illumina v4.0.5 បម្លែងឯកតា

ព័ត៌មានអំពីផលិតផល

លក្ខណៈបច្ចេកទេស

• ឈ្មោះផលិតផល៖ BCL Convert
• កំណែ៖ 4.0.5
• កាលបរិច្ឆេទចេញផ្សាយ៖ ថ្ងៃទី ៣១ ខែឧសភា ឆ្នាំ ២០២៤
• អនុគមន៍៖ បំប្លែង​លទ្ធផល​ទិន្នន័យ​គោលពីរ​ក្នុង​មួយ​វដ្ត​ដោយ​កម្មវិធី​លំដាប់ Illumina ដែល​មាន​ការហៅ​តាម​មូលដ្ឋាន files និងពិន្ទុគុណភាពដើម្បីអាន FASTQ files

ការណែនាំអំពីការប្រើប្រាស់ផលិតផល

សេចក្តីផ្តើម

BCL Convert គឺជាឧបករណ៍សូហ្វវែរដែលត្រូវបានរចនាឡើងដើម្បីបំប្លែងលទ្ធផលទិន្នន័យគោលពីរដោយ Illumina sequencers ទៅជា FASTQ files.

លក្ខណៈពិសេសថ្មី។

ការចេញផ្សាយចុងក្រោយបំផុតនៃ BCL Convert រួមមានមុខងារថ្មីៗដែលបង្កើនដំណើរការបំប្លែង។

បញ្ហាដែលបានដោះស្រាយនៅក្នុង v4.0.5

Tកំណែរបស់គាត់ដោះស្រាយបញ្ហាជាក់លាក់ដែលមានវត្តមាននៅក្នុងការចេញផ្សាយមុន ដើម្បីបង្កើនប្រសិទ្ធភាព និងស្ថេរភាព។

បញ្ហាដែលគេស្គាល់

ប្រហែលជាមានបញ្ហាដែលគេស្គាល់មួយចំនួនដែលបានរាយក្នុងកំណត់ចំណាំចេញផ្សាយដែលអ្នកប្រើប្រាស់គួរតែដឹងនៅពេលកំពុងប្រើ BCL Convert។

សំណួរគេសួរញឹកញាប់

• សំណួរ៖ តើមុខងារចម្បងរបស់ BCL Convert គឺជាអ្វី?
  • A: BCL Convert ត្រូវបានប្រើជាចម្បងដើម្បីបំប្លែងទិន្នន័យគោលពីរពី Illumina sequencers ទៅជា FASTQ files.
• សំណួរ៖ តើការអាប់ដេតត្រូវបានចេញផ្សាយញឹកញាប់ប៉ុណ្ណាសម្រាប់ BCL Convert?
  • ចម្លើយ៖ ការអាប់ដេតសម្រាប់ BCL Convert ត្រូវបានចេញផ្សាយជាទៀងទាត់ ដើម្បីដោះស្រាយបញ្ហា និងណែនាំមុខងារថ្មីៗ។

ការណែនាំ

កំណត់ចំណាំចេញផ្សាយទាំងនេះរៀបរាប់លម្អិតអំពីការចេញផ្សាយចុងក្រោយបំផុតរបស់ BCL Convert រួមទាំងបញ្ហាដែលគេស្គាល់ផងដែរ។ BCL Convert បំប្លែង​លទ្ធផល​ទិន្នន័យ​គោលពីរ​ក្នុង​មួយ​វដ្ត​ដោយ​ Illumina sequencers ដែល​មាន​ basecall files និងពិន្ទុគុណភាពដើម្បីអាន FASTQ files.

