدول 1 File سرلیک (د چلولو معلومات)
- ازموینه هغه ازموینه تشریح کوي چې ترسره شوي. د چلولو ID چلول ID چې د ترتیب کولو په پیل کې د MiSeq عملیاتي سافټویر (MOS) لخوا رامینځته شوی.
- د چلولو نیټه نیټه (YYMMDD) چې د ترتیب کولو لړۍ په MOS کې پیل شوې وه.
- د تحلیل نسخه سافټویر نسخه چې د تحلیل لپاره کارول کیده.
لاندې جدول په s کې د هر قطار توضیحات وړاندې کويampد معلوماتو برخې: جدول 2 Sampد معلوماتو
- Sample ID د sample نوم چمتو شوی کله چې رن رامینځته شوی و ، د محلي چلولو مدیر سافټویر لخوا ټاکل شوي تحلیل ID سره یوځای شوی. که تاسو د منډې غوښتنه وکړئ، د sampد نوم برخه د Sample ID ورته پاتې کیږي، پداسې حال کې چې د تحلیل ID بدلیږي.
- دا ساحه په *.txt کې ده file یوازې.
Sample نوم د sample نوم ورکړل شوی کله چې منډې رامینځته شوې.
لاندې جدول په s کې د هر کالم توضیحات وړاندې کويampد بڼې برخې: جدول 3 Sampد تغیراتو معلومات
د بیاکتنې تاریخ
- د سند نیټه د بدلون توضیحات
- سند # 1000000100945 v01 اګست 2021 تازه شوی د EU مجاز نمایندګۍ پته.
- سند #1000000100945 v00 دسمبر 2019 ابتدايي خپرونه.
تخنیکي مرسته
د تخنیکي مرستې لپاره، د Illumina تخنیکي ملاتړ سره اړیکه ونیسئ.
- Webسایټ: www.illumina.com
- بریښنالیک: techsupport@illumina.com
د Illumina پیرودونکي ملاتړ تلیفون شمیرې
| سیمه | وړیا وړیا | سیمه ایز |
| شمالی امریکا | +۵۷ | |
| آسټرالیا | +۵۷ | |
| آسټریا | +۴۵۷۴۸۸ | +۴۵۷۴۸۸ |
| بیلجیم | +۴۵۷۴۸۸ | +۴۵۷۴۸۸ |
| چین | 400.066.5835 | |
| ډینمارک | +۴۵۷۴۸۸ | +۴۵۷۴۸۸ |
| فینلینډ | +۴۵۷۴۸۸ | +۴۵۷۴۸۸ |
| فرانسه | +۴۵۷۴۸۸ | +۴۵۷۴۸۸ |
| جرمني | +۴۵۷۴۸۸ | +۴۵۷۴۸۸ |
| هانګ کانګ، چین | 800960230 | |
| ایرلینډ | +۴۵۷۴۸۸ | +۴۵۷۴۸۸ |
| ایټالیا | +۴۵۷۴۸۸ | +۴۵۷۴۸۸ |
| جاپان | 0800.111.5011 | |
| هالینډ | +۴۵۷۴۸۸ | +۴۵۷۴۸۸ |
| نيوزيلنډ | 0800.451.650 | |
| ناروی | +47 800 16836 | +۴۵۷۴۸۸ |
| سینګاپور | +۵۷ | |
| سویلي کوریا | +82 80 234 5300 | |
| هسپانیه | +۴۵۷۴۸۸ | +۴۵۷۴۸۸ |
| سویډن | +۴۵۷۴۸۸ | +۴۵۷۴۸۸ |
| سویزرلینډ یا سویس | +۴۵۷۴۸۸ | +۴۵۷۴۸۸ |
| تایوان، چین | 00806651752 | |
| انګلستان | +۴۵۷۴۸۸ | +۴۵۷۴۸۸ |
| نور هیوادونه | +۵۷ |
د خوندیتوب ډیټا شیټونه (SDSs) — په ایلومینا کې شتون لري webپه سایټ کې support.illumina.com/sds.html. د محصول اسناد — د ډاونلوډ لپاره شتون لري support.illumina.com.
اسناد / سرچینې
 |
illumina Local Run Manager CF 139-Variant 2.0 Analysis Module Software [pdf] د کارونکي لارښود د محلي چلولو مدیر CF 139-Variant 2.0 د تحلیل ماډل، سافټویر، د محلي چلولو مدیر CF 139-ډول 2.0 تحلیلي ماډل سافټویر |
