کليل ليب آٽوميشن جي هدايتن لاءِ OT-2 ورڪ اسٽيشنون

تياري شيٽ
ماپ ۽ شمارياتي تجزيو

ليکڪ ڪينيڊي بي، پي ايڇ ڊي. ۽ ڪناري واٽسسن، پي ايڇ ڊي.

شروع ٿيڻ

سبق جي رٿ کي سيکارڻ کان اڳ، ڪلاس کان اڳ هيٺين مرحلن کي پورو ڪريو.

OT-2 کي دٻايو
Opentrons ايپ سيٽ اپ ڪريو
پائپ سان ڳنڍيو
ڇت کي ترتيب ڏيو
ٽپ جي ڊيگهه کي ترتيب ڏيو ۽ پائپٽ آفسيٽ
ايپ ۾ ڪنهن به لاڳاپيل پروٽوڪول درآمد ڪريو
OT-2 تي پروٽوڪول کي ٽيسٽ ڪريو

اضافي حمايت جي ضرورت آهي؟

ٽيڪنيڪل سپورٽ لاء، مهرباني ڪري چيڪ ڪريو اسان جي Opentrons مدد سينٽر لاڳاپيل مضمونن لاءِ. جيڪڏھن توھان کي وڌيڪ مدد جي ضرورت آھي، مھرباني ڪري رابطو ڪريو support@opentrons.com.

جيڪڏھن توھان وٽ سبق جي منصوبي سان لاڳاپيل سوال آھن، مھرباني ڪري ليکڪن سان رابطو ڪريو، Kennedy Bae، at kennedy@opentrons.com، يا ڪناري واٽسسن، تي kinnari@opentrons.com.

تعليم جي رهنمائي ڪندڙ
ماپ ۽ شمارياتي تجزيو

ليکڪ ڪينيڊي بي، پي ايڇ ڊي. ۽ ڪناري واٽسسن، پي ايڇ ڊي.

مقصد

ھن ليب جو مقصد آھي شاگردن جي سمجھ کي ترقي ڪرڻ لاءِ سيريل ڊيليوشن استعمال ڪرڻ لاءِ معياري وکر پيدا ڪرڻ، ۽ معياري وکر جو استعمالampقدر. ھن ۾ شامل آھي قدر جي تعريف:

• بنيادي پائپنگ صلاحيتن
• سيريل dilutions
• ماپيندڙ نقل
• معياري وکر جي حد
• اھميت جو اندازو لڳائڻ لاءِ انگ اکر جو استعمال

شاگرد پاڻمرادو مائع هينڊلنگ سان متوازي طور تي دستي پائپنگ انجام ڏين ٿا، شاگردن کي ٻنهي ٽيڪنالاجي جي طاقت ۽ موقعا ڏسڻ جي اجازت ڏئي ٿو.

شاگردن جي سامعين

هي ليب وچولي سطح جي انڊر گريجوئيٽ حياتيات جي ڪورسن ۾ داخلا لاءِ استعمال لاءِ ٺهيل هئي. اهو لچڪدار آهي ته ڪلاس ۾ داخل ٿيل شاگردن جي ڪنهن به تعداد کي گڏ ڪرڻ لاءِ.

پس منظر جي ڄاڻ

شاگردن کي پائپنگ، اسپيڪٽرفوٽوميٽري، معياري وکر، ۽ شمارياتي تجزيي جي تصوراتي سمجھ هجڻ گهرجي.

بنيادي صلاحيتون

ليبارٽري صلاحيتن
پائپنگ، ايسampتيار ڪرڻ، ۽ ليبارٽري آٽوميشن سامان جو استعمال

ڊيٽا جو تجزيو
معياري وکر، مداخلت، ۽ شمارياتي تجزيي کي ترقي ڪندي

تنقيدي سوچ
تجرباتي ڊيٽا جي تشريح، مسئلا حل ڪرڻ، ۽ معقول نتيجن کي ڊرائنگ

سامان

اوپنٽرنس پروٽوڪول

تان پروٽوڪول ڊائون لوڊ ڪريو
https://protocols.opentrons.com/protocol/customizable_s erial_dilution_ot2