លក្ខណៈពិសេស

លក្ខណៈពិសេសថ្មី។

• ក្នុងមួយក្រឡា និងក្នុងមួយវដ្តលទ្ធផលស្ថិតិបឋមដែលត្រូវរាយការណ៍ files
  • Adapter_Cycle_Metrics៖ ផ្តល់សម្រាប់វដ្តនីមួយៗ និង sample, ចំនួននៃការអានផែនទីទៅ sample ជាកន្លែងដែលអាដាប់ទ័រត្រូវបានរកឃើញចាប់ផ្តើមពីវដ្តនោះ។
  • Demultiplex_Tile_Stats.csv៖ រួមបញ្ចូលជួរឈរទាំងអស់ដែលមាននៅក្នុងលទ្ធផល Demultiplex_Stats.csv file ប៉ុន្តែនៅ per sample និងក្នុងមួយកម្រិតក្បឿង
  • Quality_Tile_Stats.csv៖ រួមបញ្ចូលជួរឈរទាំងអស់ដែលមាននៅក្នុងលទ្ធផល Quality_Stats.csv file ប៉ុន្តែនៅ per sample និងក្នុងមួយកម្រិតក្បឿង
• គាំទ្រ Sample_Name ជួរឈរក្នុង Sampផ្នែកទិន្នន័យសន្លឹក
  • អនុញ្ញាតតែនៅពេលដែល -sample-name-column-enabled ត្រូវបានបើក
  • ត្រូវតែបញ្ជាក់សម្រាប់រាល់ sample នៅពេលបើកដំណើរការ
  • រហ័ស fileឈ្មោះនឹងត្រូវបានដាក់ឈ្មោះតាម Sample_Name ក្នុង sampសន្លឹក។
  • រហ័ស files នឹង​ត្រូវ​ចេញ​ទៅ​ឈ្មោះ​ថត​រង​ដោយ Sample_ID នៅពេល –sample-name-column-enabled ត្រូវបានបើក និង –-bcl-sampleproject-subdirectories ត្រូវបានបើក
  • របាយការណ៍នឹងរួមបញ្ចូល Sample_Name និង Sample_Project តម្លៃនៅពេលដែលលក្ខណៈពិសេសទាំងនេះត្រូវបានបើកនៅលើបន្ទាត់ពាក្យបញ្ជា។
• អនុញ្ញាតឱ្យមានកេរ្តិ៍ដំណែល FindAdaptersWithIndels sampការកំណត់សន្លឹក (បិទលំនាំដើម)
  • ផ្តល់លទ្ធផលដូចគ្នាទៅនឹង bcl2fastq2 2.20 សម្រាប់ការកំណត់ការកាត់អាដាប់ទ័រលំនាំដើម។
• អនុញ្ញាតឱ្យគ្មាន sampសន្លឹកដែលត្រូវផ្តល់ឱ្យដោយប្រើ -no-sampពាក្យបញ្ជា le-sheet
  • លំនាំដើមត្រូវបានបិទ (sampត្រូវការសន្លឹក)
  • នៅពេលបើកដំណើរការ លំដាប់ទាំងអស់នឹងទៅកាន់ 'មិនកំណត់' fastq files
• មិនអាចបើកដោយប្រើជម្រើសណាមួយខាងក្រោមបានទេ។
  • • bcl-sampleproject-ថតរង
    • sample-name-column-enabled
    • bcl-only-match-reads
    • num-unknown-barcodes-reported
    • bcl-validate-sample-sheet- only
    • sampឡេ-សន្លឹក
• អាចបញ្ជាក់កម្រិតបង្ហាប់ fastq gzip
  • ជម្រើសបន្ទាត់ពាក្យបញ្ជាគឺ –fastq-gzip-compression-level ហើយលំនាំដើមគឺ 1 o
  • ដល់ 9 ត្រូវបានអនុញ្ញាតឱ្យបញ្ជាក់
• ការរកឃើញអំពើពុករលួយសម្រាប់ការបញ្ចូល BCI fileដូច្នេះ ក្នុង​របៀប​តឹងរ៉ឹង នឹង​បោះបង់​ការ​បំប្លែង​ដោយ​មាន​កំហុស
  • នៅក្នុងរបៀបរឹងមាំ នឹងរំលងផ្លូវដំណើរការ