• ھيٺ ڏنل پيرا ميٽرز کي چونڊيو webصفحو توهان جي سيٽ اپ ۽ سامان جي مطابق:
  • پائپ جو قسم
  • جبل جي طرف
  • ٽپ جو قسم
  • ڇت جو قسم
  • پليٽ جو قسم
• لاءِ ڊفالٽ سيٽنگون رکو:
  • گھٽائڻ وارو عنصر (3)
  • گھٽجڻ جو تعداد (10)
  • ڪل ملائڻ جو مقدار (150)
  • کولي پليٽ ۾ خالي (ها)
  • ٽپ استعمال جي حڪمت عملي (هڪ ٽپ استعمال ڪريو)
  • هوائي خلا جو مقدار (10)

اوپنٽرن جو سامان

Opentrons OT-2 خودڪار مائع هٿ ڪرڻ وارو روبوٽ
Opentrons p300 8-چينل pipette

غير اوپنٽرن جو سامان

پليٽ تي ٻڌل spectrophotometer
ڊيٽا جي تجزيي لاءِ سافٽ ويئر (مثال طور Excel يا وقف ڪيل شمارياتي سافٽ ويئر)
P1000 متغير حجم دستي پائپيٽ (هڪ في شاگرد)
P100 متغير حجم دستي پائپٽ (صرف هڪ گهربل، حصو A جي نمائش لاءِ)

ليبارٽري

اوپنٽرنس 300 μL ٽپ ريڪ
12- کوهه جي ڇت
96-سٺو فليٽ هيٺان پليٽ
ٽيسٽ ٽيوب (6 في شاگرد)
ڊراپر (1 في شاگرد)

ريجنٽس

1000 mL diH20 في شاگرد
FD&C بليو نمبر 1 (McCormick® هن ليبارٽري جي ترقي ۾ استعمال ڪيو ويو)

تجرباتي مدت

گھربل ڪلاس سيشن
1

ليب هلائڻ جو وقت
اندازي مطابق ڪل وقت: 2.5-3 ڪلاڪ
تعارف ۽ حساب ڪتاب وکر نسل: 35 منٽ
Sampلي تياري ۽ پائپنگ: 1 ڪلاڪ
ڊيٽا گڏ ڪرڻ: 30 منٽ

بنيادي مسئلا حل ڪرڻ

1. ڪلاس کان اڳ آزمائشي هلائڻ؛ هن طريقي سان شاگردن جي اچڻ کان اڳ ڪنهن به غير متوقع واقعن کي حل ڪري سگهجي ٿو.
2. مشوري سان لاڳاپيل مسئلا تقريبا هميشه متبادل ليبارٽري يا روبوٽ جي حساب سان استعمال ڪرڻ سبب آهن. جيڪڏهن توهان اهو تجربو ڪيو آهي ۽ صحيح ليبارٽري جي تصديق ڪئي آهي، روبوٽ کي ٻيهر ترتيب ڏيڻ جي ڪوشش ڪريو.
3. جيڪڏهن توهان کي Opentrons سپورٽ تائين پهچڻ جي ضرورت آهي، مهرباني ڪري انهن کي ڄاڻ ڏيو ته توهان اسان جي اوپن ٽرانز فار ايجوڪيشن پروگرام جو حصو آهيو ۽ توهان جي ايندڙ ليب ڪلاس جي تاريخ.

گھربل اڳ-ليب سرگرميون

هن ليبارٽري کي شروع ڪرڻ کان اڳ، شاگردن کي هيٺين ٽيڪنيڪل صلاحيتن ۽ نظرياتي ڄاڻ هجڻ گهرجي:

• هڪ دستي پائپٽ تي پائپٽ ٽپ لوڊ ڪريو
• دستي پائپن لاء حجم جي ترتيب
• spectrophotometry جي نظرياتي ڄاڻ - معلم هن ليبارٽري لاء اسپيڪٽرو فوٽو ميٽر هلائيندو
• معياري وکر کي سمجھڻ، بشمول مساوات جو علم جيڪو وکر کي بيان ڪري ٿو، ۽ قدرن کي ٽوڙڻ جي صلاحيت
• بنيادي شمارياتي تجزيي جي مضبوط گرفت، بشمول ڳڻپيوڪر ۽ تشريح جا مطلب، معياري انحراف، ۽ R²

طريقيڪار ھدايت

1. ليب جو تعارف ~ 15 منٽ

مثالي طور، شاگردن کي ڪلاس ۾ اچڻ کان اڳ ليبارٽري گائيڊ پڙهڻ گهرجي، جڏهن ته، پائپنگ ٽيڪنڪ تي بحث ڪرڻ لاء 10 منٽ خرچ ڪرڻ جو منصوبو، ٻيهرview جي معياري وکر، ۽ interpolating sampلي قدر.

2. Calibration وکر جنريشن ~ 20 منٽ

اڳيون، ڪلاس لاءِ معياري وکر نسل (حصو A) ڏيکاريو (هي ليب فرض ڪري ٿي ته معلم OT-2 روبوٽ ۽ اسپيڪٽروفوٽو ميٽر جو واحد آپريٽر هوندو):

1. 50 μL نيري فوڊ ڊائي ۽ 10 ml diH2O سان نيري رنگ جو حل تيار ڪريو.
2. 200 μL نيري رنگ جو حل شامل ڪريو A1-H1 جي کوهن ۾ 96-Well فليٽ هيٺان پليٽ.
3. گرت جي ذخيري جي A20 کوهه ۾ 1 ملي ليٽر پاڻي شامل ڪريو.
   (نوٽ: آخري ٿلهي ٿيڻ کان پوءِ وارو ڪالم خالن جو ڊفالٽ مقام آهي. گرت/حوض جو آخري کوهه ڊفالٽ مائع ڪچرو آهي.)
4. هيٺ ڏنل ليبارٽري کي ترتيب ڏيو:
   هڪ سلاٽ 1 = اوپنٽرون 300 μL ٽپ ريڪ
   ب. سلاٽ 2 = 12-چينل حوض
   ج. سلاٽ 3 = 96-سٺي هيٺان پليٽ
5. پروٽوڪول کي هلائڻ لاءِ OT-2 رن ايپ ڏانھن وڃو.
6. 96 nm تي 450-سٺي پليٽ جي جذب جو اندازو لڳايو.

3. بحث ~ 5 منٽ

سيريل ڊيليوشن کي هلائڻ ۽ معياري وکر پيدا ڪرڻ کان پوء، توهان شايد هڪ طبقي جي طور تي گڏ ٿيڻ چاهيو ٿا ۽ آٽوميشن جي طاقت ۽ موقعن تي بحث ڪيو.

4. حصو ب: دستي ايسampلي تياري ~ 1 ڪلاڪ

ليب جي هن حصي دوران، شاگردن کي چيو ويندو آزاديءَ سان ليب جو حصو B مڪمل ڪرڻ لاءِ:

1. مرڪوز رنگ جي 200 μL aliquot گڏ ڪرڻ لاء هڪ ٽيسٽ ٽيوب استعمال ڪريو.
2. 4 mL diluent (diH2O) گڏ ڪرڻ لاءِ ٻي ٽيسٽ ٽيوب استعمال ڪريو.
3. گھٽ ۾ گھٽ 800 μL diH20 مان ھر ھڪ ۾ 4 باقي ٽيوبون. اهي ٿي ويندا توهان جاamples.
4. ڊروپپر استعمال ڪريو مختلف مقدارن کي ورهائڻ لاءِ مرڪوز رنگ جي هر s ۾ampلي ٽيوب.
5. Pipette 200 μL توهان جي پهرين سamp96-Well پليٽ جي هڪ کوهه ۾. هن کي 3 ڀيرا ورجايو ته جيئن توهان وٽ ان جي 4 نقل آهنampپليٽ جي 4 کوهن ۾. لکو ته ڪهڙن کوهن تي رکيا اٿئيample into (توهان ممڪن طور تي ٻين شاگردن سان پنهنجي 96-سٺي پليٽ شيئر ڪندا - توهان ڄاڻڻ چاهيو ٿا ته ڪهڙوampليس توهان جا آهن!).
6. توهان جي باقي 3 سيڪنڊن لاء مٿي ڏنل قدم کي ورجايوamples. توهان هر ايس جي 4 کوهن کي گهرجيample، ڪل 16 کوهن لاءِ، 96-کوهه پليٽ ۾ ڀريو ويو.
7. 96 nm تي 450-سٺي پليٽ جي جذب جو اندازو لڳايو.