បញ្ហាដែលបានដោះស្រាយ

ដោះស្រាយបញ្ហានៅក្នុង V4.0.5

• ជួសជុលការគាំងដែលអាចកើតឡើងនៅពេលប្រើ per-sample-settings ជាមួយ s ខ្ពស់ជាងample រាប់ក្នុងផ្លូវមួយ ដោយសារទំហំតារាង hash ជាមុនដោយប្រើចំនួនគត់ដែលបានចុះហត្ថលេខាជាធាតុបញ្ចូលដែលលើស
• ជួសជុល BCL FASTQ file ផ្លូវក្នុង fastq_list.csv នៅពេលដែលទម្រង់បង្ហាប់ ORA-interleaved ត្រូវបានប្រើ។ ពីមុន fastq_list.csv file មានពីរ files (ជំនួសឱ្យការជ្រៀតជ្រែកតែមួយ file) នៅក្រោម "អាន ១File" និង "អាន ២File"ជួរឈរ និង files មិនត្រូវបានគេដាក់ឈ្មោះត្រឹមត្រូវ។
• កំណែមួយចំនួននៃ RTA3 លទ្ធផល CBCL ជាមួយ 0 qual + nonzero base សម្រាប់ 0/"N#" ។ ម្យ៉ាង​ទៀត សម្បុក​ដែល​បិទ​បាំង (០ គុណ) មិន​សូន្យ​ចេញ​ពី​មូលដ្ឋាន​ឡើយ។ bcl0fastq2 មានជំហានលាក់បាំង ប៉ុន្តែ DRAGEN™ និង bcl-convert មិនដំណើរការទេ។ ការជួសជុលនេះបន្ថែមការបិទបាំង ដូច្នេះ DRAGEN™ និង bcl-convert ត្រូវគ្នានឹង bcl2fastq2 សម្រាប់លទ្ធផល RTA2 ទាំងនោះ។
• ជួសជុលសម្រាប់ no-sampការកំណត់ le-sheet ដែលលុបលំដាប់លិបិក្រមពីបឋមកថា fastq ។
• ជួសជុលដើម្បីលុបការកំណត់ការបំប្លែង BCL ដែនកំណត់នៃ 64 ដែលជាតំរែតំរង់នៅក្នុង v3.10 ដើម្បីអនុញ្ញាតឱ្យដំណើរការលើប្រព័ន្ធរាប់ស្នូលខ្ពស់។
• ជួសជុល​ការគាំង​ដោយសារ​កំហុស​ខ្សែ​នៅ​លើ 150k sampសំណុំទិន្នន័យ។
• ជួសជុលសម្រាប់ Index_Hopping_Counts.csv ដែលមាន Same_{Name,Project} មិនត្រឹមត្រូវ។

ដោះស្រាយបញ្ហានៅក្នុង V4.0.3

• ជម្រើសបន្ទាត់ពាក្យបញ្ជា tiles មិនដំណើរការត្រឹមត្រូវជាមួយការបញ្ចូល bgzf ដែលបណ្តាលឱ្យមាន fastq files ជាមួយនឹងបឋមកថាក្បឿងមិនត្រឹមត្រូវ។ ឥឡូវនេះវានឹងត្រឹមត្រូវ។
• កំហុស និងដំណោះស្រាយការប៉ះទង្គិចគ្នានៃបាកូដ៖ កំណែមុនរបស់ BCL Convert បានអនុញ្ញាតឱ្យការបំប្លែងបន្តប្រសិនបើសន្ទស្សន៍ (i7 ឬ i5) មានចម្ងាយញញួរគ្រប់គ្រាន់ពី s ផ្សេងទៀតទាំងអស់។amples នៅក្នុងផ្លូវ។ BCL Convert 3.10.5 ប្រើតក្កវិជ្ជាការប៉ះទង្គិចគ្នានៃរបារកូដដ៏តឹងរ៉ឹង ដើម្បីគាំទ្រដល់ការបង្កើនទិន្នផលខ្ពស់ និងស្មុគស្មាញ។ampអាងហែលទឹក។
• លិបិក្រមនីមួយៗនៅក្នុងការដំឡើងពីរដងត្រូវតែបំពេញតាមតម្រូវការចម្ងាយនៃការញញួរជាលក្ខណៈបុគ្គលដែលកំណត់ដោយតម្លៃ BarcodeMismatchesIndex# ។ ប្រសិនបើ i7 ឬ i5 មិនបំពេញតាមតម្រូវការពីចម្ងាយ កម្មវិធីនេះនឹងមានកំហុស។ សម្រាប់ BarcodeMismatchesIndex1 និង BarcodeMismatchesIndex2 លំនាំដើម៖
  • បាកូដត្រូវតែខុសគ្នាយ៉ាងហោចណាស់បីមូលដ្ឋាន។
  • ប្រសិនបើមានពីរ samples ក្នុង i7 ខុសគ្នាតិចជាង 3 មូលដ្ឋាន កំហុសមួយត្រូវបានផលិត ហើយដំណើរការនឹងមិនដំណើរការទេ ដោយមិនគិតពីតម្លៃ i5 របស់ពួកគេ។
  • ប្រសិនបើមានពីរ samples ក្នុង i5 ខុសគ្នាដោយតិចជាង 3 មូលដ្ឋាន កំហុសមួយត្រូវបានផលិតដោយមិនគិតពីតម្លៃ i7 របស់ពួកគេ។
• ប្រសិនបើអ្នកទទួលបានកំហុសជាមួយនឹងកំណែបច្ចុប្បន្ននៃ DRAGEN ឬ BCL Convert បន្ថយការអត់ធ្មត់មិនស៊ីគ្នាសម្រាប់សន្ទស្សន៍ដែលបង្កើតកំហុសដោយប្រើ BarcodeMismatchesIndex1 ឬ BarcodeMismatchesIndex2 sampការកំណត់សន្លឹក។