جڏهن شاگرد حصو B مڪمل ڪن ٿا، سوالن جا جواب ڏيڻ لاءِ ليب جي چوڌاري گردش ڪرڻ جو منصوبو ٺاهيو ۽ شاگردن جي پائپنگ ٽيڪنڪ جو مشاهدو ڪيو، شاگردن کي ياد ڏياريندو ته اهي ڪهڙا کوهه استعمال ڪري رهيا آهن، ۽ گهربل مدد فراهم ڪري.

5. ڊيٽا گڏ ڪرڻ ~ 30 منٽ

ڊيٽا گڏ ڪرڻ لاء 30 منٽن جي اجازت ڏيو.

6. ڀڃڪڙي ~ 10 منٽ

ليب جي آخر ۾ وقت ڇڏي ڏيو مختصر طور تي ليبارٽري جي رپورٽ کي متعارف ڪرائڻ ۽ شاگردن کي ڪافي وقت فراهم ڪرڻ لاءِ انهن جي اسٽيشنن کي صاف ڪرڻ ۽ باقي سوال پڇڻ لاءِ.

ليبارٽري رپورٽ

هدايتون

شاگردن کي هڪ جامع ليبارٽري رپورٽ تيار ڪرڻ لاءِ تفويض ڪريو جنهن ۾ ڪيليبريشن وکر ڊيٽا شامل آهن، انٽرپول ٿيل sampلي قدر، ۽ شمارياتي تجزيو. رپورٽ جي جوڙجڪ ۽ ڊيٽا پيش ڪرڻ لاء هدايتون مهيا ڪريو. تحقيق لاءِ ڪجهه خيال هيٺ ڏجن ٿا.

• معياري وکر قائم ڪريو
  • پنھنجي معيار لاءِ انفرادي قدرن کي گڏ ڪريو.
  • هر هڪ ۾ مطلب ۽ معياري انحراف ڳوليو.
  • معياري وکر کي بيان ڪرڻ لاء اوسط قدر استعمال ڪريو.
  • اندازو لڳايو ته ڪيترو چڱي طرح حساب ڪيل وکر ڊيٽا پوائنٽن کي ترتيب ڏئي ٿو R2 قيمت جي حساب سان. ياد رهي ته هڪ لڪير جيڪا ڊيٽا پوائنٽس کي مڪمل طور تي فٽ ڪري ٿي ان جي R2 قدر 1 آهي. اهو ضروري آهي ته هڪ نئون معياري وکر ٺاهيو وڃي هر تجربي لاءِ حساب ڪيل R2 قدر سان.
• انٽرپوليشن آف ايسampقدر
  • استعمال ڪريو پنھنجي ڳڻپيوڪر معياري وکر کي انٽرپول ڪرڻ لاءampدستي طور تي قدر.
  • توهان جي هر هڪ جي نقلن جي وچ ۾ معياري انحراف ڇا آهيampليس؟
  • هن اختلاف جا ڪجهه ممڪن سبب ڪهڙا آهن؟
  • replicates کي ماپڻ جا ڪهڙا فائدا آهن؟
• s جي مختلف سيٽن ۾ توهان ڪهڙن رجحانن جو مشاهدو ڪري سگهو ٿاampليس؟ ڇا ڏٺو ويو فرقن مان ڪي به شمارياتي لحاظ کان اهم آهن؟
  • ڇا ڪو ٻاهريون آهن؟ انگن اکرن جو استعمال ڪيئن اجازت ڏئي ٿو ٻاهرين جي تشخيص لاءِ چيري کڻڻ واري ڊيٽا؟

شاگردن جي رهنمائي
ماپ ۽ شمارياتي تجزيو

مقصد

هي ليب هڪ معياري وکر پيدا ڪرڻ لاءِ سيريل ڊيليوشن استعمال ڪرڻ جي توهان جي سمجھ کي ترقي ڪندي، ۽ انٽرپوليٽنگ لاءِ معياري وکر جو استعمال.ampقدر. ھن ۾ شامل آھي قدر جي تعريف:

• بنيادي پائپنگ صلاحيتن
• سيريل dilutions
• ماپيندڙ نقل
• معياري وکر جي حد
• اھميت جو اندازو لڳائڻ لاءِ انگ اکر جو استعمال

هن ليب ۾ شاگرد دستي پائپنگ ذريعي حاصل ڪيل ڊيٽا استعمال ڪندا ۽ گڏوگڏ OT-2 خودڪار مائع هينڊلر، شاگردن کي ٻنهي ٽيڪنالاجي جي طاقت ۽ موقعا ڏسڻ جي اجازت ڏيندو.

گهربل سامان

• Opentrons OT-2 خودڪار مائع هٿ ڪرڻ وارو روبوٽ
• Opentrons p300 8-چينل pipette
• اوپنٽرنس 300 μL ٽپ ريڪ
• دستي پائپٽ (P1000)
• 12- کوهه جي ڇت
• 96-سٺو فليٽ هيٺان پليٽ
• 1000 mL ديونائيزڊ پاڻي (diH2O)
• FD&C بليو نمبر 1 (McCormick® هن ليبارٽري جي ترقي ۾ استعمال ڪيو ويو)
• 6 ٽيسٽ ٽيوب
• ٻوڙيندڙ

تجرباتي عمل

حصو الف: مشاهدو معياري وکر جي پيداوار

OT-2 سيريل dilutions جي خودڪار pipetting انجام ڏيندو. جڏهن توهان جو استاد انهن معيارن کي اسپيڪٽرفوٽوميٽر سان ماپيندو ته اهي هڪ معياري وکر ٺاهي سگهندا.

توهان جو معلم OT-2 روبوٽ تيار ڪرڻ ۽ هلائڻ لاءِ انهن هدايتن تي عمل ڪندو. مرحلا 1-4 دستي طور تي مڪمل ڪيا ويندا (توهان جي تعليم ڏيندڙ يا شاگرد رضاڪارن طرفان) ان کان اڳ جو پاڻمرادو OT-2 روبوٽ مرحلا هلائڻ:

1. نيري رنگ جي حل کي 50 μL نيري فوڊ ڊائي ۽ 10 ml diH2O سان تيار ڪريو.
2. 200 μL نيري رنگ جو حل شامل ڪريو A1-H1 جي 96-سٺي هيٺئين پليٽ جي کوهن ۾.
3. گرت جي ذخيري جي A20 کوهه ۾ 1 ملي ليٽر پاڻي شامل ڪريو.

(نوٽ: آخري ٿلهي ٿيڻ کان پوءِ وارو ڪالم خالن جو ڊفالٽ مقام آهي. گرت/حوض جو آخري کوهه ڊفالٽ مائع ڪچرو آهي.)

4. هيٺ ڏنل ليبارٽري کي ترتيب ڏيو:

سلاٽ 1 = اوپنٽرون 300 μL ٽپ ريڪ
سلاٽ 2 = 12-چينل حوض
سلاٽ 3 = 96-سٺي هيٺان پليٽ

5. پاڻمرادو پروٽوڪول هلائڻ لاءِ OT-2 رن ايپ ڏانھن اڳتي وڌو.

تان ڊائون لوڊ ڪريو پروٽوڪول
https://protocols.opentrons.com/protocol/customiza ble_serial_dilution_ot2

• ھيٺ ڏنل پيرا ميٽرز کي چونڊيو webصفحو توهان جي سيٽ اپ ۽ سامان جي مطابق:
  • پائپ جو قسم
  • جبل جي طرف
  • ٽپ جو قسم
  • ڇت جو قسم
  • پليٽ جو قسم
• لاءِ ڊفالٽ سيٽنگون رکو:
  • گھٽائڻ وارو عنصر (3)
  • گھٽجڻ جو تعداد (10)
  • ڪل ملائڻ جو مقدار (150)
  • کولي پليٽ ۾ خالي (ها)
  • ٽپ استعمال جي حڪمت عملي (هڪ ٽپ استعمال ڪريو)
  • هوائي خلا جو مقدار (10)

6. 96 nm تي 450-سٺي پليٽ جي جذب جو اندازو لڳايو.