បញ្ហាដែលស្គាល់ 

• ប្រសិនបើថតត្រូវបានបញ្ជាក់ជាការបញ្ចូលទៅ '–sample-sheet', BCL Convert នឹងព្យួរនៅដើមនៃការរត់ខណៈពេលព្យាយាមចម្លងផ្លូវនោះជា a file ទៅ / របាយការណ៍ / សampleSheet.csv
• BCL Convert មិនមានសុពលភាពនៅពេលដែល "កំណត់ហេតុ" ឬ "របាយការណ៍" ត្រូវបានផ្តល់ជូនសម្រាប់ Sample_Project ហើយកម្មវិធីនឹងមិនអាចបង្កើតថតរងបានទេ ប្រសិនបើខ្សែអក្សរទាំងនេះត្រូវបានផ្តល់។
• BCL Convert មិនគាំទ្រជម្រើស -first-tile- only ត្រូវបានបញ្ជាក់សម្រាប់ SP flow cells ប៉ុន្តែជម្រើស -tiles ថ្មីអាចប្រើជំនួសបាន។
• មិន​មាន​កំហុស​នៅ​ពេល​ដែល​គ្មាន​បញ្ជី​ក្រឡា​ក្នុង RunInfo.xml file និង –tile ឬ –exclude-tiles ត្រូវបានបញ្ជាក់នៅក្នុងបន្ទាត់ពាក្យបញ្ជា
• ការបង្ហាប់ ORA មិនអាចត្រូវបានបញ្ជាក់នៅលើបន្ទាត់ពាក្យបញ្ជានៅពេលដែល -no-sampជម្រើស le-sheet ត្រូវបានប្រើ។ ដូច្នេះការបង្ហាប់ gzip គឺជាប្រភេទនៃការបង្ហាប់តែមួយគត់ដែលត្រូវបានគាំទ្រនៅពេលដែលគ្មាន sampសន្លឹកត្រូវបានផ្តល់ជូន

ចេញផ្សាយប្រវត្តិសាស្ត្រ

គំរូ, កំណត់ចំណាំការចេញផ្សាយរបស់អតិថិជនកម្មវិធី, ឯកសារ។ លេខ៖ 15048849, Rev. 01 កាលបរិច្ឆេទមានប្រសិទ្ធភាព៖ 23-Jan-2023 Proprietary & Confidential

• BCL បំលែង v4.0.5
• កំណត់ចំណាំការចេញផ្សាយរបស់អតិថិជន
• លេខសម្គាល់ឯកសារ៖ 200038045_v00
• កាលបរិច្ឆេទចេញផ្សាយ៖ ថ្ងៃទី 2 ខែឧសភា ឆ្នាំ 2023 ទំព័រ 4 នៃ 4

ឯកសារ/ធនធាន

illumina v4.0.5 បម្លែងឯកតា [pdf] ការណែនាំអ្នកប្រើប្រាស់ v4.0.5 បំប្លែង Standalone, v4.0.5, Convert Standalone, Standalone

ឯកសារយោង

• សៀវភៅណែនាំអ្នកប្រើប្រាស់