نوٽ: سيريل ڊيليوشن کي ترتيب سان ترتيب ڏنل معيار جي aliquots کي ڊيلوئنٽ جي وڌندڙ مقدار ۾ منتقل ڪرڻ سان ڪيو ويندو آهي (ڏسو ڊراگرام). OT-2 مرڪوز معيارن جي هڪ aliquot جي خواهش ڪندو ۽ ان کي diluent ۾ تقسيم ڪندو. ان کان پوءِ بار بار مائع کي مٿي ۽ هيٺ ڪرڻ سان مرڪوز ٿيل رنگ ۽ ڊيلوئنٽ کي ملايو ويندو. ان کان پوء روبوٽ پهرين مخلوط معيار جي هڪ aliquot جي خواهش ڪندو ۽ ان کي diluent جي ايندڙ ڪالمن ۾ ورهائيندو.

حصو ب: عمل دستي ايسampتياري

1. مرڪوز رنگ جي 200 μL aliquot گڏ ڪرڻ لاء هڪ ٽيسٽ ٽيوب استعمال ڪريو.
2. 4 mL diluent (diH2O) گڏ ڪرڻ لاءِ ٻي ٽيسٽ ٽيوب استعمال ڪريو.
3. گھٽ ۾ گھٽ 800 μL diH20 مان ھر ھڪ ۾ 4 باقي ٽيوبون. اهي ٿي ويندا توهان جاamples.
4. مختلف ايس ٺاهڻamples مختلف مقدارن سان ڪنسنٽريٽ بمقابله diluent: ڊرپر استعمال ڪريو مختلف مقدارن کي ورهائڻ لاءِ مرڪوز رنگ جي هر s ۾ampلي ٽيوب.
5. Pipette 200 μL توهان جي پهرين سamp96-Well پليٽ جي هڪ کوهه ۾. هن کي 3 ڀيرا ورجايو ته جيئن توهان وٽ ان جي 4 نقل آهنampپليٽ جي 4 کوهن ۾. لکو ته ڪهڙن کوهن تي رکيا اٿئيample into (توهان ممڪن طور تي ٻين شاگردن سان پنهنجي 96-سٺي پليٽ شيئر ڪندا جيڪي توهان ڄاڻڻ چاهيو ٿاampليس توهان جا آهن!).
6. توهان جي باقي 5 s لاء قدم 6 ۽ 3 ورجايوamples، تنهنڪري توهان هر ايس جي 4 نقلن سان ختم ڪيوample 4 کوهن ۾. توهان کي هر ايس جي 4 کوهن کي گهرجيample، ڪل 16 کوهن لاءِ، 96-کوهه پليٽ ۾ ڀريو ويو.
7. 96 nm تي 450-سٺي پليٽ جي جذب جو اندازو لڳايو.

شاگردن جو سوال
ماپ ۽ شمارياتي تجزيو

شاگردن جو سوال

1. معياري وکر پيدا ڪرڻ لاء سيريل ڊيليشن استعمال ڪرڻ جو فائدو ڇا آهي؟
2. حياتياتي ماپن ۾ ڪليبريشن وکر جو نسل ڇو اهم آهي؟
3. calibration وکر پيدا ڪرڻ ۾ هڪ امڪاني چئلينج جو نالو ڏيو ۽ هڪ حل تجويز ڪريو.
4. ھن ليبارٽري ۾ استعمال ٿيندڙ سامان جو ڪردار بيان ڪريو.
5. دستي پائپنگ کان متغير جا عام ذريعا ڪهڙا آهن؟
6. هر هڪ جي نقلن کي ماپڻ لاءِ اهو مفيد ڇو آهيample؟
7. s interpolating جو مقصد ڇا آهيampهن تجربي ۾ قدر؟
8. ڪئين شمارياتي تجزيا مختلف قسمن جي وچ ۾ فرق جي تشريح ۾ مدد ڪري سگھن ٿاampليس؟
9. حياتياتي تحقيق لاءِ هن ليبارٽري جا نتيجا ڪيئن لاڳاپيل هوندا؟

دستاويز / وسيلا

کليل ليب آٽوميشن لاءِ OT-2 ورڪ اسٽيشنون [pdf] هدايتون OT-2 موثر ليب آٽوميشن لاءِ ورڪ اسٽيشنون، OT-2، ڪارگر ليب آٽوميشن لاءِ ورڪ اسٽيشنون، موثر ليب آٽوميشن، ليب آٽوميشن، آٽوميشن

حوالو

• استعمال ڪندڙ دستي